对于俄罗斯人来说，1941年的秋天是一段让人异常沮丧的日子。英国独自对抗德国已有一年之久，在战争陷入更严重的危机之时，苏联加入了抗击德国的阵营，但英国并未在财政、武器以及军队方面给予苏联太多援助。苏军和德军之间的战线只是“二战”期间的众多战线之一，但实际上此时这就是一场单方面的对德作战，这条战线并未因为苏联的有效抵抗而趋于稳定。10月，为了实现最后直捣苏联首都的目的，德国武装部队迅猛越过平原和沼泽直抵布格河东岸，随后将重兵集结于莫斯科城外。面对德军如此猛烈的攻势，克里姆林宫急需做出生死攸关的决策。最初的计划是将整个政府转移至伏尔加河流域的古比雪夫，并且安排斯大林乘火车离开，同时将已由化学药品处理过的列宁的遗体护送至西伯利亚西部的秋明（Tyumen）。整个莫斯科城似乎在冬天来临之前就将落入敌军之手。自1812年拿破仑入侵以来，俄国首都从未陷入过如此大的困境，而斯大林与拿破仑入侵俄国时在位的沙皇亚历山大一世不同，他并不幻想在德国胜利之后（目前看来，这一几率似乎越来越大），希特勒还能让他苟且偷生。
然而战线在这里却凝固了，斯大林派苏联最高指挥部参谋长朱可夫去保卫莫斯科。而且斯大林在最后时刻选择留在莫斯科。尽管斯大林签署了部分人民委员会成员撤退至古比雪夫的决议，但是他仍相信朱可夫可以取得胜利，他命令大部分政府要员们与他一起留在首都，这一举动无疑是最好的宣传鼓动。最高领导人不会放弃首都的消息不胫而走，所有人——上至最高指挥部下至普通的步兵、工厂的工人——都加入了抵抗德军的行列。
这年年底出现了考验斯大林决心的第一个难题——最高指挥部讨论大纵深防御的问题。朱可夫是个天生勇往直前的人，他最热衷的就是组织苏联红军主动攻击德国国防军。朱可夫更是一名训练有素的职业军官。成功地抵御德军进攻的可能性微乎其微，所以朱可夫和其他司令官一样认为放弃基辅可以为战争后期节省大量的人力物力资源，于是他冒着极大风险把这个建议提交给斯大林，并指出战争后期将会出现可预见性的资源匮乏危机。不出所料斯大林异常生气，“怎么？！难道你想放弃基辅，把它拱手让给敌人吗？”朱可夫仍然坚持他的立场：“如果您认为军队的参谋长除了废话之外，无法说出任何有价值的东西，那参谋长就没有存在的必要了。”[1]尽管如此，斯大林仍然固执己见，下令要求坚守基辅直至最后一刻，但铁木辛哥——这个平时对斯大林唯命是从的人，却在斯大林不知情的情况下私自决定让军队撤离基辅（显然，铁木辛哥无异于采取了自杀性做法）。攻击，攻击，再攻击——这就是斯大林还击纳粹的战略。由于斯大林的坚持，莫斯科的军队都在为决定性的战斗做准备，连老百姓也要一起留下来共同抗敌。
德军将战线不断向前推进。其将领对苏联坚强的意志、抵抗的决心和灵活的战略感到非常震惊。他们一直认为俄罗斯民族是劣等民族，但是他们在战争中充分认识到苏联人（包括俄罗斯人）绝非野蛮人。斯大林仍然没有改变策略，他唾弃放弃任何一个大城市的想法。他依然不懂战略撤退便于必要的战略重组。正如1941年中期他在外交事务中的表现一样，斯大林在军事方面也像个十足的门外汉。基辅9月19日最终还是不可避免地落入组织性更强、兵力更充足的德军手中。
苏联红军的战略选择很有限，每当德国国防军启用新的作战方案时，苏联最高指挥部都只能被动地制定相应的政策。所有将领都接到了必须严守阵地的命令，而苏联最高指挥部负责战略预备队的派遣支援。朱可夫制订作战计划时，斯大林不断要求和鼓动扩大军需生产。1942年的苏联在很多方面都成绩斐然，例如大量的工厂和工人从苏联的西部转移到乌拉尔地区，并且已经恢复生产；同时，俄罗斯中心地带的工业也增产了。至此，1941年时极为严峻的形势已经有所好转，但这些成绩与斯大林典型的冷酷无情性格分不开。“一切为了前线”这一标语几乎丝毫不差地落实下去：工业在1941年之前已经向军事需求严重倾斜，所有的生产都以军需为前提，甚至已经没有工厂生产生活资料了。由此可见，苏联的经济完全服务于战争的需要。正是这一缘故，苏联才能仅用1942年后半年时间就达到德国用一年才能达到的生产力水平。这些数字非常惊人，苏联这半年的时间里就生产了1.5万架飞机和1.3万辆坦克。[2]
