“就连那脸皮最厚的飞行员见了，这样判定作战结果，也会惊得目瞪口呆。”
图上演习非常草率，准备参加实际作战的机动舰队以及登陆部队，也几乎完全丧失了警惕。他们似乎根本就没有考虑过失败的问题。某水上机队在临出发前，竟毫无顾忌地发出一份电报通知说：“6月中旬以后，凡寄交本队的邮件，收件地址一律写‘中途岛’”。战斗打响之前，南云长官在一份关于敌情的报告中，竟非常武断地写道：
虽然敌军缺乏斗志，但我方向其阵地发起进攻时，他们也会奋起反击。
有什么根据说敌人缺乏斗志呢？并没有任何可靠的根据，不过是想当然而已。实际上，这时，美国正在燃烧着炽烈的复仇烈火，准备与敌军一决死战。所谓“敌人缺乏斗志”，南云过于得意忘形，忘乎所以了。
那么，联合舰队司令长官山本，此时，有没有骄傲情绪呢？我没有从任何人那里听说，也没有找到可以说明他骄傲的事实。至少，从客观现象上看，这时，他的声望已经很高，人们把他同东乡相提并论，把他敬为日本海军的英杰、“战争之神”。只要是他提出来的主张，几乎没有人持怀疑态度，总是相信是正确的，这种认识，甚至支配了包括军令部在内的整个海军。
还有一种另外的说法是：山本实际上并不赞成攻打中途岛。
据说，在山本死后，联合舰队鱼雷参谋有马高泰，曾对千早正隆这样说过：
“山本长官实际上，是反对攻打中途岛的。千早君，你千万要记住这一点。攻打中途岛的作战计划，是那些参谋拟制出来的，然后，却硬把它说成是山本长官的意志。”
此话是否属实还是个谜。在珍珠港作战的问题上，山本能够置幕僚们的强烈反对于不顾，硬要贯彻自己主张，如果真的不赞成中途岛作战计划的话，那么，他为什么不说清楚表示反对呢？难道是出自于照顾部下情绪的考虑？还是因为中途岛一战的失败，有马有意袒护山本，为他推卸责任呢？是否是作为联合舰队司令部参谋一员的他，主动出来承担过失呢？有马高泰战后已经病故，如今已无法证实。
中途岛一战，以失败而告终。此战后，山本没有任何为自己辩解。就这一问题，他没有发表任何言论过。朝日新闻社的黑潮会记者杉本健说：
“我们可以想象，如果联合舰队司令长官是别人的话，山本一定会对于中途岛这样的失败提出严厉批评的。”
1942年端午节，大本营海军部，向联合舰队发布了第18号《大海令》，全文如下：
奉敕
命联合舰队司令长官山本
一、联合舰队司令长官，要和陆军协同作战，攻占“中途岛”和“阿留申群岛”西部各重要地区。
二、有关细目，待军令部总长另行下达指示。
军令部总长永野修身
陆军刚开始是不打算参加这一作战行动的，后来，又决定，抽出一木支队的一个联队（团）的兵力，约3000人，协同海军攻打中途岛。
奉天皇的敕命而发布的这项命令，以大本营海军部的名义来下达的。实际上，这只不过是一种形式。据说，海军的全体官兵，接到《大海令》，就如同充电一样，立刻兴奋起来。
5月初的濑户内海地区，正值初春乍绿的季节。宇垣在《战藻录》中这样写道：
5月5日星期二晴
征战之初，迎来男孩儿节，欲看“鲤鱼旗”，只惜无机会。岛影山色抹新绿。日复一日，水光山色，画然海上。
也许是预示着中途岛作战不吉顺的这天傍晚，正在伊予滩进行射击训练的战列舰“日向”号，发生了意外事故：第5号炮塔，突然爆炸，亡51人，重伤11人。
两天后，5月7日，从拉包尔岛出发，护送支援攻打莫尔斯比港的运输船队的“祥凤”号航空母舰，被美国机动舰队的舰基机击沉。
“祥凤”号，是一艘由潜水母舰“剑崎”号改装而成的吨位为11000吨的小型航空母舰。这是开战以来，日本第一艘被美国海军所击沉的航空母舰。
南云舰队的，“瑞鹤”、“翔鹤”两艘制式航空母舰，此时被分配在这一带海域，归第4舰队司令长官井上成美中将指挥。5月8日，这两艘母舰在海上，遭遇美国的“莱克星顿”号和“约克城”号两艘航空母舰。“莱克星顿”被击沉，“约克城”遭重创。日方的“翔鹤”号，也遭受到和美方的“约克城”号同样程度的损伤，不经修复无法再战。而“瑞鹤”号却安然无恙，毫无损伤。此时，山本长官及其幕僚们，在柱岛密切注视着这场海战，急切希望井上趁势追击敌舰，但井上考虑到“翔鹤”已受重伤，尚未得到修复，他不但没有前往追击敌舰，连攻打莫尔斯比港的战斗也未参加。