没过多久，开始传来互相矛盾的战局消息。政府承认叛乱在扩大，但马孔多的军官们却得到内部消息称和议即将达成。四月初,一位特使出现在赫里内勒多·马尔克斯上校面前。特使向他证实，党的领导人确实已经与内陆的起义军取得联系，即将议定停战协定，以此为自由党换取三个部长职位、国会里的少数席位以及对所有放下武器的起义者的大赦。特使同时带来了奥雷里亚诺·布恩迪亚上校的绝密命令，他在命令中表明不赞同停战协定，赫里内勒多·马尔克斯上校应当选出五名最好的手下，作好准备带他们离开国境。命令执行得极其隐秘。协定公布一个星期前，正当彼此矛盾的传言四起的时候，奥雷里亚诺·布恩迪亚上校带领包括罗格·卡尔尼塞罗上校在内的十名亲信军官，夜半时分暗中潜入马孔多，遣散驻军，埋掉武器，毁去文件。天亮时，他们已经和赫里内勒多·马尔克斯上校及其手下五名军官一起离开镇子。这次行动迅速又隐秘，连乌尔苏拉都直到最后一刻才知情，那时有人轻轻敲响她卧室的窗户，低声道：
“如果您想看一眼奥雷里亚诺·布恩迪亚上校，现在就去门口。”乌尔苏拉跳下床，穿着睡衣出了门，只隐隐望见一小队骑手在无声的尘烟中离开镇子。到了第二天，她才知道奥雷里亚诺·何塞也随他父亲去了。
政府与反对党发布联合声明宣告停战，十天后传来消息说奥雷里亚诺·布恩迪亚上校在西部边境发动了第一场武装起义。他那支人员不足、装备低劣的部队不到一个星期就被击溃。但在这一年，当自由党人和保守党人试图使国人相信和解已经达成，他又组织了另外七次起义。一晚，他从一条纵帆船上炮轰里奥阿查，守军将当地最知名的十四个自由党人从床上拖出来枪决以示报复。他曾占领一处边界关卡半个多月，从那里通电全国宣告发动全面战争。他曾在一次远征中迷失于雨林三个月，异想天开地试图穿越一千五百多公里的原始森林直捣首都近郊。还有一次，他距马孔多不到二十公里，却在政府军巡逻队的威逼下退到山区，趋近他父亲多年前发现西班牙大帆船残骸的着魔之地。
比西塔西翁在那段时间去世。她因为对失眠症的恐惧放弃王位，最后得偿所愿，安详离世。她的遗愿是起出埋藏在她床下二十多年的积蓄，寄给奥雷里亚诺·布恩迪亚上校继续战斗。乌尔苏拉并未取出这笔钱，因为那时四处传言奥雷里亚诺·布恩迪亚上校已经死于一次在省城附近的登陆行动中。人们相信了官方通告——那已是不到两年内的第四份——因为六个月里再没有听到他的任何消息。当乌尔苏拉和阿玛兰妲旧丧未除又添新丧，意料之外的消息突然传来。奥雷里亚诺·布恩迪亚上校还活着，但似乎已放弃对本国政府的侵扰，加入了加勒比海其他共和国胜利在望的联邦派军队。他以不同的名字活动，离祖国日益遥远。日后人们将会知道，当时的他一心想要联合中美洲各地的联邦派力量，横扫从阿拉斯加到巴塔哥尼亚的一切保守党政权。他离去几年后，乌尔苏拉第一次收到他的亲笔信，那封信寄自古巴的圣地亚哥，经过多人辗转传递已经皱皱巴巴、字迹模糊。
“我们永远失去他了，”乌尔苏拉感叹道，“这样下去他就得在世界尽头过圣诞了。”
听她说这话的人，也是她对其出示信件的第一个人，是保守党将军何塞·拉克尔·蒙卡达，战后马孔多的市长。“这个奥雷里亚诺，”蒙卡达将军说，“真可惜他不是保守党。”他的敬佩出自真心。像许多保守党人一样，何塞·拉克尔·蒙卡达为了捍卫自己的党派才参战，并在战场上获得了将军的头衔，但他无意成为职业军人。恰恰相反，他和党内许多同道一样，是反军事主义者。在他看来，军人都是些没有原则的懒虫、野心勃勃的阴谋家，惯于欺压平民乱中牟利。他聪明和善，性格开朗，胃口好，爱斗鸡，一度成为奥雷里亚诺·布恩迪亚上校最可怕的对手。他在沿海广阔区域内的职业军人中建立了自己的权威。曾有一次，他出于战略考虑被迫放弃一座据点让奥雷里亚诺·布恩迪亚上校的军队占领，同时留下了两封信。其中一封很长，他在信中邀请对手共同努力促使战争更人道。另一封写给他身陷自由派占领区的妻子，他请求将信送给她。从那以后，即使在战事最激烈的时期，两位指挥官仍会达成暂时休战的协定来互换战俘。那些战事间歇期洋溢着节庆气息，蒙卡达将军有了机会教奥雷里亚诺·布恩迪亚上校下象棋。他们成了好友。他们甚至考虑过这种可能性：团结两党的民众力量，肃清军人和职业政客的流毒，建立一个汲取了两党理论思想精华的人道主义政府。战争结束后，奥雷里亚诺·布恩迪亚上校铤而走险，不断起事，而蒙卡达将军被任命为马孔多的里正。他脱下军装，以不带武器的警察取代士兵，实行大赦法令，并救助一些阵亡自由党人的家属。他成功让马孔多提升为市，也因此当了第一任市长。他营造出安定的氛围，令战争成为昔日荒诞的噩梦。尼卡诺尔神甫被肝病高热折磨得奄奄一息，已由科罗奈尔神甫取代，后者被人称作“新手”，是第一次联邦战争中的老兵。布鲁诺·克雷斯皮与安帕萝·摩斯科特结了婚，他的玩具乐器店生意蒸蒸日上。他盖了一座剧院，成为许多西班牙剧团的巡演站点。那是一座宏伟的露天大厅，配有木制靠背椅，饰以古希腊面具的天鹅绒大幕。三个售票窗造成狮头形状，从大张的狮口出售戏票。学校也在那一时期重建，由堂梅尔乔·埃斯卡洛纳负责，他是一位从大泽区派来的老教师，让不用功的学生在院中石灰地面上跪着行走，让言语放肆的学生吃辣椒，家长们对此十分满意。奥雷里亚诺第二和何塞·阿尔卡蒂奥第二，桑塔索菲亚·德拉·彼达这对任性的双胞胎儿子，是第一批带着小黑板、粉笔和标有名字的小铝壶坐到教室里的学生。蕾梅黛丝遗传了母亲的美貌，开始被称为美人儿蕾梅黛丝。尽管时光流逝，丧事接二连三，苦痛不断增添，乌尔苏拉却并不显衰老。在桑塔索菲亚·德拉·彼达的帮助下，她将自己的甜食生意推上新的高峰，不仅在短短几年内挣回了儿子消耗于战争中的资财，还用纯金塞满了一个个葫芦埋在卧室里。“只要上帝还让我活着，”她时常这样说，“这个净出疯子的家里就缺不了钱。”就在这时候，奥雷里亚诺·何塞从尼加拉瓜联邦派军队里开了小差，跑到一艘德国船上当水手，最后出现在家中的厨房里。他壮实如马，肤色黝黑，头发浓密，像个印第安人。他怀着秘密的目的回来，一心要和阿玛兰妲结婚。