但是这些成就以牺牲其他部门的经济为代价，而农业就是牺牲品之一，农业生产部门得不到任何资源。青壮年男性都应征入伍了，年轻妇女都去工厂工作，集体农庄的情况因此急剧恶化。很多农庄都废弃了，仅存的一些也是由一部分年老体衰的妇女维持生产劳动。然而政府还是按一定的指标收购粮食以供给士兵和工人，这就更加剧了农村资源的进一步枯竭。政府的行政命令使飞机、坦克等军事工业方面的产量有了大幅度的提高，但对农业而言这种行政命令无疑是一场灾难。斯大林的鼓吹者和此后的一些评论家们都强调苏联的战时政策使苏联在战争中表现出色，但却绝口不提非德国占领区的苏联农庄在战争中的牺牲。
然而苏联的爱国情绪高涨。报道德国军队的残暴可以使抵抗更坚决。《真理报》自然绝非如实报道，但它无需虚假报道德国国防军和党卫军。在苏联的军事抵抗日渐坚决的情况下，莫斯科的媒体就集中火力报道德军的残暴。大量犹太人、罗姆人和共产党员遭德军肆意射杀。凶杀和抢劫肆虐着苏联西部边境地区。尽管德国人允许乌克兰大多数的教堂和一些私人商店继续营业，但他们更多地是将苏联视为抢劫之所。粮食仍按往常收购，德国占领当局意识到集体农庄作为谷物采购基地的有效性而不忍将其抛弃。在执行代号“巴巴罗萨”军事计划的初期，德国的军事要员们就在柏林商讨关于占领苏联的方案。一部分要员们认为务必克制和谨慎以减少反抗，寻求合作，而这就需要以经济和社会方面的让步为代价，防止苏联已沦陷的西部地区在此期间出现强烈的反抗。但希特勒平息了这场争论。对希特勒而言，这场侵略的目的就是实现他的梦想。于是希特勒下令，要求德国国防军、党卫军和民政管理局将斯拉夫等人视为被掠夺而生的民族，将其剥夺至死。
德军的残暴行径完全没有影响到斯大林，他也没有预见到纳粹残暴的程度，但当此类的报告从德军后方传至他手中时，他仍然选择了保持缄默，仅仅笼统地提及德军行为残暴（而罗斯福和丘吉尔则反复强调战争中的这种大规模残暴行为违反了国际法）。斯大林政治作风残忍，在指导战争时也是如此。内务人民委员部在爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛这些地区肆意杀害、逮捕无辜平民。希特勒德军启动了“巴巴罗萨”军事计划，斯大林才自内战以来第一次可以对无辜的非战斗人员实施恐怖的打击。
斯大林很少考虑战争的残酷性[3]，他没有兴趣关注德国国防军那令人震惊的力量和残暴的行为，他一心要做的就是号召他的同胞们不惜代价来打赢这场艰苦的战争。斯大林和最高指挥部一直在规划、组织和监督战争行动，不管以何种标准来衡量，他们都是冷酷无情的人。像布哈林、加米涅夫、托姆斯基和梁赞诺夫那样温情的共产党领导人，都在大清洗运动中被杀害了，因此，不管是在最高指挥部，还是在国家国防委员会中都再不存在那种温情的成分了。即使这些机构中的一部分人质疑斯大林对待军队的严苛态度，他们也会选择保持沉默。苏德战争的双方都未执行《日内瓦公约》，战俘遭到了极为粗暴的对待，所采用的战略和战术根本不会顾及战士和平民的性命。德军在对抗西方国家战争中所表现出的克制，在德国与苏联的战争中却看不到丝毫的影子。这场战争极其残酷，在此之前，欧洲的最后一次如此骇人的残酷行径恐怕要追溯到17世纪的宗教战争时期。斯大林就属于残酷对敌类型。
