墨索里尼如此尖刻地批评意大利人，从某种程度上说，也与他患有消化不良症、健康状况越来越坏有关。由于他特别强调强壮的体魄，所以依然竭力隐瞒自己的病情。但1940年，与早些年前政治危机时一样，他胃病重又发作，有时看上去就像是一个老病鬼；加之1917年受的腿伤也同时复发，使他不得不穿上特制的靴子可是，为了维护名誉，他必须防止别人猜疑他身体欠佳，不能在战时独自掌管国家。
有些观察家觉察出墨索里尼的智力明显衰退，不久又暗示说，他实际上精神有点错乱墨索里尼自己所担心的是怕别人嫌他太老，因此他三番五次地向人们表明，他的鹅步走得比别人好，而且跑得也比别人快。有一次，他邀集了好几车记者观看一场网球比赛。这是一场经过精心安排的比赛，由宣传大臣当裁判，他在比赛中出人意料地宣布墨索里尼获胜，记者无不为之惊讶任何外国记者只要对墨索里尼健康状况不佳的传说有所暗示（甚至是否定这些传说），都会在几小时内被驱逐出境。
墨索里尼炫耀自己富于青春活力的决心并没有随着岁月的流逝而减退。他向来嫌恶老年，不承认自己衰老。在意大利国内，曾有一段时间谁也不许公开提及他的年龄。他不得不向德国报纸提出特别请求，要它们务必不要宣扬他的生日。而意大利报纸却接到明确指示，可刊登希特勒生日的消息，以此表明希特勒越来越老，而“领袖”永远年轻。实际上，墨索里尼已年届六十，他曾正式讲过，法西斯党的党员到了花甲之年应该辞职。
1941年期间，墨索里尼在希腊遭到败绩，接着儿子布鲁诺死于飞机失事，他的健康状况由此每况愈下。他面容苍老，有时甚至憔悴不堪，需要不断护理。他一会儿充满乐观精神；一会儿又显得绝望沮丧；人们对他这种变化无常的行为感到困惑不解。越来越明显，他已丧失做决断的能力他不时离开罗马到自己乡下的庄园去住上很长一段时间，在那里人们只能间接地和他接触。
1942年7月，墨索里尼的非洲之行使他大为扫兴，当时就觉得腹内剧烈疼痛。回国后，经一位内科医生诊断，系患寄生虫病和阿米巴痢疾。但医生的治疗并未使他的病情有所好转，原因在于诊断有误他感到手足无措，人们再次怀疑是梅毒作祟。后来，进一步的化验结果否定了这种猜测。根据1945年尸体解剖结果判断，当时并未发现异常，因而不能肯定他又患消化性溃疡症。他有时腹痛得不能动弹，这可能是由于神经紧张加上饮食习惯不健康所致。无论出自何种原因，在战争的关键时刻墨索里尼已力不从心。
1942年秋，更多的人开始感到墨索里尼处境可怜。可是为了欺骗公众，法西斯分子编造谎言放风说，他经常驾驶着自己的飞机去前线，在炮火下和官兵们同甘共苦。实际上，他的脸此时已因腹痛难忍而严重变形，他的记忆力也在衰退。三个月中，他的体重减少了二十公斤，开会时，面容憔悴，一付病态。由于患病，他经常不上班，于是政府工作几乎停顿下来其他大臣私下嘀咕，这样一个病人怎能担负起如此重任背地里有人传说由齐亚诺或法里纳契接替他请来的新大夫提出了新的诊断怀疑他患的是癌症，但经过全面检查和化验之后，又排除了这一可能。大家倾向于认为，墨索里尼这些症状主要是心理疾病造成的，由于他把一切忧虑都闷在自己心里，不肯授权予人替他分担责任，不能和别人进行自由自在的谈话，结果造成精神过分紧张，乃至病魔缠身。
虽然，齐亚诺了解实情已有一段时间，明白他的岳父不仅体力不支，而且智力下降，但他对墨索里尼怕得要命，不敢公开言明。尽管如此，他却在暗地里设法为自己接班准备条件他开始和别人密谋把墨索里尼赶下台的计划，似乎也已隐隐约约地向西方盟国进行过试探，了解他们是否愿意同一个新政府商谈条件他不止一次地讲到要采购一种用后不留任何痕迹的剧毒药物。
虽然墨索里尼与克拉拉·佩塔契各自都有外遇，但他们之间的私通关系已有十年之久，而且一般都不为人知。快到1942年底的时候，墨索里尼的这一隐私成了人们闲谈的话题他的性能力后来被人传为奇谈，有些传说或许是真的。他常说，女人从来没有影响过他的政治活动。但是，克拉拉家里人在许多不光彩的金融丑闻中都有牵连，对此他是清楚的，而且实际上给予了他们不受警察干烦的豁免权克拉拉的年龄比他小一半还多，其对墨索里尼体贴备至墨索里尼为了减少丑闻让她的丈夫流亡到日本但由于她去威尼斯宫过于频繁，又有规律，以致最后流言蜚语四起，说她是许多政治阴谋中的核心人物这又是一个迹象，表明墨索里尼逐渐与外界失去联系。据人们说，与克拉拉的私通事件极大地损坏了他的名声警察当局知道，上层人物不正直、不道德的行为正在使人们与法西斯主义拉大距离，因为他们看到了法西斯领导层寻欢作乐，而民众却饱尝战争所带来的困苦。真真假假的传闻迅速散播，后来“公众舆论干脆将法西斯领导层这一称呼与窃贼或更坏的名称同等看待。”