不料朝廷下令众官集议，苏轼认为“集议”这个方法，辩白不出一个真正的是非和结论来的，再上《请诘难圜丘六议札子》。
苏轼所提“诘难”的方法，要反对者来公开诘难他的六议，倘如他失败了，即从众议。基于“真理愈辩愈明”的道理，是议论一件国之大事的认真态度。避免各说各话，莫衷一是，最后不是依从说话者的政治地位，俯首推让；即是混沌一片，草草决议，都非追求真理之道。
最后，虽然并未举行“诘难”的论辩，而诏从天地合祭之议，苏轼终于获得了胜利。
在此热烈议礼之时，朝中另生一股暗流，秘密酝酿成熟，于同年三月间，爆发出来。由御史董敦逸出面，连续四状攻击苏轼；御史黄庆基连续三状弹劾苏轼。大帽子是“洛党稍衰，川党复盛”，指苏轼援引四川人和他的亲戚入朝为官，培养个人权势。对付苏轼，除了摭拾一些琐碎无根的事故外，大体上沿袭熙宁、元丰间李定、舒亶这辈人的谗言和元祐以来朱光庭、赵挺之、贾易之流的诽谤，以为诬陷之具而已。
所述琐碎之事，如妄用颍州官钱；失入尹真配罪；在杭州时法外刺配颜章、颜益，以反对赐书高丽为违旨等皆是。其他两大支柱，则是援引党与和指斥先朝。
援引党与，系指王巩、林豫、张耒、晁补之、秦观等，都是苏轼所推荐入朝为官的，指责因此“奔竞之士，趋走其门如市”；苏轼荐吕陶为起居舍人是因为吕陶与轼交厚之故；苏轼推荐宗室赵令畤，则因轼在颍州时，与令畤往还甚密，“每赴赵令畤筵会，则坐于堂上，入于卧内，惟两分而已，其家妇女，列侍左右，士论极以为丑”；文勋以篆字游于苏轼之门，辙遂荐为福建路转运判官；夔州路转运使冯如晦，因是川人，遂除馆职；夔州路转运判官程之邵，是轼、辙的表弟，所以除为都大提举茶事的肥缺。
关于指斥先朝，谤诋先帝者，则都是从苏轼当中书舍人日所作制诰中，断章取义，罗织成言。如行李之纯诰词，说以厉王之乱比拟先帝之政，行苏颂诰词以武帝之暴，比拟先政，行刘谊诰内，有“安知有今日之报”语，认为“此语尤不忍闻”，指贬吕惠卿诰，谓“实诋先帝”等等。
苏轼宜兴买田，被曹姓业主诈赖，拒不交产，一拖八年，反被指为“强买姓曹人抵当田产”，指其“秽污之迹，未敢上渎圣聪”。凡此肆无忌惮、颠倒黑白的话，也只有在是非不明、凡事不愿追根究底的政治社会里，才敢那么胡言乱语的。黄庆基综论苏轼，言辞凶悍，他说：“苏轼天资凶险，不顾义理，言伪而辩，行僻而坚。故名足以惑众，智足以饰非。所谓小人之雄，而君子之贼者也。”
董敦逸和黄庆基两人，自三至五月的两个月时间里，连上七个这个样子的弹章。五月十二日，宰臣奏对延和殿，三省联名进呈。
左相吕大防奏曰：“窃观先帝圣意，本欲富国强兵，以鞭挞西夷；而一时群臣，将顺太过，所以事或失当”；等到太皇太后和皇帝临御，顺着老百姓的需要，随事补救，这是理所当然的事。……譬如本朝真宗皇帝即位，宽免老百姓的逋欠，以厚民财；仁宗皇帝即位，罢修宫观，休息民力，都是因时施宜，用以弥补前朝的缺失，从来没有听闻当时的士大夫说过这是谤毁先帝的。只有元祐以来的言事官，才这么用来中伤士人，兼欲动摇朝政，意极不善。
苏辙跟着面奏：
臣兄轼所撰吕惠卿诰，其中说及先帝的是“始以帝尧之仁，姑试伯鲧；终以孔子之圣，不信宰予”。岂是谤毁先帝的话？臣闻先帝末年，亦自深悔已行之事，只是来不及改变。元祐更化，不过追述先帝美意而已。这段话触及元祐政治的一个核心问题，即从前有过的“以母改子”的议论。因此，太皇太后凛然言道：“先帝追悔往事，至于泣下。”吕大防接口对曰：“先帝一时过举，非其本意者，固多如此。”太皇太后回顾一旁侍坐的哲宗皇帝说：“此事官家宜深知！”19
于是，决定罢董敦逸为荆湖北路判官，罢黄庆基为福建路判官。
发表之后，御史中丞李之纯认为董黄二人，诬陷忠良，责降太轻。因此董敦逸改知临江军，黄庆基改知南康军。
苏轼闻讯以后，十九日上札自辩，他说：为中书舍人日所行告词，都是原降词头，所述罪状，不是私意所可增减，如吕惠卿责词中的“躁轻矫诬”，系根据神宗的御批。说到永乐之祸，曰：“兴言及此，流涕何追。”是神宗闻败垂泪，朝臣共见的事实。苏轼明白指出，这种罗织附会的讦告风气，萌于朱光庭，盛于赵挺之，而极于贾易，黄庆基不过宗师此辈而已。