苏联能在1941年2月的严冬中幸存下来的确是个奇迹。1941年美国参战，而西方联盟的虚张声势也没有给苏联抗击德国增加什么胜算。尽管华盛顿方面通过了《租借法案》承诺给苏联武器及其他方面的援助，但是直至1942年末只有很少的一部分物资送达苏联。所以当德国从意大利、匈牙利、罗马尼亚和斯洛文尼亚获得供给时，苏联基本上是依靠自己的力量对抗纳粹德国。
如果对形势进行冷静的评估，斯大林未必处于不利地位。柏林和莫斯科的战前分析都显示德国若想占领整个苏联，就必须在初夏发动进攻，实战时的军事行动也印证了这一分析。德军在对苏联的西部边境展开大规模的进攻之后，却被抵挡在列宁格勒和莫斯科城外，他们也未能占据俄罗斯腹地、盛产石油的巴库和伏尔加河航运枢纽，而苏联则储备了充足的人力和物资资源。德军所处的恶劣条件比希特勒预期的更糟糕。1941年冬天的酷寒前所未有，德国的运输和供给路线都超负荷运转，各方面的供应也仅能勉强维持，希特勒距离战争的胜利依然遥远，似是此时也已无法将军事力量的补给维持在较为充分的条件之下，而且德国的军事装备也很难适应俄罗斯的严冬。尽管斯大林对于“巴巴罗萨”军事行动的错误估计给苏联带来了长期的消极影响，但是这种对德军而言的不利条件开始使战事有利于苏联。
尽管眼前情况很不乐观，但是斯大林却已恢复元气。德国国防军如同黑豹一样蛰伏在莫斯科和列宁格勒的周围。德国控制了乌克兰，这使得苏联的粮食供应减少了一半，顿巴斯也被德军控制了，这就意味着煤、铁、钢减少了3/4，其他一些有铜、锰、铝等金属矿藏的地区也都落入德军之手。随着德国国防军的层层推进，苏方的潜在应征入伍者数量急剧减少。即使在苏联控制的领土上也是骚乱不断，成千上万的难民涌入俄罗斯的中心地区，从苏联西部地区到达莫斯科的火车车厢里更是堆满了转移出来的工厂的机器。
斯大林仍顽固地命令已疲惫不堪的将军继续进攻，并认为进攻优于防守。尽管他意识到在莫斯科和列宁格勒显然不具备进攻条件。他认为军事地图显示德军在顿巴斯的军力防守是很薄弱的，所以主张出兵夺取此地，将军和人民委员们提醒他那里的后勤供应和地理位置都对苏军非常不利，但是斯大林置若罔闻。他也从不理睬反对的声音，而坚持认为主动行动总比被动挨打好。1942年4月，冻雪融化为泥潭，斯大林就推翻了最高指挥部的决议，让最高指挥部的军事专家在乌克兰组织一场进攻，目标就是夺取哈尔科夫（Kharkov），这是苏联的第一次反击，但它的作战计划制定得极为草率，而且早已为德国情报部门所知晓。德国国防军做好了一切战争准备张开网等待苏军往里钻，他们甚至提前知道了斯大林重新攻占克里米亚的作战计划。就这样，一个极具灵活性的战略陷阱挖好了，而斯大林不顾他的军事顾问们的一致反对，红军开着坦克直接驶向失败的深渊。
希特勒沉重地打击了苏联的武装力量，哈尔科夫也仍旧控制在德军手中。希特勒继续做着不切实际的梦。北非战场进展顺利。这样看来，这种畅想——德国国防军从北面和南面夹攻，应该过不了多久就能占领整个中东，将其石油资源据为己有——也并非没有可能性；而德国的盟军日本很快就打到了太平洋的西岸，在这里没有哪个国家能够阻滞日本的攻势，而英国、法国、荷兰等欧洲列国在与日本争夺亚洲的过程中也一直处于下风。希特勒自信满满地将斯大林格勒（之前被称作察里津）作为下一步的战略目标。
