奇袭珍珠港之战开战之初，每天，全国各地寄给山本的信件，像雪片一样飞上“长门”。
针对这些信件的内容，山本曾这样写道：
由于官兵们的浴血奋战，居然使得我一夜之间也成了名扬四海的英雄，真是惭愧之至。
用勤务兵长近江兵治郎的话说国内人民从珍珠港胜利的兴奋中平静下来以后，山本每天收到的信件依然还多达20厘米厚。寄信的人有的是曾经恨过他的老将军、右翼势力的中坚分子；有的是其部下的家属，甚至有国民小学校的儿童。从内容上说，有的是单纯的赞扬、祝贺，也有的除赞颂之外，还向山本提出了某种具体请求。一位乡间某中学卧病在榻，病入膏肓的校长，在信中请山本为其题字，以作为奖品奖励乡下教育成绩突出的学校。这些信件来自各行各业，内容也十分丰富。对于这些来信，山本十分认真，他用毛笔一一作复。因此，全国各地都有保存有山本元帅亲笔信者。如果收集起来作为书简集出版成册的话，那将是厚厚的一本。只是从内容上来看，绝大部分都是一样的，不过是礼节性的客套话，除了是山本亲手所书这一点外，并没有别的更大价值。当然也有例外，像给佐世保鹤岛正子那样的信，就很有价值，前后约有一皮箱。遗憾的是，都被战火烧掉了，并没保存下来。
现在我手头上留下的信件，有的是采访中记录下来的，有的是照原件抄写的。从现有的这些来看，并没有能够足以说明山本当时真实思想的。当然，也有一定的参考价值，多少也能说明一些问题。不妨在这里铨选几例：
1942年新年，山本收到绪方竹虎的贺信，他在1月9日的回复中这样写道：
元旦来函敬悉。函中所及，实为过奖，本人万不敢当。袭击珍珠港，是不宣之战，乘敌熟睡之机，割人首级，不足为取，乃东洋武士之精神所不能容。在此提及，更觉羞愧。对我切齿愤恨之敌，不久必将发动反击，或在海上进行决战，或对日本本土乃至舰队主力实施空袭。到那时再来论说短长，并不为迟。吾之目的，只有一点，即在开战之初，力求缩小敌我兵力之悬殊差距，至少要在表面上维持敌我双方兵力势均力敌的格局。
1941年12月19日，山本写给原田熊雄的信中还有这样一段：
开战之初，确是顺利，究其因，应归结于天助神佑。在这种时候，尤其应自慎自戒。
信中，像“天助神佑”、“至少要在表面上维持敌我双方兵力势均力敌之格局”一类的话，如果让不了解内情的国民们知道，肯定会感到惊讶并大失所望，所以，当时并未公之于众。
12月18日，山本在给老家的姐姐—嘉寿子的信中还这样写道：
战争终于开始了，说不定得要持续几十年，着急也没有用。更令人忧虑的是，国民盲目乐观，终日议论纷纷，像是怎么的了似的。以我看，这对国民正常的生产、教育、修身养性等都没好处……有人还在议论击沉的那几艘军舰，实在大可不必。
山本在给驻上海的舰队司令官古贺峰一的信中写道：
12月15日的尊函收悉（在吴港堆积足有10万封信，无暇处理），对于你的祝贺，不胜感激。
香港的攻克远比预料的要早，可喜可庆。继香港占颌后，若进而再进攻一下缅甸的话，蒋介石的处境会更加困难，不知你的看法如何？
英美过于低估了日本。在他们看来，这件事就像被豢养的家犬狠狠地咬了一下自己的手一样。美国不会甘心，不久就会进兵日本。国内民众的嘈嘈嚷嚷，盲目乐观，实为轻佻。倘传到国外，并非好事。在这种情况下，如果东京遭到轰炸，国民的士气会立刻低落下来。如此局面，不能不令人担心。当初在夏威夷，如能干掉三艘航空母舰，那就好了。现今想来，实觉遗憾。
你在靠近陆地的上海，是体会不到的这种感受的，我们从12月14日以来，时刻都在面临着潜艇的威胁。在海上，彼此也虎视眈眈，气氛相当紧张。
中国的正月，天气寒冷，望多多保重。
五十六谨启
1月2日
在给古贺的信中还有这样一段：
古贺兄：
和进击夏威夷的中央机动舰队一样，我也有难言的苦衷：胜了，也无所谓称道，不过是一次胜利之战；倘真的失败了，各种议论、指责、埋怨，会同时而来。所以，我当时的心情并不愉快。而现在，上层（海军省）的那些人却非常得意。每提起这件事，他们就沾沾自喜居功自傲，就像胜败已定，大功告成了似的。老实说，海军上层首脑的水平和见识，远比社会上民众的喧嚣使我更加担心。
山本并未人云亦云，人乐亦乐，忘乎所以。在这种时候，他的头脑更加冷静，在清醒地揣度着未来形势的发展变化。他极力自戒。他的这一思想意念，可以从他给各地复函的诗句中，窥见一斑。
12月26日，在宫中特意为山本举行了有天皇亲自参加的众臣盛宴。席间，山本同天皇饮酒谈天，但他只谈风月，不及夏威夷之事。当若槻礼次郎向天皇介绍说：“山本极擅长赌博”时，天皇高兴地笑了。
山本在官场上或在写给官方身居要职的那些人的信中，从不轻易把自己内心的真正想法敞开，而只是敷衍应付而已。
然而，他在给堀悌吉和本重治等几位至交的信中却吐露了一些自己的真实思想。真正知道他心底秘密的人，除堀悌吉和本重治之外，还有前面曾提到的他时刻挂念的河合千代子等两三个女性。
司令部的勤务兵们，很理解山本的心情，更懂得他微妙的人情往来。对谁近谁疏，他们是极清楚的。近江兵治郎在分送信件时，每遇到有河合千代子的来信，总要把它放在厚厚的一摞信的最上面，然后才送给山本。
据说，山本每见到送来的信件中，有“吴局军舰‘长门’，山本五十六先生”字样的河合千代子的来信，他总要高兴地向前来送信的勤务兵说声：“噢，谢谢！”而没有这样的信时，他只是淡淡地接过信捆，没有任何别的表示。
山本在12月28日写给河合千代子的信中曾这样写道：
各地的来信堆积如山，而我朝思暮盼的却只是你的。照片还没洗出来吗？
在来年1月8日的另一封信中，他还写道：
谢谢你30日和元旦的来信。30日的来信，我觉得足有一丈长，而你写在纸面上的实际却只有九尺二寸三，那七寸七分，我是从字里行间里看出来的。元旦的来信，使我很高兴，我的节日因此增加了不少喜悦。
—咕—咕—
信中的“咕—咕——咕——”是山本和千代子间彼此意会的话。开战前的11月26日，山本曾特意把千代子从东京叫来，一起去严岛游玩。据说，那时严岛上有供人赏玩的小鹿。他们伸手去抚摩小鹿的头时，小鹿发出了“咕——咕—咕—”的叫声，他们对此印象弥深。
在“长门”司令部的长官办公室里，决定山本脸色的是女人的来信。对于一般人来说，当他们脸上的愁容或怒色被喜悦代替的时候，究竟是个什么样子，这恐怕很难说得准确。然而，山本却另有特殊。每当他接到心上的女人的来信，他的嘴会立刻作“∧”字形，表现出一副带有顽皮的愁眉苦脸的面孔。
在经常出现的女人的来信中，却很少有来自“青山”——他自己的家中的。
勤务兵们为此曾气愤地说：“长官的夫人太无情了！”
山本夫人的来信确实很少，而且也不是从这时才开始的，但若说无情，这就很难辨明准是谁非了。
用山本亲雄的话说，山本早从在驻美使馆任武官时起，手就很勤，经常写信，“但却很少往自己的家里写”。驻外使馆和国内外务省之间的来往信件，是用“外交邮袋”来传递的。它在外交上享有“免检”（海关不进行检查）的特权。使馆人员常借此便，往家里捎信或小件物品。山本却很少往家里捎信或东西。每当山本亲雄问他：“武官，不给夫人和孩子们捎点什么吗？”他总是回答说：“噢，没有必要”。也许是生就的腼腆或是别的什么原因，他不愿意在别人面前提及他家里的私事，不过，他对他家属以外的妇女和孩子们是从不这样的，甚至可以说是非常关心和体贴的，至少在表面上是这样，只是对自己的夫人和孩子如此刻薄，漠不关心，令人难以理解。
山本童年时期有位同乡好友，名叫上松茂，比山本大9岁。后来，他成为南方熊楠的得意弟子，是个生物学家。他们离开家乡后，中断了来往。约十六七年后，是个偶然的机会，他们在下关的一位小学时的老师——部舆家再次会面，从此，又恢复了来往。
那时，山本还姓高野，名为高野五十六，个子不高，比较瘦，两眼炯炯有神。看上去，虽然他衣着很不合体，但却流露着一副与众不同的神态。
上松在战时，曾著了一本名为《伟人学界、南方熊楠》的书，并赠送给了山本一本。山本读过该书之后，曾致信上松，一则对赠书表示感谢，二则顺便谈谈自己的一点看法。他在信中说：
书名中用‘’的形式排列四个小字，效果很不好。降低了书的本来价值，有失敬雅庄重，纯系处置失慎，实为可惜。
山本写过很多信，但他和米内一样，从不喜欢长篇大论，对有些问题，只是一笔带过，提及即罢。说话也是一样，点到即止。因此，有人往往理解不了他所要说的意思。以上面信中的内容来说，他只说用那样的表现形式会影响书的效果，但并没有说为什么会如此。退而言之，对于这样的意思，即使他加以解释，恐怕也同样有人理解不了其中细腻的意味，就连常在他身边和对他十分崇拜的一些人在内也不例外。
还有一件事，似乎也同上面的事情有关。
当时，有人议论，要让画家安田韧彦为山本司令长官画一幅肖像。山本得知这一“谣传”后，在写给上松茂的上述信中，这样写道：
关于安田要为我画像一事，毫无事实根据，纯系谣传。为此，画家高村还曾写信问过我。我觉得，诸如画像、铸铜像一类，皆系低级庸俗之举，无聊之极。
“画家高村”是指出身长冈的高村真夫。这个所谓的“谣传”，其实并不是“毫无事实根据”的。后来，安田韧彦的确为山本画了一幅题为《十二月八日的山本元帅》的肖像画，只是没能当着山本的面儿画，是参考照片创作出来的。这幅肖像画在后来1944年文部省举办的“战时特别美术展览”中被展出了。它被视为安田的杰作。
山本的这幅肖像画，战后曾一度下落不明。有人说，被美国海军带到华盛顿去了，但并无证据可考。20多年过去了，到1966年，才终于弄清了去处，是被国内的某人珍藏了起来。
山本很反感大本营在奏有《军舰进行曲》的隆重气氛中发表夏威夷作战战果。
1942年春初，山本经常在幕僚休息室里同幕僚们闲谈。每当幕僚们提到大本营在庄重的《军舰进行曲》声中发表战果一事时，不难看出，他的脸上总要流露出不愉快的表情。有时，他甚至当即表示反感地说：
“报道也好，公报也好，贵在真实。原原本本地把事情告诉给人们，也就够了，用不着大喊大叫地去故意鼓动人们。有关战争战果方面的宣传，更要真实，决不能说谎。如果说谎，必然招致失败。报道部的指导思想，全然是错误的，那样夸张的宣传，似乎是为了指导社会舆论，振作国民的士气，而实际上，适得其反，吹牛说大话，有害无益。”
当时，决定为海军在东京的日比谷公园修建一个刻有《军舰进行曲》的纪念碑，请山本题写碑文。山本在同藤井参谋商量之后，又经整整一个晚上的考虑，最后还是写信回绝了。
人们一向称颂海军是“无名英雄”，“脚踏实地从不炫耀自己的队伍”，而珍珠港一战后，海军却变得越来越自吹自擂了。
平出英夫大佐，是海军报道部的主要成员。在战事的宣传中，他表现得非常活跃，在人们的印象中，他就是海军报道部。
对于海军自吹自擂的宣传，国民并不介意。因为他们拥护并感谢海军。说来也奇，自开战以来，战局的发展，非常顺利。而且，各主要方向上的胜利都是海军取得的。
1月11日，由堀内丰秋中佐所指挥的日本海军史上最早的空降部队，突然出现在印尼西里伯斯岛的万鸦老地区，并迅速占领了该地区。马尼拉、新加坡也相继于1月4日和2月15日陷落。
2月27日下午1时，高木武雄少将指挥的第5战队的14艘驱逐舰和4艘巡洋舰，在爪哇海面，同由5艘巡洋舰和9艘驱逐舰组成的敌舰队遭遇，双方实力相当。
这支敌舰队，是由美、英、荷兰、澳大利亚这四国军舰组成的联合舰队，由荷兰海军少将杜尔曼指挥。
在望远镜中看得清清楚楚：第1艘舰上挂的是荷兰旗，第2艘舰上飘动的是英国军舰旗，第3艘舰上飘动的是星条旗。
