李催进城后，放纵士兵劫掠，长安军民死者上万。董卓的部下，除了当强盗似乎什么也不会。俘获王允后虽然对他恨之入骨，但因为王允还有两个心腹在外领兵，没敢轻举妄动，而是先以朝廷的名义征调二人进长安。这两个家伙偏偏迂腐懦弱，明知是火坑，看看调令上面朝廷的大印却不敢不向下跳(曹操挟天子以令诸侯的灵感，由此而来吧)。这下子李催郭汜不再有任何顾忌，三个人一起掉了脑袋。从此后，李催郭汜等人把持了朝政。
从初平三年四月到六月，王允吕布仅仅支撑了两个月就失败了。如此短命，有不少人将他们失败的原因归于贾诩的“馊主意”，其实这么看实在是太抬举贾文和了。李催郭汜听从贾诩的“馊主意”起兵时手下仅仅有几千人马，杀到长安城下时却有了十万大军。陈留颖川到长安的一路上居然扩军几十倍，遇到的各种武装全都投靠了叛军，还不能说明问题吗？董卓覆灭后，如何处理他的余部成为当务之急，但王允吕布对此是剿是抚左右不定。这样的沉默，只能引起更大的恐慌。张口闭口又是“小兔崽子”，对于心有余悸的董卓余部，完全是一副官逼民反的态度。困兽犹斗，何况李催郭汜本来就是虎狼之徒？那十万大军并非李催郭汜的本部人马，全都是路上“捡”来的。试想，如果王允应对有方，事先做些安排，只要能让那十万人马保持中立，或能召集其中一部为己用，就凭几千士兵李催郭汜又焉能围攻长安？来了也只能落得一个贾诩所说的先兵败后逃亡的下场。贾诩的主意只是个trigger，真正的原因还是因为王允吕布未能妥善处理各种各样的火药桶，才会有后来一触即爆不可收拾的局面。王允诛灭董卓，忠于朝廷，为人刚正，都是应予肯定的。但刚愎自用，一意孤行，做事僵硬而不讲灵活性，终究不是能够驾驭这个乱世的人。
长安城中的兵荒马乱终于告一段落。原来的大臣们有的乱军中战死，有的被李郭杀害，有的四处逃亡，李催郭汜就任命百官，另建一个朝廷。李催当上了车骑将军，郭汜后将军，樊稠右将军，张济骠骑将军，个个封候拜将。李郭樊三人在长安把持朝政，张济屯兵弘农，防止关东的诸侯们趁机反扑。关东的诸侯们要是还惦记着这帮豺狼，能放过董卓被杀的机会对他们左右夹攻吗？吊民伐罪的"义兵"当然是没等来，但出乎意料，他们却等来了朝贡的使者。
初平二年袁绍巧取韩馥的冀州后，鲍信就对曹操说：“袁绍身为盟主，却这样见利忘义，早晚会出乱子，简直又是一个董卓。我们的力量还不足以讨伐他，只能暂时躲避。这样的人最好离远点，先到黄河以南找个地方安身，静观其变。”正好东郡爆发了农民起义，当地官员束手无策，曹操就引兵入东郡镇压。表面上，曹操仍然和袁绍表示友好，袁绍也推荐曹操担任东郡太守。曹操有了一块自己的地盘后，就开始招兵买马，扩充实力，东征西讨。初平三年四月，正当王允吕布密谋诛杀董卓时，青州的黄巾起义军进攻兖州，刺史刘岱前往镇压时兵败身死。兖州群龙无首，又要面对号称百万的黄巾起义军，顿时人心惶惶。陈宫当时是曹操的部下，自告奋勇地前去游说兖州的治中别驾等要员，说东郡太守曹操是当时豪杰，如果请他来治理兖州定能平定叛乱。于是，曹操担任了兖州牧并进兵镇压黄巾军。孟德果然不负众望，虽然初战时寡不敌众(黄巾军号称百万，而曹操手下大多是没有战斗力的新兵，人数也相当少)，但曹操鼓励士卒，严明赏罚，设计定谋，积小胜为大胜终于扭转战局。到当年十二月，曹操打败并迫降了这股黄巾军，得"戍卒三十万，男女百万口"(注1)。曹操挑选其中的精锐，组成青州兵，后来成为曹操军事力量的骨干。这一战，曹操收获巨大。首先，有了一片根据地，舒舒服服地得了个兖州牧的头衔；其次，组织了一支精锐的军事力量，虽然数量不会很多(兖州一地绝对养不了三十万兵)；第三，获得了"男女百万口"。在当时军阀混战民不聊生的时候，洛阳长安都一度方圆几百里鸡犬不留，到处是有地没人耕的情况下，这些劳动力就显得十分珍贵，后来成为曹操屯田的物质基础。唯一美中不足的是，曹操的好友鲍信战死。
曹操在兖州逐渐站稳脚根后，手下的谋士毛介就向他提出了利用挟天子以令诸侯的初步设想："现在天下分崩，社稷动荡，百姓流离失所，饥荒到处蔓延。公库的钱粮，不够一年的积蓄，各地的百姓，没有安居乐业的想法，这不是长久之计。应当供奉天子以讨伐各地的反叛，鼓励耕种来储备军队的钱粮。这样的话，则不难成就霸业。"曹操非常同意他的观点，就派遣使者到长安向朝贺。李催郭汜见到了曹操的使者，满腹狐疑。曹操在平定黄巾军的途中，李催郭汜把持下的朝廷曾经任命过一个兖州刺史，被曹操毫不客气地赶跑，如今当然不会是来朝贺他们的。朝贺汉献帝？关东的诸侯们不是一度有另立新帝的打算吗？这个使者，到底是来干什么的？因此打算扣留。当时任黄门侍郎的钟繇劝说两位将军，如今天下大乱，各地诸侯都不把朝廷放在眼里，只有曹操还来朝贡，不应该胡思乱想打击人家的积极性。两人一听也有道理，就厚待使者，事实上承认了这个兖州牧。不久后，徐州的陶谦也来朝贡，又被李催郭汜正式地拜为徐州牧，安东将军。这个小朝廷似乎也获得了一些威望。