对斯大林来说，更麻烦的不是病痛，而是他和娜佳之间与日俱增的紧张关系，他们之间怨气的激增总会打断一段时间的平静。娜佳和孩子们会陪他在南方度假，要是她由于某些原因不能同往的话，两个人就会相互通信。[39]自从娜佳开始在工业学院上学后，通常情况下就不能与斯大林一起去南方，因为每个学期开始时，正是斯大林休年假的时候。他们的通信充满甜言蜜语，他叫她塔特卡（Tatka），她叫他约瑟夫。她时时刻刻挂念着他：“我请求你照顾好自己，让我深深地吻你，就像当初分别时你吻我一样。”[40]娜佳也会代表斯大林给他的母亲写信，告诉她孩子们的近况以及他们在莫斯科生活中的琐事。斯大林对政治事务太专注了，所以他自己很少给格鲁吉亚写信，多年来几乎不过问亲戚的事情。通常情况下，他给母亲的信简略到极致，总是以“祝你活一千年”这类词语作为结尾。[41]可以说，娜佳全心全意地对待他，但从没有从他那里得到她所渴望的赞赏和理解。
斯大林的无情挫伤了娜佳，一连串的事件让她悲观失望，使其精神状况不断恶化。或许，斯大林与其他女性调情对这些矛盾的激化起了一定作用。他在政治局的秘书是一位名叫塔玛拉·哈扎诺娃（TamaraKhazanova）的漂亮女士，也是娜佳的朋友，时常到他们在克里姆林宫的公寓来，帮助他们照顾孩子。有些时候，看起来好像斯大林喜欢上了她，并在纠缠她。[42]
目睹这种情况，娜佳的情绪不断低落，暗自伤神，变得忧郁起来。她在给约瑟夫第一任妻子的姐姐、其好友玛利亚·斯瓦尼泽的信中写道：
你说你感到厌烦、无聊，亲爱的，你知道，我何尝不是这样。在莫斯科，我绝对和任何人都没有关系。这么多年来我竟然没有一个亲密的朋友，这看起来有些奇怪，这显然取决于一个人的性格。而且，我感到自己与不是党员的妇女更亲密些，这也很奇怪，但显然是因为这些人更加简单些。
对于再次被新的家庭事务束缚，我深感后悔。现在，这并不是一件容易事，主要是由于许多奇怪的新偏见。如果我们不去工作的话，就会被人看成是“老妇人”。[43]
这里的“新的家庭事务”，是娜佳对自己最近怀孕的一种奇怪的说法。由于怀孕，她不得不推迟获得职业资格的时间，但她还是坚持参加一些培训课程。她告诉玛利亚要持这种态度，否则，只会将光阴虚度在为别人打杂上。[44]
对于腹中的孩子，娜佳翘首以盼。在她的盼望中，1926年2月28日，女儿呱呱坠地，他们为这个女孩取名斯维特兰娜。但是，娜佳仍然决定要将自己从家庭事务中解放出来。1929年秋天，她进入位于莫斯科中部的工业学院学习，专业是人造纤维。
每天早晨，娜佳早早离开克里姆林宫，前往工业学院上学。她将所有的特权抛在脑后，并离开了那个中年人居多的环境，加入到她这个年龄的圈子里来。大多数同学都没有意识到娜佳·阿利卢耶娃是党的总书记的妻子，即使他们知道了，也没有以异样的方式对待她。娜佳每天上学放学，都没有司机接送，也没有侍卫保护，而是和她的同学乘坐同样的交通工具。1929年9月12日，她给约瑟夫写信，描述了那段单调乏味的路程。她说：
可以说自从数学考试取得好成绩之后，事情都在逐渐好转，但总起来看，每件事情都不那么顺利。确切地讲，我每天9点都要到达工业学院，因此，我8点半就必须离开家。有一天，有轨电车竟然坏了，我就开始等公交车，但等了半天也没等到。为了上学不迟到，我决定打辆出租车。让我颇受打击的是，我刚上了出租车，刚走了只有100码，它也停了下来，因为车坏了。[45]
她对所有事情的要求都很高，经常烦恼不已。她要确保斯大林能够了解普通城市居民在生活上所面临的问题。[46]
甚至约瑟夫自己有时也会遇到这种不愉快的事情。20世纪20年代晚期，有一次，他和莫洛托夫由于处理一些事情而走在克里姆林宫外，接下来发生的事情，让莫洛托夫终生难忘：
记得当时暴风雪袭来，积雪成堆，我和斯大林没带警卫，一起穿过马涅斯广场。他穿着皮大衣和长靴，戴着一顶带耳暖的帽子，没人认出他是谁。突然，一名乞丐拉着我们说道：“好心的先生，给我些钱吧！”斯大林手伸进兜里，掏出来一张10卢布的钞票，交到了他手里，然后我们继续赶路。但是，这名乞丐在我们身后喊道：“你这个该死的资本家！”他的行为逗得斯大林大笑道：“试着去理解我们的人民吧。如果你给予他们的东西少，那就很糟糕。如果你给他们的东西多，那也不是什么好事！”[47]