这里同北太平洋上不同，海面明亮，耀眼，风平浪静，军舰可以以32节的速度前进，犹如迎着强劲的台风。
双方迅速展开了激烈的战斗，一直战到夕阳西下。傍晚时分，敌联合舰队连损两艘驱逐舰后，开始溃逃。日落后，日本第5战队的舰只也停止了追击，向北方撤去。
当夜，下半夜1时，又开始了夜战。日本舰队发射出以氧气为动力的先进的远射程鱼雷，连连奏效。敌舰队先头的荷兰重巡洋舰“德罗依特”号中弹进水，逐渐下沉，坠入海底。接着，第4艘荷兰重巡洋舰“爪哇”号也被击沉。余下的其余舰只，第二天（3月1日），又被前来追击的高桥伊望中将指挥的第3舰队攻击，英国的“埃克塞特”号巡洋舰和两艘驱逐舰相继被击沉。到此，战斗遂告结束。
荷兰“德罗依特”号军舰上的指挥官——德尔曼提督，同“威尔士亲王”号舰上的托马斯·菲利普斯一样，拒绝官兵们的救助，与其座舰同归于尽了，而日本舰队几乎毫发无损。
这就是有名的“苏腊巴亚海战”。一周以后，爪哇岛上的盟军宣布投降。
当时，“那智”舰上的高射炮分队长田中常治，后来，在他所写的《爪哇海上的决战》一书中，详细地记述了这次海战的经过。
指挥这次作战的第5战队的司令官高木武雄少将，后来被提升为中将，任马公警备府司令长官。
吉田俊雄在为田中常治的《爪哇海上的决战》一书所写的出版说明中说：“包括击沉美国‘休斯敦’号巡洋舰和英国‘珀斯’号巡洋舰的巴塔维亚海战在内的开战以来的各次海战，标志着近代海战的结束。
总之，包括巴塔维亚海战在内的开战以来日本的所有海战都是绝对胜利的。
人们的头脑是容易被胜利冲昏。前面曾提到过，堀悌吉对海军中那些言必称“无敌的舰队”的人是非常反感的。他曾一再表示反对说：“无敌的舰队”，那不过是忘乎所以的自我吹嘘而已。从夏威夷、马来到苏腊巴亚、巴塔维亚等一系列海战，一个接着一个的胜利，使那些人更加忘乎所以了，甚至连先辈的遗训、历来的光荣传统都置之脑后，更加滥用“无敌的舰队”一词了。由于胜利，世人对这种忘乎所以的宣传，也并不感到反感，倒是越来越顺耳了。
山本对海军中日益滋长的这股因为暂时的胜利而得意忘形的情绪，却深感忧虑。
正如政务参谋藤井茂所说：“开战后第一阶段的作战，实在是太顺利了，反倒掩盖了各种消极情绪。平时，长官（山本）的脸，看上去，总是那样平静。可是，到这个时候，反倒时常见到他的脸上流露出焦虑的神色。”
在山本看来，争取开战之初的一系列胜利，并不是目的本身，而是手段或筹码。真正的目的在于，通过这些作战，促成日美和谈的条件。他不想使同美国的这场战争发展下去。但是，迄今为止的一切努力，并没能使这种和谈成为可能。因此，他深感遗憾和不安。
他曾这样流露说：“要想使我方在军事上处优势地位而结束战争是很难的，还需要付出极大的努力。其实，日俄战争的结局也不过是勉强取胜。”
受山本的影响，大多数幕僚也持与山本同样的观点。
参谋长宇垣缠在他的《战藻录》中1942年1月8日的这篇日记里就曾写道：
开战至今已有月余……我军所向披靡，连连取胜。然而，不论取得怎样的辉煌胜利，如国家没有正确的大政方针，军方的一切努力和牺牲，也终属枉然。
从前面所提到的《战藻录》中大量的内容来看，我们不难看出，宇垣这个人头脑的确有些简单，性格也非常直爽，考虑问题远不及山本成熟。他能有如此见地，不能说不是受山本影响的结果。
这里，还需要顺便提一句，在这时的联合舰队的四万官兵中，只有山本一人，是真正具有日俄战争实战经验的。
这年（1942年）2月12日，联合舰队司令部从“长门”舰迁到新造的“大和”舰上。从此，战列舰“大和”号便成了联合舰队的旗舰。
同具有32年舰龄的“长门”舰相比，“大和”舰从设备到官兵的居住条件，都显得格外先进、豪华。幕僚们非常喜欢这一新的旗舰。
联合舰队司令部迁至“大和”三天后，新加坡被攻克。
当时，摆在日本政府和军队面前的战争，有两种前途，即“有限战争”和“无限战争”。所谓“有限战争”，就是打是为了促成和谈的条件，一旦打到利于和谈的程度，立即谈判讲和；所谓“无限战争”，就是竭尽全力，一打到底，不惜大规模屠杀对方的国民，直至使敌方认输投降。
从事实的结果看，日本选择了后一种战争道路。这里姑且不说陆军持何种观点，仅就海军的官兵来说，恐怕没有一个人愿意将美国的这场战争发展为无限战争。
1941年初，即战争开始的十个半月前，山本曾给川良一回复一封信。这封信当时被发表了，影响很大。现引全文如下：
来函收悉，知阁下身体健康，非常高兴。欣闻阁下最近乘“浦波”号前来南洋进行了视察，不胜感激。今，当政之人，多在桌上论国谈兵，少有体察实际者。对您忠于职守，以身作则，身临麾下体察下情之举，本人深表敬佩。您信中“有山本在海上，我实感放心”之言，实为过奖，本人万不敢当。卑职不才，不过谨奉“敌弱不轻，敌强不畏”之圣谕，在海上锤炼队伍而已。吾之所恃，乃数万官兵胜而不骄，忠心报国之赤诚也。倘日美一旦开战，吾之目标，断非关岛或菲律宾，亦非夏威夷或旧金山，而只望于白宫同美国缔结和平条约，尽早停止战争。今之执政者，果有施此治国之策的决心和信心吗？呜呼！
望你多多保重。钝笔至此，余言后述。
1941年1月24日
川良一乘西川的水上飞机“浦波”号到南洋群岛视察了一圈后，曾写信给山本。山本的这封信，是给川的复信。此信战时被发表了，所以出名，影响很大。当时为了保密起见，发表时，把“浦波”号隐写成了“○○”号，并删去了原信中的“今之执政者，果有施此治国之策的决心和信心吗？呜呼！”一句，据说是为了“鼓舞国民的士气”。
经同盟通讯社传到美国之后，美国当局对该信的内容极大愤慨。他们认为：山本是个战争狂，一心想率兵打到华盛顿，是个同东条一样可憎的人物。事实上恰恰相反，这是对山本的误会。实际上，山本的这封信，是借对川的讽刺向近卫和海军大臣及川发泄强烈不满。因为在山本看来，他们应该明白：与美国的这场无限战争是无法打下去的，应该寻求和谈的途径或选择其他战争形式以利尽早结束战争。
从这种想法出发，所以，自战争开始以来，山本一直在考虑如何争取和谈，尽早结束战争的问题，并始终不懈地为实现和谈和结束战争而创造着条件。
山本认为，新加坡攻克后，是一个极好的媾和机会。
如前所述，？川良一是日本右翼势力中唯一的一个支持被视为亲英美胆小鬼的山本的人。前面已经提到，他曾拿着山本的介绍信前往中国。他在南京时，当时任全军首席参谋的政信曾同他讲述过自己的一段故事。那时，青木一男是汪精卫政权的顾问，后来升任为大东亚大臣。政信笑着同？川介绍说：当时我同青木争执得很厉害，便拔出军刀，对准青木。青木吓得脸色铁青，跑了出去，真是个胆小鬼。川听了，反问道：
“当时，青木手里拿着的是什么武器？”
“他什么武器也没拿。”
“青木两手空空。而你呢？”
“除了军刀外，还有手枪。”
“一个手持军刀和手枪的人，威胁一个手无寸铁两手空空的人，即使对方吓得脸色铁青，跑了出去，又有什么呢，那么究竟应该说谁胆怯呢？显然是你，而不是对方。”
山本好像佩服川的这种直言不讳，是非分明的求实精神。川对航空事业非常关心的这一点，也使山本为之赞许。
开战前三个月的9月的一天，山本从柱岛来到东京时，曾特意把川叫到东京芝区的水交社，对他说：这一仗，看来是不可避免了。如果你看到海军的军乐队精神抖擞地奏着军乐，出现在银座或心斋桥的话，那就是决心要打了。“要打，在开战的初期，就得像章鱼那样，把手脚全部伸展开，争取连续打几个胜仗给他们看看。但是，至多只能坚持一年半，再长了，就很难说了。到那时，无论如何也得谈判言和，不能再硬坚持下去。言和的机会是有的，确切一点说，就是在新加坡攻克的时候是个很好的时机。只要新加坡被攻克，缅甸和印度必然会发生动摇。印度的动摇，对英国来说，是个极大的打击。英国失去印度，就如同一位老人被撤去脚炉一样。但是，当政的政治家们，竟没有人能看透这一点，并能采取坚决果断的和谈措施实在令人担心。我想，半年后是能拿下新加坡的。到那时，就得看你的了。”
早在开战前，山本就已经准确地预见到了这一点，并把自己的看法说了出来。
山本这时所考虑到的讲和条件，虽然当时还没能达到大战末期中美英三国联合发表的《波茨坦公告》中所规定的那种程度，但是，在日本节节胜利的当时来说，能够考虑到拿出那样的媾和条件，应该说是够彻底的了。这从山本与桑原的下述谈话中可以看出。
山本任航空本部部长时，桑原虎雄，军阶为少将，任第4航空战队司令官。第4航空战队由“瑞凤”、“凤翔”这两艘小型航空母舰组成，担任柱岛主力舰队的护卫任务。新加坡陷落两个月后，桑原虎雄转任为新设的青岛方面特别基地部队司令官。临赴任前，他特意来到旗舰“大和”号与山本辞行。山本见其前来，便主动同他打招呼说：
“来，来！进去谈谈。”
桑原同山本在长官室里谈了许久。其间，他问道：
“不知下一步的战局将如何发展？”
“从前一阶段看，还是不错的，但以后嘛—首先最要紧的应该是……”山本回答说。
山本欲言又止，桑原便进一步婉转地问道：
“山本先生，作为长官，你也许不便于说得那么明白，我只想打听一下，你对媾和的问题是怎样考虑的？”
山本“哼”了一声，想了想说：
“现在是媾和唯一的极好机会。作为我们日本，首先提出讲和的问题，这就足以能说明我们并没有扩张领土的野心。谈判中我们应该强调这一点。如果再加上愿意全部归还迄今为止所占领的别国的领土这一条，就更能有利于和谈的成功。我认为，这样做并不容易，但只要有这样的决心，停战是可以实现的。但是，政府恐怕也难甘心情愿地这样做。”
山本所说的，完全是事实。可惜的是，这一极好的和谈机会就那么白白地错过了。
山本究竟对川良媾和一抱有多大希望呢？他是否相信？川是“能坚决采取和谈措施的政治家”？我们并不清楚。不过，有一点是清楚的。那就是，川当选为众议院议员，并非是经推荐的候选人，而是被提名当选的。据说，他在陆军上层，确曾宣传并解释过山本媾和的主张，只是那些人并没有作出任何反应。
和谈如果没有任何希望的话，那么，作为联合舰队司令长官的山本，自然，不得不考虑下一步的作战计划了。
1941年的12月底，山本在给他的侄子高野气次郎的信中曾这样写道：
进攻菲律宾、香港、马来西亚和荷属印度尼西亚的作战，我认为并没有多大问题。第二阶段是事情成败的关键，还需要做好充分的精神和物质准备……
在第二阶段的胜利，也并不完全取决于军事上如何，而需要军政双方相互配合，齐头并进。问题是要有能够审时度势，认清形势，抓住时机处事果断的人……
尽管山本在信中确实提到了第二阶段作战的问题，但是，他的属下是在1942年1月5日接到他的关于研究第二阶段作战计划的命令。
《战藻录》中1月5日这天是这样记载的：
1月5日星期一晴冷
大体上到3月中旬便可结束第一阶段的进攻性作战，紧接着，下一步的作战将如何展开呢？是进攻澳大利亚，还是出兵印度洋？还是再度进击夏威夷或去对付苏联呢？不管怎样，到2月中旬也应该拿出作战计划来。为此，才令参谋们开始研究具体作战方案。
以上这段记载，虽然提到了关于第二阶段的作战问题，但只是笼统的想法，目标并不明确。虽然在新加坡攻克之前就已开始研究了，但时机却显得有些晚了。而且，后来的方案看来恰恰证实了这一点。
