1941年初，山本突袭珍珠港的想法已经最后形成，甚至某些细节也已经考虑到了。但同时，在他的脑海中还很不自觉地闪现出要隐退的念头。
到是年8月份，他出任联合舰队司令长官将期满二年。从明治维新以来，在历届担任联合舰队司令长官这种繁重职务的人中，几乎还没有人任期二年以上。从东乡平八郎到吉田善吾，短者仅几个月，最长者也不过二年零三个月就被更换了。
在新的一年之初，山本很自然想到自己的任免之事。同时，他自己也明白：迫于时局的需要，这种职务人员的更迭，不是一蹴而就的事。
1941年1月23日，他给停泊在德岛县小松岛的“高雄”号舰上的第二舰队司令官古贺峰一写了一封长信。这是他遗留下来的最重要的书信之一。信中，他着重谈及了应从避免战争的角度考虑海军中有关人员的使用和他本人的进退等问题。他在信中写道：
一、从去年8、 9月份，最高当局明确表示一定要签订三国同盟条约后，我回到舰队备感不安。为此，曾置己安危于度外，致信及川，探询他对今后形势的分析，并强调：倘条约签订，我日本将不得不冒为德国火中取栗的危险；美国不介入这场战争那是最理想的，然而，又不可能。记得殿下（伏见恭亲王）也曾说过：“事已至此，别无他法，只得竭己之能，各尽其职了。”我以为，这是十分危险的。我认为，为了补救目前不利的局势海军应该寄希望于新的人事安排。除必须尽早起用米内外，还应依次擢升舰队司令官，此为上策。及川确曾认真地考虑了我和贵兄的意见。他也逐渐认识到局势的发展异常危险，应该采取相应的对策……他曾征询我的意见：“现今的次官诡计多端，行动不轨，无论如何也应尽早更换（是否可让他到澳大利亚去任大使？）；军令部的人员也应调整，为了统一意志，整饬队伍，似应命福留繁为军令部一部（作战部）部长。”
我思忖再三，遂进言道：“如今的形势已大不同于缔结三国同盟条约以前。欲避免使日本卷入不宜之战的危险，仅更换次官和军令部一部部长是不彻底的，也无济于事。必须大刀阔斧，重新物色海军部内各要职人选，舍此别无他途。首先，是否考虑让米内出任军令部总长，由吉田或古贺充任次长（当然都是勉强的），福留繁担任副职，由井上出任海军省次官。只有组建起这样上下一致戮力同心的新的领导体系，才能有效地克服将可能出现的各种困难。即使在危难中，他们也能敢于直言进谏，力挽狂澜。倘能如此，舰队甘愿为之作出必要的牺牲，决不会有任何反对的表示。”对我的上述建议，及川未置可否。
二、下面所言同上述内容并无多大关系。去年11月末，及川写信给我。他说：“你的事不必过急，以你之见GF长官应该由谁来接任？”我仔细地分析了各种因素，认为，应经充分考虑之后再作答复为好。遂于去年12月25日作了书面答复，概要内容如下：
“还是我原来的意见。殿下如不同意我的在4月份人事变动中起用米内的意见的话，那么，到1941年或1942年，恐怕殿下也将不得不亲自去请米内出任。如果不考虑起用米内，那就只得在岛田、二丰田和古贺这四个人中物色人选。我的意见是，一定不要把二丰田考虑进去。
如果不打算立即起用米内，认为实现此一方案实在有困难的话，那么我的继任只能考虑安排古贺或岛田。
如果殿下目前不打算进行人事变动，我同样也认为古贺出任军令部次长为好。
我已经极力推荐米内。至于我自己，坦率地说，即使我留在舰队去任1F或让我退役，我都毫无怨言。此乃真情。当然，如果情况需要，委以重任，我也并不推辞。假如古贺在陆上任职一年后再来接GF，我甘愿破例再任现职一年（连续任三年）。
但是，如果由于国际国内形势所迫，日本不得不参战的话，请千万不要同时更换2F长官和GF参谋长。”
……令人实感不安的是，吉田辞去海军大臣职务后，我们在上层中失去了依靠。起用米内、古贺、井上等又如此困难。尽管如此，倘形势所迫，日本不得不参战的话，我们也就只得全力以赴应战了。但是，时刻也不能忘记：应竭力避免这场战争的爆发或设法推迟爆发的时间，哪怕一天也好，以便我们能做好充分的准备。
如前所述，如果及川一定要同时更换2F长官GF参谋长的人选的话，我们务必要讲清利害关系，并提出先决条件。这一点非常重要，我还要再度修书上呈我的意见。
谨启
山本的上述信中所提到的GF、 1F和2F，分别为“联合舰队”、“第一舰队”和“第二舰队”的略语。“二丰田”系指丰田真次郎和丰田副武而言。“即使我不提出此方案，到1941年或1942年，恐怕殿下也将不得不亲自去请米内出任”一句的意思是说，自1932年以来连续九年居军令部总长宝座的伏见恭亲王将自然会产生辞职的念头，并将亲自去请米内接任其职。
山本的信是属同古贺的私人来往，所谈内容却都是国家、军队之事。
海军省人事局局长中原义正到舰队时，曾向山本转达及川大臣的意图说：“大臣想上调福留繁，不知你的意见如何？”据说山本毫不客气地当即质问道：
“大臣想上调福留，是出于回避这场战争的目的而加强海军省的领导力量呢，还是因为感到目前海军省的领导阵容不强呢？究竟出于哪一种意图？没让你给带个口信来吗？”
中原回答说：
“看得出，大臣对当前的国际形势忧心忡忡，但还不好说，他是否已下定坚决不战的决心，也没有特意让我给你带来什么口信。”
为此，山本特意又给海军大臣及川写了封信，交给了中原，托其转呈。其内容如下：
日美间的关系，远比去年秋更加明朗。我已料到会演变到今天的局面。假如你调整和加强军令部领导阵容的目的，是为了决心加强海军军备，保证有充足的军备物资的来源的话，那我责无旁贷，理应听命，尊重你关于人事安排的意见。
但是，假如你的认识已经为时太晚，日本只得背水一战的话，那么，作为联合舰队司令长官的我，不得不考虑如何巩固和加强舰队的战斗力的问题。为此，我衷心希望不要调用我属下的长官和参谋长。他们一直是我的得力的左膀右臂。倘被调离，姑且不去考虑继任者的能力如何，仅对我的精神上的打击就足够大的了。同时，对舰队官兵的影响和震动也实在太大。所以，我希望能够维持现状，不予更换。
山本同古贺交往，用平常的语气和语言就可以勾通彼此的思想，讲清问题。而与及川打交道则不然，用通常的语言和一般的方法，及川就理解不了，非反复解释、再三强调不可。
山本在给古贺的信中，虽然用半官场语言说，如果情况需要，他可以连续在舰队任职三年，但实际上，在他的内心中却希望尽早退役。
他在东京芝区水交社曾对从他的家乡长冈来东京的反町荣一说过：
“我到海军，算来已有三十六年了。在和我同期进入海军军校的二百余人中，现在依然留在现役的只有盐泽、吉田、岛田和我这四个人了。到今年秋天，我也打算让贤引退了。到那时，我可以了无牵挂地回到我的老家长冈玉藏院。在家里，我可以有闲阅读我祖父和父亲遗留下来的各种书籍，到院后的田地里去栽种粮食，还可以为栗子树和柿子树浇水施肥。同村里的青年们打打交道也很有意思嘛。那时，就请你多关照了。”
他在写给他家乡经营浴池的一位老朋友野透的信中，也曾这样写道：
……我今年还得在海上再死守一年。倘有幸，我便可以结束在海军中的戎马生涯，解甲归田，回故乡过几年轻闲日子。到那时，我又可以在炉旁重操旧业，练一练多年来已经生疏了的手了，望你能转告给老朋友们。万一，大战爆发，日本参战，我一定不负乡亲们所望，哪怕为国捐躯也在所不辞。我是有这个思想准备的……
舰队现正下碇军港，做好出航前的各种准备。本月末就可能开赴海上，奔向水天一色的远方。
4月14日
山本所以这样说，这样写，大体上恐怕有两个原因：其一，是他非常思念故乡；其二，是联合舰队司令长官每二年更换一次，这虽不是明文规定，但在海军中却已成惯例。
就到同年秋天，他的任期就将满两年了。那时，即使他离开联合舰队，也不一定能够如愿以偿回到他的故乡长冈隐居，因为他还可能要担任海军大臣（海相）这个职务，这一点，山本并非没有想过。
如果要使避免同美国交战的意见进一步得到“上下呼应”的话，那么，在军政系统中，比“次官井上”更适合任海军大臣的人选，就只有山本了。但山本在他给古贺峰一的信中，对这一问题却只字未提。
在东京的上层中，以堀悌吉为中心的冈田启介、米内光政、山梨胜之进等有影响的人物已开始私下活动，要把山本调回中央。这在同年秋天，第三次近卫内阁解散，由东条组阁的时候，几乎已达到公开的程度。但由于东条内阁海相岛田繁太郎怕威胁自己海相地位，以“目前，联合舰队司令长官除山本之外别无他人胜任”为理由横加阻拦，最终，山本还是没能回到中央。
就在这个时候，作为山本本人来说，也丝毫没有要当内阁大臣或担任中央其他要职的表示。山本的这种不追求高位、名利的“清风”（廉正）精神，堪称东洋作人的典范。然而，从后事看来，却又实为可惜，甚至可以说是日本国家的憾事。
后来，武井大助说，如果到1941年秋，山本能回到中央任职的话，那么，至少也会推迟12月份的开战时间。那时，尽管山本会蒙受“胆小”、“亲英、美”等不白之冤，但在争取时间的过程中，德国的颓势会更加明显地显现出来，日本能在世界动乱中找到救亡图存的有利道路。
山本给古贺的信中虽然写有“值此4月改组之际”等关于人事变动的意见，但依照及川的意图，福留繁还是被从联合舰队参谋长晋升为海军军令部一部部长，伏见恭亲王也辞去了海军军令部总长职务，隐退江湖。以上人事安排，根本没有采纳山本关于为避免战争而应如何安排人选的建议，山本对此甚为失望。
不但伏见宫辞去了军令部总长职务，米内也没有被重新任用。相反，永野修身却担任了军令部总长的重要职务。
“永野本不是天才，可他却自认为他是天才。他任总长，不会太受欢迎。”山本的这番话就是这个时候讲的。
就在这前一年，内阁大臣吉川古志郎曾用商量的口气询问井上说：
