到1958年年初时，无论是在党中央主席团、还是在苏联部长会议，赫鲁晓夫都是所向披靡，没有对手。他的权力和影响达到了顶峰。
1957年除夕之夜，赫鲁晓夫在克里姆林宫举办了一次盛大的招待会，参加者包括；党中央委员会主席团全体要员，全苏各部委长官，经济界头面人物和军队将帅，文化艺术界名流，几十家大企业的经理，各国派驻莫斯科的大使，全俄东正教主教和教会高级牧师。招待会上，赫鲁晓夫和布尔加宁频频举杯祝酒。随后，在克里姆林宫大厅举行了音乐会，登台献艺的均是苏联声誉最高的艺术大师和音乐家。但赫鲁晓夫顾不上休息，很快便又投入了工作。早在1958年元旦那天，他便匆匆忙忙地赶到波兰，稍事休息后马上同波兰领导人讨论了许多实际问题。接着，他又马不停蹄地赶到明斯克，出席了农业先进工人的代表会议。
3月底，新选出的最高苏维埃在克里姆林宫举行第一次会议。按照惯例，部长会议主席（时为布尔加宁）向最高苏维埃主席团递交了一封信函，内称：
依照苏维埃社会主义共和国联盟宪法第70款并有鉴于苏联政府的构成须提交苏联最高苏维埃加以考虑的事实，本届苏联部长会议认为自己已不再拥有各种权力并将这些权力交还最高苏维埃。
最高苏维埃表示，这一正式信函已被接受，而且决议“对上届苏联部长会议的活动表示满意。”随后，伏罗希洛夫提议由赫鲁晓夫出任新的部长会议主席。会议一致通过了这个提议。由此，在继续占据党中央委员会第一书记宝座的同时，赫鲁晓夫（步斯大林后尘）又获取了行政权力首脑的职责和权威。另外，为了统一领导所有与战争有关的部门，又专门设立了一个最高国防委员会，赫鲁晓夫随即被委之以委员会主席的要职。因而此时的赫鲁晓夫身兼数职，党政军大权由他一人独揽。在部长会议里，充当赫鲁晓夫副手的是弗·罗·利兹洛夫、阿·伊·米高扬、阿·尼·柯西金、亚·费·扎夏迪科、伊·伊·库兹明和德·费·乌斯季诺夫。前政府首脑布尔加宁被降职为苏联国家银行管理委员会主席。
赫鲁晓夫并未把时间花费在实行某些同僚们不会全都赞赏的剧烈改革上。1958年夏秋两季，教育界出现的诸多问题引起了赫鲁晓夫的关注为此投入大量时间和主要精力。7月，他向中央委员们分阅了题为《关于加强学校同生活的联系和进一步发展苏联国民教育制度》的意见书。其后，又在一些教育工作领导干部会议上宣读了这个材料。同年初秋，意见书见诸报端，公之于众。这个文件是针对苏联教育制度的一次全面的批评；在许多方面，这些批评也确实完全言之有理。
早在20年代，综合性技术教育以及教学与生产劳动相结合的原则曾是广泛流行的观念和做法；而在斯大林统治下，苏联学校将这些好的做法全部加以排除。所有曾在工厂学习生产知识的学生一律离开原生产单位；甚至连学校里已经设立的学工小车间也被取消，课程表中则删除了劳动课。技工学校是为青年工人开办的专门学校，亦被取缔，而代之以主要为家庭困难的子女设立的职业学校。为孩子们提供普通教育的中学，其基本方向主要是为学生进一步接受高等教育而做预先准备。口授教学成了最主要的教学法。