我不由得联想到开战之初的进击夏威夷的作战。在进击夏威夷很早以前，山本就周密详尽地拟制了作战计划。计划中，除明确规定了具体作战实施方案外，还对官兵们提出了具体要求，并指出了此战胜败可能带来的影响。如“以期全歼”“初战成功与否，直接关系到以后诸战胜败”“胜败在此一举，要有第一天决定胜负的决心”等等。那么，山本对第一阶段的作战考虑得如此周密，为什么到目前为止，没能拿出准确可行的第二阶段的作战计划呢？也许山本打算待第一阶段的作战结束后，根据实际情况再考虑下一步的作战计划吧。
新年，山本接到堀悌吉寄来的贺年片，他在1月12日给堀的复信中写道：
初战应该说是一帆风顺的，在顺利中过个好年。不管怎么说，前阶段也是很辛苦的，现在轻松些了。
飞机的损失比原预料要少。现在的问题是增补飞行员。我想，要争取在较短的一段时间内，迅速培养出一批飞行员来为好。实际上，已经着手这样做了。还有，我越来越感到需要一些小型舰艇和部分价廉的货船。
最近，感到过得很无聊，也没有什么有意思的书看。有好书的话，请给我寄几本来。
《战藻录》里，1月5日的日记中提到四种作战方案。这里暂且把进攻苏联的问题放在讨论的范围之外。第一方案是攻取澳大利亚。这是海军军令部作战部最感兴趣的，一直在极力主张实施这一方案。海军军令部作战部认为：夏威夷一战后，美国可能在1943年春季以后必然要以澳大利亚为基地对日本进行全面反攻。因此，在此之前，日本必须拿下所罗门群岛，新喀里多尼亚岛、斐济群岛、萨摩亚群岛等岛屿，以防止美国向澳大利亚部署空军，力求把澳大利亚孤立起来，切断美国和澳大利亚间的联系。这就是所谓的“切断美澳联系的方案”。
第二个方案，是出兵印度洋。这一作战方案是联合舰队司令部最初主张实行的方案。依照这一方案，需要陆军出动5个师左右的兵力，攻取锡兰岛（斯里兰卡），动摇英国和印度，将英国的东洋舰队引诱出来，一举全歼，然后同从高加索南下中东的德军携起手来。
但是，从一开始这一方案就遭到了陆军上层的反对。
有人说，太平洋战争是由不懂得海的人挑起的，由不懂得天空的人来作战的。陆军对于东南亚诸岛屿的作战并不感兴趣，也没有进行过很好的研究。陆军认为，对日本的威胁最大的是北面的苏联需要认真对付。值此进攻东南亚的作战暂告一段落的时候，应该把陆军本来就不该用在南方的主要力量调回中国的东北和华北地区。在这种时候，陆军参谋本部当然无法接受，抽调陆军5个师左右的兵力去参加印度洋作战。
进击印度洋的作战计划。由于陆军的极力反对，只得放弃。在这种情况下，联合舰队司令部被迫决定实施第三个作战方案，即进攻中太平洋。
在当时，只有美国的机动舰队具有空袭日本东京的能力。倘美国机动舰队空袭日本，把日本各主要城市毁成废墟，进而再大规模空袭首都东京，其情景将惨不忍睹。为了捍卫大日本帝国的国土和帝国海军的尊严，日本海军决定再度出兵太平洋。
这项作战计划是个规模很大的计划。所涉及的范围相当广泛，先占领中途岛开始，可能的话，再度进攻夏威夷，进而进攻美国的阿留申群岛，将日本的空中和海上的防卫范围向东扩展2000海里，引诱美国的太平洋舰队出来，消灭在太平洋上。
陆军天生习惯并贪恋于“喝泥水，吃野草”的陆上作战，海军军人，则一心想要在浩瀚的海上展开大规模舰队决战，这也许是一种生就的天性吧。
就这样，一直保持不败战绩的日本海军踏上了中途岛失败的道路。此时，在东南亚占领区的陆军中，也出现了各种不祥之兆。
山本在3月7日写给古贺峰一的信的最后一段中写有这样几行：
第一阶段的作战行将结束。我听说“陆州”在香港、法属印度支那、新加坡、菲律宾等各占领区内，越来越暴露了真面目，这是很危险的实在令人担忧。但愿它不会自我崩溃。
信中所说的“真面目”，指的是奸淫抢掠等无耻之事，还有战后被作为严重事件提出来的在新加坡大量屠杀华侨的问题。“陆州”即是陆军。也许是乌鸦落在猪身上——只见对方黑不知己也黑吧，陆军常被海军蔑称为“陆助”、“陆州”或“陆式”等。
4月2日，作战参谋渡边安次，来到东京到军令部征询意见。探讨联合舰队的关于进攻MI（中途岛）和AL（阿留申群岛）的作战计划。
此计划被军令部再一次坚决反对。作战部一课课长富冈定俊大佐和课员三代辰吉中佐反对得尤为强烈。
战后，三代辰吉化名三代一就，依据战时的工作记录和自己的笔记写了一本题为《关于MI作战计划的争论》的回忆录。据该书所载，他和渡边安次是老同学，同期在海军军校和海军大学就读。他们之间交往密切，关系非常好。他常把渡边戏称为“安兵卫”。但是，由于对MI作战计划的看法不同，他们之间展开了激烈的辩论。双方各自所坚持的观点，书中有详细记载，不多引用，在这里只援引其中的一部分。三代在书中写道：
山本究竟想没想过，以中途岛为基地进行防卫和空中侦察，究竟能有多大效果？恐怕起不了多大作用。然而，维持这一远离本土的孤岛上的必要补给，却是相当困难的。为不得不投入大量的人力和物力，维持我军在该岛上的正常活动，这势必会削弱我军其他方向上的空中力量，给舰队作战也会带来很大负担。山本认真地考虑过这些吗？
书中还提到：
富冈定俊也坚持说：不是我傲慢不逊，我认为，关于中途岛作战计划问题，山本根本就没有战略眼光，没从大的战局上着想。第二阶段的作战，首要的也是最关键的，应该是切断美国与澳大利亚的联系，防止美国把澳大利亚作为前进基地。即使到现在我也坚持这样的观点。
军令部对计划是反对的，然而，他们坚持意见的态度和方式却有所不同。富冈和三代，观点明朗，态度坚决。而军令部次长伊藤整一和作战部长福留繁表现得却不那么明显。这是有其内在原因的。
富冈和三代同山本的个人交往都不多，对他也不那么了解，仅限于一般的工作上的来往。而伊藤和福留同他们却不同。早在1939年山本到旗舰“长门”上任联合舰队司令时，福留繁是“长门”舰舰长。后来又到联合舰队司令部任参谋长，在山本手下长时间工作过。伊藤整一也另有一番经历。山本在日本驻美使馆任武官时，伊藤作为一般工作人员，也在使馆工作。他们相处得非常融洽。山本处处关心他，甚至还耐心地教给他学习方法。他曾在福留退任联合舰队参谋长后，宇垣还没有到任之前，担任过一段联合舰队参谋长职务。
三和义勇和渡边安次完全是因为被山本的人格和为人所折服，而同意山本提出的进击中途岛的作战计划，而伊藤整一和福留繁恐怕是出自人情和交情的考虑以及对山本的信任，才同意他的主张的。
军令部作战课态度强硬反对，而且理由很充分。双方争论不休，相持不下。最后，渡边也似有犹豫地让步说：
“长官下了决心。长官已经认定的方案，不能只因为作战课的反对而收回去。还是应该听听军令部领导的意见。如果上层不发话，我是不能回去的。”
听了渡边这样说之后，作战课决定同他一起到作战部长福留繁的办公室去，向福留汇报，让他来最后裁决。他们来到部长的办公室后，福留首先详细地听取了渡边的说明。接着，福留打断三代表示反对的发言：
“不要那样说吧，这是联合舰队几经研究并渴望实行的方案。我们要尽可能地尊重他们的意见，还是研究一下再决定吧，不好吗？”
以重新“研究”为基础上，4月5日，于军令部作战室，军令部总长永野修身和次长伊藤整一亲自参加，又一次激烈的争论。其间，渡边起身离开作战室，经吴市往“大和”挂电话。在电话中，他向山本汇报了中央研究的情况，在得到山本又一次明确指示后，他回到作战室，向与会者转达了山本的意思。他说：“长官的决心已定，不能再改变了。”
福留繁转向伊藤次长，用请示的口吻说：
“既然是山本长官这样说了，那么，我们就依从他的意见吧？”
伊藤并没作声，只是点了点头，表示默许。见此情景，三代低下头，趴在桌子上哭了。总长永野也没有提出任何异议。
4月4日也就是在召开这次会议的前一天，正是山本五十六虚岁的生日。海军省人事局局员大野，带着授予山本的两枚勋章—一枚是表示一等功勋的“旭日”勋章；另一枚是表示二等功勋的“金至鸟”勋章—来柱岛的“大和”舰拜访山本。据说，山本看着那金光灿灿的“金至鸟”勋章说：
“上面授予我如此高的荣誉，我看不妥。对于这样的荣誉，我实在是受之有愧。”
的确，自开战以来，山本连一艘敌舰和一架敌机也没有亲眼看到。他这样说，恐怕并不是谦虚，确是心里话。
这天，山本在给东京的堀悌吉的信中写道：
……武井来吴市，因感冒发烧，未能来舰队一叙，殊感遗憾。我转托他带去放到次官办公室保险柜里的那个袋子里，其实也并没有什么要紧的：
其一，是1941年1月7日所写的一份备忘录。是我同海相及川交换了意见之后所写的夏威夷作战和联合舰队长官的人选问题。
其二，是早在1939年5月前后，我时刻受到宪兵的跟踪，人身安全受到威胁的情况下所写下的一份东西。
其三，是1941年12月8日我所写的简单的一份东西（里面丝毫也没有谈到关于家庭的事情）。
其四，是放有少许现金的一个信封。
我还再三嘱咐说，必要的时候，请一定要把这个口袋交给堀中将。
今天，东京人事局来人，还特意为我带来了勋章。我感到很惊讶。这样作，让在第一线出生入死作战的官兵们会怎样想呢？真是让我“惭愧之至”。我又不能像高松宫那样，把授勋部门的主管人员叫来，狠狠地训斥他一顿……
山本五十六
4月4日
武井大助，因有公事曾来吴市，但因感冒发烧，没能前来“大和”看望山本。因此，山本令人把前面所说的这个口袋送到吴市，委托武井把他带回东京，放到海军省的保险柜里保管起来。
在给山本堀悌吉的信中，虽然说他托人保管起来的东西中“并没有什么要紧的”。但从他《述志》的那篇文字中就可以看得出来他所写的书简的前半部分，实际上就是遗书。信中所说的“必要的时候”，就是万一他牺牲了的时候。
前面已经部分提到了山本所封存起来的这些东西的详细内容，其余的，放到山本死后，次官泽本赖雄亲手打开保险柜拿出东西，由堀悌吉细心察看的时候，再加以介绍。
两三天之后，参谋渡边从东京返回“大和”。
1942年4月18日，刚过中午时分，东京突然遭到美国轰炸机的轰炸。
“三和”小店的丹羽美智曾请山本为其小店专用火柴的火柴盒题写过商标。本来，丹羽对梅龙千代子早就有看法，她正好借这个机会，当着山本的面说了不少关于梅龙千代子的坏话，刺痛了山本的心。从那以后，他们之间约有两年的时间没有来往。可是，开战以后，丹羽非常挂念山本，时常思念他。而且，每当想起他，她就心神不定，坐立不安。受这种心情的驱使，她又开始往“长门”写信。就这样，山本又恢复了同这位曾为新桥艺妓的丹羽美智书信来往。
山本在回复丹羽3月11日来信的信中写道：
美智：
……很高兴听说你的买卖兴隆，过去的一点小事，不足挂齿，更何况你已经主动地承担了责任呢。我已没什么可说的可写的了。
正如你所说的那样，很多人也是这样想的。这也正是我为之而深感不安的原因：开战已三个多月了，并没有遭到敌人的空袭。为此，人们感到心满意足，更增加了安全感。甚至还有人感谢我，认为这是我的功劳。这是完全错误的。敌人没有前来空袭，与其说是我的功劳，还不如说是敌人本身的错误，应该去感谢美国。可以想象，如果敌人前来轰炸的话，像东京这样的城市是防不胜防的……到敌人前来轰炸的那一天，国民们不把责任完全归咎于海军，也就足矣了。总之，依我看，要多加小心，最好是把人员和财产疏散一半到郊区去。
第一阶段的作战，如同儿童时期的黄金时代一样，很快就过去了。接着，便步入成人时期，道路是坎坷的，不应再打瞌睡了，要振作起来……
威廉·哈尔西中将率领美国特遣舰队，对日本进行了轰炸。山本所担心的事情，果然发生了。该特遣舰队由以下舰只组成：2艘航空母舰—“企业”号和“大黄蜂”号，4艘巡洋舰，8艘驱逐舰。“大黄蜂”号母舰上，载着16架B25轰炸机，指挥官是陆军中校詹姆斯·杜利特尔。
