第三，整饬“党纪党德”。规定原有党员凡有下列情形之一者，予以彻底整肃：“有叛国通敌之行为者”；“有跨党变节之行为者”；“劣迹显著者”；“放弃职守，不负责任者”；“信仰动摇，工作弛废者”；“作不正当经营，以取暴利为目的者”。整肃采取检举、审议、核定、制裁的程序进行。党员整肃由小组进行，“查明事实，与被检举人谈话，可提出申辩”，并将检举书、答辩书与调查报告，逐级呈转“中央改造委员会”核定；干部的检肃由其任职之“改造委员会”或区党部及小组办理，“即由下而上，复可由上而下进行整肃”，借以重整“风纪”，淘汰“腐恶”分子，清除异己势力，调整国民党“阵容”。仅以国民党中央党部为例，第六届全部中央执行、监察委员589人中，除六人死亡和296人迁台“归队”外，其余均被开除党籍。“中央改造委员会”成立一年所制裁的“党员违纪案”计126人，其中有116人被开除党籍。
第四，制定“党务制度”。结合改造，国民党制定了一系列关于政治、思想和组织制度，其中最重要的有两个：一个是“干部制度”。规定国民党各级干部要改正“侧重个人领导的旧作风”，实行“原则领导、一元领导和民主领导的新作风”，“领袖采行干部的集体决议”，“干部贯彻领袖的意志”，“以组织决定政策，以政策领导政治”。据此，订立了一系列有关“干部分子”甄选考训的政策措施。根本用意在于，一切“干部分子”皆由国民党组织选拔，保证为国民党尽忠效命。另一个是“党政关系制度”。1951年2月28日，“中央改造委员会”通过《中国国民党党政关系大纲》。规定改变过去“党直接领导政府”的方式，实行“依主义制定政策”。透过“民意机关及在政府服务之党员，依法定程序构成法令及政令”。“党对于政府及民意机关中服务之党员，应从政策上领导，而不得对其法定职权予以干涉”。但又规定，在“中央民意机构”中建立党团或党部，在政府机构中建立政治综合小组。凡是“自行决定之政策，必先通过党团组织”，“政府决策有关问题，均须提政治小组讨论”，“以增进党政联系并谋贯彻本党有关政治决策诸问题”。实际上是以国民党政治控制政府系统的民意机构，实现“以党治国”。
第五，推行“反共抗俄”总动员运动。以国民党的“党务改造”，带动经济改造、社会改造、文化改造和政治改造。调节国民党的工作，扩大“党员实践运动”，去调整和稳定经济，安定社会，强化反共思想教育，实施“地方自治”，以实现所谓“总动员目标”。
在这期间，蒋介石就国民党的改造问题作了多次讲话。1951年2月1日，他在全体“改造委员”及各组会正副主管会上作了题为《高级干部同志应有的责任》的讲话。蒋介石说：“本党改造委员会自去年八月五日成立以来，至今已快满五个月；在这五个月间，由于各位委员及本会工作同志的热心努力，党的改造工作，在各方面都有适当的进步，使本党呈现一种新的气象和新的精神，这是很可以自慰的。”接着，蒋介石把话转到另外一个角度，认为“因为党员对本党改造期望过于殷切，即使大家已经尽到了个人的心力，而在一般党员的立场看来，仍然觉得不够，因此对本会的工作不免有所批评”。蒋介石借所谓“觉得不够”、“有所批评”，提出国民党存在的问题：“（一）精神方面——同志间在心理上、精神上，似未能彻底自我改造，以致门户派系之间的言词与措施仍未完全消失……（二）认识方面——过去党员入党之后，不予组训，任其游离涣散，乃本党失败之一大原因。此次改造，虽已认识基层组织之重要，力求改进；但仍有不少同志，对党的组织、法规、环境、作风及其责任等，还是不甚明了的样子。至于积极奋斗，深入民间，加强基层，为党和党员服务；进而领导民众，贯彻本党主义的程度，更是相差甚远。（三）组织方面——（甲）‘中央改造委员会’所订各项规章法案，较过去已有改进，但仍有若干须待进一步之补充……（乙）在台无职中委……应准其先行编入中央党部直属区党部；其分散在其他各县市省者，则纳入各县市党部区域小组。（四）作风方面——若干同志认为中央党部仍犯‘坐而言不能起而行’之旧习，作风未改，态度消极。甚至谓党部自改造以来，仅忙于‘造屋’‘聚餐’，别无成就……现一般同志均希望党部改造以后，一切有规律，有朝气；更希望同志之间，比政府更能合作，更能刻苦，更有表现。”[11]