然而，随着中学的普及化，能进入大学深造，接受高等教育的中学生是极少一部分，而绝大多数的莘莘学子虽然对加入工人——蓝领工人或白领工人——的行列没有任何身心准备，但也只能接受这样的命运。因此，在学校工作的目标与劳动就业的可行性之间，在教育制度的结构与国家经济的需要之间出现了严重的相互脱节、互不适应的现象。这又推动了综合性技术教育的重新实行。在中、低年级，又开始设立每个星期2学时的“劳动教学课”，学校内部再度建立了小车间。在高年级，每周有4学时用于“机械学基础”、“电学基础”等科目的教学。还有人提出重新推行教学和教育同有益于社会的（适合于孩子们体力和技能的）体力劳动相结合的原则。实际上，马克思和恩格斯两人早就多次讲过，劳动不仅是儿童和青少年的一种需要、一种享受，而且还是由社会的经济必然需要和全面教育的目标所规定的一种任务。对此，列宁也曾表示热烈而坚定的赞成。
当然，从马克思恩格斯那时到现在，无论是教育制度还是生产方式，都发生了不小的变化，雇佣童工已成违法之举。可是，苏联许多先进教师已经意识到，建立一种教育制度，它既有利于学生为未来的生活和工作做准备，又能促进学生参加与自己年龄和身体相适应的、并对社会有益的活动，这是非常重要的。他们感到，逐步让学生参与各种不同形式的劳动，具有许多益处。首先，数千万的学生在受教育的同时可以生产出大量的产品；其次，他们从劳动中获得的经验有助于他们尽快适应从学校走上工作岗位时的变化；最后，他们还可以增长见识以便为自己未来的职业选择找准方位。
1955-1957年期间，上千所学校试验了把教育与劳动结合起来的方法。农村地区的学校尤其具有开拓性：它们重建了果园和菜圃，在自办农场里观察农作物轮作的效果，学习使用农业机械，饲养家禽家畜，开办机器拖拉机站。城镇学校的附属车间往往就设在当地工厂企业的厂房里。这些独辟蹊径之举证实，将教学和教育与生产劳动相结合大有作为、完全可行。但从中也暴露了与这种雄心勃勃的事业相关的一系列问题。起初，具有适当资格而且经验丰富的教师过于缺乏；同时，用于劳动学习的课时也明显不足。因此，中等教育的学习年限延长了一年，首先有50所学校确定为11年制学校。在这些学校里，增补的学时主要用于组织生产劳动和开展生产技术培训。1957-1958年开始的这个试验进展顺利、势头良好。因而到1958年春天，又有另外200所学校也被纳入了同一试验计划。正是在这样的背景下，赫鲁晓夫提出了自己的意见书。
这个意见书直言不讳，极为坦率，它开门见山地批评了那种将学校与以后的生活相割裂、使教育制度的目标与国民经济的需要相脱节的鸿沟，批评了那种片面强调学生继续深造、接受高等教育的倾向。赫鲁晓夫指出，在1954-1957年期间，有多达250万的中学毕业生不能进入技术专科学院或高等教育学府；仅1957年一年，就有80万学生不能在中学毕业后继续升学，而只有25万学生直接从中学教室跨进了大学课堂。那么，为那些没有机会继续升造的中学生们准备了什么呢？应当怎样消除教育制度的缺陷呢？赫鲁晓夫写道：
由于中等学校教育大纲脱离生活，因此这些青年男女对生产一无所知。而且社会也不知道如何更好地利用这些充满活力的人，如果是，很大一部分青年和他们的父母对这种学非所用的状况都十分不满。今后这样下去，这种局面不但不会减缓，反而会加强。我想，这种情形应当引起我们密切的注意……所有儿童都应当训练成能从事有益的劳动和能参加共产党社会主义建设的人。工厂或集体农庄、工业企业、国营农场、机器拖拉机站、技术修理站或机关中的一切劳动，一切对社会有益的劳动，都是神圣的劳动，都是每一个享有社会福利的人所必备的。
赫鲁晓夫并不满足于这样泛泛而论的告诫之辞，他还向党中央委员会提出了关于改革教育制度的详细规划。不幸的是，他的改革建议既没有从教育学的研究成果中寻找真谛，也没有从苏联学校在1953-1958年期间积累起来的丰富经验中汲取精华。支撑赫鲁晓夫思考的资源只是他自己有关20年代初期那类技工学校和技术学院的回想和记忆，而那时，普通中学在教育制度中还没有什么地位可言。
