第二步，直接督导和控制各级党部“改造委员会”进行改造。首先，“中央改造委员会”制定各处组委的《组织规程》，精减人事，强化核心，并成立“中央改造委员会”区党部，16名“中央改造委员”均编入小组。同时，制定《国民党直属机关区党部设置办法》，把“中央改造委员会”、“总统府”、“立法院”、“司法院”、“考试院”、“监察院”和“革命实践研究院”等，分别编入第一至第九区党部，负责实施中央各部门党的改造。其次，逐级委派“改造员”，组织各级党部改造的领导机构。“中央改造委员会”直接委派台湾省党部“改造委员”，省“改造委员会”又指派县（市）党部“改造委员”。至1951年3月，国民党各级党部“改造委员会”全部成立，组织实施各级组织的全面改造。再次，“中央改造委员会”在台湾大学等六所高校设置“知识青年党部改造委员会”，并组建航业、铁路、公路、工矿职业党部“改造委员会”，还派郑彦棻赴南美、东南亚等地督导海外党部的改造。各级党部“改造委员会”按照组织规程，分别于1951年9月前完成了“举办讲习”、“扩大宣传”、“发动党员归队”、“厉行党员整肃”等项工作。
第三步，发展组织，正式组建党部。在整肃的基础上，吸收新党员，加强党员训练，正式成立台湾省、县（市）、区各级党部。至1952年4月，国民党在台湾普遍建立起包括省党部在内的各级党部，标志着国民党改造实施阶段的结束。
整个实施阶段的国民党“改造”，涉及思想组织、制度、纪律、作风等各个方面，其中主要有以下几方面。
第一，确立国民党的“本质属性”。蒋介石认为，自“行宪”以来，国民党固有属性已发生蜕变，“本党组织涣散，纪律废弛，尚不及一个普通政党”。原因在于党员的“党性”观念淡薄，放弃了国民党的“传统精神”。故此，国民党“改造”首先解决的问题是，重新确立国民党所谓“革命民主政党的性质”。它的含义有三方面：其一，意在经过改造“形成一个革命民主政党”，在“大敌当前”、“国本动摇”之时，能以其组织和精神维护“民主宪政”的基础。其二，清除党内“革命党销”的意识，加强“革命民主政党”的组织权能，实践“五权宪法精神”。其三，依靠“革命民主政党”，继续实行“三民主义的国民革命”。实质是强化国民党的思想和组织功能，把台湾政治纳入国民党专制轨道。
第二，重建国民党组织。大陆时期，国民党的组织混乱庞杂。退台初期，组织系统涣散瓦解，党部多、党员少。改造中，国民党吸取过去的教训，尤其注意组织的整顿与重建。重新修订组织章程。较过去有重大变化的是，在组织基础方面，确定“以青年知识分子及农工生产者等广大劳动群众为社会基础，结合其他爱国的革命知识分子为党的构成分子”；在组织原则方面，规定采取“民主集权制”，由选举产生干部，“以讨论决定政策”，“个人服从组织，组织决定一切”，“少数服从多数，下级服从上级”；在组织系统方面，设立中央、省、县（市）、区委员会和小组各级组织，“小组为党的基本组织”，县以下组织不公开；在党的作风方面，规定“破除派系成见，戒绝相互倾轧之恶习”，以“彻底改革过去之错误作风”。国民党以限期登记方式迫使原有党员“归队”，规定从1951年3月14日到23日，以20天期限重新登记党员，使因战乱和退台而脱离组织的党员，一律加入组织。凡在限期内未参加党员归队者，一律撤销党籍。克服过去“组织路线偏差”，在民间“吸收新党员”，改变国民党的组织成分和社会基础。据“中央改造委员会”1952年8月的统计，国民党的构成中，“农工分子”占49.31%，高中以上“知识分子”占29.77%，25岁以下青年占35.29%，台籍党员人数明显增加。国民党以小组为基本单位对党员实行编组，将“党员纳入组织”，规定党员必须参加小组，其党籍方能有效。同时，实施党员“教育训练”，国民党“高中级干部”由“革命实践研究院”训练；“基层干部”则举行“巡回训练”；党员由小组“教育训练”，使其能“负荷击溃共产党与建设现代化的中国双重使命”。