斯大林下令要不惜一切代价守住斯大林格勒。他和希特勒都夸大了斯大林格勒的战略重要性。斯大林曾在1918年以斯大林格勒为据点驻扎过数月，他的鼓吹者们就认为察里津战役对于内战的胜利起了至关重要的作用。据说，希特勒之所以攻打斯大林格勒是因为它是以斯大林的名字命名的城市，这样的情感和它的象征意义增强了德军攻下斯大林格勒的决心，也坚定了苏联方面进行更坚决抵抗的决心。但希特勒做此决定的原因更多是出于对斯大林格勒战略地位的考虑。德国已经控制了伏尔加河流域中部，这就切断了巴库和格罗兹（Grozny）地区对苏联的石油供给，而斯大林格勒位于苏联战争后勤供应的关键点，占领斯大林格勒将会使德军突破伏尔加河的阻碍横扫俄罗斯的东南部，这将极大地威胁到莫斯科的谷物和土豆的供应。不管是切断苏联石油供给还是威胁苏联粮食的供应都有利于德国攻陷莫斯科，进而控制整个苏联的交通运输中枢和行政中心。所以说希特勒做出攻陷斯大林格勒的决定即使对他而言不是唯一有利的选择，也无疑是非常合理的。
德国及其同盟国于1942年6月28日发动了斯大林格勒战役。他们很快就先后抵达并攻下了沃罗涅什、罗斯托夫。斯大林格勒似乎注定要沦陷了，希特勒信心十足，他将进攻的军队分成两股，其中一支去掌控高加索山脉北部和南部的石油资源。这一消息一传至莫斯科就使最高指挥部心情极为沉重，也引起了俄罗斯南部地区的居民的莫大恐慌。为了避免1941年7月发生在首都的恐慌重演，斯大林于1942年7月28日签署了“决不后退一步”的第“227号”命令。随即向军队大声宣读这个口号但是却拒绝将其透露给苏联媒体，这一命令要求士兵们绝对服从，违纪则会受到极为严厉的惩罚。除非有克里姆林宫的明确许可，否则任何撤退都会一律以叛国罪论处，他们要不惜一切代价守卫苏联控制的领土。对于胆小鬼和怯懦者的处置方式非常简单和草率，他们不是被当场枪决就是被送往所谓的劳动营（去那儿的人都很少生还）。第“227号命令”由斯大林亲自起草和签署，每个红军战士对斯大林寸土必争的决心坚信不疑。
然而斯大林在拒绝增援斯大林格勒的同时，也不指望“227号”命令。他对从莫斯科和列宁格勒调出后备部队这一设想感到非常不安。相反，德国的指挥官弗里德里希·保卢斯（Friednch Powhis）的兵力则源源不断地涌入斯大林格勒。斯大林重新启用能干的朱可夫，这一行为也就暗示了他承认在乌克兰和南俄罗斯方面做出了错误判断，启用朱可夫就是为了修正自身的错误判断。作为对朱可夫成绩的肯定，他任命朱可夫为最高副统帅。朱可夫迅速抵达前线并立即调整了军事部署，特别是要求向斯大林格勒派遣援军，这个计划在1942年9月得到批准，朱可夫和新任总参谋长亚历山大·华西列夫斯基与斯大林就此计划的细节问题进行了探讨。斯大林渐渐学会了如何与最高指挥部的其他成员合作。反击式防御计划——“天王星行动”——极为详尽地制订出来。斯大林格勒积累了大量资源，德军将斯大林格勒与苏联其他地区割裂开来，斯大林格勒的守卫者们接到死守的命令。在帝国空军的持续轰击下，整个城市仅剩下断壁残垣。虽然苏联指挥官换成了瓦西里·崔可夫，但希特勒仍坚信保卢斯会很快攻下斯大林格勒。
朱可夫和华西列夫斯基同斯大林以及其他司令官就各个阶段的作战计划进行了商讨，这种商讨表明斯大林开始尊重指挥官们的专业知识。朱可夫把他在前线直接观察到的战争情况报告给斯大林，但每当他就作战指挥时的一些缺陷提出忠告时，就不得不忍受斯大林不断地回顾他所经历的那个时代的战争之苦。[4]但是，斯大林的表现已经得体得多了。他提议如果没有准备充分的话，就应该推迟进行“天王星”军事行动。[5]此时的斯大林与战争初期的斯大林有了巨大差别。
