如此忠勇的孙坚为什么半道撤了兵，三国演义中写到因为孙坚在洛阳城中得到了汉朝的传国玉玺，起了私心后退兵，并因此结怨于袁绍刘表。其实，这个说法并不是公认的结论。陈寿在三国志中虽然如此记载，但裴松之在他的注解中对此表示了有根据的怀疑。陈寿编纂三国志时参考了各国史官的记录，玉玺一段是从吴人的纪录中抄来的。裴松之认为，这很有可能是吴人为了表示自己为正统而杜撰的。把孙坚退兵的原因归于玉玺不太可信，至少是太片面。然而有一点，虽然三国演义不曾提及却是白纸黑字为历代史家所公认的，就是和曹操一样，孙坚看到诸侯的内讧后心灰意懒。
原来，孙坚在前方奋战的同时，后方的联盟已经乱了套。初平二年七月，袁绍听从了谋士逢纪的策略，兵不血刃地从韩馥手里夺取了冀州。前后一系列的运作，大体和三国演义中所描写的相符，只不过没有杀死公孙越的一段。战术上堪称高明，但战略上呢？董卓劫持小皇帝胡来，如今你这个盟主又带头向盟友下黑手，诸侯们这下子都明白了，什么狗屁联盟，狗屁盟主！于是这个联盟彻底破灭，代之而来得则是"关东州郡，务相兼并以自强大"，人不为己，天诛地灭！孙坚攻击董卓时依附于袁术(提供军粮)并以豫州为后盾。袁绍袁术兄弟翻脸后(兄弟翻脸似乎是袁家的基因)袁绍另外派人为豫州刺史，引兵攻打豫州，明目张胆地要给孙坚来个釜底抽薪。孙坚听说后仰天长叹，泪如雨下：“不是为了匡扶社稷而同举义兵吗，如今逆贼董卓屡战屡败覆灭在即而他们为什么胡来！我又能和谁同心尽力！”无可奈何之下，回师先打败袁绍的豫州刺史。此后孙坚不再有，也没法再有任何讨伐董卓的劲头。在此一战中，公孙瓒的弟弟公孙越作为袁术的部将被派来帮孙坚的忙，却中流矢而亡。公孙瓒因此迁怒于袁绍，两家结怨。
从此后，各地诸侯之间是真正的混战。势力最大的袁家也分裂成两派，袁绍袁术哥俩势如水火。袁绍是长子，但却是庶出，小老婆生的；袁术则是嫡出，哥俩都有看不起对方的理由。袁术看到天下的豪杰仰慕袁家的名声，却大多投靠了袁绍后大为吃醋，鼓动公孙瓒进攻袁绍，又派孙坚进攻和袁绍关系密切的刘表。刘表的将领黄祖哪里是孙坚的对手？然而，孙坚大胜之余乐极生悲，追击中反而一不小心被射死了。界桥一战，原来颇占优势的公孙瓒又被袁绍打败，袁术气得两眼发直也毫无办法，从此再也不能把刘表袁绍怎么样。,
这个讨伐董卓的联盟乱成一锅粥，名亡实亡的时候，长安那边却传来了好消息，董卓死了！
董卓离开洛阳后，并没有立即前往长安，而是抵抗了一番孙坚的进攻，直到初平二年四月才亲赴长安。董卓不在的一段时间(大约一年)长安的朝政由司徒王允主持。王允为人不漏锋芒，处事得体，虽然暗中为东汉的朝廷考虑表面上对董太师却相当恭敬，因此深得信任。董卓到长安后把他在洛阳的那一套倒行逆施完整copy到了长安，又大搞裙带关系任人唯亲。在洛阳时，他还能装模作样地礼贤下士，自己的亲属也没有人担任要职。大概诸侯的反叛让他觉得别人都无法信任了吧，就把自己的弟弟侄子安插在要害官职上。自己的车驾服饰有如天子，也不上朝，把大小公卿都叫到自己府上“上朝”。又建造了鹛坞，高厚都有七丈，并且在里面储存了足够三十年吃的粮食，号称：“若不能雄据天下，就躲到里面去养老。”嘿嘿，作三十年缩头乌龟的打算都有了，还谈什么雄据天下？
董卓也知道自己不得人心，也曾因此遇刺，于是就以弓马过人，恩若父子的吕布为保镖。可董卓为人偏激，曾经因为一点小过失对吕布大发雷霆，拔出手戟随手就扔了过去。吕布身手敏捷地避开后，两人都觉得太过分，互相道歉。然而，这件事不可避免地给吕布心中留下了阴影。吕布又和董卓的侍女私通，一直担心被发觉。诚惶诚恐之际，看到王允一副长者的模样，就把心中的忧虑以及差点被董卓杀掉的事情相告。暗中一直在算计董卓的王允怎能放过这个机会，不失时机地将自己的计划全盘相告，并极力劝说吕布入伙作内应，并称：“君自姓吕，本非骨肉。今忧死不暇，何谓父子？掷戟之时，岂有父子情邪！”吕布终于答应。就这样，董卓最信任的两个人一同开始了诛杀董卓的密谋。初平三年（公元192年）四月，董卓到长安后整整一年，王允吕布终于找到了下手的机会。当时十一二岁的汉献帝小病初愈，于是群臣进宫朝贺。董卓并不曾放松警惕，三步一岗五步一哨地前往宫中。然而，这些岗哨中夹杂了吕布安排的勇士十几人，专门“伺候”董卓。董卓一入宫门，就被吕布的老乡骑都尉李肃刺中了胳膊。董卓受了伤，掉下车后还在捞最后一根稻草：“吕布何在？”吕布应声而出：“有诏讨贼！”董卓这才明白，他的好儿子吕布，早就背叛了他！死到临头，估计他用尽世界上最恶毒的言语破口大骂后，被斩首。吕布立即取出诏书，声称但除元凶，从党不问。于是士卒欢呼百姓歌舞，长安城中大家都相聚痛饮庆祝董卓的败亡。皇甫嵩等人查抄了鹛坞，将董卓灭族后从中搜出黄金二三万斤，白银八九万斤，其余的奇珍异宝不计其数。显赫一时的董太师，就这样永远地退出了历史舞台。