9月25日，委员会再次召开会议，取消了联合主席的设置，戴高乐被选为唯一主席。在与“战斗法国”各级组织，尤其是在阿尔及尔的抵抗运动领导人协商之后，依照较为民主的程序，他们投票罢免了吉罗以及他任命的乔治，阿巴迪和顾夫·德姆维尔。吉罗面临两种选择：要么接受委员会的命令，要么被免职。他已无力改变这种结局了。
到1943年秋，戴高乐已经在最高权力的争斗中打败了其挑战者吉罗，稳坐第一把交椅。当然他战胜的不仅是吉罗及其支持者，而且还有他们的靠山的美国人。尽管英国的根本原则是与美国结盟，但同美国人相比，英国人要宽容一些。然而，在黎凡特，另一场与英国人的冲突已经开始。
戴高乐离开伦敦之前，卡特鲁将军已经离开贝鲁特前往阿尔及尔，将法国驻黎凡特全权代表之职交给前维希政府驻土耳其大使让·埃勒。1943年7月，埃勒大使监督叙利亚和黎巴嫩大选。毫无疑问，法国人和英国人都竭尽全力企图推举自己的人选，但是一切努力均告失败。在这两个国家，民族主义者和反法党派取得了压倒性胜利。
新一届黎巴嫩议会不久便宣布脱离法国而独立，并于11月8日宣布终止法国的统治权。埃勒大使毫不留情，迅即调动军队逮捕总统及各部部长。另外，他暂时取消黎巴嫩宪法，并解散议会。贝鲁特以及其他大中城市爆发骚乱进行抗议，但遭到法国殖民地塞内加尔士兵的残酷镇压。美国、苏联以及邻近的阿拉伯国家纷纷强烈抗议。斯皮尔斯给埃勒发去了一封措辞严厉的电文，指责他采取了“过分的独裁手段，恃强凌弱”。
戴高乐深信英国人正在策划一场阴谋，企图把法国赶出地中海东岸。11月11日，他致电埃勒：“您采取的强硬措施无疑是必要的。无论怎样，只要是您认为合适，您就应当去做。”这是戴高乐在当时的情况下所能给予埃勒的最大支持。然而，委员会内部仍有不同观点。卡特鲁奉命前往尽快解决问题。他信心十足。他对麦克米伦说，埃勒办了一件蠢事，他本该事先向阿尔及尔发电报请求指示。此外，他极有可能是喝醉了酒，在头脑尚未清醒时下达了逮捕令，据说他“在每天的某个时刻总是神情恍惚。”派卡特鲁办理此事，麦克米伦很满意，他希望卡特鲁能挫败那个自负而让人讨厌的斯皮尔斯。
与此同时，驻开罗的英国当局开始干涉。理查德·凯西匆忙赶来，交给卡特鲁一份照会；要求在三天内释放囚犯。否则，英国将实施戒严令，并派军队维持秩序。卡特鲁面对这来势凶猛而专横的恐吓怒吼道：“这又是一次法绍达！”“法绍达是什么意思？”凯西问斯皮尔斯。在阿尔及尔，戴高乐在公众面前为埃勒辩护，指责黎巴嫩单方面终止法国的统治权行为极其不当，声称黎巴嫩议会的决议违反宪法，他还在私下里痛斥英国政府，尤其是斯皮尔斯。
几番争吵过后，冲突渐渐平息。埃勒被召回阿尔及尔，受到降职处分，囚犯得到释放，黎巴嫩局势趋于缓和。然而，按下葫芦起来瓢，阿尔及尔争端又起。
在追捕维希分子的过程中，法国民族解放委员会曾下令逮捕佩鲁东、布瓦松以及前维希政府外交部长皮埃尔一艾蒂安·弗朗丹。在戴高乐的支持者们看来，逮捕这些叛徒理所当然。佩鲁东曾被达尔朗从阿根廷召回，布瓦松曾将达喀尔和西非拱手交给达尔朗，弗朗丹则是达尔朗北非政府的重要成员，他们一直得到盟军不同程度上的庇护。经丘吉尔提议，罗斯福指示艾森豪威尔“指示”法国民族解放委员会给这三个不幸的人留一条生路。麦克来伦深知这份“指示”会给戴高乐及其委员会带来怎样的影响。他扣留了“指示”，并通过一系列外交努力使罗斯福最终收回了这份指示。盟国退让的借口是委员会迫于来自法国国内抵抗运动领导人的压力。罗斯福和丘吉尔意识到他们已无力尽保护人的责任了。内疚、气愤的同时，对戴高乐他们更加恼怒。
逮捕维希分子使丘吉尔极其恼火，他骂民族解放委员会是一群“迫害狂”，“糟蹋了法国人的形象。”经麦克米伦和艾登竭力劝说他才平静下来。在科德尔·赫尔的鼓动下，罗斯福决心要“铲除戴高乐，给他的委员会一点颜色看。”在戴高乐看来，“罗斯福和丘吉尔搅乱了这场战争……他们选择了捷径，但是却四处碰壁……结果是：贝当，巴多利奥，冯·巴本……不知还会有什么其他人。”