战争的阴影越来越浓，对于即将降临的灾难，人民并不糊涂。而斯大林的旨意却是要让人民相信，正在席卷欧洲其他国家的战火会绕开苏联人民走。米·伊·加里宁在纪念十月革命胜利23周年的那次讲话就是典型的例子。他说：“在当今世界各大国中，未曾卷入战火又严守中立的只有苏联……当全世界处于这样一场战争的魔爪之中，能够置身其外确为天大的幸运。”这种信心似乎也可找到某些佐证。1941年农业收成的前景相当乐观，工业生产形势良好，煤炭产量正在增长，由于西乌克兰地区的到手，石油产量也在增加。赫鲁晓夫正处在巅峰之上；几个集体农庄以他的名字命名，顿涅茨工业学院建院20周年之际，他还荣获了劳动红旗勋章，该学院的名称也冠之以他的大名。
尽管如此，对于斯大林那种认为德国人再不会把苏联拖入战争的担保，赫鲁晓夫还是持审慎看法的。朱可夫新近调任红军总参谋长，基辅特别军区司令员一职由米·彼·基尔波诺斯上将接任。至此以来，来自苏德边境的各种报告使赫鲁晓夫与基尔波诺斯两人都深感忧虑。赫鲁晓夫经常前往边境地区检查战备工作的进度。所见所闻使他极其警觉。整个工作进展非常缓慢，大多数部队的军力尚处于和平时期的水准上，弹药供应大量缺乏。一天，当他发现某些边境坦克部队竟然没有弹药，甚至连实弹演习都进行不下去，不禁火冒三丈，大发雷霆。他竭尽所能以补充某些缺乏的物资，然而他同基尔波诺斯就有关加速防御工事的建筑、充分加强边境部队战斗力以及向它们提供武器弹药等问题联名上书斯大林的报告却石沉大海。
1941年6月中旬，赫鲁晓夫不得不滞留于莫斯科，但是20日那天的消息却令人惊惧不安，于是他才获得斯大林批准返回基辅。他告诉斯大林，恐怕他还未赶到家，战争就会爆发。赫鲁晓夫的忧虑有着充分的根据。
基辅市刚刚建成一座大型体育馆，并以赫鲁晓夫的姓名命名。6月20日和21日那两天，工人们加班加点，日夜不停，准备在6月22日周日那天准时交工以便按计划举行开幕典礼。基辅大学也刚好准备接收一批新生入学。然而体育馆落成式再也没举行，大学入学考试再也未举办。6月21-22日深夜，德军第七十四步兵师的一名中士跑过苏联边境。他报告了德军将于拂晓发动总攻的情报。基尔波诺斯火速通知了赫鲁晓夫和朱可夫，半小时内消息又呈送到斯大林面前，斯大林却几乎没有理睬它，回别墅休息去了。但莫斯科的朱可夫和基辅的赫鲁晓夫却不敢大意，他俩都整晚未眠。他们对事态最坏的猜测很快就变成了现实。
6月22日凌晨，德国军队跨过边界向驻守的边防军和红军部队发起总攻。连同乌克兰一些城市在内的几十个城市都遭到敌机轰炸。战争开始了。
第6章卫国战争
赫鲁晓夫是基辅特别军区军事委员会成员之一，实际上就是军区政治委员，换言之是军区司令员专门负责政治工作的代表。苏军一个军区所属的各军事单位的政治部都要统归军事委员会一名委员一手掌管，没有此人的参与和认可，不管是军区还是后来集团军的司令部都不能做出任何重大决定。更重要的还在于，赫鲁晓夫身兼联共中央政治局委员和乌克兰党中央第一书记这双重要职，故而手中权力又重三分，他凭此可以对全乌克兰工业的顺利运转、交通运输的畅通无阻、民防部队的筹组建立以及动员居民修筑防御工事等要务实行监督检查等。自不待言，从战争爆发第一刻起，赫鲁晓夫的注意力便全部集中到有关军事问题以及同乌克兰战时资源分配有关的种种任务之上。
战争爆发后，红军处境极为被动。伊·沃·秋列涅夫指挥的南方方面军奋力阻挡德国和罗马尼亚军队跨过普鲁特河侵入比萨拉比亚，一直坚持到7月16日。尽管如此，敌军最后还是突破防线，抵达摩尔达维亚首府基什尼奥夫城下，迫使苏军一直后撤到德涅斯特河岸。在那里，苏军准备重组新的防线。在基尔波诺斯指挥的西南防线上，德寇迅速击败了边防部队以及预先布置迎敌的苏军第五六和二十六军的抵抗。西乌克兰的城镇接二连三沦入敌军之手。苏军被迫后撤到原先的边境线。但是此线以东地区昔日曾有设防，现在却毫无军备，于是德国机械化军团得以东侵长驱直入。6月30日，敌军攻占利沃夫。7月7日，德寇某军团以一周推进200多公里的速度攻入别尔季切夫；与此同时，另一支坦克军团又夺取了日托米尔，而此城仅西距基辅约120公里。尽管德军主力仍被阻止在旧防区以内，但7月11日冯·克莱斯特的坦克军已经插入基辅周围防区的前沿阵地。如此说来，德寇的目的是要顺便夺取基辅，而后绕到苏军南方方面军与西南方面军南线防区的背后，最后对当地作战的苏军实行合围。形势极为严峻，许多军事指挥员都感到有心杀贼，无力回天，对前途失去信心。日后赫鲁晓夫曾这样追忆当年战事：