“喂，听说宫先生（伏见宫）要辞去总长的职务，你怎么看呢？”
井上毫无隐讳地回答说：
“据我看，他辞去总长职务没什么不好。他本来就没有太大才干，至多也不过是对下面呈送上来的各种报告、提案毫不加分析地点头同意罢了。在这样的非常时期里，这样做是会误事的。所以说，他的辞退，无论是对海军还是对他本人都是有好处的。”
当接着提到后来继任海军军令部总长职务的永野修身时，井上说：“但是，即使永野修身任此职务，弄不好，不到两三个月也得被解职。”
在山本给古贺丰一的信中写道，考虑到有爆发战争的危险，为适应即将到来的战争的需要，山本已开始认真研究如何加强舰队建设的措施。他打算宁愿自己降职去充任第一舰队司令的职务，也要让米内光政重返军界，出任联合舰队司令长官。
从乡下来访“长门”舰的远山运平曾问山本说，如果爆发日美战争，还能打出日本海大海战那样的漂亮战？山本的回答是肯定的。他带着浓重的长冈乡音说：“如果敌人肯倾力而出向我大举进攻，那是求之不得的。我们同样有办法一举将其全歼。但是，我们的对手美国是决不会这样干的。所以，也就无法与之决战，当然也就谈不到那样的辉煌战果了。”
下面，山本对小熊信一郎的这番话也是这个时候讲的：“这次战争一旦爆发，所要打的海战绝不是一般的舰队所能应付并能取得胜利的常规海战。作为指挥这场特殊战争的联合舰队司令来说，他不仅要加强濑户内海一带地区的防卫，而且还要从战争的全局着眼，这是我所不能胜任的。让米内来担任联合舰队司令，万一需要的话，我还可以到第一线去冲锋陷阵。”
1941年2月，山本还把上述想法告诉给了前来“长门”舰观看舰基飞机航空演习的航空本部部长井上成美。他说：“前不久，丰田来舰队的时候，我就舰队建设问题同他谈了许多。我总觉得米内光政是个能胜任起海军次官一类重要职务的人才（意思是说，如果米内不能就任海相的次官，那么至少也可以担任联合舰队长官的职务）。这也许是多余的闲话，但我一直是这样认为的，不知井上先生意下如何？”
对此，井上成美并不同意。他说：“此言差矣，如此说来，不就等于说目前仍在现役中的十几个海军大将都不中用吗？我要是海军大臣的话，是不会作出这样的人事安排的。”
“啊！是这样，原来你也是这样想的呀！”山本若有所失地接着说。
最终，山本的想法还是没能实现。他内心深处中要退职的希望已化为泡影，只好屈从于无法改变的现实—继续担任联合舰队司令长官——去迎接日益逼近的大战日期的到来。
同年4月17日，当时东京第一高等学校（中学）校长安培能成带领的12名学者一行步行参观了横须贺军港、航空队和泊于该港的联合舰队旗舰“长门”号。
参观团一行人员，除安培外，还有松下正寿、大河内一男、当时《朝日新闻》社社论委员关口泰、经济学家本位田祥男、行政法务部门的田中二郎、植物学界的服部静夫、政治学界的矢部真治和原日本广播协会会长永田清等各界人士。
海军省官房（办公厅）调查课课长高木吉大佐及其属下课员们为参观团一行作向导。海军教授本重治也一起陪同了参观。
他们中，除个别一两个人外，大都是持自由主义观点的反战者。由这些知识界人士组成的团体，作为海军调查课的咨询机关，经常参加海军召集的“思想恳谈会”、“外交恳谈会”、“政治恳谈会”等各种会议。每次会议都有用以掩人耳目的各种议题，但实际上是征求各种意见，研究如何避免同美国开战以及一旦战争爆发后如何尽早使战争得到和解的方法。通过调查课海军与自由主义的知识分子保持接触和联系。海军所以采取这种形式和方法，也是有一个认识过程的。用高木的话说就是，一开始并没有怀着很明确的目的去建立这种“智囊团”，只是因为考虑到同陆军相比，海军力量薄弱，政治上的影响也有限，要制止陆军的一意孤行（主战），单靠海军自己的力量是不够的，必须得到国民各阶层的支持。所以才认识到，无论如何也要加强同国民各阶层的联合。但就日本当时的情况来看，首先必须广泛地同大的宣传机构（新闻界）、财政金融界和知识分子阶层接触，才能达此目的，舍此别无其他办法。
在财政金融界，就是要通过池田成彬、乡诚之助用各种形式（包括召集座谈会）广纳意见；在知识界就是要经常召集各文化系统的有影响的人士（30——40人）分析形势、交换意见，与此同时，还要把海军的观点、想法灌输给他们，并明确指出海军所面临的具体困难，需要国民的哪些支持等等。这就是组织这种“智囊团”的最初的目的。
就在海军以高木为首的有关人员基本展开这一组织工作时，大战日期已经迫近了。战争到了弩拔箭张的程度。在这种情况下，学者们达成共识：如果不尽早制止这一危险的战争，那么，日本将发生不测，前途不堪设想。
知识界的有志之士也都希望能尽早找到避免战争得到和解的途径。来“长门”舰参观的12名知识界人士都是以不同种形式与“恳谈会”有关的人。
在没有登上“长门”之前参观团一行就听说，山本司令官今天不在舰上。上舰后，果然如此。待他们在舰内参观约一小时返回甲板上来时，有人报告说：“正巧，现在司令官已从岸上回来了。”话间，山本已登上甲板。高木立刻进前问候，并在甲板升降口处把前来参观的人员一一向山本作了介绍。
于是，山本面带扫兴的表情对高木说：
“你们为什么不预先通知我呢？这太遗憾了。这是个难得的好机会，即使没什么好吃的招待客人，我们也应该在舰上共进午餐。”
当高木告诉山本他们已经接受横须贺镇守府司令官盐泽大将“到横须贺水交社去吃午饭”的邀请时，山本似有反感地说：
“不行，到‘养命酒’那儿去，不好！”
可是，参观团一行还是婉言谢绝了山本直言真诚的挽留，离开了“长门”舰。
这一瞬间的情景，给高木吉大佐留下了深刻的印象。直到战后，他在他的著作中还很遗憾写道：
当时到“长门”舰的参观团一行，如果接受了山本五十六的挽留，一定会给他们留下美好的回忆。
他还写道：
论年龄，该参观团中，除了团长安培能成比山本大一岁，余者都比山本年轻。在魄力和勇气方面，连海军报道部的那些知多识广的人尚有怯懦、胆小的毛病，但有时却又显得那么自命清高，动辄还爱挑剔别人。相比之下，同他们着同样军服的山本却迥然不同。他慷慨大度，落落大方。
“不行，到‘养命酒’那儿去，不好。”那时，山本之所以这样说，很可能出自两个原因：他生性好客，加之在舰上也感到寂寞；这么多各界的客人都到曾是他的同班同学—盐泽幸一那里去做客，而没能留在自己这里，他感到心情很不痛快。
这时，高木和山本已有很长时间没有见面了。长时间的海上生活已使山本改变许多。烈日和潮湿的海风终日陪伴下，如今山本的脸色是黑里透红，看上去显得更加健康，同任海军次官时相比，最明显的变化是他的腹部已胖得突出了。
设在“长门”舰上的联合舰队司令部里，编有勤务兵10余人。旧时海军中把勤务兵称为“博役”（boy）。不同的长官对“博役”兵的要求不尽相同。因此为上司挑选“博役”兵并不件容易的事情。为找到上司称心的人选，守府人事部门不得不派人四处挑选。可是，联合舰队司令山本却不那么挑剔。他说：“谁都行。”
那时，联合舰队驻泊在佐伯湾。山本和舰上官兵同去朝拜宫崎神宫。在宫崎旅馆里，女招待员误把已秃了顶的舰队首席参谋黑岛龟人当成长官予以招待，正在一旁的渡边安次手指身旁的山本，赶忙向女招待员解释说：
“错了，错了，这位，这位！”
这时山本也应声笑着说：
“没关系，一样。”
当时，舰队司令部的勤务兵长是近江兵治郎。他原为“长门”舰的高射炮分队队员。因其有经营小卖店的经验，被舰上小卖店管理员要去在小卖店工作。后于1940年5月，被“长门”舰副舰长指令为联合舰队司令部勤务兵长，负责管理司令部内的10个勤务兵。到1943年山本阵亡，他任勤务兵长已四年之久，一直为山本及其幕僚们服务。
近江兵治郎是1932年应征入伍的。如果他一直在“长门”舰高射炮分队的话，早就可以成为一个很有威信的老资格军士了。然而，自调到舰队司令部任勤务兵长以后，他终日奔波于各种勤杂事务作好司令部召开的各种会议的保障工作；招待来自各方面的客人；接待军舰入港时上舰来演出的艺妓们；筹措司令部及有关人员一日三餐所用的食品、水果和茶点等一应事务。他仅能得到的安慰，就是司令部内的这些食品首先尽他食用。他的肚子从没受过委屈。这是后话了。那时，随着战争规模的不断扩大，舰上的物质供应也越来越紧张了。一次，舰长悄悄地跟近江说：“喂，司令部里有没有喝剩下的酒？如威士忌什么的，哪怕少半瓶也好，给弄点来，以后我们有了再给补上嘛。”
虽然舰长说得可怜兮兮，但作为下级的近江，还是要尽其所能，使舰长满意，更何况舰队司令部的厨房里几乎什么东西都有呢。所以，近江给舰长拿来了一瓶未开封的红色“苏格兰威士忌”。
近江等兵曹们平时常说：“来舰队司令部工作的幕僚，用不了多长时间就会胖起来。”
舰内还设有烤炉，可以烤制面包，西洋点心和布丁等，还有来自各地的名产。爱吃甜食的山本，可以自由地选择他所喜欢的食品。
一次，山本晋见近卫文。当近卫让他谈谈政见时，他说：“我不太懂政治，前几天，我的下属部分官兵，休假探家，归队后一致反应：现在国内吃的东西到处都很紧张，我听了大吃一惊。”
尽管当时人们一再要求改善物质供应的办法，但是，这毕竟不是解决问题的根本途径。到1941年，粮食紧张已威胁到了全国的每家每户，成了人们议论的话题。
而山本身居联合舰队司令部，物质供应非常充足，对这一紧张形势这时才初有觉察。所以，他“大吃一惊”。
山本发胖的原因，不单单因为食品供应充足，还有另一个重要原因，就是他越来越缺乏运动。
很早以前，山本就曾说过：“不进行充分的运动，没有健康体魄，就没有资格充当海军将士”。