11月13日，“天王星”作战计划通过了最后的决议。朱可夫和华西列夫斯基对于挡在苏军反击前面的部队是罗马尼亚而不是德国的军队感到略为心安。与罗马尼亚军队相比，毕竟苏联在人员和武器装备上还是占据很大优势的，斯大林非常专心地听取这些报告，他慢慢地抽着烟斗，摩挲着八字胡[6]，国防委员会和政治局的成员们不停地从他的指挥部进进出出。整个作战计划经过了反复的研究、磋商，以便所有指挥官都明白他们各自的职责。朱可夫和华西列夫斯基提醒斯大林，德国很可能从维亚吉玛（Vyazma）调兵以加强保卢斯的军事力量，所以他们建议苏军同时在维亚吉玛北部展开反击。斯大林答道：“这个提议固然很好，但是你们谁去负责这件事呢？”于是，朱可夫和华西列夫斯基分清了各自的责任。斯大林命令朱可夫第二天就启程前往斯大林格勒[7]，以监督完成“天王星”作战计划的最后准备工作，斯大林让朱可夫决定发动这次战役的时间，他们两个对这场战役非常有信心，这一次苏军将打败希特勒。
“天王星”军事行动在11月19日战争一开始就取得了初步胜利，但是德军延缓了苏军的推进。据朱可夫说，斯大林发了一沓电报歇斯底里地催促指挥官们制服敌人。[8]这是斯大林与下级相处的常规模式：他们必须保持惊人的速度，否则斯大林就会很生气。此时，希特勒将他最好的将军之一埃里希·冯·曼斯坦因（Erich von Manstein）调至此，以突破斯大林格勒周遭的苏联防线，但是斯大林也学会了保持耐心。斯大林非常了解这一地区的地理环境，这对苏军非常有利，也使斯大林很少推行不切实际的想法，但是他在最高指挥部里还是常常显示出过度的焦虑。[9]
1942年12月斯大林在国防委员会任命康斯坦丁·罗科索夫斯基（Konstantin Rokossorski）为顿河方面军总司令。朱可夫对此感到很惊讶，但他保持了沉默，而斯大林在政策制定会议上一直试图控制自己的情绪，他问道：“你为什么不说话？难道你对此没有意见？”朱可夫在斯大林格勒战役时统帅过许多的指挥员几个星期，所以他认为很多指挥官，特别是安德烈·叶廖缅科（Andrei Yeiemenko），都会对此项任命很不满。但是斯大林已经下定了决心：“现在不是不满的时候，打电话给叶廖缅科，告诉他这一决议。”[10]
叶廖缅科的确非常不满，但是斯大林拒绝与他通话，全体人员都接受了这一计划，并为之做了充分的准备。斯大林格勒战役的惨烈程度是战争爆发以来前所未有的，城市就像月球表面一样光秃秃的，没有一座建筑物是完好无损的；弹药和食物都消耗殆尽了；冰冷的伏尔加河的冬天让双方的士兵们无比难挨：冻疮和营养不良折磨着他们中的许多人。但是，苏军毕竟比德军及其盟军情况好一点，而且希特勒无法解决战线拉得过长的问题。毫无疑问，胜利的天平倾向苏联一方。
当康斯坦丁·罗科索夫斯基的顿河阵线和尼古拉·瓦杜丁（Nikolai Uatutin）的西南阵线把保卢斯的阵线切断时，希特勒才意识到德军在斯大林格勒的困境，保卢斯唯一的选择就是突围。但是希特勒认为在援军到达之前，德国的空军能够一直保证保卢斯军队的供给，直到曼斯坦因发动压倒性进攻，所以希特勒驳回了保卢斯的请求。这也正中朱可夫和华西列夫斯基的下怀，在他们统领的大量装甲师行军至保卢斯和曼斯坦因的交界地带时，他们向上呈递了两种作战方案：“土星”作战计划和“环形”作战计划，前者的目的是收回顿河畔罗斯托夫，后者的目的是完成对斯大林格勒的包围，并摧毁保卢斯的军队。这个双重的作战计划是非常有创意的，但极具冒险性，它也使曼斯坦因有机会稳定他的阵线，并且威胁到围困在斯大林格勒的苏联人。朱可夫和华西列夫斯基的战略原本很灵活，但由于斯大林的监督而多少受到一些掣肘。一旦嗅到胜利的味道，斯大林就再也无法克制自己。这些徒劳的战争使红军筋疲力尽。这样就使德军又有了第二次进军的机会。
然而苏军重组后，曼斯坦因没能攻破苏军的防御，随即罗科索夫斯基将他所指挥的各师转向攻击保卢斯。德国国防军体验了他们曾经加诸于敌人的那种苦难，德国士兵在纳粹的宣传下曾确信，他们是代表欧洲文明与那些劣等民族战斗的，可是实际情况却与之完全相反，那些被他们视为劣等民族的军队却具有良好的装备、严密的组织和正确的指挥，也正是这些人使得他们最终沦落到悲惨的境地。
