这就是所说的“珊瑚海海战”。如果说前面提到的“苏腊巴亚”、“巴塔维亚”等海战，标志着近代海战的结束的话，那么，“珊瑚海海战”，可以说是在海上机动舰队间彼此进行现代海战的开始。
据说，对井上的做法，联合舰队司令部的一些幕僚，感到非常气愤。井上是一位出色的政治家，军事家，这已是一种共识。然而，也有人说他在用兵上，还存在不少问题，恐怕这就是其中的理由之一吧。高木吉对这件事却另有看法。他在《太平洋海战史》一书中说：诚然，“在一次作战中，胜者和败者同时退出战场，这在历史上，确实鲜有其例。”但是，当时确有当时的具体情况。首先，作为我方，在当时的条件下，无法更准确、充分地侦察敌方的动向；也并不清楚敌我之间相距多远，当然，如果要表示自己的作战决心和姿态，不问这些具体情况，盲目地一味向前追击，那固然也是办得到的，但那毕竟是另外一回事。就当时的情况看，第4舰队也是不得已才作出这样的决定，直到后来很久，还有人吹毛求疵地指责说，井上缺乏斗志，胆小，懦弱。这和当初指责堀悌吉在吴淞“炮击问题”的性质非常相似。其实，这些人，正是因所谓的“新军备计划”问题，主张把井上撵出中央的“强硬派”。他们无时无刻不在伺机攻击井上，这不过是他们对井上的又一次中伤而已。
总之，在日本的海战史上，似乎很难找到因彻底追击而扩大战果的战例。夏威夷之战不是这样，“苏腊巴亚”海战也不是这样。
这里面的责任或过失，并不单单属于指挥官的问题。追其更深刻的原因，恐怕与我们的国家和民族，都有着密切的关系。说得好听一些，是自由的表现；说得难听一点，是缺乏韧性和彻底精神。
5月5日发出“大海令”之后，各部队有步骤地开始了为进攻中途岛和阿留申群岛作各种准备工作。
山本准备亲自参加这次的作战行动。他的座舰“大和”，将作为支援舰队也开赴前线。
同进击珍珠港相比，这次的保密工作实在太差了。部队的作战意图，几乎昭然若揭：海军基地吴港的战舰，出出入入，使人一看便知：在准备打大仗；向即将开往北太平洋海域的“隼鹰”、“龙骧”号航空母舰上运送备战物资的驳船，每天频繁地来往于母舰和港口岸壁之间，上面载着的大量防寒物资（棉被、棉衣等）像是在告诉人们：舰队将开赴北方寒冷地区作战。据说，吴市一个理发店里的理发师在给一位海军军官理发时，也曾若有觉察地问道：“听说，这次要打大仗？”
田结穰至今还埋怨说：“当时我就觉得奇怪：小道消息比公函来得还要快，简直太不像话了。”
到5月中旬，连夏威夷的檀香山大街上，都流传着日本要打中途岛的消息。
自信和骄傲之间的距离有时很近，过分的自信就是骄傲。如果说，日本海军是由于骄傲而招致了中途岛的失败，也不无道理。然而，这毕竟是单方面的原因，或者说，只说对了一半。用美国人的话说，日本中途岛的失败，是他们破获密码的胜利。
在夏威夷的美国太平洋舰队的司令官切斯特·尼米兹上将及其属下，早已察觉到日本要进攻中途岛和阿留申群岛的作战意图。
戴维·卡恩在其所著的书中写道：
为了一举夺回在西太平洋地区失去的支配权，美国已准备了“秘密武器”用以对付日本的强有力。这就是，约瑟夫·J·小罗奇福特少校所领导的美国海军密码破译组。它设在夏威夷海军兵工厂内，属第14海军司令部的一个地下室里。地下室是个细长形，没有窗子。
据记载，在舰队启程驶往中途岛之前的5月1日，日本海军军令部，决定下达文件改变原“密码”的使用规定和乱数表，这次中途岛作战，要使用几乎全新的另一套无限乱数密码。一般来说，这套新改用的密码，如果不是敌人把谍报人员打入日本海军内部，盗走拷贝的话，绝对不可能被破译的。但仔细想来，几个意外出现的某些漏洞，也可能给美方破译密码提供了某种机会。这年（1942年）的1月份，日本海军曾派出“伊—124”号潜艇，到靠近澳大利亚一带海域中去布设水雷。该潜艇在返回的途中，突然中断了与国内联系。这件事很值得怀疑。但当时，不论是第6舰队（潜艇舰队）司令部，还是联合舰队司令部，均未对这件事引起足够的重视。直到约一个月以后，日方还依然以为该潜艇因某种原因而下落不明。实际上，该潜艇1月24日傍晚，开到澳大利亚的达尔文港外海时，突然被一艘美国的驱逐舰和3艘澳大利亚海军的舰艇包围并击沉。这里的海水清可见底，没有大浪和漩涡，只有15米深。美国海军当即从潜艇母舰派出潜水员，入水切开潜艇的残骸，取走了里面的重要文件。其中，不但有海军用的某种密码，而且还有商船用密码。