赫鲁晓夫建议，在初等教育阶段，应当用8年制的义务教育学校取代现在的7年制学校。这就意味着，那些小学生，而不是学习负担更重的中学生，将从增加的这一学年中得到益处。此外，他还想简单干脆地取缔早已为人们所熟悉习惯了的中学。他说：
在城市、工人镇和工人村，儿童完成了7-8年教育之后就应该进入工厂学徒型的学校。他们将继续求学，不过这种学习是同职业教育密切结合的，它可以使学生掌握生产知识和劳动技能；不仅使学生掌握抽象的生产知识，而且有实际的体验。在农村地区，学生受了7-8年教育之后，就应当学习农业、畜牧业和其他农业部门方面的实际知识和理论知识，或者学习2-3年的某种工艺……
但还有另一种办法：青年们在学校完成了8年教育，结束了第一阶段中等教育之后，就全部参加生产。假如实行这种普通教育，我们将来每年就要派200万到300万青年到工作岗位上去，而其中的40%在城市，其余的在农村。
倘若这些青年人愿意的话，他们也可以在夜校或分班制学校里完成自己的中等教育学业。赫鲁晓夫建议，夜校的授业期限可以定为2-3年，那些上课求学的青年人每个星期可以有2-3天的脱产学习时间。而那些“以相对极小的数量”保留下来的普通中学，应当增加用于综合性技术教学的课时，并且应当努力使学生参加生产劳动。
赫鲁晓夫的这些建议总的看来，优点大于缺点，其主体还是正确合理的，但在许多方面也有判断失当从而矫枉过正之处。最为严重的错误就是，赫鲁晓夫过低地估计了人们早已熟悉、往往设在人口稠密区附近的普通走读中学所具有的价值；过分地强调了对孩子们的职业培训而不注重综合性技术教育以及使学生参加生产劳动的问题。结果，任何15岁的少年都不会具有在离校之际做出明智的职业选择的智力准备，何况这些毕业生所能做出的选择范围也大受限制，因为当地只有一两家企业能接纳他们。
尽管这样，赫鲁晓夫的计划却得到了雷厉风行的置彻。1958年11月，党中央委员会公开发表文件，对拟议中的学校改革做了大体的规划。12月，在就此问题展开过一次短暂的全民讨论之后，拟议的改革措施成了法令。但确凿无疑的是，这一法令的条款，特别是其中有关这一法令实施方式的规定，已经与赫鲁晓夫最初所提议的内容大相径庭。实施中等教育的主要机构一如既往地仍是普通走读学校和综合性技术学校。这些学校的课程表中补充了生产技术培训的科目，第9、10、11年级三分之一的授课时间为这类科目所独占。依照这种样式，所有的学校将用5年的时间完成改革。
在赫鲁晓夫看来，5年的期限似乎是过于漫长了；但在现实生活中，要想在这一期限完成转型显得急促。到5年期限届满时，改革只是在那些第一流的学校取得了相当的成就，而改革本身的缺陷却已暴露得分外鲜明。造成中学情况仍旧混乱不堪的，正是赫鲁晓夫——多半是出于经济原因——做出的一项突如其来、独行其是的决策，即按照他最早所提议的那样，将学生的修业年限从11年缩减为10年。这一改弦更加使中学的课程表发生了又一轮复杂繁琐的变动，而中学改革的不少成就也即刻付之东流，前功尽弃了。
