宋朝的行政组织，一直沿用五代旧制，以平章事为真宰相，大多是两个席位，别设参知政事，称执政官，则为宰相的副手。
现在，神宗决意改用唐朝的三省制。三省本置侍中、中书令、尚书令，分别统率群僚。但元丰当时，元老耆旧多因反对新法而去，而新政的首领王安石也已退休，剩着一批挂新政招牌，而以招揽政权为实的政客，实在不配当“真相”。所以新定官制，将侍中、中书令、尚书令这三个相位说是官高暂不除人，而以尚书令之副——左右仆射行宰相之事。左仆射兼门下侍郎，行侍中之责；右仆射兼中书侍郎，行中书令之职。废参知政事，置门下、中书二侍郎、尚书左右丞，以代其位。
改定官制这桩大事，于元丰三年九月间定议。神宗自安石去位后，深感继起无人，事事都不成功，非常烦恼，踌躇再三，决意起用司马光，附带起复苏轼。
一日，神宗召集宰辅，举行御前会议。皇帝取出一幅先已准备好的“图子”，交给时在相位的蔡确和王珪。
这“图子”中，御史中丞执政位牌上，贴上“司马光”名；中书舍人翰林学士位牌上，贴名“苏轼”。另有几个因议新政不合而离开中枢的旧臣，各有安置。
神宗皇帝随即论曰：“这几个人，前此立朝，议论虽有不同，然而都是各本所学，忠于朝廷的人，不可永远废弃。现在新官制将付实施，应该新旧人两用。”
并且手指御史中丞衔位上，以坚决的口气说：“这个位置，非司马光不可。”
王珪、蔡确相顾失色，一时无辞可解，只得高声应道：“领德音！”
蔡确退下殿来，兀自喃喃自语道：“这事如何使得。总要想个办法，死马当活马医才好。”43
蔡确的诡计是，“皇上久欲收复灵武，倘然有办法使西边的军事扩大，深入敌人巢穴，假使这事情成功，则皇上转移注意西事，必不再召君实，君实也不会应诏”。
这是一个非常巧妙的阴谋，却是误国的诡计。神宗久苦西夏诛求无厌，不断的骚扰和掠夺，使宋朝民穷财尽，国力日弱，久欲一振天威，以解救沉重的财政负担，确保国家的疆圉。司马光老成持重，决不会赞成发动边衅，进行冒险的战争。所以说，只要迎合上意，挑起这场大火，神宗便不会召司马光，司马光也不会来了。
后来果然如此，蔡确授意知庆州俞充上了一个“平西夏策”，加上西夏内乱有机可乘的借口，第二年四月，神宗就诏熙河经制李宪等各路军马进讨西夏了。司马光未召，苏轼等人也都被搁下来了。
苏辙《龙川别志》记述此事甚详，所下的结论则是：“自是西师入讨，夷夏被害，死者无算，新州之命（蔡确流放新州），则此报也。”44
至元丰四年（1081）十月间，改定官制即将颁布施行，神宗召集执政重臣至天章阁，商议“官制除目”的大事。先由执政进呈三省印，神宗说：“从前是由金铸的，现在御宝金铸，这可用镀金的。”继由执政进呈预先拟好的“除目”（任官名单），请求核定。
这次会议中书检正官王震（王巩的六侄）和吴雍均被召与会，担任纪录。神宗看了执政所拟的“除目”，谕曰：
“三省密院官，暂时搁一下。”
于是从吏部以下讨论起，议到太常少卿，帝曰：
“这一职位，必须慎择妥人。”以前执政屡有推荐，都不合上意，所以帝谕如此。续议礼部郎中，神宗说：
“此南宫舍人，非其他曹官可比，可除刘挚。”
论到著作郎，神宗说：“此非苏轼不可。”
众人无言，过了一会儿，神宗打破沉默道：
“想到了，太常少卿可除范纯仁。”
议毕，皇帝面色严重地宣谕道：
“朕与高遵裕约定，当于某日下灵武，等他捷报到来，必须大事庆赏，其时官制可行，除目可下。”
同时告诫在场诸人，绝对保密：“外人如有知此消息，定是卿等几人所泄漏，都须负责。”又命执政严戒王震、吴雍守秘。45
高遵裕是环庆经略，他在庆州打败了西夏，又与刘昌祚合兵在距灵州百里之地，对来袭的虏军，打过一次胜仗，一路所向无敌，直薄灵州，报称指日可下，所以神宗有此期待。
不料高遵裕灵武之师，久围不下，反被西夏人决黄河之水直灌营地，十几万大军生还者不到万人，几乎是全军覆灭，高遵裕与神宗相约的捷报和神宗预备的庆赏，皆成虚愿。