走在全舰队的最前面的是轻巡洋舰“长良”号所率领的第10战队的12艘驱逐舰，后面紧跟着的是：第8战队的“利根”、“筑摩”号重巡洋舰、第3战队第2小队的“榛名”、“雾岛”战列舰；紧随“雾岛”后面的是第1航空战队和第2舰空战队的4艘大型航空母舰——“赤城”、“加贺”、“飞龙”和“苍龙”。
通过丰后水道后舰队，立即改变了队形，以4艘航空母舰为中心，成车轮阵队形前进。
第4航空战队向北驶往阿留申群岛方向，包括“龙骧“隼鹰”两艘航空母舰、“高雄”、“摩耶”两艘重巡洋舰和3艘驱逐舰，由角田党治指挥。他们在南云主力舰队出发的前一天，即5月26日，就离开了大凑基地，开始向目的地进发。
海军特别陆战队的两个大队和陆军一木支队的约3000人，预计在中途岛登陆并占领该岛的分乘12艘兵员运输舰，于5月28日离开塞班岛，向中途岛进发。担任该运输舰队护卫任务的是由第2鱼雷舰队司令官田中赖三少将指挥。第2鱼雷战队的“神通”号巡洋舰和11艘驱逐舰。
同日，担任该运输舰队的护卫任务的是栗田健男中将指挥的第7战队的“铃谷”、“熊野”、“最上”、“三限”等4艘巡洋舰和两艘驱逐舰，从关岛出发。
担任北方（阿留申群岛）作战总指挥的第5舰队司令长官细萱戊子郎中将，也于同日乘“那智”号重巡洋舰离开了大凑基地。
第2舰队司令长官近藤信竹中将所率领的由16艘战舰组成的另一支大型舰队，于5月29日离开广岛湾，驶往中途岛。这16艘战舰是：“爱岩”、“鸟海”、“妙高”、“羽黑”4艘重巡洋舰；“比”、“金刚”两艘战列舰；“由良”轻巡洋舰和第4鱼雷战队的7艘驱逐舰；还有“瑞凤”航空母舰和一艘驱逐舰。这支舰队，将和中途岛登陆部队会合去完成进攻并占领中途岛的任务。
山本五十六大将直接率领的舰队，跟随近藤舰队，也于5月29日启程离开柱岛泊地。这支舰队包括：“大和”、“长门”、“陆奥”3艘战列舰，以及担负这3艘战列舰护卫任务的8艘驱逐舰和“川内”号轻巡洋舰；第1舰队司令长官高须四郎中将所指挥的“伊势”、“日向”、“扶桑”、“山城”第4艘战列舰和第9战队的12艘驱逐舰；“北上”、“大井”两艘轻巡洋舰；此外还有“凤翔”号航空母舰和一艘驱逐舰。舰队离开柱岛后，由高须四郎中将指挥的4艘战列舰受命北上，去参加阿留申群岛方向的作战。
联合舰队的全部舰只几乎都参加中途岛和阿留申群岛作战的以上各舰队，比6个月前参加夏威夷作战的机动舰队的规模大得多，远远超过了美国太平洋舰队的全部兵力。但是谁也没有想到，这支实力雄厚的舰队，居然会在即将展开的作战中会遭到惨重的失败。
虽说堀悌吉的梦和“加酱烧”的午饭，都是不吉祥的兆头，但这毕竟是事后人们的联想。人们所以这样联想，是因为这次中途岛作战实在太不顺利了。珍珠港作战，几乎是一帆风顺，而这次作战，一开始就连连碰壁：
“赤城”舰上的飞行队长渊田，在舰队出发后不久，突然感到肚子疼，经诊断，是患了阑尾炎。不得已，在舰上做了手术，没能参加这次作战。
和他同届毕业的航空参谋源田，到病号室来看他时，还安慰他说：
“别苦恼，也不要为此战的结果而过于担心。放心吧，只要我们的飞机一飞上天，敌人就会乖乖地败下阵去。好好养着吧，还有更重要的仗要打呢！比这次作战更重要更关键的，是下一步切断美国和澳大利亚之间联系的作战，到那时，还等着你去负责空袭指挥呢！”
无独有偶，源田从病号室回去不久，突然也发起烧来，好像是患了急性肺炎，直到舰队来到中途岛一带海域时，他才能勉强爬起到甲板上来。但从他的脸色不难看出，他并没有完全退烧。
更有甚者，激战开始后，因为蛔虫作怪，山本也突然剧烈地腹痛起来。
俗话说，“福不双至，祸不单行”。我们虽然并不清楚山本在给千代子的信中所说的“对这次出征作战，我并不寄予多大期望”如此失望的话究竟指何而言，但是，我们可以揣测：山本是个酷爱赌博的人，也许他出于一个赌博迷的本能，预感到自己的气数已尽，所以才说出这番话的。这样的理解，也许有些牵强，但它毕竟也是近乎情理的一种解释。