在长期工作于驱逐舰、潜艇上，无法进行充分运动的情况下，要使身体不至于垮下来，除进行一般性锻炼外，通过娱乐活动调节精神情绪也是很重要的。山本特别重视体育锻炼。在这种不便锻炼的条件下，他把左右转动头部也视为最好的锻炼方法，并把它列入了舰上的体育比赛项目。每当军舰出港时，山本还要特意提醒勤务兵长近江兵曹说：“喂，带兵棋盘了吗？”所谓的“兵棋盘”，指的就是将棋。下棋，固然是调节精神的好方法，但是，包括在甲板上做体操和倒立动作以及散步在内，都同样没能避免山本发胖。
山本五十六任日本驻美国使馆武官时，山本亲雄为副武官。山本亲雄从1937——1939年曾在军令部一部一课任职。每年的“年度作战计划”都要由他拟制。1941年初夏，他被任命为“千岁”号航空母舰舰长，来到舰队。6月的一天，在停泊于宿毛湾的“长门”舰上，联合舰队司令部主持召开了对美作战的图上演习会议。“千岁”舰舰长山本亲雄大佐参加了这次会议。会上，他发现，司令部进攻菲律宾的作战方案，根本不用大型航空母舰，仅投以“凤翔”号小型演习用的航空母舰。这与他在军令部主持作战工作时的“要竭尽全力攻击菲律宾岛”的原作战思想完全不符。于是，他便疑虑询问与会的航空参谋佐佐木彰中佐说：
“请问，进攻菲律宾为什么连一只新的航空母舰也不用呢？进攻菲律宾是第一战。初战失利，那是非常危险的。那些大型航母准备用于何处呢？难道还要搁置不用吗？”
在这种场合，佐佐木中佐很难回答他的直言相问，便面带难色地给他使了个眼色说：
“请稍等一下。”
于是，佐佐木借故把山本亲雄叫到另一个房间，用极低的声音同他说：
“持这种想法的人不限于你和我，因为是你问，我就照实说了吧。确有‘赤城’‘加贺’等六艘航空母舰可以投入对菲作战，但大战之初，就已决定把它们用于夏威夷方向。为此，不能参加进击菲律宾。”
这是“千岁”舰长山本亲雄连做梦也没有想到的。他感到异常惊讶。
“噢！这完全是冒险，是谁的主意呀！”
“那还用说吗，当然是舰队司令山本长官。”
“那么，你们也都赞成吗？”
“不，开始，司令部的幕僚们都持反对意见，但山本长官无论如何也要坚持……”佐佐木航空参谋回答说。
山本亲雄心里想，“山本真像个大赌徒。”从目前各种分析意见来看，因为这样一来，在菲律宾作战方向，增加了“零式”战斗机的航行距离，所以，有可能从台湾南部派出“零式”战斗机支援对菲作战。责成第11航空舰队参谋长大西泷治郎等来专门研究这一弥补措施。
在佐佐木“千万不能泄露出去，因为这是绝密中的绝密。”的一再叮嘱下，山本亲雄怀着异常复杂的心情返回了“千岁”舰。
根据千早正隆战后所写的《被诅咒的阿波丸》一书所载，1941年6、 7月间，在军内外，隐约知道山本要袭击夏威夷的人为数不少。可是，由于对保密要求得极为严格，海军军令部和人事局里人人都能做到守口如瓶，所以有相当一部分人对此事一无所知。
1940年末至1941年9月，千早正隆在“长门”舰上任高射炮长。他和联合舰队司令部密码通信长高桥义雄大尉是同期同学。二人交往很密切。一次，他们散步闲逛，信步走进联合舰队司令部幕僚室顺手拉过北太平洋地区作战地图一看，不约而同地得出同样结论“并非虚传，果真确有此事。”
在美国方面，也曾有人多次地警告过美国政府的有关部门说：据传闻和有关迹象表明，日本很有可能要袭击珍珠港，这并非是空穴来风，请政府严加戒备。美驻日大使约瑟夫·格鲁，早在1941年初，就曾用密码电报提醒过美国国务院：
据卑职的同僚驻日使节贝尔所言和从包括日本在内的多方面得知，值此日美关系紧张之际，日本正在计划袭击我珍珠港。尽管贝尔使节认为，这只不过是日方异想天开。然而各种迹象迫使我不能不信，至少是有这种可能。经再三考虑，我认为，还是电告政府为好，以便严加防范。
据判定，这份电报是1941年1月28日发出的。
就在同年1月7日，山本向海军大臣及川古治郎上呈了包括有其打算袭击珍珠港的内容的《关于战备的意见书》（海军专用稿纸共9页），这是山本袭击珍珠港的谋划第一次正式以文字形式出现。他在这份上呈的意见书中写道：
现已很难判明国际关系发展趋势。以海军联合舰队之愚见，与美英一战已成难免。故此，应从速审慎准备备战、训练及作战计划等一应事宜，万望勿失良机。
为之，于此简要呈上卑职久存于心的关于初战应如何展开之意见，烦请在上考虑。（以上内容，于去年11月下旬，已以口头进上，这里不过是再次概要重复而已。）
1940年11月，联合舰队驻泊在横须贺港时，山本几度去海军省同海军大臣及川面谈过此事，其主要内容与“意见书”中所言大体相同。
尽管在该“意见书”栏外，有用红笔写的“只限大臣一人审阅，不准他人览视，阅后烧毁”等字样，但还是被参谋藤井政务保存下来了一套副本。这就是战后所见到的那一份。从这份副本中得知，全文由战备、训练、作战方针等四部分组成。在第四部分中，山本详细地阐述了“开战初期所应采取的作战方针和计划”：
用第1、第2航空战队的全部航空兵力，利用月夜或黎明的光亮，向美国太平洋舰队发起突然袭击，“一举歼灭”停泊在珍珠港内的美国舰队；由鱼雷战队（驱逐舰部队）担负护卫任务，护卫前往作战的我航空母舰和舰上飞机及飞行人员；派潜艇部队潜伏在珍珠港出口地区水下，待轰炸开始后，击沉企图出港逃走的美国舰只，堵塞港口等等；打一场震撼山河的硬仗。可以想象，那种激战将是何等的壮烈，“但愿决定胜负于此一役”。
恳请下令由别人来接替我的联合舰队司令职务，“授命我为航空舰队司令、亲自率领航空舰队，进击夏威夷。”
“意见书”中还有这样一段：
然而，在研究同美英开战的实际问题时，将会发现：在整个战争期间毕竟不可能有全舰队的接敌开进、实施炮战和鱼雷战以及全舰队攻击等那种极为壮观的场面。
这就是说，不可能会再次出现日本海大海战那样以绝对性优势战胜敌人的震惊世界的结局。
开战之初，在日本成功地袭击了珍珠港，并在马来海战中击沉了英国皇家“威尔士亲王”号和“却敌”号两艘战列舰之后，高松宫（天皇裕仁的弟弟）曾对军令部第一部长福留繁说过：“不论是夏威夷之战，还是马来海战，其结果都不出山本长官所预料。”
事实上，通观后来的“战争的全部进程”，依然未出山本当初之所料。
在提出这份“意见书”的同时，山本曾用毛笔在三张公文纸上概要地写出了袭击珍珠港的计划，并转交给了第11航空舰队参谋长大西泷治郎，要求其立案研究。
从书面所注明的日期来分析，至少，在山本袭击珍珠港的计划正式形成文字之后的第三周，东京的美国大使馆对此计划就已有所察觉，并反映到国内，只是美国政府和海军首脑，对驻日大使——格鲁的反应（警告）不敏感，没有引起应有的重视，甚至干脆当成了谣言罢了。这一点，可以在《现代史资料》中得到证实。在该资料中清楚地记载着，1941年2月1日，美国作战部长发给了太平洋舰队司令一份题为“关于日本袭击珍珠港的流言”的电报。电报中说：
所谓日本计划要袭击珍珠港之说，确是流言，美国海军情报部，根本不予相信。
对于这样一份极有价值的情报，美国政府和海军首脑，究竟为何反应冷漠，这确实令人费解。即使到今天，仍然还是个难解之谜。
大西泷治郎接受了山本密令，但作为他本人来说，似乎并不那么赞成这个过于奇特的作战计划。但作为下属，他只有照办。他首先把这份简要的“计划”拿给他的首席参谋前田孝成看，然后又把第1航空舰队参谋源田实中佐召到鹿屋，让他阅读了这份“计划”，并要求他按此“计划”秘密研究出具体实施方案。
大西的第11航空舰队，是以鹿屋为基地的陆上部队（负责守卫沿海地区），而第1航空战队则是以“赤城”、“加贺”两艘航空母舰为主力的海上部队。源田实这时正在“加贺”舰上任职。
他是不久前从日本驻英使馆调回来的。早在海军大学读书时，他因极力主张过于激进的“航空优先论”得到一个绰号，叫“神经病源田”。
然而，就是这个“神经病源田”，为大西，更准确地说是为山本，写出了最初的袭击夏威夷的具体作战方案的草案。在起草草案的过程中，他充分发挥了他的聪明才智，大胆提出：在奇袭夏威夷作战中，要动用第1、第2航空战队的主力—全部航空母舰；为圆满达到奇袭的预期目的，要采取轮番反复轰炸的方式将小笠原的父岛或北海道的厚岸作为舰队出发的集结地点。
源田所拟草案为基础的这份关于袭击珍珠港的报告，于4月初，正式提交给了山本。山本又命人进行了加工和充实，然后，命大西送呈海军军令部。这时，这份报告的内容，从实战要求的角度来看，还并不那么完善、具体，许多细节问题，甚至包括某些关键环节，尚需进行充分研究。
就在大西、源田正在为起草这份报告而费尽心机，冥思苦索的时候，在联合舰队里，也在独立地进行着关于对夏威夷作战的研究。
一次，在舰队的军官们同山本司令官闲谈时，有人曾含蓄地问山本：“对夏威夷只进行空袭而不占领吗？”
意思是说，美国的海军军人，有相当一部分都驻扎在夏威夷。培养一个海军军官需要很长时间，如果能将其一网打尽或俘虏之，可以严重削弱美国海军的实力，使其士气就此消沉下去，而且在相当一段时期内，很难得到恢复。只是没有直截了当地说出来主张轰炸并占领夏威夷的本意而已。
联合舰队司令部里，设置了四个预备研究小组。首席参谋黑岛龟人大佐对这一研究工作表现得极为热心。他已开始拟制联合舰队司令部的各种作战方案和研究有关的战略战术。袭击夏威夷的作战计划，自然是他研究的重点。
黑岛在联合舰队司令部的军官中，是个性格怪僻，与众不同的人。为了集中精力拟制作战方案，他把自己关在舰上自己的宿舍里，关紧用于密封的舷窗盖。因为司令部所在的“长门”舰上没有冷气设备，房间里很热，他便赤身裸体伏在案上，夜以继日地进行工作，几乎到了走火入魔的程度。房间里点着薰香，烟雾缭绕。他的嘴里还叼着香烟，点了又掐灭，掐灭了又点着。他的脑袋里，除了关于作战方案的构思，好像什么都没有了。
