宋朝制度，知州对于辖属寺庙，有绝大的监管权力，也负有处理寺庙重大事务的责任，苏轼对于甄选僧官，颇具魄力。
径山寺的住持僧死了，照该寺祖师成约，后世甲乙轮值，从无例外。苏轼认为继任人应于山门内选用有德者，祖师成约，毫无意义。他便径以知州权力，派僧维琳嗣事。寺庙隐藏多方面的势力，这种破坏传统的举措，很多人不敢做的。起初，部分僧侣心甚不服，啧有烦言，经过一段时间后，心悦维琳的人日益加多，苏轼高兴得叹口气道：“今则大定矣。”（《东坡志林》）
若干年后，苏轼易箦时，临终及送的朋友，只有维琳长老和晚辈钱世雄二人。
九曜分支的南屏山，慧日一峰，巍然独耸，山麓有净慈寺，为五大丛林之一，西湖十景中的“南屏晚钟”即是净慈寺山门外钟楼的钟声。
净慈方丈圆照禅师请丛林中有名的高僧善本法师来为本寺上座，设堂讲经。杭州僧俗，奉事甚谨，他也戒律森严，信众非斋戒沐浴，不敢随便登他的禅堂。苏轼认为他既属禅宗，就不该如此装模作样，注重形式，决定开他一个玩笑。一天，苏轼故意带了伎女闯进他的讲堂。善本见了，自然不免愠形于色，只因他是太守，不便发作。苏轼作《南歌子》一阕，命伎在禅堂上大师面前唱将起来：
师唱谁家曲，宗风嗣阿谁33?借君拍板与门槌，我也逢场作戏莫相疑。溪女方偷眼，山僧莫皱眉。却愁弥勒下生迟，不见老婆三五少年时。佛教中的禅宗，讲究的是明心见性，要在自由解放的精神里，求取心灵的顿悟，不像律宗那样注重戒律的形式。净慈是禅寺，善本是禅师，所以此歌首问袭卢陂长老问延沼禅师语，问他“师唱谁家曲？传承哪家的宗风？”实在有点挖苦的意思。
善本对此，无可奈何，只得为之破颜一笑。于是，苏轼高兴得大嚷道：“今日参破老禅了。”
元祐五年（1090）八月，旨召善本赴京住持皇族家庙的法云寺，杭州的信众认为善本一去，净慈僧俗一定会跟着星散。苏轼认为未必，他就邀约越州的楚明长老来接掌净慈寺。后来事实证明，法众非但未散，反而增多至五千余人。
一个地方长官，每天有堆积如山的案牍待他判行，每天有多少无聊的人事要他应付，苏轼之所以“欲将公事湖中了”，无非要借清净的环境，做冷静的判断。
苏轼暇日，宁愿到西湖群山寺院里，和世俗利害无关的僧侣谈禅说诗，亦不过求取心情轻松，洗涤尘俗而已。
我们不得不承认，他是一个艺术家气质特重的智者，必须在有限范围内，与凡俗隔离，置身于利害得失之外，但却又抱持着一腔入世的热情，与无怨无悔为民服务的真诚。
六 救灾和水利
元祐五年（1090）六月初，苏轼读邸报，知朝廷因各路旱灾，内出手诏两道，广征言事。他便于同月初九日，怀着悲悯的心情，就地方所见病民的弊政，奋笔疾书《应诏论事状》。
他首先说：陛下即位改元，于今五年，已经三出此言。虽圣人不惜罪己，而臣子实不忍闻。因是出守外服，不能尽知朝政，所以只能就亲眼目睹的人民疾苦，州县官吏日夜在做那些伤残人民肌体，离散人民父子，破坏老百姓的生业，为国家敛怨而又毫无裨益国家财用的四事：
一、人民现欠市易被籍纳的产业，朝廷准许给还或收赎，而有司另创籍纳折纳法，使十之八九，不能还赎。
二、积欠盐钱，朝廷已许照产场本价归偿，余俱除放，但提举盐事司官执文害意，谓非贫乏，不在此数。
三、登极大赦前人户以产当酒的欠款，应该只纳官本。
四、元丰四年拣选剔除的上供和买绢，抑勒配卖与民，不住地鞭笞催缴，请依今年四月九日圣旨除放。
状末言：“以上所有四事，伏乞出敕施行，若有一件不如所言，臣甘服罔上误朝之罪。”
不料进呈此状后，经过一百零八天，杳无音讯。苏轼于九月二十七日上状查问，直至六年一月才接到尚书省札子，方知三省并未进呈，甚且说：“不曾承受前状。”事情揭穿后，三省同奉圣旨，令别具呈奏。苏轼于同月九日即上《缴进元祐五年六月应诏所论四事状》，为时已经拖过半年多了。而且，即使这是奉旨补呈之件，仍如石沉大海，渺无下文。
元祐后期的政事，已经颟顸到了这种程度，官僚只会争夺权位，粉饰太平，对于生民的疾苦，不但漠不关心，甚至是他们的忌讳。太后诏求直言的结果，竟然如此，史言“元祐之治”，亦不过尔尔。