美国陆军的双引擎中型轰炸机B25轰炸机。在“大黄蜂”号这样的航空母舰上起飞，是相当勉强的。起飞后，无法再回到母舰上来。所以，一出发时就决定：飞机离开母舰执行完轰炸任务之后，不返回母舰，直接飞往中国，降落到蒋介石军队控制的机场上去。
日本人没有想到美国用航空母舰载着陆军军人和陆军的大型轰炸机，去执行空袭任务的作战形式，美国的特遣舰队，这时，还不能像大战末期那样，旁若无人地攻击日本。安全起见，他只好把舰只停泊在距日本很远的海面上，既要达到空袭的目的，又要保证舰队的安全。因此，它宁愿这样多吃些苦头。
18日晨6时30分，“第23号日东丸”在本州以东较远的海面上执行巡逻警戒任务，于犬吠岬以东650海里的海面上，发现了美国的两艘航空母舰。当时，“日东丸”本想用无线电向陆上汇报，但转念一想：根据以往的常识来判断，从这个位置上起飞的舰载机，是不可能对日本本土进行空袭的。于是，决定不发电报，密切注视着美国舰队的动静，酌情再作处理。出乎意料的是，美国舰队的“纳什维尔”号巡洋舰，突然，向“第23号日东丸”猛袭过来，击沉了“日东丸”。
杜利特尔指挥轰炸机队，从距东京668海里的“大黄蜂”母舰上起飞后，分几个编队，直奔日本本土而来。除东京外，还轰炸了川崎、横须贺、名古屋、四日市、神户等重要城市。“企业”号担负着护卫特遣舰队本身的任务，其所载飞机一架也没有起飞。16架B25轰炸机相继离舰起飞后，舰队立即向东方撤去。
美特遣舰队司令官哈尔西，是一个烈性的猛将。战争中，他的一句有名的口号是：“杀！杀！杀！杀死日本人！”在美国海军的高级指挥官中，他是最恨山本，怒骂“山本是畜生”。
早在西奥多·罗斯福任总统（第26届）时，哈尔西曾以少尉军官的身份来过日本的横滨。其后，又几度乘军舰到日本访问。日本政府连续几次敬赠给他勋章。
杜利特尔中校驾机临出发时，哈尔西把自己的这些勋章全部交给他说：
“给你，到东京的上空，把这些东西如数退给那帮家伙。”
据说，空袭的前一天，数名美海军军官，把日本赠给自己的勋章都拿到“大黄蜂”舰上，系在了飞行甲板上五百磅炸弹的尾部，在第二天的轰炸中，投在了东京的某个地方。
杜利特尔轰炸机队并没有给日本带来太大的损失。日本方面还有人用诙谐的口吻讽刺说：
“这次空袭，不是‘收获甚微’，而是‘一无所获’”，然而对日本人心理上的打击却是巨大的。
据说，空袭过后，总长永野修身在军令部的作战室里，绕着会议桌踱来踱去地说：“这怎么能行！这怎么能行！”
在空袭后的4月29日，山本在给丹羽美智的信中，虽然用故作轻松的口气写道：“东京也遭到了一定程度的空袭，实属遗憾。其实，对东京人来说，这也算不上什么真正的空袭，不过是一次利于提高警惕的演习。”然而，实际上，这次空袭对他的刺激是相当大的。
他在5月2日写给古贺峰一的信中这样写道：
上月18日的空袭一事，给人一种感觉是，好像一个自鸣得意、飘飘然的人，突然上了别人的当，非常尴尬。虽说损失并不大，但帝国首都毕竟蒙受了耻辱。更遗憾的是，连一架飞机也没有击落，实在有失国体。此也无异于给“一次拙劣的攻击胜过巧妙的防御”作了恰如其分的说明。
军令部虽然勉强同意了中途岛的作战计划，但迟迟未定下来出兵的日期和具体作战时间，美国的空袭，客观上促进了军令部早下决心。军令部决定把出兵的时间提前——至少也不想再推迟了。
就在杜利特尔空袭日本的这天早上，南云忠一所指挥的日本机动舰队，已结束在印度洋的作战，正好行进在返回本土的途中。舰队一过巴士海峡，台湾岛便隐约出现在他们的视野之中。
舰队的官兵们离开自己的国土，又约有三个月了。
自珍珠港作战以来的四个半月中，正如古书《古事纪》中所记载的俄国开战时的作战故事那样，南云舰队所向披靡，战绩卓著，总共行程5万余海里。从南下空袭拉包尔岛、达尔文港、出兵中太平洋、追击来自马绍尔群岛的美国来袭舰队，到挥戈西向遥远的印度洋，进击锡兰岛的科伦坡城和亭可马里港，一路攻无不克，战无不胜。堪称以绝对的优势压倒了对方。4月9日，在锡兰岛亭可马里港外海面上，击沉英国“竞技神”号航空母舰一战，前后只用了15分钟就结束了战斗。
胜利的呼声不断传来。然而，就在这一片胜利的欢呼声中，却有人在深思某些问题。
渊田美津雄就不止一次地提出疑问说：“当前的仗这样打下去，能行吗？”
绝非一两个人持渊田这种想法。他们在想：我们眼前最重要的敌人是美国。对日本的威胁最大的是美国的舰队。然而，却放下美国不打，光去南征西闯，劳师远征，疲于奔命地打些“杀鸡用牛刀”的仗。
他们甚至对包括山本长官在内的联合舰队司令部，某些做法也产生了怀疑。他们认为：如果为了同中央保持密切的联系，以便全面了解情况，使各个方向上协同作战，那么，联合舰队司令部和山本长官，就应该像美国太平洋舰队司令部和总指挥官那样，迁到陆地上去；如果山本长官崇拜已故的东乡平八郎，一心要效法他的所谓“亲临前线指挥”的指挥方法的话，那么，他就应该身先士卒，到机动舰队中来，同这里的官兵们同甘共苦，出生入死在战场上。事实上，司令部和长官山本，既没到陆地上同中央在一起共同指挥，也没有亲临战场，跟随舰队远涉重洋，而只是停留在一直停泊于柱岛泊地的“大和”舰上。“大和”舰，是世界上最大的战列舰。这样做，实际上就是把这样一艘巨大的很有战斗力的战舰，搁置在了战争之外。难怪一些飞行员把停泊在柱岛不动的“大和”等战舰，嘲讽为“柱岛舰队”。
日本海军中的绝大多数人，确实很崇拜已故的东乡平八郎，包括上层的高级指挥官在内，不知为什么，对他们来说，东乡就像天地一样永恒地存在着。东乡的幽灵，无时无刻不在海军中徘徊，左右着人们的思想和行动。然而，山本却不同。他对东乡，好像另有看法，甚至可以说，有着某种反感。在日本海大海战中，东乡，确实立下了不朽的战功，这是海军公认的。但是，在他一生的军人生涯中，也确实有过不少荒唐之事。如果按照井上成美划分一等二等大将的标准，他是列不进一等的范围的。
从以下这两件事便可看得出来。山本对东乡的反感，那时还是山本任次官时。
一次，山本和新桥的女流们通宵玩麻将。到了第二天早晨，中村家的古川敏子，突然想起了什么，站起身来说：
“不玩了，就到这儿吧。今天，我得去参拜成田的灵墓。”
山本听了觉得很奇怪问道为什么要去参拜成田呢？敏子说：那还用问，自然是为了祈望好运，图个吉祥呗。山本接着说：
“噢，原来如此。那样的话，又何必舍近求远呢？近处不是有东乡神社吗？何不到附近的那些人那里去参拜一下呢？想有好运的话，就到东乡神社去好了。像东乡那样运气好的人，肯定一求就灵。”
山本这里所说的“附近的那些人”，恐怕大半是指日本海大海战时，东乡平八郎的那些幕僚们。如加藤友三郎以及秋田真之等。
另外，还有这样一件事。
1938年秋，鹤岛正子在佐世保建了一个比较高级的饭馆。特意命名为“东乡”，以表示对东乡的怀念。饭馆开始营业后不久，正子因有事来到东京，她打算借此机会去参拜一下东乡元帅的墓，并把这一想法同山本说了。山本对此有些反感，用蔑视的口吻阻拦道：
“什么？到人的墓上去又有什么用，算了，算了。”
山本五十六，井上成美，对“圣将东乡平八郎”有反感，并不仅仅因为他的运气好坏，而更主要的是因为，华盛顿裁军会议以后，他被小笠原长生以及加藤宽治等那些惯于阿谀奉承的人蒙蔽了。他的很多观点和行动，逐渐和“舰队派”一致了。
作为一个正直有头脑的忠诚将领，本该有自己的主见，不应人云亦云，被那些奉承拍马的小人弄昏了头脑。话又说回来了，他身边吹捧他的那些人，如果稍微忠诚正派一点，东乡也不会变到那种地步。至少，他的观点不至于那样偏激。旧海军中的某些军人们，至今，每提起这件事，还为之而感到遗憾。
因为华盛顿谈判中提出的五、五、三的比例问题，下村正助中将，请求东乡予以谅解。然而，使他大为失望的是，东乡不但反对强烈，而且，态度也像军令部中那些少壮派军官一样，气势汹汹，非常强硬。他当即毫无缓和余地地反驳说：“把我的那么多军舰变成废铁，那是绝对办不到的。”
据说，下村曾非常遗憾地说过：“唉！东乡先生，已经很糊涂了。虽然说确实也大了些。但是，关系到世界形势的重大原则问题，也应该是非清楚，把握得住呀。”
这里不多赘述，有关这些问题。
当初，进攻夏威夷的目的就是，要使美太平洋舰队受到摧毁性打击，使之陷于瘫痪，至少，在半年之内不能动弹。然而，具有讽刺意味的是：“长门”、“大和”等日本海军主力舰只，直到中途岛作战之前，停泊在柱岛，也一直未动。没起到任何作用。从客观结果上看，同珍珠港的美国太平洋舰队，是一样的，所不同的只是，前者是因受到损失，而后者则因根本未动。
渊田还埋怨说：“‘柱岛舰队’，每天都在练习炮击，不知炮口打算对向何方？”
南云机动舰队，结束对科伦坡、亭可马里港的空袭，在返回本国的途中，驶过巴士海峡之后，得知东京被美国特遣舰队空袭了的消息。同时，接到“全速前进，去追击美国舰队”的命令。但因相距距离太远，已无法赶上。哈尔西的特遣舰队，完成对东京空袭的任务之后，早已返航，向东方撤去。无奈，南云舰队，解除了战斗状态，各舰分别返回了预定的母港。
南云舰队经过长达三个月的远征，刚刚回到祖国，已经很疲劳了，非常需要必要的休整。然而，就在他们还没有开始休整的时候，却又接到了进击中途岛的作战计划，并要求他们，必须尽快出发。
刚刚从南方战场归来的近藤信竹中将所指挥的以“爱宕”等重巡洋舰所组成的第2舰队，也接受了进击中途岛的新的作战任务。
出发的日期，已经决定。对于他们来说已无法要求推迟作战日期，也来不及对作战方案本身提出任何修改性意见了。
毫无疑问，即将参加这场实际作战的机动舰队，对联合舰队司令部如此仓促的决定，一定会感到不满。而且，从实际作战的角度来看，他们也会感到心中无底。然而，因为这次作战的对象，是他们最恨的敌人—美国，而且很可能是在海上同美国的舰队进行决战。他们同美国决战是他们久来所希望的。比夺取中途岛更感兴趣。因此，他们既忽视了联合舰队仓促决定的过失，也没有周密地考虑如何进行这场事关重大的作战，更没有想到会不会失败的问题。开战以来，连战连捷的南云舰队，这时所想到的只有一个：一定能战胜美国舰队。
袒护联合舰队司令部的人认为，这时的南云舰队的官兵们，由于连连胜利，已经骄傲得忘乎所以。而站在机动舰队立场上看问题的人，则认为，联合舰队司令部的傲气和独断专行，实在是到了极致。
5月1日到4日的四天中，在“大和”舰上，举行了关于这次中途岛作战的图上演习。
这支连战连捷士气正盛的大舰队，场面格外壮观。各舰各系统的高级将领，从各方云集而来，集中在“大和”舰上。当时在“山城”舰上任分队长。每天为舰长拿着皮包，陪同舰长，乘快艇来往于“山城”和“大和”之间。据他说，当时的“大和”舰上，高级将领出出入入，格外拥挤。就餐时，连新提升的中将级军官和少将级军官，都没有资格进入长官专用高级餐室，只能分别在中级和下级军官餐厅里。至于大佐以下的军官们，就只好到甲板上去，站着胡乱吃一碗“帽饭”（米饭上面盖有肉、蛋等菜帽）就算了事。
“山城”舰副舰长，虽然很严肃地命令藤平说：“目前，不能对任何人说，这次图上演习的内容，即使你的各级上司也不例外”，回来后，要把演习中的有关文件，锁在保险柜里。但他自己却首先破例，迫不及待地悄悄问藤平说：“喂，关于这次作战，大体上是怎么决定的？”