有关黑岛参谋的各种传说很多：黑岛参谋每遇难事，就在舰内踱步沉思；他虽然身为司令长官得力的参谋，但却一次也没跟司令长官一块用过餐；在他的房间里，各种书籍乱七八糟地堆积如山，可他却视若无睹，从不收拾。
因为他行为古怪，勤务兵们把他称为“黑岛怪参谋”，特别是他对日常生活琐事马虎草率，竟办出一些幼稚可笑的事来，所以又称他为“呆子”。
他身着的睡衣就是个明显的例子。睡衣满是污垢，又脏又破，不堪入目，看上去令人作呕。但如果勤务兵不给他换，他就那么穿着。一次，舰队驻泊在吴港，有个勤务兵见他如此狼狈，便自己解囊，一次为他购置了三件睡衣。
有人曾用批评的口气评论黑岛说：
“包括袭击夏威夷最初的作战方案在内，如果完全依靠科学数字，建立在客观的基础上的话，无论如何也不会炮制出那样的方案来。这样一个在常人看来根本不可行的方案，完全出自黑岛的那个反常的脑袋瓜，是硬写出来的。”
4月末，为了解释由他拟制成的关于袭击珍珠港的有关战略和策略，黑岛龟人接受山本的命令，去了东京。
在东京的海军军令部里，第一部（作战部）部长福留繁少将，第一课（作战科）课长富冈定俊大佐和航空参谋三代辰吉中佐都反对联合舰队袭击珍珠港的计划。
尔后的8月7日，黑岛大佐在鱼雷参谋有马中佐的陪同下，为协商这一悬而未决的问题，又一次来到了东京。这时作战部依然坚持原来的反对意见，而且态度更加强硬。黑岛同富冈定俊进行了激烈争论。
富冈定俊强调，海军军令部的作战部并不想也不愿意干预、控制联合舰队。所以，作战部的同僚们平时特别注意这一点，在各种场合，总是尽量控制自己。但是，又不能忘记作为中央（指作战部）的使命：调解海军与陆军的关系；决定兵力的使用和分配；安排各部队的物资和武器的供应等；而且，战争一旦打响以后，首先还要考虑，尽快占领爪哇等南亚产油地区，以确保石油来源，不能像黑岛或山本那样，只考虑珍珠港一举决胜负的问题。
再者，海军军令部的作战部长、航空参谋等之所以不肯在方案上签字，还有一个最大的理由，即就方案来看，袭击的成功有赖于两个不可靠的假设：一是在奇袭时，美国舰队正停泊在珍珠港内，二是一支大型的母舰部队能安全地渡过半个太平洋而不被美国发现。这是很难保证的。他们还强调：不能怀有侥幸心理，而且也不能冒此大险；事实是不以我们的意志为转移的，愿望和可能代替不了现实。
黑岛本着山本的观点，反驳了富冈的意见并进一步强调了一定要袭击珍珠港的理由。
所谓山本的观点，概括地说就是：同美国交战本身就没有胜利的希望可言。明知如此，还要硬着头皮打的话，那就只有在大战的一开始，就先发制人地摧毁对方的主力，打得对方措手不及打破敌我之间旗鼓相当的均衡局势，给敌人制造困难和障碍。除此之外，别无他策。“欲对美作战，就必须袭击珍珠港，否则，这场战争就无取胜的希望。”
山本在先前《关于战备的意见书》中曾这样写道：
此战成功固然不易，但只要我军将士上下齐心合力，怀赤诚报国之心，战死疆场之志，并逢天助，不愁此愿不遂。
经过激烈的争论，最后，作战部一课课长富冈定俊，只是勉强地答应了黑岛的一个要求：把每年一度的11月或12月于海军大学举行的图上演习，提前到9月召开，届时将设立专室，专题研究黑岛拟制的关于袭击珍珠港的作战方案。
此前不久，1941年7月的一天，山本也从舰队来到东京。
海军大臣及川为把日军决定武力进驻南部法属印度支那一事通知给山本和第2舰队司令长官古贺丰一，并顺便向他们做某些必要的解释和说明，特意把他们召到东京来。召见的地点是海军省中的海军大臣官邸，同时被召见的还有军令部总长永野修身和航空本部部长井上成美。
“二·二六”事件后，日本并非一步就跨入了战争的泥潭，而是经历了一个越陷越深不能自拔的过程。其间，有几次非常关键的决策，决定占领法属印度支那，就是其中之
召见时，海军大臣及川作了预先已准备好了的发言之后，山本首先发言。他转向航空本部部长井上说：
“井上君，你的航空部队准备得怎么样了。”
“还是你任次官时的那个老样子，毫无进展。为了适应这次武力进驻法属印度支那的需要，只得招收大量熟练工，简直不像话。”井上似有怨气地说。
航空本部部长井上，也是海军中反对同美国开战的主要人物之一。他的态度甚至比山本还要坚决。早在年初（1941年1月），他在听取了军令部的关于下一期军备计划——“○五计划”的汇报后，说：“这完全是用明治时期的旧思想来制定昭和时代的新的军备计划”。他为此深感不安，于是亲自起草了叫“新军备计划论”为题的长篇建议书，并于1月30日呈交给了海军大臣。建议书中说：
如果以美英两国为敌，就我国国力来说，也是力不能及的。仅以舰只的建造能力而论，我们远不及他们。倘与他们对抗到底，必将以我方失利而告终。这是不容争辩的事实。
帝国同美国交战，必须分析一下双方的基本形势和战争发展的各种可能性。首先，从军备情况来看，帝国战败美国的可能性是微乎其微的，甚至可以说等于零。即使能够战败美国，那么，也不可能使他屈服。理由非常简单……
另外，美日双方作战都存在着同样的困难——两国间远隔重洋，这是相同之点。但在其他方面，美国则大不同于日本，它可能有如下三种意图：
1.占领我全国；
2.只占领我首都—东京；
3.消灭我作战部队。
井上所起草的这份“新军备计划论”的主要观点是：必须大力加强航空部队的力量，才有可能取得同美国交战的胜利。否则，仅凭现有的兵力和装备，不仅无法战胜美国，而且陆海军还有遭全军覆没的危险。整个日本国土将被美国所侵占。历史证明了井上的预见是完全正确的。在战后的今天，也许谁都能得出同样的结论，然而在当时的历史条件下，在尚未举兵之前，能高瞻远瞩，准确地预见到未来并敢于直言谏诤，是非常难能可贵的，没有清醒的头脑和忘我的勇气是办不到的。
据战史丛书中“夏威夷之战”一节的记载，井上“建议书”的主要观点终因与当时军令部决策人物的用兵思想不一致，而没有被采纳。
不仅如此，据说，井上中将之所以在开战前四个月被贬职为第4舰队司令长官，与他所写的这份“建议书”有直接关系。
井上说完之后，古贺峰一反驳海军大臣说：“令人费解的是，这样至关重要的大事，也不同舰队长官商量，就轻易地作出决定。实际上，这种仗即使说能打，但也绝无胜利的希望。”
接着他又转向永野质问道：
“对于政府的这项决定，你军令部打算怎么办？”
“既然政府已经这样决定了，那就这样吧，不好吗？”
永野似乎是无可奈何地回答说。
很明显，决定武力进驻法属印度支那也好，缔结“三国同盟条约”也好，都要尽量避开这些（指山本和井上等）反对同美国开战，态度坚决并敢于直言的将领，待事情已成定局的时候，再把他们召到东京来，进行带有强制性的“解释”或“说明”，这是海军大臣及川蓄谋改的策略。
召见结束后，他们在官邸连饭也没吃，就各自散去。山本气冲冲地来到航空本部部长的办公室，用埋怨的口气说：
“永野先生，太不中用了，毫无主见！”
他边说着边四处张望，像是在找什么东西。
“唉！已经晚了，没办法了！喂！有好吃的（指甜食）没有？”
他接过井上递给他的巧克力，咬了一口说：
“这是什么味道？一定不是正统货。”
可见，他是由于心情不好而食不甘味。
26日，日本政府和法国政府之间就法属印度支那的“共同防卫”问题取得了一致意见，并发表了联合声明。
乘法国在欧洲战场上失利之机，日本在一年前就武装进驻了法属印度支那北部地区。7月29日，又同法国政府在维希正式签订了《日法共同防卫条约》。这给日本推行“南进政策”铺平了道路。在“条约”签订的当天，日本的海陆军部队就已经开始向法属印度支那南部——现在的南越地区——挺进了。日本的南进直接威胁了美国在南洋的利益。美国对日本南进早有戒备，对此反应相当强烈。于是，连续采取了一系列报复性措施。罗斯福首先下令冻结日本在美国的资产；接着又于8月1日宣布：除棉花和食品外，停止向日本出口包括石油在内的各种物资。
对日本来说，如果美国断绝了石油供应，那么，它就必须在四个月之内，保证能从南方得到新的石油资源的补充，否则就只有向美国屈服。这是日本国内的经济状况所决定的。
战争已不可避免。
形势的发展，迫使日本海军不得不加紧对美战争的准备。8月初，军令部一部一课课长富冈定俊，向他的下属传达了上级“开始进行战争准备”的指示。在场的主管航空事务参谋三代中佐说：
“指示归指示，我对同美开战毫无信心。”
富冈定俊勃然大怒，斥责道：
“你说什么？打仗就是要有信心，决不能因没有信心而不打。打还是不打，这要由政府来定。在政府已经下定决心同美国开战的时候，我们决不能因为缺乏信心而影响了战备。那样，我们就是失职。所以，我们一定要竭尽全力做好作战的准备。”
联合舰队当然更不例外，进一步加强了早就开始了的实战训练。这种针对性极强，以夏威夷为特定作战对象的空袭训练已进展到非常具体程度。
此时，联合舰队的“赤城”号航空母舰驻泊在横须贺。为了提高训练效果，该舰上的舰基机队，每天往返于鹿儿岛和横须贺之间。只有少数有关人员才知道，这一训练的真实意图。选择靠近樱岛的鹿儿岛为训练地点，原因是这里的地形、水势与珍珠港非常相似。
“赤城”号航母飞行队长渊田美津雄少佐，已于这年春天调任第3航空战队参谋。到8月份，他又意外地接到让他回“赤城”舰任飞行队长的命令，并把他提升为中佐。他感到迷惑不解：作为一个中佐军官任舰基机飞行队长，这是前所未有过的。乍看，这似乎是降职，但各种迹象又表明，不但不是贬用反而是器重。他带着疑问来到了“赤城”号。
