在流放的几年里，列宁对哲学也作了深刻的研究。他重读了马克思和恩格斯的哲学著作，研究了以往的伟大哲学著作和主要的资产阶级哲学著作。
他仍然希望精通过去的哲学遗产，以便在马克思主义的基础上批判地加以订正。列宁和林格尼克有长时间的讨论哲学问题的通信（可惜这些通信已散失了），在这些通信里，他发展了马克思主义哲学在反对资产阶级学说和机会主义曲解的斗争中的基本论题。
列宁在流放以前和流放期间，从未停止揭露“合法马克思主义者”，指出他们是资产阶级的帮凶，但是普列汉诺夫对他们却采取了妥协态度。在国际工人运动中，只有列宁一个人，从其政治活动一开始，一面继承和发展马克思和恩格斯的学说，一面对机会主义开展坚决的革命斗争。
列宁在流放中为《工人报》第三期撰写了一篇关于党的纲领及其说明的文章###[11]。这篇文章对于二十世纪初由《火星报》从事制定党纲的工作具有重大指导意义。
还在1899年，列宁就写道：“我们决不把马克思的理论看做某种一成不变的和神圣不可侵犯的东西；恰恰相反，我们深信：它只是给一种科学奠定了基础，社会主义者如果不愿落后于实际生活，就应当在各方面把这门科学向前推进。我们认为，对于俄国社会主义者来说，尤其需要独立地探讨马克思的理论，因为它所提供的只是一般的指导原理，而这些原理的应用，部分地说，在英国不同于法国，在法国不同于德国，在德国又不同于俄国。”###[12]
列宁在阶级斗争新形势和新条件下，独立地发展、探讨并丰富了马克思主义的理论。
除了伟大的科学工作和政治工作，列宁还同俄国以及国外革命工人阶级运动的主要领导人，同流放在西伯利亚以及欧洲俄罗斯各地的同志们进行了广泛的和多方面的通信。
列宁继续从遥远的西伯利亚乡村鼓舞着党，使身在狱中和流放地的党的战士们振奋革命精神，给那些自由的人们以切实可行的指示，并从理论上让那些动摇的人坚定起来。
列宁最亲密的同志，克尔日札诺夫斯基和斯塔尔柯夫，每星期都会收到他两封信。他经常把他自己的工作并把他从俄国各地收到的关于罢工和革命运动进展情况的一切消息都告诉他们。在这些信里，列宁还谈到各种理论问题，并准确地解答各种疑难问题。在一些个别问题上他们有时也进行论争。
列宁是一个有名的非常准时写信的人。他这些信振奋了流放者的精神，从思想上团结了他们，并鼓励他们坚定地工作。
米努辛期克发生了一个工人逃跑的特殊事件：这个叫拉意琴的工人，从米努辛斯克流放地（离舒沙村六十俄里）逃走了。民意党的老流放者反对他的逃跑，担心会引起警察对他们报复。后来他们要求我们党的两个党员叶·伊·奥库洛娃（泰奥多罗维奇）和V·斯塔尔柯夫去受罚，因为他们知道他准备逃跑而没有设法制止。
列宁自己并不认识奥库洛娃同志，但他从克尔日札诺夫斯基同志那里听到了整个事情的经过，就立刻站在奥库洛娃和斯塔尔柯夫方面加以干涉。应该指出，特别使他气愤的是，全部事件的根源在于民意党人对待流放工人的高傲态度。列宁对此极为愤怒。由于列宁给奥库洛娃和斯塔尔柯夫同志以声援并严厉谴责民意党人对工人的高傲态度，他和他的同志们同所谓“老流放者”之间发生了分裂。
列宁在流放中一直在考虑建党计划。他认为必须先创办一个全俄的地下报纸，这是惟一能够把整个工人阶级在它周围组织起来的办法。我们必须有一个能够正常出版而又不受警察迫害和查禁的报纸。
克尔日札诺夫斯基后来回忆，在一个寒冷的月夜，沿叶尼塞河散步时，列宁兴高采烈地讲述他的这些计划，并描述如何以该报为中心建立工人阶级的政党。
列宁想用过去几年革命斗争的经验组织工人政党。他在西伯利亚时写道，工人阶级运动的症结在于组织问题。
“我们急需健全革命的组织和纪律，改进秘密活动的技术。应该坦白承认，我们在这方面落后于俄国旧的革命政党，因此必须全力以赴地赶上和超过他们。不改善组织，就不可能使我国工人运动有所进展，尤其不可能建立一个拥有正常活动的机关报的积极政党。”###[13]
娜·康·克鲁普斯卡娅关于最后几个月的流放生活这样写道：