据渊田和奥宫合著的《中途岛战记》记载，这次演习是十分荒唐的，根本没有起到应有的作用。联合舰队参谋长宇垣缠担任这次演习统监和裁判长，演习中，有美国的陆基轰炸机队轰炸日本航空母舰群的这样一个场面。为了确定舰群受损程度，统监部部员奥宫正武少佐，结合演习中所规定的裁判规则，用掷骰子的方法，最后判定：舰队中敌弹9枚。见此结果，宇垣忙制止说：“等等，不能判定为9枚，只能判定为三分之一—3枚。”
舰队所受损伤，由于所判定的中弹枚数的减少，自然也就相应减轻。本来已经判定沉没的“赤城”舰，被改判为受轻伤；沉没的“加贺”，过了一会儿，又重新浮上水面，参加了新的作战行动。
渊田美津雄，在书中评论这次图上演习说：
“就连那脸皮最厚的飞行员见了，这样判定作战结果，也会惊得目瞪口呆。”
图上演习非常草率，准备参加实际作战的机动舰队以及登陆部队，也几乎完全丧失了警惕。他们似乎根本就没有考虑过失败的问题。某水上机队在临出发前，竟毫无顾忌地发出一份电报通知说：“6月中旬以后，凡寄交本队的邮件，收件地址一律写‘中途岛’”。战斗打响之前，南云长官在一份关于敌情的报告中，竟非常武断地写道：
虽然敌军缺乏斗志，但我方向其阵地发起进攻时，他们也会奋起反击。
有什么根据说敌人缺乏斗志呢？并没有任何可靠的根据，不过是想当然而已。实际上，这时，美国正在燃烧着炽烈的复仇烈火，准备与敌军一决死战。所谓“敌人缺乏斗志”，南云过于得意忘形，忘乎所以了。
那么，联合舰队司令长官山本，此时，有没有骄傲情绪呢？我没有从任何人那里听说，也没有找到可以说明他骄傲的事实。至少，从客观现象上看，这时，他的声望已经很高，人们把他同东乡相提并论，把他敬为日本海军的英杰、“战争之神”。只要是他提出来的主张，几乎没有人持怀疑态度，总是相信是正确的，这种认识，甚至支配了包括军令部在内的整个海军。
还有一种另外的说法是：山本实际上并不赞成攻打中途岛。
据说，在山本死后，联合舰队鱼雷参谋有马高泰，曾对千早正隆这样说过：
“山本长官实际上，是反对攻打中途岛的。千早君，你千万要记住这一点。攻打中途岛的作战计划，是那些参谋拟制出来的，然后，却硬把它说成是山本长官的意志。”
此话是否属实还是个谜。在珍珠港作战的问题上，山本能够置幕僚们的强烈反对于不顾，硬要贯彻自己主张，如果真的不赞成中途岛作战计划的话，那么，他为什么不说清楚表示反对呢？难道是出自于照顾部下情绪的考虑？还是因为中途岛一战的失败，有马有意袒护山本，为他推卸责任呢？是否是作为联合舰队司令部参谋一员的他，主动出来承担过失呢？有马高泰战后已经病故，如今已无法证实。
中途岛一战，以失败而告终。此战后，山本没有任何为自己辩解。就这一问题，他没有发表任何言论过。朝日新闻社的黑潮会记者杉本健说：
“我们可以想象，如果联合舰队司令长官是别人的话，山本一定会对于中途岛这样的失败提出严厉批评的。”
1942年端午节，大本营海军部，向联合舰队发布了第18号《大海令》，全文如下：
奉敕
命联合舰队司令长官山本
一、联合舰队司令长官，要和陆军协同作战，攻占“中途岛”和“阿留申群岛”西部各重要地区。
二、有关细目，待军令部总长另行下达指示。
军令部总长永野修身
陆军刚开始是不打算参加这一作战行动的，后来，又决定，抽出一木支队的一个联队（团）的兵力，约3000人，协同海军攻打中途岛。
奉天皇的敕命而发布的这项命令，以大本营海军部的名义来下达的。实际上，这只不过是一种形式。据说，海军的全体官兵，接到《大海令》，就如同充电一样，立刻兴奋起来。
5月初的濑户内海地区，正值初春乍绿的季节。宇垣在《战藻录》中这样写道：
5月5日 星期二晴
征战之初，迎来男孩儿节，欲看“鲤鱼旗”，只惜无机会。岛影山色抹新绿。日复一日，水光山色，画然海上。
也许是预示着中途岛作战不吉顺的这天傍晚，正在伊予滩进行射击训练的战列舰“日向”号，发生了意外事故：第5号炮塔，突然爆炸，亡51人，重伤11人。
两天后，5月7日，从拉包尔岛出发，护送支援攻打莫尔斯比港的运输船队的“祥凤”号航空母舰，被美国机动舰队的舰基机击沉。
“祥凤”号，是一艘由潜水母舰“剑崎”号改装而成的吨位为11000吨的小型航空母舰。这是开战以来，日本第一艘被美国海军所击沉的航空母舰。
南云舰队的，“瑞鹤”、“翔鹤”两艘制式航空母舰，此时被分配在这一带海域，归第4舰队司令长官井上成美中将指挥。5月8日，这两艘母舰在海上，遭遇美国的“莱克星顿”号和“约克城”号两艘航空母舰。“莱克星顿”被击沉，“约克城”遭重创。日方的“翔鹤”号，也遭受到和美方的“约克城”号同样程度的损伤，不经修复无法再战。而“瑞鹤”号却安然无恙，毫无损伤。此时，山本长官及其幕僚们，在柱岛密切注视着这场海战，急切希望井上趁势追击敌舰，但井上考虑到“翔鹤”已受重伤，尚未得到修复，他不但没有前往追击敌舰，连攻打莫尔斯比港的战斗也未参加。
这就是所说的“珊瑚海海战”。如果说前面提到的“苏腊巴亚”、“巴塔维亚”等海战，标志着近代海战的结束的话，那么，“珊瑚海海战”，可以说是在海上机动舰队间彼此进行现代海战的开始。
据说，对井上的做法，联合舰队司令部的一些幕僚，感到非常气愤。井上是一位出色的政治家，军事家，这已是一种共识。然而，也有人说他在用兵上，还存在不少问题，恐怕这就是其中的理由之一吧。高木吉对这件事却另有看法。他在《太平洋海战史》一书中说：诚然，“在一次作战中，胜者和败者同时退出战场，这在历史上，确实鲜有其例。”但是，当时确有当时的具体情况。首先，作为我方，在当时的条件下，无法更准确、充分地侦察敌方的动向；也并不清楚敌我之间相距多远，当然，如果要表示自己的作战决心和姿态，不问这些具体情况，盲目地一味向前追击，那固然也是办得到的，但那毕竟是另外一回事。就当时的情况看，第4舰队也是不得已才作出这样的决定，直到后来很久，还有人吹毛求疵地指责说，井上缺乏斗志，胆小，懦弱。这和当初指责堀悌吉在吴淞“炮击问题”的性质非常相似。其实，这些人，正是因所谓的“新军备计划”问题，主张把井上撵出中央的“强硬派”。他们无时无刻不在伺机攻击井上，这不过是他们对井上的又一次中伤而已。
总之，在日本的海战史上，似乎很难找到因彻底追击而扩大战果的战例。夏威夷之战不是这样，“苏腊巴亚”海战也不是这样。
这里面的责任或过失，并不单单属于指挥官的问题。追其更深刻的原因，恐怕与我们的国家和民族，都有着密切的关系。说得好听一些，是自由的表现；说得难听一点，是缺乏韧性和彻底精神。
5月5日发出“大海令”之后，各部队有步骤地开始了为进攻中途岛和阿留申群岛作各种准备工作。
山本准备亲自参加这次的作战行动。他的座舰“大和”，将作为支援舰队也开赴前线。
同进击珍珠港相比，这次的保密工作实在太差了。部队的作战意图，几乎昭然若揭：海军基地吴港的战舰，出出入入，使人一看便知：在准备打大仗；向即将开往北太平洋海域的“隼鹰”、“龙骧”号航空母舰上运送备战物资的驳船，每天频繁地来往于母舰和港口岸壁之间，上面载着的大量防寒物资（棉被、棉衣等）像是在告诉人们：舰队将开赴北方寒冷地区作战。据说，吴市一个理发店里的理发师在给一位海军军官理发时，也曾若有觉察地问道：“听说，这次要打大仗？”
田结穰至今还埋怨说：“当时我就觉得奇怪：小道消息比公函来得还要快，简直太不像话了。”
到5月中旬，连夏威夷的檀香山大街上，都流传着日本要打中途岛的消息。
自信和骄傲之间的距离有时很近，过分的自信就是骄傲。如果说，日本海军是由于骄傲而招致了中途岛的失败，也不无道理。然而，这毕竟是单方面的原因，或者说，只说对了一半。用美国人的话说，日本中途岛的失败，是他们破获密码的胜利。
在夏威夷的美国太平洋舰队的司令官切斯特·尼米兹上将及其属下，早已察觉到日本要进攻中途岛和阿留申群岛的作战意图。
戴维·卡恩在其所著的书中写道：
为了一举夺回在西太平洋地区失去的支配权，美国已准备了“秘密武器”用以对付日本的强有力。这就是，约瑟夫·J·小罗奇福特少校所领导的美国海军密码破译组。它设在夏威夷海军兵工厂内，属第14海军司令部的一个地下室里。地下室是个细长形，没有窗子。
据记载，在舰队启程驶往中途岛之前的5月1日，日本海军军令部，决定下达文件改变原“密码”的使用规定和乱数表，这次中途岛作战，要使用几乎全新的另一套无限乱数密码。一般来说，这套新改用的密码，如果不是敌人把谍报人员打入日本海军内部，盗走拷贝的话，绝对不可能被破译的。但仔细想来，几个意外出现的某些漏洞，也可能给美方破译密码提供了某种机会。这年（1942年）的1月份，日本海军曾派出“伊—124”号潜艇，到靠近澳大利亚一带海域中去布设水雷。该潜艇在返回的途中，突然中断了与国内联系。这件事很值得怀疑。但当时，不论是第6舰队（潜艇舰队）司令部，还是联合舰队司令部，均未对这件事引起足够的重视。直到约一个月以后，日方还依然以为该潜艇因某种原因而下落不明。实际上，该潜艇1月24日傍晚，开到澳大利亚的达尔文港外海时，突然被一艘美国的驱逐舰和3艘澳大利亚海军的舰艇包围并击沉。这里的海水清可见底，没有大浪和漩涡，只有15米深。美国海军当即从潜艇母舰派出潜水员，入水切开潜艇的残骸，取走了里面的重要文件。其中，不但有海军用的某种密码，而且还有商船用密码。
日本并未察觉。美国拿到了破译密码的第一手材料，日本方面也根本没有考虑过密码会不会被破译的问题。这样，在此之后，美国至少可以用这些已得到的材料，去破译日本海军的与此相类似的有关密码。所以，尽管自5月1日以后，日本海军改用新的密码，但它在无意中被盗走的这些旧密码册，毕竟会对美国破译新的密码有所启发。
卡恩在书中还写道：但是，由于日本对中途岛的作战行动，组织得太仓促了，根本没来得及去顾及如何使用新密码和分发密码册，以致把使用新密码的日期，从原定的5月1日推迟到了6月1日。在此期间，以约瑟夫·J·小罗奇福特领导的破译人员为主体的盟国密码破译组，几乎完全是用正解法轻易地破译了日本海军百分之九十的重要密码电报。
究竟哪种说法更可靠呢？不得而知。反正，到5月初，美国用破译密码的方法，已经知道了日本进攻中太平洋的重要作战行动的大概日期，这是不可否认的事实。
这时，虽然美国大体上已了解到日本的作战意图，但还不能确定通过破译密码捕捉到的日本海军电文中的“AF”，究竟是否指的是“中途岛”？还需要进一步加以查实。因为这直接关系到己方如何进行作战部署的问题。万一“AF”指的不是中途岛，而是中途岛以外的别的地方，那将使自己伏击的作战部署落空，发生无法弥补的错误。所以，小罗奇福特的破译组又想出了更狡诈的一招。他们用浅显的英语拍出一份作为诱饵的无线电报：“由于‘中途岛’上的淡水设施发生了故障，岛上的淡水供应越来越困难。”
日本海军的侦听中心是设在？玉县平林寺附近野中的大和田海军通信队，他们截听到美国的这份电报后，信以为真，认定“AF”上缺乏淡水，并用密码电报把这一情况通报给了准备参加中途岛作战的各舰队。为此，日本海军为进击中途岛的机动舰队，特意增派了淡水供应船。
这一反应，正中了小罗奇福特破译组的下怀。他们的悬念得到了证实：“AF”就是“中途岛”。
如前文所述，山本任海军省次官时，曾让那位水变油的“发明家”作“水变油”实验。当时的石川信吾也参加了观看这场实验，这时，他在海军省军务局第二课任课长。“飞龙”舰舰长加来止男大佐，是他在海军军校时的同届同学。5月的一天，加来大佐特意从舰队赶来东京，参加石川的女儿的婚礼。石川满腹牢骚地问加来说：