当他驾驶着“九七”式舰基轰炸机到鹿儿岛赴任时，后来在攻击珍珠港的战斗中任鱼雷轰炸机队队长的村田重治大尉，在鸭池基地迎接他，并用祝贺和羡慕的口吻对他说：
“渊田先生，是源田参谋让我来接你的，据他说，这次行动非同寻常，连飞行队长都是‘高级’的，其中，一定有什么奥秘。”
这个“奥秘”很快就被揭开了。
一天，源田实——渊田在海军军校时的同届同学——把渊田叫到参谋长草鹿龙之介的办公室，向他讲明了舰队准备袭击珍珠港的作战计划，并激动地绘声绘色地告诉他山本是如何欣赏他的。源田说：
“有一天，山本司令官问我：‘你打算让谁来担任攻击队队长呢？’当我回答说，‘准备让我在海军军校时的同届同学—渊田来担任’，他‘嗯’了一声，会心地笑了。看得出，他非常欣赏你，让你担任攻击队队长，他非常满意。”
据说，起初，渊田美津雄并不赞成这项突袭计划。但长官的信任和同僚这一番话的鼓励，不能不使这位行伍出身的勇士热血沸腾。他放下自己的不同意见，全力投身于空袭训练了。
据源田实在1967年12月号《现代》杂志上发表的关于“开战的内幕”一文可知，当时在不公开作战目的的情况下，训练攻击队是相当困难的。
因为训练的目的是要袭击停泊在珍珠港内的美国舰群，所以，在训练计划中，就必须安排袭击某港停泊舰群的训练内容。但在训练中又必须隐瞒训练目的，因此，那些技术娴熟很有经验的飞行人员总是发牢骚说：
“让我们干这种袭击固定目标的活儿，简直把我们当成了笨蛋、白痴。”
渊田所担负的任务是，不仅要训练“赤城”舰上他下属的飞行员，而且还要训练在四月份新组编的第1舰队所有航空母舰上的飞行员。自下达加强航空训练的命令后，这些飞行人员在他的指挥之下，以鹿儿岛湾一带为目标，开始了紧张的珍珠港的模拟训练。
对鱼雷轰炸机队的要求是：从鸭池基地起飞后，在鹿儿岛市北方2000米的高空集结，然后，以距地面40米的高度单机南向飞向鹿儿岛港。越过海岸线后，再将飞行高度降至20米，作发射鱼雷动作，尔后，向右急转迅速升高。
训练的要求是非常严格的。村田重治是个出色的飞行员。他可以像个杂技演员一样熟练地操纵飞机，完成训练所要求的各种飞行动作包括急转弯和翻筋斗在内。训练中，由他先作示范，然后，那些经过反复挑选的各种飞行技术基础良好的第1航空舰队的飞行员们效仿他，经训练把技术再提高一步，以适应执行特殊任务的需要。参加训练的全体飞行人员，就是这样日复一日刻苦地进行着高难度自杀式的投掷鱼雷的训练。
在鹿儿岛的甲川河口，距海岸不远处的盐尾，有一个以盛行娼妓而著称的女郎屋町（小镇）。这里就是训练中想定的瓦胡岛（太平洋中部夏威夷群岛中的主要岛屿之一）希卡姆机场。湾内的浮标被看作是福特岛。鱼雷轰炸机取超低空飞行在地面上可以看到飞行员的面容贴着房顶掠过，向海中的浮标作俯冲飞行；到不能再降低的程度，拉起飞机迅速拔高。
女郎屋町妓馆的妓女们，当低空飞行的飞机呼啸着经过妓馆的房顶时，便从屋里探出头来，向她们致意的飞机频频摇动手帕。
对于海军这样每天以樱岛为目标，向海面俯冲的超低空训练，鹿儿岛市的老百姓反应不一。有的感到迷惑不解；也有的和女郎屋町的女性们一样，感到新奇；当然也有抱怨者：“海军这是在干什么？真让人讨厌”。
这时，美国太平洋舰队的主力集结在珍珠港，已处临战状态，论战备状况，已超过了日本的联合舰队。很明显，其目的之一就是威胁日本。
山本说：“美国已把太平洋舰队的主力集中到夏威夷。很明显，这是把矛头指向了我们日本。所以，我们也要严阵以待加强战争的准备。它想威胁我们，伺机攻破我们薄弱环节，没那么容易，它想得未免太乐观了吧！”
可见，山本在开战之初，出其不意地袭击夏威夷的念头更加坚定了。但他深知，无论是在海军军令部，还是在他所统率的舰队里，对于他的这个打算，持反对意见的人很多。所以，他在他的作战参谋渡边的面前曾流露说：“唉！总这么说三道四的，干脆不干算了！”山本所说的“不干算了”是指实在没办法就只有辞去舰队司令长官的职务，而丝毫没有因受到反对而取消袭击珍珠港计划的意思。
依照首席参谋黑岛的要求，军令部的让步决定，海军大学组织的图上演习，提前于9月11日开始，历时十天。
勤务兵长近江兵治郎，作为山本的随从人员跟随山本一起来到东京。临行时，司令部的副官一再嘱咐他说：“在下级官兵中，知道此事（袭击珍珠港的计划）者，只有你一个，事关重大，绝对要保守秘密，绝对不能泄露出去。”在临进京前的8月末，他被批准休假，回到了他的故乡—秋田县。在他扫了墓之后，还未来得及同他重病卧榻的母亲叙谈母子间久别之情，就悄悄地不告而辞，返回了舰队。
在历时10天的沙盘演习会议中，抽出了9月16——17日两天时间，特意为袭击夏威夷安排了图上演习。
在东京市目黑区的海军大学里，除照例设有图上演习会和有关军事研究会所用房间外，还设立了专供分析、研究袭击珍珠港作战方案的专用室。对专用室的管理是非常严格的，只准经过严格审查挑选的与该方案的研究有关的30人出入，其他人员严禁进出。在夏威夷攻防作战的演习中，蓝色一方代表日军，红色一方代表美军，以两军对垒的形式，反复进行了模拟攻防作战。11月16日为假定战斗打响日。结果是：击沉美国主力舰4艘，重创1艘；击沉航空母舰2艘、重创1艘；击落敌机180架。此外，还击沉、重创敌巡洋舰6艘。日方损失也很大：战斗打响的第一天，被击沉航空母舰2艘；2艘受轻伤；损失飞机127架。
虽然演习结果不甚如人意，联合舰队司令部依然坚持原来的意见—主张袭击夏威夷，而军令部则持慎重态度。事实上，后来被派往夏威夷作战的机动舰队指挥部，从开始就不太积极。
会后，黑岛大佐很失望地对源田中佐说：
“看样子，会上还是持不赞成意见者居多呀。”
尽管对袭击计划持反对意见的人很多，然而，除第1航空舰队参谋长草鹿龙之介和第11航空舰队参谋长大西泷治郎之外，却很少有人当着山本的面表明自己的态度。
草鹿是个为人正派性格耿直的硬汉子。他鄙视那种有意奉承，专事阿谀奉承的行为。他曾有所指地说过：
“什么打麻将，玩扑克，我一概不喜欢，甚至可以说是讨厌。也没有人叫我去玩，我也不愿意去玩。有人常去山本先生那里，不是让他给题字，就是让他给留名，说得难听一些，无非是去讨好，联络感情，我从来不干这等事。”
草鹿虽然很尊敬山本，但在重大问题上，从不隐瞒自己的观点。会上，他就要否袭击珍珠港一事，坚持说：
“袭击珍珠港，这如同飞进敌人的心脏，风险很大，非同小可。这是关系到国家兴亡大战的第一仗，切不可抱侥幸投机心理，更不应该像对待赌博一样地对待它。”
在这之前，草鹿同大西经常就要否进击夏威夷问题曾进行过争论。后来，大西逐渐认识到草鹿的意见是对的，很有道理。因此，在海军大学召开的图上演习接近结束的时候，他赞同草鹿的发言，并明确地表示了自己的反对意见。
9月末，在鹿屋基地召开的第1和第11航空舰队首脑人物的碰头会上，大西参谋长又一次阐述了自己的意见。他说：
“我们不可能用武力迫使美国屈服。即使不能迫使美国签订‘城下之盟’，不能在哈德孙河上举行阅舰仪式，无奈只有开战的话，我们宁可做出某些必要的妥协和让步，也要设法尽早结束战争。我们去攻占菲律宾或其他别的什么地方都可以，就是不能去攻击夏威夷，而且应尽量避免给美国以这一类刺激。”
南云中一长官以下几乎全部都反对这一进击计划。但态度如此明朗，如此有理有据者，却只有大西一人。
大西本是个性格粗暴之人，连演习的飞机因雨而中途返回，他也要厉声怒斥：“以后，不论是下雨还是下雪，也得给我坚持往前飞！”因此，他的下属满腹牢骚地说：“这个人，哪里是个参谋长，应该叫他‘粗暴长’”。把参谋长称作“粗暴长”，这正好和英语不谋而合，因为在英语中，“参谋长””（Staff officer）的发音和“粗暴长”（tough officer）的发音极为相近。
第1航空舰队的航空乙参谋吉冈忠一听了大西会上的发言，深为感动。他没想到，这位进击夏威夷作战计划的参与者，被人们称之为“粗暴长”的参谋长，能如此高明，远见。
经会议讨论决定，以第1、第11两航空舰队司令长官联名的形式，上呈他们的讨论结果——“建议撤销进击夏威夷的作战计划。”10月3日，草鹿龙之介和大西泷治郎二人启程，前往停泊在山口县室积海面的“陆奥”舰去拜见联合舰队司令长官山本。
这时，联合舰队司令部已从“长门”舰迁到“陆奥”舰，把“陆奥”作为临时的旗舰。
在静听了两位参谋长激昂慷慨的陈述后山本说：
“二位所言有一定道理，但你们可曾想过？就在我们致力于南方作战之时，如果美国从东面用它的舰队空袭我本土怎么办？为了索取南洋地区的重要资源，那么，难道就甘愿我们的东京、大阪变成一片焦土吗！只要我是联合舰队司令，我就不会放弃进击夏威夷的作战计划，尽管此计划尚有些勉为其难之处，就实施来说，也还存在着许许多多的困难，但我还是希望你们，多从积极方面考虑，坚定信心，加强训练和各方面的准备。”
接着，山本又用很轻松的口气，有意岔开话题说：
“再不要因我喜欢玩桥牌、扑克等，就把这说成是什么抱侥幸心理，是投机的了。”
谈着谈着，大西的观点有所改变，最后，甚至反过来劝说起草鹿来，但草鹿毫不动声色，依然坚持原来的意见。
尽管交谈的结果不甚理想，但在两位参谋长离舰时，山本还是破例地把他们送到了舷门。这时，山本意味深长地拍着草鹿的肩膀说：
“草鹿君，我完全理解你的意见和心情。但是，我已下定了进击夏威夷的决心，希望你能予以理解。回去后，不要再消极反对。要为实现我的作战决心多做贡献。为此战成功，望你能像去实现你的愿望那样，为进击夏威夷尽心尽力。”
