不过需要注意的是，除了追缴亏空的雷霆手段之外，雍正真正使清王朝得以缓过气来的关键在于他那一项项精巧的制度设计。
三、朝乾夕惕的改革
在我们的印象中，大家往往觉得雍正这个皇帝当得特别累，有一个深层原因就在于，雍正意识到国家当时存在诸多问题之后，深觉以自己40多岁的年龄和精力，如果一项项去改，是完全来不及的。于是雍正从继位伊始，就同时展开了多项大规模的改革工作，力求同步推进。
康熙六十一年十二月，雍正宣布追缴财政亏空。雍正元年正月，会考府成立；四月，开始废除“贱籍”；八月，宣布秘密立储；九月，决定推行“摊丁入亩”；十月，一个意外发生，青海罗卜藏丹津叛乱，需要紧急筹备军务；十一月，实现“台省合一”，完善监察制度；十二月，启动“火耗归公”与“养廉银”试点推广。雍正二年(1724)三月，青海平定，政权稳固，正式推行“官绅一体当差，一体纳粮”。
不到16个月的时间里，雍正在追缴亏空和平定青海的同时，还推进了8项制度改革。这其中有简单的，也有复杂的。像“摊丁入亩”“火耗归公”“官绅一体当差，一体纳粮”，这三项直接把改革开进了深水区，上来就啃硬骨头。
要知道，历史上有些所谓“改革”，本质上只是顺着权贵集团的意愿做表面文章，那甚至不能叫改革，应该叫“分赃”。而雍正所进行的改革，动的就是权贵集团的蛋糕，这可不是在“分赃”，而是在“玩命”。所以，作为全国改革的核心操盘手，雍正他的工作压力之巨大，可想而知。
雍正改革的核心目标就是要在确保国库有稳定的财政收入的基础上，提高君主对官员的控制力，加强政府的治理能力，缓和社会阶级矛盾，以巩固清王朝统治，延续清王朝的寿命。当时影响清朝国家财政的，主要是两类人——贪污的官员和不交税的乡绅，雍正的改革，无异于是雍正改革集团和他们的一次政治火并。
雍正和官员们的对决，基本上就是“三板斧”：追缴亏空、密折专奏、“火耗归公”。
“第一板斧”，追缴亏空，就像前文所说的，这就是为了整顿风气，并告诉官员们，形势正在发生变化。
作为“第二板斧”的密折专奏，我们展开解释一下。清朝以前，官员的奏本要经过层层递交才能转交到皇帝手中，所以下级官员有些话是不敢说的。而从康熙开始，他逐渐允许一些亲近的大臣，绕过“中间商”，在给皇帝内廷的请安折子里奏报公事，以便获取更加真实的消息。但是这个密折专奏的权力，康熙给的人不多，因为他自身审奏折的精力也是有限的。大概从康熙二十年(1681)开始，一直到康熙驾崩，40多年的时间里，拥有密折专奏权的官员，全加在一起也只有200人左右。
为了加强对官员的控制，尽管雍正在位的时间只有13年，但雍正朝拥有密折专奏权的大臣却超过1300人，甚至有一部分州县长官都有资格直接给雍正本人写奏折。所以雍正仅批阅奏折这一项的工作量就非常庞大。尽管在某种程度上，我们可以说雍正这是自讨苦吃，但雍正也的确在“自讨苦吃”过程中构建了一整套关于奏折传递的新系统，实现了自己对官场的高度控制，以确保改革顺利进行。
之后，雍正又抡起了他对官员们的“第三板斧”。关于“火耗归公”，我们前文已稍有提及，此处再进行一些补充。
皇帝之所以无法管控“火耗”，核心原因在于明清两朝官员的俸禄实在太低了，一个七品知县的一年收入是45两，在理论上这也许够知县自己生活，但考虑到衙门的办公支出，官场的众多陋习，逢年过节的上司勒索，这点钱就远远不够了。因此，受现实因素影响，在中央财政不额外拨款给官员涨工资的前提下，皇帝就只能任由自行加派“火耗”现象的存在。在这种情况下，贪官和清官唯一的区别可能就是，贪官收“火耗”时，肆无忌惮，随意加派；清官收“火耗”时，相对合理，少加派一些。而雍正的新政“火耗归公”，在本质上就是将“火耗”合法化，维持一个低税率，然后收归国有，再分拨下去给各级衙门用作办公经费和官员俸禄，也就是所谓“养廉银”。最终，这个措施一举三得，既保证了清官的日常开支，又避免了百姓被肆意盘剥，同时财政上也能做到精细化管理。