“喂，打中途岛是怎么回事呀？明摆着，打胜了，不过给新闻界增加点新的报道内容；如果打败了，那可就严重了。东京对这一作战计划，几乎都是反对的。眼看就要出征了，你是怎么想的？”
“唉！事已至此，已经没有别的选择了。这次出去，说不定再也见不到你了。我的后事，只好委托给你了。”加来沮丧地说。“我也认为，这次作战实在不必要，也没有多大意义。但是，山本先生执意坚持，我也是不得已而为之呀！”
“那为什么不向长官讲呢？你自己不方便的话，就同航空母舰的舰长们一起去劝劝山本不好吗？”石川接着问。
加来像是无可奈何地回答说：
“很难去说。别说劝告了。就连打听一下情况都很困难。”
第二天，石川在新桥和南云一起进餐时，也同样表示很不满意地说：
“南云君，为什么要打中途岛？为什么不去劝劝山本，让他停止这次作战行动呢？”
南云操着很浓重的山形县地方口音回答说：
“我很理解你的心情。这也是我的想法，应该这样做。但是，上次袭击珍珠港时，在回来的途中，山本曾命我派机去轰炸中途岛上的美海军基地，可我并没有执行。山本在幕僚们面前一定指责过我说：‘看，南云那胆小鬼不去乘势攻击敌人，反倒悄悄地溜回来了。’这次，我如果表示反对的话，肯定会说我胆小、怯懦。与其这样，莫如去中途岛送死。”
直到战后，石川还曾说过：“在南云君确曾表示过赞成，也参与过撤堀中将职，山本对南云是有旧仇的，但他无论如何也不应该那样刻薄地对待南云。”
后来，石川还借用美国评论日本攻击珍珠港一事的话来评价山本说，“攻击珍珠港，不过是打了对方的脸，激起了对方的极大愤怒而已。”虽然山本是大家公认的政治家、军事家，然而在用兵上，他却只器重和相信他手下的那些幕僚们。实际上不论是攻打珍珠港还是进击中途岛都是失败的。
石川信吾，一直追随加藤宽治。他曾和南云忠一一起反对过裁军条约，在日本海军中，属“舰队派”观点。他的话往往夹杂有偏激的情绪，因而，不能不加以分析。对待南云山本并非是那种心胸狭窄意气用事的人。特别是开战以后，在某些问题上，还有山本庇护南云的说法。山本死后，曾被他重用的那些参谋们，均调离了要害部门，被降职使用。这是有目共睹的事实。
5月13日的早晨，也就是舰队临出发前往中途岛的前两周，旗舰“大和”号起锚，驶离柱岛前往吴港，准备整修和补给。当日下午开进吴港。
在吴港停泊的六天中，舰队司令部特许司令部的参谋和舰上的乘员们，把自己的妻子接来，夫妻团圆几日。这本是以往的惯例，没什么不可理解的。但是，在进击珍珠港的出发前，却没有这样做。
和他的部属一样山本也打算让千代子前来。据说，他这天连续往东京挂了几次电话。
不巧的是，千代子从3月中旬以来，患了肋膜炎，病势很重。特别是在杜利特尔空袭东京时，医生曾一度失去了为她治疗的信心。此时，也并没有明显的好转，依然需要卧床静养。也许是情深意重的缘故吧，她打定主意：宁可死了，也要前往吴市去会山本。她勉强支持着病体，乘上了开往下关方向的夜行列车。
她还特意带了一位名叫大井静一的医生。一路上，她咳嗽得很厉害，几度打针服药。翌日午后，列车到达吴市。月台上，山本身着西装，戴着眼镜和口罩，早已等候在那里。
下车后，还和往常一样，山本把她背了起来，送到等候在站前的汽车上。
他们住进吴市的吉川旅馆。因为呼吸困难，千代子一直没有停止打针。在这里，他们甜甜地度过了四个晚上。这就是他们最后的一次见面。
在这短短的几天里，山本无微不至地照顾着她，片刻不舍地陪伴着她，彼此如胶似漆。虽然山本心里明白嘴里也在说“楼下住的是舰队参谋长宇垣”，但他丝毫也没有避人眼目的意思，有时他竟横抱起纤瘦苗条的千代子去洗澡间。
5月27日，千代子回到东京，“大和”舰返回柱岛后山本在给千代子的信中写道：
你拖着病体，忍受着病魔的折磨前来会我，可谓情深意重，你走后，我时刻都在思念你。现病情如何？但愿早日康复。
……正如你为我而竭尽身心一样，我也在为国家而殚精竭虑身遭厄运，来往于战火硝烟之中。但为了国家和民族，甘愿不辞万苦，视死如归……
多么希望有那么一天，咱们能抛开世间繁缛之事，单独生活在幽静的环境之中，彼此形影不离。
29日就将起锚出征，在海上约需三周左右的时间，我将亲自指挥全军奋战。说心里话，我对这次出征作战并不寄予多大期望。今天是纪念日，道路崎岖坎坷，已到顶点。
再会，多多保重。
我在呼唤着你的名字，热吻着你的照片，消磨着这难熬的时光。
信中所说的“纪念日”，系指海军建军纪念日，至于“道路崎岖坎坷，已到顶点”不知指何而言。
然而令人不可思议的是，在前不久的珊瑚海海战时，山本在给古川敏子的信中曾很乐观。而在5月27日给河合千代子的信中，为什么又说出“我也在为国家而身遭厄运”、“对这次出征作战，我并不寄予多大希望”等一类充满悲观情绪和不吉利的话呢？提到这些，确实使人费解。
据说，浦贺船渠公司的经理堀悌吉在舰队临出发去中途岛的前一天晚上，做了一个很不吉祥的梦。他梦见，在为竣工的船舶举行下水仪式时，滑轨上的船突然翻倒了。
另外还有一件事，也被认为是不祥之兆。
5月25日，在柱岛的“大和”舰上，举行最后一次局部沙盘演习。厨师为与会者准备的午饭豆酱烧家鲫鱼端上来以后，山本见之色变，可是负责？食调配的勤务兵长近江兵治郎，还没意识到是怎么回事。
经常乘船在海上的人，是有点儿迷信的。见此情景，副官正言厉色地斥责近江说：
“‘加酱烧’这是多么不吉利的字眼儿，在这种时候，怎能吃这样的饭呢？”
近江听副官这么一说，恍然大悟。他赶忙认错说：
“是我和厨师的一时疏忽，以后一定要注意。好在长官脾气好，如果是脾气暴躁的话，说不定连盘子都给俺摔了。”
5月27日晨，在山本给千代子的信中所写的“海军纪念日”这天，南云主力舰队驶离广岛湾，开始向中途岛进发。
走在全舰队的最前面的是轻巡洋舰“长良”号所率领的第10战队的12艘驱逐舰，后面紧跟着的是：第8战队的“利根”、“筑摩”号重巡洋舰、第3战队第2小队的“榛名”、“雾岛”战列舰；紧随“雾岛”后面的是第1航空战队和第2舰空战队的4艘大型航空母舰——“赤城”、“加贺”、“飞龙”和“苍龙”。
通过丰后水道后舰队，立即改变了队形，以4艘航空母舰为中心，成车轮阵队形前进。
第4航空战队向北驶往阿留申群岛方向，包括“龙骧“隼鹰”两艘航空母舰、“高雄”、“摩耶”两艘重巡洋舰和3艘驱逐舰，由角田党治指挥。他们在南云主力舰队出发的前一天，即5月26日，就离开了大凑基地，开始向目的地进发。
海军特别陆战队的两个大队和陆军一木支队的约3000人，预计在中途岛登陆并占领该岛的分乘12艘兵员运输舰，于5月28日离开塞班岛，向中途岛进发。担任该运输舰队护卫任务的是由第2鱼雷舰队司令官田中赖三少将指挥。第2鱼雷战队的“神通”号巡洋舰和11艘驱逐舰。
同日，担任该运输舰队的护卫任务的是栗田健男中将指挥的第7战队的“铃谷”、“熊野”、“最上”、“三限”等4艘巡洋舰和两艘驱逐舰，从关岛出发。
担任北方（阿留申群岛）作战总指挥的第5舰队司令长官细萱戊子郎中将，也于同日乘“那智”号重巡洋舰离开了大凑基地。
第2舰队司令长官近藤信竹中将所率领的由16艘战舰组成的另一支大型舰队，于5月29日离开广岛湾，驶往中途岛。这16艘战舰是：“爱岩”、“鸟海”、“妙高”、“羽黑”4艘重巡洋舰；“比”、“金刚”两艘战列舰；“由良”轻巡洋舰和第4鱼雷战队的7艘驱逐舰；还有“瑞凤”航空母舰和一艘驱逐舰。这支舰队，将和中途岛登陆部队会合去完成进攻并占领中途岛的任务。
山本五十六大将直接率领的舰队，跟随近藤舰队，也于5月29日启程离开柱岛泊地。这支舰队包括：“大和”、“长门”、“陆奥”3艘战列舰，以及担负这3艘战列舰护卫任务的8艘驱逐舰和“川内”号轻巡洋舰；第1舰队司令长官高须四郎中将所指挥的“伊势”、“日向”、“扶桑”、“山城”第4艘战列舰和第9战队的12艘驱逐舰；“北上”、“大井”两艘轻巡洋舰；此外还有“凤翔”号航空母舰和一艘驱逐舰。舰队离开柱岛后，由高须四郎中将指挥的4艘战列舰受命北上，去参加阿留申群岛方向的作战。
联合舰队的全部舰只几乎都参加中途岛和阿留申群岛作战的以上各舰队，比6个月前参加夏威夷作战的机动舰队的规模大得多，远远超过了美国太平洋舰队的全部兵力。但是谁也没有想到，这支实力雄厚的舰队，居然会在即将展开的作战中会遭到惨重的失败。
虽说堀悌吉的梦和“加酱烧”的午饭，都是不吉祥的兆头，但这毕竟是事后人们的联想。人们所以这样联想，是因为这次中途岛作战实在太不顺利了。珍珠港作战，几乎是一帆风顺，而这次作战，一开始就连连碰壁：
“赤城”舰上的飞行队长渊田，在舰队出发后不久，突然感到肚子疼，经诊断，是患了阑尾炎。不得已，在舰上做了手术，没能参加这次作战。
和他同届毕业的航空参谋源田，到病号室来看他时，还安慰他说：
“别苦恼，也不要为此战的结果而过于担心。放心吧，只要我们的飞机一飞上天，敌人就会乖乖地败下阵去。好好养着吧，还有更重要的仗要打呢！比这次作战更重要更关键的，是下一步切断美国和澳大利亚之间联系的作战，到那时，还等着你去负责空袭指挥呢！”
无独有偶，源田从病号室回去不久，突然也发起烧来，好像是患了急性肺炎，直到舰队来到中途岛一带海域时，他才能勉强爬起到甲板上来。但从他的脸色不难看出，他并没有完全退烧。
更有甚者，激战开始后，因为蛔虫作怪，山本也突然剧烈地腹痛起来。
俗话说，“福不双至，祸不单行”。我们虽然并不清楚山本在给千代子的信中所说的“对这次出征作战，我并不寄予多大期望”如此失望的话究竟指何而言，但是，我们可以揣测：山本是个酷爱赌博的人，也许他出于一个赌博迷的本能，预感到自己的气数已尽，所以才说出这番话的。这样的理解，也许有些牵强，但它毕竟也是近乎情理的一种解释。
5月31日深夜，马绍尔群岛东侧沃特杰基地的日本海军二式水上飞机接到去珍珠港侦察美太平洋主力舰队动向的任务。
二式水上飞机，是川西航空公司所制造“九七”式大型水上飞机的改进型，上面装有四台发动机，是当时世界上最先进的水上飞机。该机虽然设备先进，性能优良，但也是不可在沃特杰至夏威夷之间不降停加油而作往返飞行。正巧，在中途岛和夏威夷之间，有一片荒无人迹被称为“法国三桅舰”的珊瑚礁。最后决定，水上飞机飞达这里时，与提前来到这里专送燃料的潜艇会合，加过油后，再飞往夏威夷。
当日本潜艇来到这里后，通过在水下潜望镜意外地发现，水上有美国的两艘舰艇和两架水上飞机正在巡逻。日本的水上飞机无法接近水面。无奈，只有取消了这次侦察计划。这给日本方面带来了巨大损失。因为联合舰队一直在认为：美国并没有发现它的进攻中途岛的作战意图；同时，日本对珍珠港内美国太平洋舰队的动向也一无所知。依然以为他们还在珍珠港内。实际上，这时，美国已把太平洋舰队的全部兵力都部署在了中途岛一带海域，正在等待日本舰队的前来。这次日本的侦察行动如果成功的话，自然会发现珍珠港已成空港，至少也会产生怀疑，乃至修正自己的作战计划。实际上，这正是美国设法阻止日本侦察用意。
另外还有两件事看来无足轻重，实则影响很大“鸣门”号供油舰本应按原预定的时间同“大和”舰会合，为其加油。但因6月1日这天，在途中遇上了坏天气，风大浪高，能见度也很差，不仅影响了航行速度，而且很难同“大和”会合。在这种情况下，“鸣门”竟错误地不顾规定，把自己的准确位置用电报告诉给了“大和”。