草鹿被山本诚恳的态度和一片发自肺腑之言打动了，他当即表示说：
“我明白了，今后不再持反对意见，要一心为实现长官的意图而努力。”
这和山本早在任霞浦航空队副队长时所遇到的一件事的情形极为相似，只是在性质和程度上有所不同罢了。当时，在霞浦航空队任职的年轻中尉—三和义勇在“实在不愿意当甲板军官”他去晋见山本副队长。可是，当他见到副队长后便马上改变了想法，并表示“我一定努力尽职尽责”。
因袭击珍珠港必然使日本无可避免地被卷入战争，然而，如果袭击珍珠港的奏效，是否有利于日本摆脱战争，选择讲和的道路呢？恐怕也没那么容易。这样看来，现在“粗暴长”大西和硬汉子草鹿的反对意见，也不无道理，甚至还可以说是明智。如果事实证明，草鹿和大西的意见是正确的话，那么，山本的“破例送至舷门”的做法和“我的决心已定”之言，就是错上加错了。令人惊奇的是，具有日本武士性格的山本，竟有如此令人难以想象的说服能力。
几天后，联合舰队司令部又迁回了“长门”舰，并于10月9日开始，在旗舰“长门”上，进行了为期五天的图上演习。
因为这时，各舰队已基本完成了作战准备工作，均集结在内海西部。山本趁此机会，把他下属的各舰队各级指挥官召集到“长门”。他主要有两个目的：一是进一步研究进击珍珠港的作战计划，使之更加完善；二是深入动员其下属，增强执行这项特殊任务的勇气和信心，以便完满实现他的作战意图。他们中，有的到这时才知道进击珍珠港的作战计划。山本坚定地对他的下属们说：
“我知道大家会有不同意见，但只要我当联合舰队司令，就一定要坚持突袭夏威夷。为此，要设法争取上面批准派出全部航空母舰，以满足进击夏威夷机动舰队的作战需要。我的决心已定。”
图上演习刚一结束，首席参谋黑岛就奉山本的指示，到东京去向军令部汇报了山本的决心——“我依然坚持原来的意见，进击夏威夷要出动全部航空母舰，否则，我宁愿辞职。”军令部总长永野修身，听完黑岛的汇报后表示说：“既然山本如此执拗地坚持他原来的意见，那就让他试试看吧！”军令部次长伊藤整一和第一部长福留繁也依从了总长的意见。从此，在军令部里，几乎再没有人反对进击夏威夷。
在这大战即将爆发的前夜，山本非但没有醉心于空袭夏威夷，反而正在为此而感到忧郁和苦闷。这在他10月11日写给堀悌吉的信中可以得到证实。那时，他正在“长门”舰上组织其下属的50多名各舰队的各级指挥官进行图上演习。演习中，他还反复强调了“夏威夷这一仗，无论如何也要打！”而他在给堀悌吉的信中却写道：
一、我的家事就请你多关照了。
二、很明显，人们对时局的发展得出了一致的结论：已恶化到无以复加的程度了。这既不能归咎于我“山梨”也不能怨天尤人。那么，应归罪于谁呢？现在又不是评论谁是谁非的时候。
在这社稷危难关头，就是听从圣上，但同样也无法摆脱国内将会出现的困难局面。
三、我的处境是何等的不可理解。我下决心违背自己的意愿，没别的选择，只得沿此道路走下去。有什么能比违背自己的意愿而为之更难以忍受呢！难道说这也是命中注定的吗？
四、自年初以来，由于无谓的失策，重大事故频频发生，令人对未来不寒而栗。值此多事之秋，万望自重，自爱，多多保重。
山本的肺腑之言“我下了和我自己的意愿完全相反的决心”这句话，是绝不会同任何人讲的，只有同堀悌吉他才吐露了真情。可以想象，他的内心是多么痛苦，多么“难以忍受”啊！在某种意义上说，最反对进击夏威夷的，不是别人，正是山本本人。
在此之前的9月12日，山本在东京又一次秘密拜见了首相近卫文。两人就商讨了谋求实现日美在檀香山举行政府最高首脑级的谈判问题。他们认为，当时有实现这一谈判的可能和条件，想通过美国总统罗斯福和日本首相近卫文在檀香山的会晤和谈判，打破日美间的僵局，缓和两国间紧张的关系。并打算由山本陪同近卫前往谈判。尽管这一谈判最终并未实现，但对当时的日本来说，还是很有必要的争取。
谈话中，近卫又向山本提出了前一次会见时同样的问题“万一谈判告吹或不能达到预期目的，海军作何打算？”
山本的回答和上一次一样，毫无改变。他说：
“如果说非让我打不可的话，那我就尽力维持它一年到一年半看。但时间再长，我就毫无把握了。”接着他又补充说：
“我决心同我的飞机和军舰同生死共存亡，在太平洋上同美国决一死战。阁下意欲如何？依我看，你也别想轻易地活下来，要做好死的思想准备。所以，我再次恳请，要尽最大努力，争取同美国谈判。即使谈判破裂，也不要搞僵，要留有缓和的余地，因为在外交的道路上是没有终点的。”
海军省军需局局长武井大助，1939年前后，读到了一本英文版的关于分析研究日本持续作战能力的书（据说该书是风见章在中国上海发现并得到的）。他读后感到很震惊，并推荐给了山本。据说这本书是一个俄国血统的军事评论家在美国纽约出版的。书名为《当日本走向战争的时候》（When Japan Goes to War）。书中详细载有日本兵工厂的位置、规模、职工人数等内容。有的内容连日本海军省军需局都不知情。书中得出分析结论说：如果日本同美国开战的话，就日本国内持续战争的能力而言，只能坚持一年半，而且在最后的半年中，将出现同第一次世界大战末期的德国极为相似的局面。
听了武井介绍该书的梗概内容之后，山本说：“真巧，和我研究的结果一样：日本至多只能坚持一年半。”
据说，直到开战前山本，一直订阅英文版《生活》杂志。阅读时，每发现有重要内容他就划上红线，并让勤务兵将杂志送到参谋室去。可见，山本之所以那样回答近卫，与他经常研读这种杂志有直接关系。
“说一句不好听的话，山本的悲剧（错误）就在于这句话上。”
井上成美慨叹道：
“山本的‘那我就打一年半看’的说法，显然使不懂军事、素来就优柔寡断的近卫更加犹豫了。当近卫征求山本‘海军的意见如何？’时，山本为什么不直接了当地说‘海军认为，不能同美国交战，要战则必败。如果因我持这一观点而说我没有任联合舰队司令长官职务的资格的话，那我宁愿辞职！’呢？也许山本考虑到，在联合舰队的四万余官兵面前羞于说出这话。其实，这大可不必，他完全应该抛开这种顾虑（常情），大胆直率地表明他的本意。”
伊藤正德在他所写的《联合舰队的结局》一书中，并非针对山本个人，慨然写道：
海军如果能大胆直言，明确表示不赞成同美开战的话，那就好了！多么令人同情和扼惋叹惜呀！只因一念之差，缺乏说出一个“不”字的勇气，便使整个海军卷入本不该打的一场战争中。结果，不但没立百战之功，反而招致了全军覆没。啊！威武庞大的舰队呀！已不复存在了！
那么，山本五十六为什么向近卫说“尽力闯上一年或一年半看”呢？对此，井上成美也曾做过分析和猜测：也许他是出于同情下属体贴的心理。因为养兵千日，用兵一时嘛，想让他的下属官兵在实战中试试看，经受一下锻炼和考验，这也是符合一个军人所特有的心理的。再者，山本还可能出自另一种考虑：用实际行动来回击那些长时间以来一直骂他为“胆小鬼”、“懦弱”的人；向他的乡亲们和花柳界的女流们证实“我山本不愧是你们所信赖的五十六。”
然而，山本的“如果说能打的话，那就闯闯看吧！”的说法，可能有如前所述的诸种原因，但更重要的是他的一时的幼稚的表现。因为他的本意并不想进行这样一场战争。这在他给堀悌吉的信中可以得到证实。
在10月11日，他给堀悌吉的信中这样写道：
从目前的情况来看，只能听任圣上的最后裁决了（因为陆军坚持要打，而海军则坚决反对，陆、海军的意见相持不下）。
这封信发出去的一周后，第三次近卫内阁总辞职，东条英机组阁。岛田繁太郎刚一就任新内阁中的海军大臣，山本就给他写了一封长信（10月24日），信中强调说：
从大局来看，如能避免日美间的冲突。应尽力避免。值此关键时刻，尤应忍辱负重，怀卧薪尝胆之志。要做到这一点，同样需要勇气和力量。事到如今，日本已被逼得无路可走，若能得到如前所述的转机（避免战争，持卧薪尝胆之志），那是最好的了。欲达此目的，只有诚惶诚恐地静待圣上的敕令了。
很明显，山本一直在恳切地期待着圣上能作出无论如何也不与美国交战的决断。
从丰田真次郎在4月的内阁改组中改任商工大臣之后，也就是，从第二次，第三次近卫内阁到东条内阁期间，泽本赖雄一直担任海军次官。在亟待解决的时局问题上，泽本赖雄非常需要对海军极为了解，在海军中威望很高的重臣的帮助。为此，他曾登门拜访过米内光政和冈田启介。
当时，日本的形势日趋严重，经济每况愈下，经济日益萧条贫困。社会上的人们在议论着“大战已不可避免”。泽本在他的日记中，是这样记述米内对当时形势的分析和如何对待战争问题的观点的：
“慢性贫困”，这固然是有目共睹的现实。但它不应该成为我们决定一切事物的依据，因为还有其他必须考虑的各种因素。是否要开战，既要考虑时机问题，又要考虑欧洲的形势以及与之相关的各种因素。如何选择开战的时机非常重要。切忌过早地卷入战争。
陆军的意见往往是靠不住的。在我出席内阁会议期间，就曾几度出现过这样的情形本来已同陆军大臣商定好了的事，不知何故，突然又变了，这给我留下了很深的印象。
用高木吉的话说就是，日本的陆军就像一条变幻多端的多头蛇。你很难辨别出哪个是主头。所以，即使你击破它两三个，最终还是不能奈何它。
冈田启介说：“‘慢性贫困’总比‘快性贫困’好得多。陆军的油至多只能够用一年了，恐怕不久就得向海军伸手。所以，可以理解那些年轻的军官们急于要打仗，想在战争中解决‘贫困’问题，但是否现在就进行战争还需要慎重考虑。因为国内的问题，只是我们下开战决心的依据之一，何况还是能够解决的呢。在国际范围内，同其他国家的关系上，如果发生失误，那将给我们的国家带来灭顶之灾。”