在苏联的报刊上，发表了大量的有关教育改革之论，但却找不到透露正在进行中的另一项重要改革的只言片语。这就是赫鲁晓夫对国家安全委员会的改组。严格说来，国家安全委员会的体制和职能一如往常，没有变化，只是实行了一些改变其人员构成的重要措施。根据中央主席团的一项决定，谢罗夫被剥夺去他所担任的国家安全委员会主席一职，不过他对赫鲁晓夫始终是俯首贴耳，忠心不贰的。同长期在这一组织内任职的其他主要官员如出一辙，谢罗夫也有作奸犯科、违法乱纪的可耻经历。而且，他对北高加索若干少数民族所有居民被逐出家园一事还负有直接罪责。因而时下，在苏共二十大已经开过、数百万得到平反的公民已重返故土的时候，对这个国家安全委员会首脑的陈年旧事仍然不闻不问、不加追究已经行不通了。
从表面上看，比利时女王王冠失踪案的真相大白是谢罗夫被罢官的直接原因。这顶王冠先是被德国纳粹分子掠走，因而人们推测王冠可能藏在德国或苏联某地，但实际上却又一直查无下落。经过旷日持久而且详尽深入的调查之后，终于发现王冠原来竟在谢罗夫私人手里。事实证明，谢罗夫在担任战时反间谍组织斯麦尔什”头目期间，曾经截取侵吞了一大批贵重的财物，女王王冠只是其中之一。后来，王冠被人神不知鬼不觉地交还给比利时王室。尽管有此东窗事发，但赫鲁晓夫还是有意庇护谢罗夫，不准对他在斯大林统治时期的所作所为进行持久的调查。因而谢罗夫并未退职隐居，去过领取养老金的生活；只是换了个职位，出任“格鲁乌”的总管。这是苏联红军的主要情报组织，它在许多领域的活动同国家安全委员会紧密联系。只是过了很久，当一直受到谢罗夫的庇护，并在苏联领导机构中已窃取极高职位的英美间谍奥列格·潘科夫斯基被揭露出来的时候，谢罗夫才被迫摘下乌纱帽，离职赋闲。
令人迷惑不解的是赫鲁晓夫提拔苏联共青团中央委员会第一书记亚·尼·谢列平作为谢罗夫的继位者。这一举措引发了针对国家安全委员会整个领导机构的一次全盘清洗，导致这一组织中许多原有干部被贬黜一些人被勒令退休，另一些人则被调到机关人事部门、保卫部门以及小企业经理部的低级工作岗位上。国家安全委员会的新干部，一部分来自党的各级组织，但大部分是从共青团各级组织提拔上来的，不少共青团的州委第一书记就地起飞、被提拔为本州国家安全委员会机构的负责人，许多共青团的市委书记也同样跟着青云直上；共青团中央机关各部门和莫斯科市委的大批督导员和主要干部竞相改换门庭、摇身一变而成为国家安全委员会的侦查员和部门负责人。
对国家安全委员会的清洗剔除了许多在斯大林和贝利亚时期曾为虎作怅的作恶多端者。然而，在40年代末、50年代初（即斯大林统治的末期）形成的共青团现任领导集团的最上层，其本身并非洁白无瑕。至于谢列平本人，其毫无政治操守，根本不讲原则，并且野心勃勃。早年，一次朋友开玩笑问他以后想干什么时，他竟不假思索地脱口而出：“当头儿！”而那时他才二十岁，还仅仅是莫斯科哲学——文学学院的一名学生。
从某种意义上讲，1959年的春夏两季是赫鲁晓夫一生中最为宁静安定的时光。国内五谷丰登，肉类和牛奶货源充足。国际上风平浪静，相对平安无事。这一年，赫鲁晓夫在雅尔塔与家人共庆自己的65岁寿辰。党中央委员会给他的祝辞、所有社会主义国家以及各国共产党领导人发来的贺电，在报刊上以醒目位置发表；一些资本主义国家的当权者也送来了贺信。赫鲁晓夫直到4月底才返回莫斯科。按照惯例，世界和平理事会要在每年这时颁发列宁和平奖。这回赫鲁晓夫在5位获奖者中名列榜首。
回到莫斯科后，赫鲁晓夫随即接见了联邦德国社会民主党的一批报刊编辑。言谈话语之中，他表示非常严肃认真地看待同社会民主党就有关国际问题采取联合行动的可能性。另外，赫鲁晓夫还在克里姆林宫热情款待了一群访苏的美国退伍军人。
