旱荒的善后救济工作，刚刚放下，而元祐五年之初，浙西数郡，忽又大雨成灾，太湖泛滥，淹没两岸的农田，灾害的情势，甚于去年的干旱。太湖区域是两浙主要的产米地区，太湖一闹灾荒，两浙的粮食全都失了调剂，来年的饥荒，是可以明显预见的。
苏轼早于七月十五日就首上《浙西七州灾伤状》。他说，今年春夏之交，雨水调匀，浙人举债播种，力事农作，原来希望今岁能够丰收，弥补去年的灾荒。不料一场淫雨风涛，全部冲光。他叫将官刘季孙往苏州沿路勘访，不单是豪雨成灾，又多大风，鼓动潮浪，冲坏堤堰，水势泛滥的范围一扩大，就更不可收拾了。湖州水入城中，民家浸水尺余，受灾更重。转运判官张璹自常、润回来，亲见吴江、平望、八尺间，合家田苗没在深水底里，父子聚哭的惨象。
继说：“救灾恤患，尤当在早，救之于未饥时，用物约而所及广。”何况，“去年之灾，如人初病；今岁之灾，如病再发。病状虽同，气力衰耗，恐难再持”。所以他请求朝廷行下户部及本路转运提刑、两路钤辖司及早相度准备，于秋冬间不惜高价，多籴常平米，以便明年平籴救荒。
十日后，即七月二十五日，续上第二状。
盖因拜发第一状后不过六天，忽又风雨大作，一连数日，昼夜不停。苏轼于风雨声中，绕室彷徨，恍如眼见州民男妇老幼在一片汪洋中，被狂风豪雨所摧残，老百姓的产业和作物，被大水所吞没，一阵阵战栗呼号的声音似从耳边响起，他推窗望雨，忧心如焚，不管前状之发，不过数日，忍不住于七月二十五日，又挑灯夜起，手写第二状，如言：
前乞下户部及本路提转钤辖司相度，未蒙施行。本月廿一至廿三日，昼夜大风雨；二十四日雨稍止，至夜复大雨。料苏、湖等州风涛所损，必加于前，若不早作擘划，必有流殍之忧。如这类事，在后来台谏官的弹章中，指他虚报灾情，都是罪状。
苏轼一面奏报朝廷，一面再以私人名义，分函有关地方监司守令，劝他们广籴备灾，合议救灾方策，等等。如《寄新任秀州太守胡深父书》云：
浙西数郡，例被霪雨飓风之患，而秀之官吏，独以为无灾，以故纷纷至此。公下车，倍加绥抚，不惜高价广籴，以为嗣岁之备。宪司行文，欲收籴米，此最良策，而榷户专斗所不乐，故妄造言语，聪明所照，必不摇也。救灾恤伤，提刑司是主管单位。当时两浙提刑马瑊（中玉）初自淮南路调来，苏轼迫不及待，要和他觌面商讨。函招不至，他只好写信给他的老朋友越州太守钱勰，代他促驾。书言：
浙西诸郡，水潦既甚，而七月二十一、二、三三日，大雨暴风，几至扫尽。灾伤既不减去岁，而常平之备已空，此忧在仆与中玉。事有当面议，不可以尺书尽者，屡以此意招之，绝不蒙留意云。冬初方过浙西，虽子功旦夕到，然此大事，得聚议乃济，数舍之劳，譬如来一看潮，亦自佳事。试告公以此意劝之，勿云仆言也。事隔一个月后，灾势已成，缺粮的情形已很严重，价亦高涨，九月初七始奉旨将此案交由都省关牒本路转运提刑司相度施行。
苏轼焦急不堪，认为现在再从调查开始，时已不及，而且事情交到这班本位主义的官僚手里，调查也不会确实，上状力争说：
……深恐转运司官吏，职在供馈，所有宽减额斛，难于自言，伏乞圣明以一方生灵为心，决自圣意，指挥三省更不下有司往复勘当施行。苏轼先在本州价购粮米，历时一月，无人赴仓卖米；原想提高收购价格，却怕刺激粮价上涨，而且进价太高，官本遂重，明年出籴为难。所以唯一希望，只能请求朝廷，准向年成丰熟的近便州军购粮五十万石，储为明年平籴救济之用。此项购粮的经费，则可以从本路常平钱项下拨偿。
——这第二状（相度准备赈济第二状），是九月十七日拜发的。
四天后的二十一日，续上第三状，控告提刑司吝惜两三钱，不肯遍行公文，禁止抑价收购。抑价收购，必然买不到米，他举例说：指挥杭州依旧作斗米七十文收籴，亦不过籴得三万余石，其余辖属诸郡，也不敢有违，闻得苏、秀出米地方，现今不过籴得二三万石。照此情形，本区收购存粮，现在已经不易，务请诏下于收成好的近便州军籴买五十万石，储备救济来年饥荒之用。
到元祐五年（1090）的十一月间，苏轼七月间所上浙西七州灾伤状才蒙圣旨行下，令发运司兑拨钱一百万贯，趁时籴买斛斗封桩，准备移用，余依所奏施行。然而，发运司官吏奏称：淮南江东，米价高昂，不肯收籴。苏轼痛心疾首地叫喊道：“使圣主已行之命顿成空言，饥民待哺之心，中途失望。”（《再乞发运司应副浙西米状》）但是官僚政治的本位主义牢不可破，再怎样力竭声嘶地呼吁，也是徒然。