但是，正像冈田启介在谈话中所分析的那样，不仅陆军中的年轻军官们急于要战，就是在海军的年轻军官中，也跃跃欲试想开战了。
这里顺便说一下，当时日本在非战争的情况下，每年所需要的石油量：海军需要200万吨，陆军需要50万吨，民用100万吨，合计为350万吨。这一只是我们现在（1968年）进口石油量（1.2亿吨）三十五分之一的燃料问题，却成了当时决定我们同美国战还是和的决定因素。
战后，富冈定俊回忆说：“因为海军打仗要用石油。所以，当时就拼命积攒石油。到开战时，贮存量已达550万吨。如果没有这些石油，这场战争就无法进行。这样的话，当时不管愿意还是不愿意，也就只得顺从于美国了。结果恰恰相反，在某种意义上可以说，这苦心积攒的550万吨石油，反倒成了引发战争的导火索。
山本在10月24日写给岛田繁太郎的长信中还这样写道：
当众议压来，吾不得不应付时，身为联合舰队指挥官的我，难就难在无论如何也不能像通常那样去作战，其结果只能是身陷窘境，进退维艰啊！……似乎竟有人为我的脾气和能力而感到疑虑（而不是对作战方案本身）。卑职深知，值此关系到民族兴亡之非常时期，不允许也不能去为我个人而申辩。恕我直言，我从来也未曾以我身为大舰队司令而自居……
总之，卑职之所以选择这种偷袭的作战方案，实出于卑职的识浅力薄。此乃穷极之策也。倘有上我者，卑职毫不踌躇，欣然辞去我本不胜任之职。
其实，到这时，已没有人主张让山本“欣然辞去”了。在山本给岛田写这封信的前五天（10月19日），军令部就已正式批准了联合舰队所提出的“夏威夷作战方案”。
当事者得出一致结论，袭击珍珠港采用鱼雷比普通炸弹的效果要好得多。但珍珠港的水深只有12米，在这样的浅水中使用鱼雷的话，首先要解决有关技术上的问题。日本海军拥有的鱼雷航迹隐蔽，比当时世界各国鱼雷的性能都好。为保密起见，日本把这种鱼雷所使用的氧气推进剂称为“第二空气”。再好的鱼雷，重量也大于一吨。高速飞行的鱼雷轰炸机向水中发射鱼雷，对水深有很严格的要求。在50米的高空发射，鱼雷入水后，至少也要下沉100米。这种鱼雷比较适合用于太平洋中部地区的舰队决战，但用于这种浅水港内，入水后的鱼雷势必因钻入港底深处而影响作战效果。要想使这种鱼雷能充分发挥作用，就必须尽早解决鱼雷本身的有关技术问题。
约在二年前，爱甲文雄中佐和他在军校时的同届同学渡边安次、实松让，对马尼拉、新加坡、香港、海参崴和珍珠港等港的水深就曾进行过调查。此后，他一直负责指导研制适用于这些港口水深（12——20米）的浅水鱼雷。1941年1月，军令部参谋三代，专程来到爱甲从事浅水鱼雷研制的地方，向爱甲说明了袭击珍珠港的作战意图，并要求他确保正在研制的浅水鱼雷的可靠率提高到百分之百。爱甲文雄中佐，这时为航空本部主管鱼雷事务的参谋。
爱甲和他的同届同学片冈政市，设想在鱼雷上增加一个横向自转旋翼（雷道稳定舵），安装在鱼雷尾部，像鱼鳍一样。在鱼雷尾部安装像鱼鳍一样的装置，这还是第一次尝试。为了试验其是否可行他们决定在鹿儿岛进行实验。飞行总队队长渊田美津雄，在他的飞行队里挑选出了技术水平分别为上、中、下的三个飞行员，让他们驾驶携载有改装后的鱼雷的鱼雷轰炸机，依次往预先在水深20米处已树好红旗标志的鹿儿岛港内发射鱼雷。
所谓浅水发射鱼雷法，就是鱼雷轰炸机将飞行高度降至距水面5米处进行发射。在海军的“九七”式舰载鱼雷轰炸机上装有精密高度仪，但上面没有标志5米的刻度，最小的刻度是10米。飞机用低于10米的高度飞行时，只能依靠飞行员根据平时的驾驶经验自行调整。因此，在进行这种飞行实验时，飞行员总觉得飞机的螺旋桨已接触到了水面。
实验的结果：3架飞机共发射的3枚鱼雷中，有两枚达到了预期目的—入水后没超过12米的深度。只有技术最差的那个飞行员发射出的那枚鱼雷，钻入了海底。
渊田见此情景对他的飞行员们说：
“今天，我们实验的成功率是三分之二，照这样干，是绝对有把握的。”
100枚鱼雷的改装工程被紧急包给了三菱公司长崎兵工厂。到10月下旬，仅改装完10枚，其余的90枚机动舰队出发去集结地带走已来不及了。所以，舰队只好把“加贺”号航空母舰和几艘驱逐舰留在佐世保，等候最后一批鱼雷改装完工装船，并要求兵工厂，在舰队到达集结地——千岛之前，一定要完工交货。
这种改装的浅水用机载鱼雷，同前面所说的以氧气为推进剂的“九四”式鱼雷不同。它内装204公斤炸药，速度为42节（海里／小时），被称为“九一”式鱼雷的2号改进型。
用这种鱼雷对敌舰进攻时，要求要尽量缩短发射距离，在训练中，有的鱼雷机由于距目标过近，竟把鱼雷直接发射在靶舰的甲板上了。
有一天，因为前阶段在鹿儿岛和其他地点取得良好训练成绩，渊田美津雄中佐很自信地问联合舰队航空参谋佐佐木说：“怎么样？这回长官对我们该满意了吧？”佐佐木直言不讳地回答说：“不，我向长官汇报时，听长官那口气，似乎并不十分满意。好像嫌攻击时间的间隔过长，应该设法缩短间隔时间。”
据说，当时的海军中已形成风气，像这样直言不讳地说出自己的观点，特别是在航空军官中，更是如此。在他们中间，不论对谁，都能这样开诚布公，毫不隐讳自己的观点和意见。然而，渊田在听了佐佐木的这些话后，似有情绪地说：
“这还不行啊？如果司令长官总是这样不放心的话，会直接影响我们执行具体任务人的情绪。不行的话，我得上‘长门’舰，直接找长官谈谈。”
渊田向佐佐木要求去旗舰“长门”。他来到“长门”舰后，向山本要求说：
“听说长官对我们轰炸机队还有点不放心，那就请长官再下一道演习命令，让我们再来一次演习吧！让6艘航空母舰全部出动，把佐伯湾定为袭击目标—珍珠港，飞机从足摺岬一带出发，接近目标，最后请看攻击效果。”
这时进击珍珠港的日期已经迫近，再搞这样的演习，时间有些紧张了。但山本还是答应说：“好！要演习就再演习一次吧！”这一实战前的最后一次演习，从11月3日午夜后开始行动，由水平轰炸机队，俯冲轰炸机队、鱼雷轰炸机队和制空战斗机队等4个机队组成的第一纵队，在4日凌晨，日出前半个小时，如同实战一样，相继从母舰群起飞，径直飞向佐伯湾。在各自完成了预定的动作之后，返回母舰。演习持续了3天，最后，以基本达到预定的演习目的。
演习结束之后，渊田很得意地问山本说：
“长官，这回总该满意了吧！”
山本鼓励他说：
“还好！基本符合要求，看来，你们能够完成这次任务。”
至此，一场大战已经迫在眉睫。开战的预定日期是12月8日。联合舰队参谋长宇垣缠少将，在他的以《战藻录》为题的日记中，写下了迎接明治节—11月3日——的诗句：
敬望威舰若鲹群
在诗句后面他接着写道：
今天接到了同陆军商量好的作战日期—8日或10日—的通知。万事俱备，捐躯！捐躯！我不辞为国捐躯！
宇垣写这篇日记的这天，正是军令部总长永野修身向天皇陛下呈奏“疲劳日”的那天。
在联合舰队进行最后3天的特别训练的第二天—11月5日，山本接到了军令部总长永野奉天皇之旨发来的“大海令第一号”命令：
令联合舰队司令长官山本：
一、我大日本帝国为保卫国家，已决定在12月上旬，同美国、英国及荷兰开战。在此之前，要分别作好各种作战准备；
二、联合舰队司令长官，要根据海军具体作战需要实施准备；
三、有关细则，待军令部总长分别下达指示。
山本根据永野发来的“大海令第一号”命令的精神，于当日（11月5日）下达了内容详尽的“联合舰队绝密一号作战命令”：
联合舰队同美国、英国和荷兰作战，按本命令附件中所规定的方案实施。
1941年11月5日
于佐伯湾旗舰“长门”号
该命令的最后落款是“1941年11月5日于佐伯湾旗舰‘长门’号”。其实，这份命令的下达只是履行程序而已。实际，经过反复修改充实，各个实施部队具有详细内容的命令是11月8日在东京发出的。
为同陆军研究有关协同作战问题，11月6日，山本率领宇垣参谋长及其下属的有关幕僚们，从大分（市）乘飞机来到东京。前后在东京逗留了5天。
曾在记者团当过新闻记者的松本鸣弦楼，此时已辞去了“二六新报”记者的职务。一天，他的新闻界的一位老朋友给他打来电话说：
“松本君，联合舰队（指山本）来东京了，你见到了吗？”
得知这一消息后，松本心情非常激动。他放下电话，就兴冲冲地来到海军省找山本。一进海军省接待室，他就伸出大拇指（用以表示山本）小声地同早就相识的公务员说：
“他（指山本）在这里吗？你见到没有？”公务员会意地小声对他说：
“在！在！看到了。刚才还见到他了呢！”
于是，松本把自己的名片交给了这位公务员，让他去通知山本。不一会儿，公务员回来说：“他说‘马上就来’。”松本刚在接待室寻位坐下，就听到外面有咔咔的皮靴声。随即，山本满面春风地走了进来，山本兴奋地说。
“很久没有见面了，你好！你怎么知道我来东京了？”
不出松本所料，山本比以前胖多了，烈日的灼晒，使他的脸膛呈现了黑里透红的健康之色。这意外的一会，使他们彼此的心情都很激动。老朋友相见，自要问及短长，更何况松本还有很多要向山本打听的事呢。两个人互相敬让就近坐下后，松本首先开口说：
“唉！阁下，关于美国的问题是怎么定的？”
“怎么说呢，究竟怎么定，现在还不好说。这恐怕就是这次要研究的问题吧。”
山本迟疑了一下说：
“谢谢你的经常来信。”
山本故意岔开松本的问题。接着又有意把话题拉得更远，提到去年9月12日同近卫会面的一次谈话。
“近卫先生可真有意思。”
松本不假思索顺着话题很自然地附和了一句。接着，他又奉承山本说：
“长官历来不是信口开河之辈，所言必有分量，堪称一语千钧。”
山本否认说：