5月中旬，全苏作家第三次代表大会在首都举行。赫鲁晓夫直言不讳地在会上说，由于他决定要即席发言，他一直感到忐忑不安。他还说，脱稿讲话“对任何发言者来说都是一件难以应付的差事”。他强调说，对作家的创作他是一个外行，谈不上什么指导，而且由于最近几年基本上从未阅读任何小说和文学作品，他就更不敢有此念头了。他讲：“确切地说，我的本职工作是阅读驻外大使的信函、各国外长的照会，翻阅美国总统或其他一些国家政府首脑的讲话和报告。”
实际上他的这番表白含有虚假成份，因为这次大会就是在一桩臭名远扬的案件——帕斯捷尔纳克迫害案的阴影笼罩下召开的。8个月之前即1958年10月上旬，鲍里斯·列昂尼多维奇·帕斯捷尔纳克因小说《日瓦戈医生》而获得当年诺贝尔文学奖。这部小说很早以前就已完稿，作者也曾投给《新世界》杂志编辑部。小说的主题是叙述一个人在俄国革命时期漠然不知所向，不能决定自己在当时的内战中究竟站在哪一方的命运。这类作品在苏联文学创作中早已屡见不鲜、不足为奇（在此只须提及肖洛霍夫所创作《静静的顿河》一书即足矣了）。但对这样一部小说，当时以康·西蒙诺夫为首的《新世界》编辑部里众说纷绘、藏否不一因而争执不休，然而最后还是做出了不予发表的决定。
帕斯捷尔纳克把《日瓦戈医生》的手稿交给了一个意大利出版商。1957年小说在国外公开发表，并很快洛阳纸贵被译成多种文字。当时的苏联报刊对此视若无睹默不作声，但眼下却再不可能对诺贝尔奖的授予一事依然故我缄口不言。《真理报》发表了署名德·札斯拉夫斯基的一篇长文，题目是“关于一株文学大毒草的反革命嘈杂喧传”。文中写道，帕斯捷尔纳克从来就不是真正的苏维埃作家，即使是在他的“顶峰时期”，他也没有“进入第一流的文学大师之列”。文章把《日瓦戈医生》这部小说斥之为与文学艺术风马牛不相及的政治讽刺小品，而小说的主人公只是一个“道德上畸形发展的怪物”。
在官方的支持下一场反帕斯捷尔纳克运动猛然掀起，而各级作家组织是这场运动的骨干。为建立全苏作协俄罗斯分会而在莫斯科召集的俄罗斯苏维埃社会主义联邦共和国作家第一次代表大会上，列·谢·索波列夫充当了主要报告人。他指责帕斯捷尔纳克是“颓废知识分子的典型代表”、“所有丧失理性的玩世不恭者的同伙”，甚至还无中生有地说帕斯捷尔纳克是“叛徒”。对这类上纲上线、污秽不堪文辞不通的詈词秽语，参加这次大会的许多代表竟然附炎趋势、大表赞成。赫鲁晓夫对帕斯捷尔纳克的小说从未吐露只字片语，对自己的看法一直讳莫如深。但整个运动就是在他的赞许下发起的，这一事实路人皆知，毫无秘密可言。直到1965年之前，赫鲁晓夫实际上从未完整读过《日瓦戈医生》一书，他只不过熟读了别人放置其案头的这部小说某些具有倾向性的摘录，而这些摘录是不问本意、不顾全文、断章取义地从小说中截取的。真正使赫鲁晓夫怒火中烧的倒是这样的事实：一部在苏联国内被拒绝发表的小说竟然在国外公开出版了。在这场口诛笔伐的大批判运动中，苏联共青团的大小头目也跳出来落井下石。共青团中央委员会第一书记弗·叶·谢米恰斯内在团中央的一次全会上大放厥词，把帕斯捷尔纳克称之为“国内的流亡者，”还说如果他“成为名符其实的流亡者，投奔他的资本主义乐园”，那倒是一件众人称快的大好事。最后，帕斯捷尔纳克这位伟大的俄罗斯诗人被开除出了作家协会。