6月3日这天，“赤城”舰为命令其所属舰只改变航向，也发射了弱电磁波，这同样是不能忽视的错误。像这一类问题，在12月进击珍珠港时，是绝没有发生过的。这只能解释为丧失警惕或不谨慎。
渊田和奥宫合著的《中途岛》一书中详细记载了，南云舰队攻打中途岛的作战经过。源田实和伊藤正德也写过中途岛作战的有关情况。特别是美国作家沃尔特·罗德最近出版的《Incredible Victory（惊人的胜利）》一书中记述得更为详细。日军在中途岛登陆的时间是6月7日。为支援中途岛登陆作战，南云机动舰队在此前两天，即6月5日，就开始了对中途岛实施空袭。
日本海军，进攻并占领中途岛，前后有两个目的其一，是为了夺取这块战略要地；其二，是打算通过攻打中途岛，诱使美太平洋舰队前来救援，从而在海上进行舰队决战。就作战顺序来说，自然是这样的，指示得也很明确。如果就重要程度而言，后者显然比前者更重要。最理想的是战斗像日本海军所计划的那样发展，倘临战时发生意外，不能按原计划进行怎么办？到那时，究竟以哪个目标为主呢？关于这些，并没有明确的指示。恐怕这也是导致中途岛一战失败的原因之一。
在中途岛西北240海里的洋面上南云舰队集结。东京时间6月5日凌晨1时30分，和以往一样，即日出前30分，第一攻击波从4艘航空母舰上同时开始起飞。
飞行甲板上一排排准备起飞的飞机机翼上的红、绿色航行灯一起闪亮，耀眼绚丽，看上去分外壮观。
总指挥由“飞龙”母舰上的飞行队长友永丈市大尉代替病倒的渊田担任。第一攻击波由3个机队编成：水平轰炸机队、俯冲轰炸机队和担任护航的制空战斗机队。每个机队36架飞机，合计108架。
美国水上飞机在机队升空后不久，跟踪上了。当来到中途岛上空时，美国的水上飞机升到日本机群上空投下了降落伞照明弹，整个机群在敌人的视野之中暴露无遗。于是，基地的迎击战斗机一窝蜂似的扑了过来。在这场空战中，菅波政治大尉所率领的零式舰载护航战斗机队仅以损失飞机两架的代价取得了一举击落敌机40余架这一难以令人置信的战果。然而，轰炸机队却全然扑了个空没有取得什么结果，岛上的机场空荡荡，所有的飞机都疏散了。
于是，总指挥友永向南云长官报告：“我认为有进行第二次攻击的必要，04:00”就这样，友永机队踏上了归途。
鉴于美机动舰队可能出现，南云的4艘航空母舰上的江草隆繁少佐的俯冲轰炸机队、村田重治少佐的鱼雷轰炸机队和板谷茂少佐的制空战斗机队已做好起飞的准备。接到友永的电报后，突然决定：御下机上已装好的鱼雷和穿甲炸弹，改装对地攻击的普通炸弹，前往中途岛，对美军进行第二次攻击。
在此之前，报给南云的敌情报告中说：“据推断，敌航空母舰并没到中途岛一带海面上来。”然而，这毕竟是“推断”。在此前一天早晨，为了查明确实情况，南云特意分别从“榛名”等5艘舰上派出了7架侦察机——战列舰“榛名”1架、巡洋舰“筑摩”和“利根”上各两架、母舰“赤城”和“加贺”上各1架—展开成扇形队列对中途的进行侦察。
真是阴差阳错。按预定时间、方向和航线飞出的6架侦察机，并没发现在中途岛一带海域的美国舰队。而从“利根”舰上起飞走错了航线的水上侦察机，因弹射器发生了故障比那6架晚出发约半小时，反倒意外地发现了。
现防卫厅防卫研究所的秦郁彦，1969年1月，在《海军干部学校评论》杂志上，曾发表过一篇长篇文章，描写这7架飞机侦察的详细经过。题目是《关于中途岛作战的侦察机》。据该文所载，这架水上侦察机机长叫甘利洋司，是一等飞行兵曹。临起飞时，他计算错了航向，因而偏离了预定的侦察路线。飞行中的失误，反倒使他意外地发现了美国前来中途岛的舰队。
秦郁彦在文章中写道：
大家都说，“战斗就是连续的失误”。完全按照预定要求起飞的飞机，并没有发现敌人的舰队，他们的侦察可以说是失败的。而因故障晚起飞半个小时，且错飞了方向和路线的“利根”号舰上的4号飞机（水上侦察机）反倒侥幸地发现了敌舰队。几乎是与此同时，它把敌舰队的情况用电报迅速汇报给了南云：“发现一支敌舰队，由10艘战舰组成。方位10度，距中途岛240海里，航向150度，速度20节。”
这时，“赤城”、“加贺”、“苍龙”、“飞龙”4艘航母的甲板上，飞机卸下鱼雷和对舰炸弹，改装普通炸弹，准备对中途岛实施第二次攻击。
甘利的侦察报告，使第1航空舰队司令部吓了一跳，他们感到异常吃惊：“怎么会呢？”他们半信半疑，遂令甘利继续侦察以取得准确信息。
52分钟后，甘利又发来电报说：“敌舰队后面，似还跟有一艘航空母舰。”
这份报告具有决定性意义。人们从自信和疑惑中清醒过来，原以为不可能出现的敌航空母舰果然出现了，灾难就要发生了。
在这千钧一发之际，舰队又决定卸下陆用普通炸弹，重新换装鱼雷和对舰炸弹。一架架刚换上普通炸弹排列整齐在甲板上整装待飞的轰炸机，不得不再次回到甲板下的机库中改装鱼雷。时间非常紧迫，作业量也是巨大的。各母舰上立刻陷入一片混乱载运飞机快速上下的升降机在慌乱中发着刺耳的“？、？、？”的警铃声；拼命地卸装着炸弹的装弹手和机械人员们，忙得晕头转向，汗流浃背，但谁也没有怨言。他们已来不及把卸下的普通炸弹按要求送回安全的弹库，便顺手都堆在了机库的角落上。忙中出错，就是这些炸弹后来被敌弹引爆，导致了巨舰的自我毁灭。
在此同时，各母舰既要准备接收从中途岛返航的第一攻击波的飞机，又要时刻准备迎战可能来袭的美国陆基飞机。
渊田美津雄被母舰上混乱的嘈杂声惊醒了。他不顾手术后身体的虚弱，跑到甲板上来，正好碰见“赤城”舰上的飞行队长增田正吾，他关切地问道：
“现在几点？”
增田看了看手表，焦虑地叹了口气说：
“7时15分，天哪！今天的时间过得太慢了。”
5分钟之后，即7时20分，下达了“第二攻击波准备起飞”的命令。
母舰对向逆风，调整位置，准备让飞机起飞。甲板上已换好鱼雷的攻击机的螺旋桨一齐开始转动。再过5分钟，这些飞机将全部起飞，去攻击美国前来的机动舰队。就在这时，敌机突然出现在上空，有3架俯冲轰炸机向“赤城”舰猛冲下来。瞬间，“赤城”舰正好被3枚炸弹命中。随着震耳欲聋的声响，舰上的飞机换弹时，没有来得及送回弹库堆在机库角上的炸弹，也被全部引爆。在“赤城”舰视野内的“加贺”、“苍龙”舰上，也浓烟滚滚，他们的命运并不比“赤城”舰好。
山本的座舰“大和”号率领着主力舰队，这时正通过中途岛西北约800海里的海域向东驶去，距南云舰队约有500海里。“大和”舰上的司令部里，此时并不知道南云舰队反复换装炸弹，拖延了时机，使舰上出现一片混乱局面，狼狈不堪。
“利根”舰派出的4号水上侦察机发回的“发现敌航空母舰”的电报令他们振奋不已。他们在揣度着：如果这时，南云立即令第二攻击波起飞，那么他的胜利是绝对有把握的。“大和”舰司令部里的幕僚们，既紧张又兴奋。
有的说：
“好啊！这一定是场漂亮仗。”
还有的说：
“剩下的残兵败将，在等待着我们去收拾。”
经过连日来腹痛的折磨，山本的脸色青黄。他在舰桥上，什么也没有说。
不一会儿，“大和”舰又收到电报说：“‘加贺’、‘苍龙’、‘赤城’舰遭到敌舰基机和陆基机的攻击，已中弹起火。”
幕僚们为这不幸消息大惊失色。这时，山本紧闭双唇，他并没说什么，只是“嗯”了一声。
电报是第8战队司令官阿部弘毅少将从“利根”舰上发来的。阿部是南云舰队的副指挥官。尽管电报内容中并没提到，但它实际上已经暗示出：南云中将安危不明；“赤城”舰已失去通信联络的能力。
这时，联合舰队司令部的一位参谋激愤地向山本建议说：
“他们现在如果立即令携载鱼雷的飞机起飞，还有可能同敌舰进行拼死一战。”
实际上，这时已经为时过晚了。3艘航空母舰的甲板，已经向上卷曲变形，舱内的熊熊烈火，无情地冲到甲板上来。接连不断的引爆，使飞机已经无法起飞。
不管怎样，救援是首要任务。山本所率领的主力舰队将航速增至20节，向中途岛方向疾驰而去。同时，向北方的角田舰队发出了命令，要求其率母舰“龙骧”和“隼鹰”火速南下，与本舰队协同，前往救援。
“赤城”舰被烈火和浓烟包围。司令长官南云、参谋长草鹿和司令部的其他幕僚们，不顾火舌的袭击，奋不顾身地从舰桥的窗子上跳了出来。火势迅速扩大，很快蔓延到全舰。主将将旗被迫迁移到巡洋舰“长良”号上去。
渊田美津雄，就是在这次作战中，从舰桥的窗子往下跳时摔断了腿。
此时，在中途岛海域内，只有“飞龙”号没有受损伤。它是第2航空战队司令官山口多闻的旗舰。舰长加来止男大佐亲自操纵着方向舵。
先后达115架美国飞机袭击该舰。“飞龙”母舰是在巧妙地躲开26枚鱼雷和70颗炸弹的攻击后而幸存下来的。
山口多闻毕竟久经沙场，很有经验。他既能经得起胜利的经验，也能经得住失败的打击，是当时日本海军中公认的杰出将领。据说，战后还有人在说：“当时，我们本以为会让他（山口）担任机动舰队的总指挥呢。”
山口多闻也从海军学校毕业，是山本五十六后八届毕业生，和山本是故交。山口的续妻孝子，曾得到过山本的关照。
孝子出嫁前姓四灶，是山本夫妇的媒人四灶幸辅的侄女。从孝子还是少女的时候，山本就很喜欢她，曾劝勉她到女子大学去进学。
那时的女子大学专事妇女道德教育。当时的日本女子大学名声最高，在同行中名列第一。但山本并没主张让她进这个学校。他说：
“日本女子大学太拥挤了吧，还是到安井先生的女子大学去吧。”
他为孝子推荐了位于西荻洼的东京女子大学。
东京女子大学当时明显具有美国的那种自由主义倾向，而且并不太出名，山本选择它是另有原因的。
四灶幸辅在日本驻暹罗使馆任副武官时，结识了当时在曼谷任暹罗皇后女子学校教导主任的安井哲。从那时起到现在一直在该校国语系任教授的松村绿—《薄田泣堇》一书的作者—同四灶夫妇也很熟。她同？本重治的夫人又是同乡——都是冈山县人—而且还有亲戚关系。松村是东京女子大学的早期毕业生。她对自己的母校比较偏爱。她在既是亲戚又是保证人的本夫人的面前，常提起并夸耀她的母校，山本不止一次从本夫人那里听说，该校校风良好，纪律严明。从四灶那里，山本还得知，安井哲为人正派，人品很好。东京女子大学给山本留下了很好的印象。因此，他才劝勉孝子到这个学校去就读。
据说，临来中途岛前，山口对妻子—孝子只说了一句话：“这回是到敌人的阵地中去打仗，凶多吉少，说不定就回不来了。”
山口忠实海军事业，热爱自己的军事生涯堪称是位海上英豪。他在很多方面同山本极为相似，所不同的只是他酷爱饮酒。
古人诲曰：“非明月当空之宵，雪花飞舞之夜，不宜贪饮。”而在山口眼中，“无时不是明月当空，雪花飞舞之时也。”据说，他每遇大敌当前，毫不畏惧。
“赤城”、“加贺”、“苍龙”3艘航空母舰遭到重创失去战斗能力之后，山口担负起了航空舰队指挥的任务。当他查实美国的机动舰队由“企业”、“大黄蜂”、“约克城”3艘母舰组成这一情况之后，当即命令实施第一次攻击返舰待机的友永丈市率领10架鱼雷攻击机和6架战斗机立即起飞，去攻击敌机动舰队。
友永所驾驶的飞机左翼油箱，在早晨的战斗中弹出洞，这时正在修理之中，而且尚未加油。本该在修好加油之后，方能出击。但他还是毫不迟疑地欣然受命说：
“好！只把右翼油箱加满燃料就行。”
这时，他的部下竞相让出自己的飞机，都被他一一拒绝了。他说：“我自己的飞机完全可以。”
就这样，友永只带着单程的燃料离开了“飞龙”。他果然一去未返。