“过奖了，在现在的日本海军中，不论谁当长官，恐怕都得守口如瓶。也许凡身负重任者都这样吧。”
尽管山本在想方设法要避开松本所问的军政界大事，特别是想避开当时日本对美国的态度问题，但不知不觉地又回到这一话题上来。松本再次追问的“对美、英作战，长官的信心如何？”山本回答：
“有信心归于有信心，但切不可低估我们的对手啊！与其说有信心，莫如说出自于无奈。”接着，他又补充说：
“的确，从去年开始，我们在各方面都作了准备。但准备归于准备，并没有必胜的把握，不能因有所准备而高兴过早。因为我们面前的对手是个强者，切不可掉以轻心，忘乎所以。”
松本深受启发地说：
“所言极是，祝阁下一切顺利，万望多多保重。”
“谢谢！谢谢！”
山本一边致谢，一边站起身来。
继“一号作战命令”之后，联合舰队又发出了第二号命令—“关于开战第一阶段的部署。”
在东京陆军大学，山本签署了同陆军的“作战协定”后，于11月11日午后，乘横须贺航空队的运输机，途经岩国回到了旗舰“长门”号。
11月13日，山本把各舰队（派往南洋作战的舰队除外）的司令长官、参谋长和首席参谋等招集到岩国海军航空队，向他们作了关于作战命令的说明，并征求他们的意见，随后发出指示，没有意外情况，作战日期就定在12月8日，机动舰队的主力集结到千岛群岛择捉岛的单冠湾之后，要在11月下旬从该湾起航，取北向航路往夏威夷进发。“但是”，山本用坚定的口气补充说：
“如果现正在华盛顿进行的日美谈判成功的话，我立即向机动舰队下达撤退命令。那时，即使进击的母舰已经出发，接到命令后也必须调头返航，不去进击夏威夷。”
山本说完后，首先表示反对的就是进击夏威夷机动舰队司令长官南云中一中将。他说：
“已经出发的舰队还要返航吗？这未免太过分了。它不单单会影响部队的士气，而且也不可行。”
接着，又有几个指挥官表示了同样的意见。其中有人说：“这岂不是要把快要撒出去的尿憋回来吗！”
山本听了大为恼火，他声色俱厉地说：
“养兵千日为了什么呢？打仗本身并不是目的。如果有谁接到返航的命令也不打算回来，干脆现在就不要出去，即刻辞职好了！”
据说，经过山本的这一番训话之后，对此再没有持反对意见的了。
据传，就在这一天的会议之前，山本发表了非常感人的训辞，遗憾的是，其内容并没保存下来。他的“我全军将士随时都要有以身殉职的思想准备。”这句感人肺腑的话，大半就是在这个时候讲的。
与会者们为预祝出征顺利，作战如意，特意举行了酒会。席间少不了栗子（象征着胜利）、鱿鱼干这已形成惯例。席间，大家互相勉励，举杯相祝，并乘兴合影留念。
酒会后，井上来到岩国航空队司令的办公室。他一跨进门便看见山本一个人神情忧郁地坐在沙发上，像是在等待参加晚上将在岩国深川饭店举行的慰劳会。于是，他便进前打招呼说：
“太糟糕了，这回，我们将打一场硬仗了。长谷川（清）不也说吗，美国的工业力量是我们的十倍。可是，大臣（岛田繁太郎）这个人，我该怎么说他呢？他说舰队临出发时，他还要专程到岩国来寒暄几句送行。如果他来的话，也一定会笑容满面的，丝毫也不会感到忧虑。”
听了井上的话，山本痛苦地说：
“也许是那样，岛田太无知了！”
据井上所知，这是最后一次山本的反战思想流露于言表。天皇陛下的心里虽然很明白，但还是下了圣断：“开战”。此后，山本对战争再没有过反对的表示。
第二天，即11月14日下午，日本北美航线上的邮船一一“龙田丸”回到了横滨。船上乘有700多名来自美国加利福尼亚洲的归国移民和很多从世界各地回国的日本侨民。日本驻英国的海军武官近藤泰一郎也乘该船回到祖国。
在山本任海军省次官时，近藤为海军省首席副官，曾因恭迎高松宫就任一事，山本斥责过他。
前来横滨迎接近藤的是松永敬介。如前所述，在山本任海军省次官时，松永敬介曾在山本手下任副官兼秘书。后来，也被派往伦敦日本驻英使馆工作。因此，他对英国也很了解。松永患过中心性网膜炎眼病。据说，他在英国使馆工作期间眼病曾一度发作。山本对此非常关心，给他寄去了一笔钱，建议他在英国治疗。后因反复诊断，查不出病因，无奈，于1939年10月回国，前后在英国工作了约一年的时间。因此，对松永来说，他不但深知国内海军省中的内情，而且还能大体上估计到刚刚回国的近藤泰一郎的心情和所持观点。
松永主动向近藤梗概地介绍了当时海军省内的情况，并忠告近藤说：御前会议已经开完，目前军政大事的方针已基本确定在向海军省汇报国外工作和谈到对目前时局的看法时，切不可忘记这一前提。
近藤在伦敦尽管饱尝了德国空军轰炸的苦头。但他还是认为英国并不像日本所估计的那样不堪一击只要德国连续轰炸，就得不战而败举手投降；要使英国屈服，德国不出兵英国本土是不行的。但德国又似乎无兵可出。这从最近德国潜艇击沉英国商船的数量呈下降趋势这一情况也可略知一二。因此，如果根据英国很快就会投降的观点来制定日本政策的话。那么，势必造成失误。近藤曾多次地把自己这一观点和想法，从伦敦电告海军省。但令人不解的是，驻德国柏林的海军武官电告海军省的电报内容，却与近藤的完全相反。
本来，海军省和军令部的负责人，对来自柏林和伦敦的情报，都应同样对待，经认真分析和权衡之后，决定取舍。然而，事实恰恰相反。他们几乎完全相信来自柏林的情报，而把来自伦敦的情报只作为参考，或至多只相信百分之二十。这在海军省和军令部中已成理所当然的事了。后来，东京还电令近藤说：以后不要总发这种带有偏见的电报。近藤和与其观点一致的驻伦敦陆军武官对此甚为恼火。
不久，东京令近藤回国。他乘飞机绕道美国，需在葡萄牙的首都里斯本，等一周的时间。乘去美国纽约的中国快机，讨论交流。于是，他便利用这个机会，在里斯本召开了日本驻欧洲各国海军武官的情报交流会。会上还讨论了对当时世界形势的看法。会间，近藤发现：“驻柏林和罗马的海军武官—横井中雄和光延东洋的观点同他完全相反。
近藤回到横滨，在听了松永的这番介绍之后，心灰意冷。他大失所望地对松永说：
“看来汇报的内容不得不有所选择了！只说该说的吧！”
其实，就连这“该说的”机会都没有。
通常，驻国外武官，任职三年左右就晋升为少将。回国时，在筑地一带必举行慰劳宴会，并从速安排“归国报告会”。会上，与会者可以提出各种各样的问题，让回国武官一一作答。每每会上都是气氛热烈，问答自由，以澄清事实。这在海军中早已形成惯例。然而，对近藤却并未如此。据说近藤的老同学，对近藤回国后所受到的冷遇实在看不过去，便怀着同情的心情请近藤吃了一顿素鸡烧。
约四五天后，海军省才走过场似的在海军大臣办公室，为近藤安排了一次“归国报告会”。海军大臣岛田、次官泽本、军令部总长永野和次长伊藤以及他们下属的海军省内的一般幕僚们参加了这次会议。会上，近藤介绍了德军飞机轰炸伦敦的情景和伦敦市民生活状况等。并用详细准确的数字来说明关于军事方面的问题，最后，他得出结论说：英国是不会投降的，诚望在制定我帝国海军重大方针政策时，要把这一情况充分考虑进去。
大出近藤之所料，所有与会者一反常态，没有一个人提出任何质疑，更谈不上讨论交流，对他介绍的英国情况和所阐述的观点毫无反应。会议只进行一个小时左右，就草草结束了。
会后，近藤来到军令部次长的办公室，看到伊藤整一中将双肘倚膝两手托着前额默默地坐在沙发上。
俄顷，伊藤抬起头来，面无表情地对近藤只说了一句话：“你的介绍我全理解，你说的是对的！”
这时，准备参加袭击夏威夷的各舰只，已卸下了一切与作战无直接关系的舰上的东西。如易燃物品、个人用品和装饰品等。武器、弹药、粮食等一应作战所用物资已最后装上舰去。在陆上各基地接受训练的飞机，也已收回到母舰上来。因要舰队出发绕经北方寒冷地区，所以，在各飞机的副翼、方向舵、升降舵上都涂上了耐寒油膏。
舰队究竟向何处进发，原则上，不让副舰长以下的官兵知道。所以，有的人指着发给每个官兵的冬装和夏装疑惑地问：“我们到底是去南方，还是去北方呢？”
不久，舰队开始集结，各舰分别驶往集结地—单冠湾。
舰队出发的前一天，即11月17日，山本的座舰“长门”号返回佐伯湾。山本参加了在进击夏威夷的机动舰队旗舰“赤城”号上为南云长官及其下属官兵举行的饯行会。
宇垣缠在他的《战藻录》中是这样记述当时饯行会上的情景的：
在飞行甲板上，山本长官致欢送词。主将所言，异常诚恳、深刻、感人肺腑，将士们脸上的惶恐之色顿时消失。
在举杯祝酒时，山本压抑着内心的某种感情似的反复说：“祝征途顺利，一举成功。”他的脸上流露出痛苦、忧郁的神情。
11月18日上午9时，“赤城”号离开了佐伯湾。舰队出港时，关闭了所有无线电发报装置。只靠接收东京第一广播通信系统的信息接受命令和进行情报联络。旗舰“赤城”号出发后，也同别的舰只一样，停止了同联合舰队和陆上有关军事部门的一切联系。
19日午后1时许，“赤城”通过了东京以南很远的海面，沿北50度东的航向北上。三天后，即22日的早晨，抵达单冠湾。
呈细长形的择捉岛在南千岛群岛的国后岛的不远处，该岛正中央南侧的海湾，即单冠湾。从单冠湾向西望去，隐约可见的山峰，即单冠山，山上白雪雪皑皑。
先于“赤城”到达的舰只，早已停泊在湾内；晚于“赤城”的舰只也已进湾，正在指定停泊的水域抛锚。等候装载最后一批改装完的浅水鱼雷的“加贺”号，仅比其他舰只晚到一天，至此，机动舰队的主力舰只已全部到达。
为安全起见，在机动舰队的舰只未到达单冠湾之前，就已切断了择捉岛上的小渔村同外部的交通往来和通信联系。
“赤城”舰上的飞行长增田正吾所遗留下来的日记中这样写道：
湾内的水呈黑绿色，天气阴冷，不时还降有雨雪。人们的心情便如当年为复仇而偷偷地集聚在荞麦馆二楼的“赤穗浪士”那样。