反帕斯捷尔纳克运动是苏联文学艺术正处于重重困境的真实写照。帕斯捷尔纳克担心自己会发生什么不测，因而被迫屈从地宣布拒领诺贝尔文学奖，并且还发表声明表示自己在任何条件下都不愿离开祖国。污蔑小说《日瓦戈医生》的闹剧和低毁授予这部小说的诺贝尔文学奖的丑闻反而使帕斯捷尔纳克声名鹊起，很快便给他带来了他早就应当享有的国际名望。可面对铺天盖地无中生有的诬蔑栽赃，他情绪郁闷悲凉，他的身体状况急剧恶化。1960年5月，他在莫斯科附近彼列德尔基诺居住区自己的蜗居里含冤而去，抱恨终天。
在1959年5月的这次全苏作家三大上，赫鲁晓夫表现了某些自我克制。他毫不踌躇地攻击了苏联社会的“低毁者”，同时又指责了“粉饰者”，但都没有进行指名道姓的批判，对于已在国外激起一片非难之声的帕斯捷尔纳克事件更是缄口不提。会前，赫鲁晓夫曾向亚历山大·特瓦尔多夫斯基询问，帕斯捷尔纳克是否真是一位伟大的诗人。特瓦尔多夫斯基反问他：“你觉得我是一个诗人吗？”赫鲁晓夫答道，他非常喜爱特瓦尔多夫斯基的诗作。后者接着说：“那么与帕斯捷尔纳克相比，我根本就不是什么伟大的诗人。”
与表面迹象相反，赫鲁晓夫十分爱好文学作品，而且特别醉心于诗词歌赋，不过他的欣赏口味早在年轻时即已定型，而以后也再未受到熏陶教化。他最推崇的诗人是涅克拉索夫。尽管他也完全熟悉普希金和莱蒙托夫，但在19世纪众多的俄罗斯诗词大家中《他只对涅克拉索夫顶礼膜拜》。他常做这样的老生常谈：
普希金是怎么描写秋天呢？
多么令人沮丧的时刻！
多么令人心醉的双眸！
我爱你那正在逝去的美景……
如果冬季即临，农民又没有什么衣裳和靴子；如果收成不好，面临的又只是寒冷的冬日，“令人心醉的双眸”这种描写有什么好呢？但是，请瞧瞧涅克拉索夫是怎么说的吧！
深秋时节，白嘴鸦已飞向远方。
森林落叶，大地荒凉，
独有庄稼一缕还未收仓，
此情此景，引人无限愁怅。
在赫鲁晓夫情绪高亢、雅兴大发的时候，他常常会一唱三叹，连续几个小时高声吟诵涅克拉索夫的诗作。因此也可以理解，在苏联所有当代作家中，赫鲁晓夫为什么会首先推崇特瓦尔多夫斯基了。
苏联政府一直为国库空虚、财政拮据而大伤脑筋。在赫鲁晓夫看来，从根本上解决这个问题的办法就是裁减军队。他认为，苏联军队的现有规模之大已经超出了和平时期所需要的程度。因此，在1959年底召开的一次中央主席团会议上，赫鲁晓夫提议将军队兵员裁去三分之一，并且指出，“比较温和的国际气候”，以及苏联军队技术装备的更新换代和大大改善正是说明裁军切实可行的证据。实际上，这已是两年里第二个同类措施了：1958年1月，曾经决定从军队中裁员30万人。因此，在1954年底至1958年初，军队兵员已然裁去200多万人。不言自明，军界对赫鲁晓夫的建议十分不满；至少可以说，军人极其冷淡地对待这个建议。但赫鲁晓夫并没有因军界巨头的反对而畏首畏尾，知难而返。1960年1月中旬，最高苏维埃召开特别会议批准了裁军建议，将苏联陆海军的兵员编制压缩为240万人。第一批军人的复转工作很快便着手进行。一部分军官中已经公开化的怨怼也随之强烈起来，一大批将军和元帅忍无可忍，联名签送了一封致党中央委员会的信函。信中强调说，这次大规模裁员，将大伤军队的元气，并危及苏联的国家安全。这是一次严重的事态，赫鲁晓夫自然不能掉以轻心。
内卫军的军官团里也是众怨沸腾。因为赫鲁晓夫提议撤消全苏内务部，其职责下放给各共和国由原内务部改称的公共秩序保卫部。此外，按照赫鲁晓夫的计划，内卫军和内务部机构的军官还将被剥夺与收入有关的某些特殊待遇。赫鲁晓夫在一次答记者问时说过，从内卫军这个字的全部意义来看，内卫军军官根本就不是军人，他们往往住在城里，与家人共享天伦之乐，因而也完全应当被取消某些武装部队军官才能享有的特权。他还认为，在斯大林掌权时期，内务部的各部门已经获取了太多的特权；他主张，在同罪犯的斗争中，更多地依靠群众协助才是至关重要的。