友永机队对美“约克城”号航空母舰猛烈攻击，舰身弹痕累累，千疮百孔。后又受到日本的“伊—168”号潜艇的再次攻击，终于沉入大海。
日本的“翔鹤”号航空母舰在5月份的珊瑚海海战中，受重伤后，被送到吴市海军基地修理，估计三个月后才能归队，因此，没有参加这次中途岛作战。美国的“约克城”号母舰，在珊瑚海一战中，受伤程度和“翔鹤”差不多。因此，日本海军认为，“约克城”要经三个月左右时间的修理才能参加新的作战。
出乎意料的是，“约克城”被送到珍珠港后，只进行了三天的突击修理就基本可以参加战斗了。当它在中途岛战场上重新出现时，使日本舰队大吃一惊。
攻击机队群龙无主，待他们飞回“飞龙”时，舰上的飞机已寥寥无几。除6架战斗机外，只剩下5架轰炸机和4架鱼雷轰炸机了。
已不可能白天实施强袭了。山口多闻决定：待黄昏来临进行决战，并命全舰人员开始准备。
这天白天，显得格外漫长，但终于熬过去了。快近黄昏的时候，乘员们正在吃着小豆年糕，负责空中警戒的少尉突然声嘶力竭地喊道：
“出现敌机，正向我舰俯冲过来。”
“飞龙”急速向左转弯，避开了敌机的三次攻击。但是，在敌人发动的第四至第六次俯冲轰炸中，不幸中弹。瞬间，飞行甲板百孔千疮。不多时，舰内又发生了诱发引爆。正当舰上人员奋力灭火的时候，夜幕降临了。不久，供电系统被毁，舰上一片黑暗，方向舵也失灵了。舰上浓烟滚滚，烈火熊熊，舰身开始向左倾斜。轮机舱通往舰桥的电话筒中，还隐约有微弱的声音。轮机长相宗邦造中佐在电话中悲壮地向舰桥报告着轮机舱内的惨状：“舱内的天棚已烧得炙热无比，温度还在急剧上升，轮机人员相继晕倒……”
舰长加来请示司令官山口说，是否让全体人员马上离舰？山口用低沉的语调回答说：
“现在也只得如此了！”
第10驱逐舰分队的“卷云”、“风云”两艘驱逐舰，迅速地向“飞龙”靠拢过来。这时驱逐舰分队的司令，就是后来被提升为“信浓”号航空母舰舰长的阿部俊雄。
“飞龙”舰上，用手电筒向靠拢过来的驱逐舰示意，让它代向“长良”舰上司令长官南云报告：“飞龙”必须弃舰。接着，舰上全体人员到甲板上集合。副舰长鹿江隆仔细地查点过人员之后，加来舰长站在驱逐舰送来的饼干筒上，开始发表诀别讲演。他说：
“诸位，我们已不畏生死地战斗到最后。对于你们的可贵精神和顽强战斗的英雄行为，我在此衷心表示感谢。虽然说胜败难算，但是，对于今天的结局，我是死有余憾。战争并未结束，还有更多的作战任务在等待着你们去完成。各位，要鼓起勇气，活下去，总结这次惨痛的教训，为建设我们日本帝国强大的海军而努力！”
接着，山口多闻也站在已倾斜了的甲板上的另一个同样的饼干筒上，激昂地说：
“要说的，舰长都说了，在这里我不想再重复。最后，让我们面向我们日本国土的方向，三呼天皇万岁吧！”
伫立在甲板上的全体人员转身向西，连呼：“天皇万岁”。
在信号兵的号角声中，军舰舰旗徐徐地降了下来。
山口和加来相互推让，执意要对方离舰，但谁也不肯离去。无奈，两个人最后决定，都留在舰上，和军舰同归于尽。
副舰长鹿江以下各级军官，也强烈要求要留在舰上，和军舰同生死，共存亡，但都被拒绝了。
他们就地共同斟饮水桶中的清水，以表诀别之情。因为当初确定进攻中途岛的日期时，就考虑到了利用夜晚的月光问题。这时，虽然舰上的电灯均已熄灭，但正值明月初上，加之甲板上火焰闪烁，舰上宛如白昼。这是多么美丽的夜色呀，然而，却使舰上的情景显得更加凄惨、悲壮。
加来压抑着内心的痛苦凄婉地说：
“司令官，月色多美呀。今天是阴历二十一吧。”
“嗯”，山口不无凄婉地回答说，“实在太美了。让我们边赏月边聊天度过这最后的一夜吧！”
说着，他们向已烧得面目全非的舰桥走去。
“飞龙”上的主会计长浅川正治，这时突然想到：下面舱内保险柜里还有各种重要文件和不少的现金，如果可能的话，应该抢救出来，但不知舰长是否同意。于是，他上前请示舰长说：
“下面的保险柜里还有文件和现金，该如何处理？”
舰长加来诙谐地说：
“因为去黄泉路还需要钱，就让它融化在那里吧。”
看着缓步走向舰桥的司令官山口的背影，首席参谋伊藤清六心如刀绞，遂喊道：
“司令官！有什么可以留下作为纪念的东西吗？”
“噢”，山口像突然意识到什么似的摘下头上涂有夜光涂料的将军帽，转身扔给了伊藤。这顶帽子，现仍在他的遗孀孝子手里保存着。
“全体离舰！”
弃舰的命令下达了。舰上人员按照先是伤员、收容到本舰来的其他舰上人员、司令部的幕僚们、最后是本舰人员的先后顺序开始离舰。这时，天色已泛白。
这一夜里，敌人的B17轰炸机，不停地在“飞龙”的上空盘旋，不时，还扔下几颗炸弹，但一颗也没有命中。副舰长鹿江中佐凝视着空中的敌机，气得咬牙切齿。
副舰长鹿江和首席参谋伊藤分别举着舰旗和少将旗，带着全舰人员撤到“卷云”、“风云”驱逐舰上。他们刚一上舰，驱逐舰队司令长官阿部俊雄就对他们说：
“无论如何也应该让司令官和舰长同撤下来。”
于是，特意从舰上放下去一只小艇去接他们。可是，他们拒绝回来。他们两个在舰桥的窗口频频挥手，像是在说：“不要来接，你们回去吧！”
据说，从“风云”舰上可以清楚地看见山口和加来在“飞龙”上表示拒绝去接的手势。
依照弃舰时山口对伊藤的嘱咐，返航前，“卷云”向“飞龙”发射了两枚鱼雷。一枚从舰底的下面溜过，另一枚命中。良久“飞龙”才逐渐沉入水中。
正在高速向中途岛海域行驶的“大和”舰，突然又收到“‘飞龙’受到致命性攻击”的报告。山本心灰意冷了。他当即下达命令：命参谋们起草撤退命令，停止对中途岛的进攻。
对于山本的这一突然决定，头脑发热心急如焚的参谋们，实在难以接受。作战参谋渡边向山本强调说：
“即使集中‘大和’以下各舰的火力也拿不下中途岛机场的话，那么，也应该接着让陆战队登陆占领，不能放弃进攻中途岛的计划。”
山本解释说：
“你想想看，用舰炮攻击岛上目标，这在海军作战史上，难道不是最愚蠢的战术吗。你是下将棋下得太多了吧。”
首席参谋黑岛流着热泪提醒山本说：
“长官，‘赤城’并未沉没，依然还浮在水上，如果被美国拖去当作战利品展览，岂不是奇耻大辱吗，我们无论如何也应该前去，用我们的鱼雷将它击沉。”
有的甚至干脆直截了当地说：
“就这样撤回去，我们没法向天皇交代。”
这天下午，“加贺”和“苍龙”相继于4时25分和4时30分沉没，但“赤城”和“飞龙”还依然悬浮在海上燃烧。
山本毫不犹豫地说，“我去向天皇请罪。责任都在我一个人身上。”
于是，他命驱逐舰“野分”前往击沉了伴随他多年有着深厚感情的“赤城”母舰。驱逐舰“野分”自下水以来，这是第一次向真正的军舰发射鱼雷。
当天晚上11时55分，正式发出了撤退命令：
立即中止对中途岛的进攻。主力部队的登陆部队和第1机动舰队，于6月7日上午到北纬33度、东经170度的地点集结，接受补给。
……占领部队西撤，要离开中途岛敌制空地域。
这支舰队占有绝对优势，本来准备在中途岛和中途岛海域发动大规模进攻，然而这样败下阵来。沃尔特·罗德在书中这样写道：
从常识的角度来看，或者用任何标准来衡量，我方均处于劣势。敌方拥有11艘战列舰，而我方连一艘也没有；我方以8艘巡洋舰迎战敌方的23艘；航空母舰的数量也相差悬殊，我同敌方之比，为3比8。……敌方经验丰富，开战以来连战连胜，士气旺盛，而我方已疲惫不堪，只是勉强应付。巡逻机上的机组人员，每天在空中的巡逻时间长达15个小时，只有3个小时的和衣小睡时间。……俯冲轰炸机动作迟缓，俯冲的速度很慢。鱼雷轰炸机的状况更槽，不但鱼雷发射的速度很慢，准确度也极差。可是，我方又不得不以此相差悬殊的装备和低劣的作战技术来对付世界上一流舰队的舰载机群。
……这场胜利实在是出乎意料。而且我方的这一胜利还改变了整个战争的进程。
美国人认为，就算他们破译了日本的密码，但也并没有想到会获得像罗德书名所写的那样的“惊人的胜利”。胜利的喜讯迅速传开。美国的各家报纸，以通栏的标题整版的篇幅，报道了这次海战的辉煌战果。举国国民沉浸在庆祝胜利的狂欢中。
这天，日本驻美国的外交官员实松让，正准备在纽约乘交换船回国。看到码头上的船员和水兵们，兴高采烈地争抢阅读报纸和议论纷纷的场面，他感到迷惑不解。后来才明白，这天的报纸上刊登了中途岛胜利的消息，上面还附有“赤城”舰在海上燃烧的大幅照片。
1时40分，天已微明。
“大和”舰正在向正东方向行驶着，去收容南云机动舰队的残部。不多时，又转向310度，向西北方向驶去。
“大和”舰飞快地行驶着，海风吹过桅杆，呼呼作响，在转向西北方向的同时，速度降至14节，舰上一片寂静。舰尾的螺旋桨卷击着海水，发出哗哗的响声，翻起滚滚浪花，使舰上显得更加寂静、沉闷。
这气氛实在令人窒息，山本脸上津满汗水，忍受着剧烈腹痛，对他的幕僚们说：
“责任全在我一个人身上，不许说南云部队的坏话。”
说完，他转身走进了长官卧舱，从此以后，他连续数日没有露面。
据军医诊断，山本的腹痛是蛔虫引起的。服过驱虫药后才平静下来。6月10日，“长良”在海上同“大和”会舰，当司令长官南云、参谋长草鹿和航空参谋渊田跨上“大和”时，山本走出他的卧舱，来迎接他们。看得出，因为治疗蛔虫在舱内休息的时间过长，山本自觉不好意思。
山本本打算获得中途岛之战的胜利，为第二次早期讲和创造条件。没想到，事与愿违。他不得不耐心地继续创造条件，以待新的讲和机会的到来。
南云和草鹿，曾几次要自戕，均被其部属阻拦住了，才得以生还。受伤的草鹿是被用网篮从“长良”抬到“大和”舰上的。他的伤势很重。南云虽然并没受伤，但也已折磨得形容枯槁。这种悲惨的情景，实在让人扼腕叹息。连司令部的勤务兵们也流下了热泪。
派往北方的舰队作战顺利。他们于6月7日，先后占领了吉斯卡岛和阿图岛。然而，进击中途岛的部队却连连失利。他们丧失了4艘制式航空母舰和“三限”号巡洋舰，于6月14日返回到柱岛泊地。
虽然中途岛之战遭到了惨重的失败，大本营在6月10日发表的关于中途岛作战的结果中却说，“击沉了美国两艘航空母舰，而我方只损失1艘，1艘遭到重创”。
从这时开始，山本最嫉恨的恬不知耻的欺骗性宣传。
为封锁战败的消息，大本营将机动舰队生还的官兵都分送到九州地区的各基地，并特意规定了他们活动范围，而且，普通军官禁止同家人见面。不久后，又将他们调至南方战场。
不久“飞龙”号副舰长鹿江，也被隔离在佐伯的航空队里。在“飞龙”号生还的官兵中，鹿江的资历最深，职位也最高。不久，他又被调到海军省教育局任职。他刚一到任，山本就派联合舰队航空甲参谋三和前去拜访了他，让他提供山口多闻少将和加来大佐殉职前的英勇行为。
鹿江用将山口和加来的事迹写成了书面报告的形式，报告给了山本。
当时，吉川英治受海军军令部的委托，负责战史编纂工作。一天，他陪同军令部第一部长福留繁，在东京芝区水交社会见了鹿江，并向他打听了有关山口和加来的英雄事迹。不久后，鹿江以山本还给他的报告的抄件为基础，交给了吉川一篇为山口和加来两人请功的长篇文章。
翌年4月24日晚，报道部平出英夫所广播的以《提督的献终》为题的广播内容，就是吉川提供的。其中写道：
舰破军纪在！
突然，巨舰向左舷倾斜，很快沉没入水。就在沉没的那一瞬间，舰桥上空无一人，也没有火焰。只见天空中的一轮残月坠入水中。他们应上苍的召唤，去供奉神灵了。
仅从文章的风格和行文的语气也可以看出，这是吉川英治的手笔。他用充满浪漫主义色彩的艺术性语言，热烈讴歌了两位英雄。
实际上，并没有任何人看到“飞龙”舰最后沉没的情景。