如果是其他领导人也许会亲临前线目睹战况，然而斯大林却一直待在莫斯科。对斯大林而言，战争的真实情况就是他与朱可夫的会谈，他对地图的研究，以及他通过电话线传达给惊惶的政治家和司令们的命令。他没有目睹保卢斯部队的潦倒境况，甚至也没有阅读相关战报。他们饥寒交迫，只能吃老鼠、树皮和草根来维持生命。战斗末期，苏联劝降保卢斯。巷战将他困在城市中无法动弹，肉搏战也一直持续到他投降为止。1943年2月2日，德军停止了抵抗。斯大林格勒终于再一次成为了苏联的城市。德国仅在斯大林格勒战场上的损失就远远超过了“二战”期间之前任何其他战场：14.7万人战死，91万人被俘。苏联红军也伤亡惨重，但是它在其他方面收获了更多。苏联打破了德军不可战胜的神话，也让希特勒指挥上的无能至此暴露无遗。苏联民众曾一度怀疑红军是否能赢得这场战争，从现在起他们才相信存在苏联获胜的可能。
斯大林对军事将领非常慷慨，他授予朱可夫及其他5位司令官一级苏沃洛夫勋章，而他本人得到了苏联元帅的军衔。他坚信自己经受住了最严峻的战争的考验，应对了战争中的所有挑战。其实，他的角色就是一个协调组织者和动员者，他仅仅团结了苏联的军事部门和民事机构：战争的专业才能是由最高指挥部的司令官们提供的；将领和士兵的勇气和耐久力来自红军在极端严酷环境中的冒险和坚持。物资设备是由节衣缩食的工厂工人不辞劳苦生产出来的，他们对此毫无怨言；食物是由集体农庄的农民提供的，他们自己甚至都没有足够的谷物和土豆维持生计。但是，斯大林丝毫没有怀疑自己在战争中所起的作用，更没有为此感到窘迫。因此，在斯大林格勒战役结束之后，不论是现身公共场合，还是照片登载在出版物或出现在新闻短片上，斯大林都身着元帅制服。
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[1] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, pp. 126 - 127.
[2] R. Overy, Russia's War, p. 171.
[3] 与之相反的是，在莫洛托夫、卡冈诺维奇、郝鲁晓夫和朱可夫这些人的回忆录中没有提到这一点，而他们对斯大林非常了解。
[4] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, p. 344.
[5] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, p. 346.
[6] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, p. 347.
[7] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, pp. 348 - 349.
[8] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, p. 361.
[9] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2，像很多其他的叙述一样，这样的叙述在1969年版本里被禁止，只是在1995年的版本中才得以重见天日。
[10] G. K. Zhoukov, Vospominaniya i razmyshleniya, vol. 2, p. 367.