所有这些决定都失之草率鲁莽没有经过审慎推敲。由于犯罪者能够轻而易举地从一个加盟共和国流窜到另一个加盟共和国，因而许多内卫活动均需有全苏规模的指挥调派；而且，内卫军虽不象正规的陆海军那样负担沉重，但他们的工作纷繁复杂，有时也十分危险。因而降低内卫军官的俸给和养老金显然是情理不通、处置失当的。至于那些普通的内卫军士兵，他们的薪水本来就不多，因而内卫军对青年人一直没有什么吸引力。
在此，还需交待一件事，这实际上是1960年2月赫鲁晓夫访印期间自己出人意料地提到的。在向印度议会发表的讲话中，赫鲁晓夫郑重声明，苏联在近几年根本没有任何政治迫害事件。这真是大不诚实的欺人之谈。在1955-1960年期间，因政治原因而遭逮捕的人数虽然不多，但决不是根本没有。1956年匈牙利事件后，一些大学生组成了小团体，他们对匈牙利起义者表示同情，而对苏联的武装干涉则提出批评。在莫斯科国立大学的共青团会议上，他们组织了一系列演讲，而且还散发了不少传单。结果，以具有所谓“南斯拉夫倾向”的尤·马什科夫和伏·泽赫米斯特尔为首的一群大学生身陷囹圄。此外，在莫斯科马雅可夫斯基纪念碑下举行的诗歌朗诵会逐渐形成了内部有组织、对外具有鼓动性的特点，始终参加这个朗诵会活动的有弗·布科夫斯基、叶·库兹涅佐夫、弗·奥西波夫、亚·金兹堡，而另一位参加者伊·布科什坦则被投入监牢，集会本身也被志愿巡逻联防人员搅散。在某些加盟共和国，有人因所谓“民族主义情绪”而银挡入狱；在一些州，还有人因批评赫鲁晓夫的个人崇拜而身陷囹圄。1960年，在莫尔多维亚第7号劳改移民区，由于政治原因而被判徒刑的好几百人仍被关押监禁，难见天日。
当然，这些迫害活动比起斯大林时代的恐怖运动要小得多，也轻得多。60年代初出现的“持不同政见者”团体此时还属地下性质，这些团体并不追逐显赫的声名，也不想招来外国记者。实际上，当时的外国记者对“持不同政见者”团体的存在也确实一无所知。任何志同道合的团体当时都不会在法院附近聚首碰头，换句话说，当时虽有政治犯但尚无“持不同政见者运动”。1956年以后，无论是对刑事犯还是对政治犯，劳改营的管制都明显地松驰下来。这引发了内务部军官们一系列的抗议。在最高苏维埃的一次会议上，他们指责政府在劳改营里搞出来一种“疗养环境”。赫鲁晓夫预先注意到这些言论会在到会的最高苏维埃代表中赢得普遍的赞同。他那敏锐的直觉意识到了人们思想情绪的变化，因而下令在劳改营实施更加严厉和强硬的限制。
苏联刑法典》也增补了一项条款，规定可以对“在押犯中的蛮横逞凶、对积极接受改造者的恐吓威胁以及对管理工作破坏捣乱的行为”加以惩罚直至处以死刑。
对于节俭地使用国家资金的关切，驱使赫鲁晓夫又采取了一些粗率孟浪的行动。例如，在两次巡视苏联远东和西伯利亚地区之后，他贸然提议中止用以勉励苏联欧洲地区的居民向东移居的措施，取消原先奖给在远东和西伯利亚地区就业工人的工资补贴。与战前相比，东部地区的生活虽有不少改善，但实际上仍然十分艰辛困苦。
