江南地区的水患，由来已久，仁宗朝的名臣范仲淹，最先提出治水的方略，但未触及泛滥之根本原因；熙宁年间，王安石用郏亶的治田说，为大地主们猛烈反对而罢；苏轼做杭州通判时，曾往湖州督察松江堤防的改修工程，对这问题，有过研究；今次再度考见泛滥的实况，认为这样浩大的水势，绝对不是数月霪雨所能造成，主要的原因还是在于出口淤塞，若能海口通畅，吴中即无水患。
松江海口之所以淤塞，是由于庆历以来，江上行船，改用陆挽，陆挽必须先筑挽路，建长桥，植千柱于水中，公私漕运虽然称便一时，但是挽路侵占江面，桥柱阻留泥沙，于是松江渐次淤积，海口终于扼塞，大水不能入海，一定会在沿江两岸泛滥成灾。
习用的长桥和挽路，固然不能废去，现在，只有一个办法，即开凿旧桥外的挽路，另筑千桥，桥拱各加大为两丈，使松江的水流能够加速通过；然后公私协力浚渫海口，如此则江水有力，泥沙不再沉积，而水患也就少了。
苏轼听说常州宜兴县进士单谔36，颇精水利之学，特别向他请教。单谔面陈所撰《吴中水利书》一卷，苏轼细读后，认为确有精辟独到的见地，所以到京后，上《论三吴水利状》，即将单氏原书随状进呈。
苏轼说，三吴水利的重要，在于两浙之富，为国家财政所依恃，每年漕运京城米一百五十万石，其他赋税供馈，不可胜计，如果听任它十年九涝，必致公私凋弊。乞朝廷将此状和单著一并发交本路监司，躬加按察；或差懂水利的干练官吏，认真研考这个计划，详陈利害，商讨进行。
苏轼水学，是综合范仲淹的治水说与郏亶的治田说，两者加以折衷而成论，后世专家们的批评，认为并无太大的创见。其实，苏轼的研究只为实用，此来眼见太湖沿岸，田庄尽成泽国的凄惨景象，即使他已身返廊庙，重归玉堂了（奏状于元祐六年七月二日），依然寝食难安，亟望朝廷能够饬令地方，做好这件解决百年来江南水患的疏导工程。不料此状奏上后，仍为群小所弹，宰执所格，当时并不果用。直至数百年后，明人治三吴水利，却从苏集中检得这份资料，认为有用，付诸实施。苏轼为政论学的实用精神，不是高谈阔论的后人所能菲薄的。
七 奉召还朝
宋自开国以来，厉行中央集权制，所以士大夫社会的观念中，一向重京卿而薄外官；京卿得罪者常外放州郡，视为责降，几成通例。苏轼初至杭州，不知底细的陈传道，写信来安慰他的“不遇”，苏轼大为不安，复书言：
来书乃有遇不遇之说，甚非所以安全不肖也。某凡百无取，入为侍从，出为方面，此而不遇，复以何者为遇乎？尽管苏轼自己，有此不同流俗的胸襟，可是宣仁太皇太后却也并不同此想法，她是在极不得已的情况下，才准了苏轼乞放外郡的请求，心里抱着满腔遗憾，无时不在考虑弥补。
苏轼一离京城，元祐四年六月即除苏辙为吏部侍郎；三天后，改翰林学士；不久，又命权兼吏部尚书。纵然说苏辙自有进用的条件，但是晋升的速度那么快，时间又排得那么凑巧，令人不得不信，这未始不是太后的弥补手腕。
元祐五年（1090）正月，距苏轼莅杭不过半年，范祖禹即疏请召轼还朝，以为在中枢政治的重要献替上，不能没有像他这样一个耿直敢言的大臣。疏言：
臣伏见苏轼文章，为时所宗，名重海内。忠义许国，遇事敢言，一心不回，无所顾望。然其立朝多得谤毁，盖以刚正嫉恶，力排奸邪，为王安石、吕惠卿之党所憎，腾口于台谏之门，未必非此辈也……伏望圣慈早赐召还，今尚书阙官，陛下如欲用轼，何所不可？然而其时杭州正在灾荒之中，苏轼勠力从事于救灾工作，不便中途换人，只得暂时搁置一下。五月间，遂有再除苏辙为御史中丞的诏命。
这次诏命，系由宫中直接以中旨颁发，出于太皇太后的宸衷独断，事先未与宰执商议，因此引起自宰相以次，满朝的不悦。
不但宣仁太皇太后如此惓惓于苏氏兄弟，而年方十五，尚未亲政的哲宗皇帝，也很惦念这位曾任侍读的老臣。据王巩说，苏轼自杭召归途中，曾亲口告诉他说：在杭时，一日，宫里派中使下来，交代公事既毕，地方监司官集合在望湖楼上公宴饯行。席终，他迟不动身，问苏轼道：
“某未行，监司莫可先归。”
诸官告退，他密语苏轼道：
“某出京师时，往辞官家，官家说：辞了娘娘再来。某往辞太后殿，复到官家处，引某至一柜子旁，出此一角，密谕曰：赐与苏轼，不得令人知。”