十一月三十日结案，御史台具状申奏，神宗派遣发运三司度支副使陈睦赴狱录问。
杭州有王复秀才，世代业医，家在候潮门外，大门前有两棵桧木，枝叶繁茂，数百年的古树，苏轼在杭时，为王复赋此诗。群小于勘状外后又搜获得此，先于台狱里，问过苏轼：“蛰龙有无讥讽？”
轼回答得非常巧妙：“王安石诗：天下苍生待霖雨，不知龙向此中蟠。此龙是也。”
狱吏就不敢往下再问。19
这时候，李定、舒亶辈功败垂成，非常着急，只有再想办法激怒神宗，要把他搞到大逆不道的死罪，就不入赦免之列。于是就想用双桧诗这条新证据，由右相王珪（禹玉）于进见皇上时，忽言：“苏轼于陛下确有不臣之意。”
神宗改容道：“卿何以知之？”
王珪就举出轼作双桧诗内，有“根到九泉无曲处，此心惟有蛰龙知”句为证，对曰：“陛下飞龙在天，轼以为不知己，而求知于地下之蛰龙，非不臣而何？”
神宗道：“诗人之词，安可如此论。彼自咏桧，何预朕事。”
章惇在旁，接口疏解道：“龙者，非独人君，人臣俱可以言龙也。”
神宗也说：“自古称龙者多矣，如荀氏八龙，孔明卧龙，岂人君也。”
王珪语塞，退朝后，章惇诘问王珪道：“相公乃欲覆人家族吗？”
珪曰：“这是舒亶说的。”
章惇气愤得大嚷道：“舒亶的口水也可以吃的吗！”20
即此之故，苏轼非常感激章惇，后在黄州致章子厚书，有曰：“一旦有患难，无复相哀者，子厚平居遗我药石。及困急，又有以救恤之，真与世俗异矣。”即是指此。
王珪，字禹玉，四川华阳人，一向盘踞在翰林院里，受知于英宗，掌内外制者十五年，为诗文好用金玉锦绣字样，时人讥之为“至宝丹”21，而他自以为文章独步天下，不料后起的苏轼，文名掩盖了他的光彩，非常嫉视，一定不能让他出头。
政治上，他只是一个庸俗的官僚，只要高官厚禄。王安石势盛时，他就竭力逢迎他，传说有这样一个笑话：
一日，珪与安石同侍朝，有一只大虱子从安石的襦头上，爬到须上去了，皇上看到，笑了一笑，安石并不知道。
退朝后，王珪指以告安石，安石命侍从来捉它，珪说：“不可轻去，辄献一言，以颂虱之功。”
“如何？”安石问，珪应声曰：“屡游相须，曾经御览。”22
现在，安石退休了，他所推荐自代的吴充却事事要与他为异，所以依附王安石的这一辈丧家之犬，就群归王相国之门，他也利用他们，增进自己的政治地位，原是非常自然的情势。
诏派陈睦复审，录问无异，罪名是以文字谤讪朝政及中外臣僚，该处徒刑二年，案在大赦期中，应蒙恩赦。
这个结论，使李定、舒亶等大为着慌，于是李定再进言道：
轼起于草野，垢贱之余，朝廷待以郎官、馆职，不为不厚。所宜忠信正直，思所以报上之恩。而乃怨未显用，肆意纵言，讥讽时政。自熙宁以来，陛下所造法度，悉以为非。古之议令者，犹有死而无赦。况轼所著文字，讪上惑众，岂徒议令之比？轼之奸慝，今已具服，不屏之远方则乱俗，再使之从政则坏法。乞特行废绝，以释天下之惑。御史舒亶则已迹近疯狂，不但认为牵连入案的王诜、王巩都罪不容诛，甚至因收受讥讽文字，不申入司的张方平、司马光、范镇等也都该杀头，其言曰：
驸马都尉王诜，收受轼讥讽朝政文字及遗轼钱物，并与王巩往还，漏泄禁中语。窃以轼之怨望，诋讪君父，盖虽行路，犹所讳闻。而诜恬闻轼言，不以上报，既乃阴通货赂，密与燕游。至若巩者，向连逆党，已坐废停（定国曾被牵入赵世居谋叛案，被追两官勒停）。诜于此时，同罣论议，而不自省惧，尚相关通。按诜受国厚恩，列在近戚，而朋比匪人，志趣如此，原情议罪，实不容诛，乞不以赦论。又言：
收受轼讥讽朝政文字人，除王诜、王巩、李清臣外，张方平而下凡二十二人，如盛侨、周邠辈，固无足论。乃若方平、司马光、范镇、钱藻、陈襄、曾巩、孙觉、李常、刘攽、刘挚等，盖皆略能诵说先王之言，辱在公卿士大夫之列，而陛下所当以君臣之义望之者，所怀如此，顾可置而不诛乎？神宗不失为一个颇有理性的人主，对于舒亶这番狂言，极抱反感，置之不理。不过，他自来听多了毁谤苏轼的话，心中不能无疑，但他相信凡人做了错事，心里总有愧疚，不免恐惧，这种内心的罪恶感，亦必将有焦躁不安、言行失常的形迹流露于外，若能一切坦然，即是问心无愧之人。他又想，一个喜欢谤讪他人的人，身陷狱中，必多怨言，所以到了这件案狱必须决定处分时，神宗就秘密派遣一个小黄门去狱中察看苏轼的动静。