1960年5月初，党中央委员会举行全体会议，结果导致了党内领导集团的变动。前中央委员会候补委员柯西金、波德戈尔内和波利扬斯基升迁为正式委员。与此同时，基里钦科却失去了他在中央主席团和中央书记处的职位。此人是在1955年入选中央主席团的；在主席团议事时，他惟赫鲁晓夫马首是瞻，对赫鲁晓夫言听计从。尽管他为人粗暴、处事简单，如同未经开化的乡巴佬，但当时他还是得到了赫鲁晓夫的完全信赖和青睐。在赫鲁晓夫不得不长期离京外出时，他的一些亲近同僚便代他主持中央主席团和中央书记处的例会。而在1959年，这桩美差往往落在基里钦科的头上。在表面上，基里钦科被指责为要对1959年的农业欠收负责，因而被褫去党内和国家的一切重要职务；随后，他先是在奔萨州，后又在罗斯托夫州的小企业里担任经理。他留下的中央委员会书记职务由弗·罗·科兹洛夫接任，在此同时后者仍兼任部长会议副主席。科兹洛夫在许多方面很像基里钦科，不过他也总是向赫鲁晓夫表白自己的忠心。当科兹洛夫还在列宁格勒党组织担任领导职务时，当地曾有一个特别代表团赶赴京城，恳求赫鲁晓夫不要向列宁格勒州党代表大会提名由科兹洛夫出任州委书记。言者谆谆，听者藐藐，赫鲁晓夫依然我行我素，将科兹洛夫置于自己的保护伞下，根本不理踩代表团成员的呼声。
另一个被逐出中央主席团的人是尼·耶·别利雅耶夫，他在1957-1960年期间掌握哈萨克党组织。此时，赫鲁晓夫对处女地的情况已大为不满，虽然耕种了大片新开垦出的土地，但哈萨克的粮食收成却仍在不断下跌。别利雅耶夫遗落的哈萨克党中央第一书记的头衔转到了德·库纳耶夫的头上。在随后不久举行的最高苏维埃会议上，伏罗希洛夫体面地退休下台。他原先担任的最高苏维埃主席团主席一职由勃列日涅夫接任。
同时还推行了另外一些变革。最高苏维埃取消了对所有月收入在500卢布以下的公民所征收的所得税和“独身税”。（后来，1965年又免除了对月进项2000卢布以下的工资和收入所征收的赋税。）1960年还通过法令，规定改为7小时工作日制（井下工人为6小时）。而另一项法令却不怎么受欢迎。这项法令规定所有的商品价格、补贴和工资收入都比原先的降低10%。表面上看，国家和公民个人都不会因此变动而受到损害。但实际上则不然，国家印刷货币的开销节省了三分之一；自动售货机的使用得到推广，费用又进一步降低。但是，普通群众并不欢迎任何形式的币制变革。另外，国营商店的商品自动降价了，但集体农庄市场的商品价格和私人服务业的收费并未相应下跌。原先钞票就不够使用，而现在比以前更困难。
尽管如此，某些为赫鲁晓夫所心爱的工程项目仍在动工兴建之中。这年7月，在中央委员们的前护后拥下，赫鲁晓夫视察了位于乌索沃的试验楼建筑工地，然后又巡视了莫斯科环城公路工程。此时业已决定将莫斯科市的管辖范围扩至相邻的图希诺、彼热沃和巴布什金等城镇，并以环城公路作为莫斯科市的市界。
7月底，赫鲁晓夫动身前往雅尔塔度假。自斯大林当政以来，位于克里米亚半岛专供达官显贵之用的国家别墅大多设在原沙皇别宫或沙俄贵族的私邸里。赫鲁晓夫并不喜欢这种做法，而且这也与列宁的教诲相冲突——克里米亚的所有皇家房地产都应当开辟为劳动人民的疗养院和休养所。依据赫鲁晓夫的建议，所有的旧皇宫都改为博物馆，而不再充作国家别墅之用，离沙皇地产不远处的大片土地迅即被辟为新的国家别墅的建筑工地。不久，在距加格利20公里处皮松达海角的一个地方，一栋规模宏大的别墅拔地而起，一堵蜿蜒两公里的水泥高墙将一片海滩和一部分年代久远的松树林尽圈到一块，将别墅区与多年前即设立的疗养院地段完全隔离开来。这个别墅就成了赫鲁晓夫最偏爱的度假休养地点。