苏联农业中出现的问题越来越棘手，赫鲁晓夫为此大伤脑筋。1961年1月，苏共中央又一次召开全会，议题一仍旧例：“进一步发展农业的措施”。这次全会决定改组苏联及各加盟共和国的农业部。
从此，这些农业部再也无需负责制订生产计划和组织生产，为集体农庄和国营农场拨放资金的职责亦被撤销，也不再管理向农庄和农场供应农业机械的工作。时下，它们都要集中致力于农业生产的科学指导工作，提高农业劳动者的文化水准，传播以往积累的经验，帮助解决挑选优良品种、播种作物和饲养牲畜过程中出现的各种问题，以及促进农业出版物的发行。不仅如此，所有的农业部还要从各加盟共和国的首都一律外迁，搬到先进的国营农场，从而使农业部的干部们能够将部里的指示原原本本地落实到基层。不言而喻，农业干部对这项改革肯定不欢迎，特别是那些仍然家住市内的干部更是有苦难言，因为这样一来，他们只得天天挤班车赶到部里去上班；至于那些到农业部办公差的人们，要想找到部机关的新地址也得费上一番功夫才行。
从前的苏联农业部长弗·马茨凯维奇被免除职务，接任的是米·亚·奥尔尚斯基，此人是生物学家李森科门下著名的弟子。在李森科的恶劣影响下，整整一代苏联农业科学家都上当受骗，任人摆布，他们不讲实事求是，不讲客观严谨，而是见风使舵，投机钻营。
这次全会闭会后不久，在根·沃罗诺夫和德·波利扬斯基的陪同下，赫鲁晓夫在全国开始进行新的一轮工作视察。这位总理急于亲自检查整个农业的进展情况。他首先赶到乌克兰，出席了乌克兰共产党中央委员会的全会。然后在顿河畔的罗斯托夫盘桓数日，这时正在举行北高加索地区生产劳动者代表大会。随即他又来到第比利斯，这可是多年来的头一回，全南高加索地区的农业工人代表聚集此地，倾听他的指示。在沃罗涅日进行着另外一个代表会议，赫鲁晓夫在会上毫不客气地批评了中部黑土地带的州委书记们；在莫斯科又举行了相似的一次代表会议，参加者是非黑土地带的农业工人，为了这个会，赫鲁晓夫在动身赶往乌拉尔地区参加斯维尔德洛夫斯克和库尔干的代表会议之前，又返回首都作了几天短暂停留。3月初，他又到新西伯利亚巡访，除视察这一地区的农业状况之外，他还听取了有关苏联科学院西伯利亚分院的一些情况汇报。3月12日，他来到处女地的重要城市阿克摩林斯克，3月17日又赶赴哈萨克首府阿拉木图。直至3月24日，他才返回莫斯科，此时，全国南方地区已开始播种。
1961年秋天，生产情况的初步统计数字正式公布。工业生产可望全年增长9%；这一成就固然令人欣慰，但却是几年来第一次低于10%的增长率。至于农业，结果再次让人失望，全年生产总量只提高了2.5%，而其中商品粮所占份额只增加了0.7%，粮食生产增长2%至3%，棉花产量提高5%。牲畜存栏数量虽然增加迅速，但肉类产量只有8700万吨，低于1959年。牛奶和羊毛的生产数字表明，生产仅仅提高了1.5%。肉和奶制品的供应相当匮乏，无法满足苏联国内的需要，再也难以追上国内城市人口的急剧增加。而不久前党中央刚刚采纳了一个新方案，保证要迅速提高农业生产率。
这一年的生产结果使赫鲁晓夫的计划成了泡影，但他依旧不改惯有的乐观精神。他不信任党的中央机关和地方组织，因为他确信，他的政策十全十美，但执行者没有不折不扣地加以实施。由此他决定，虽然自己在年初已经走遍了全国几乎所有的农业生产地区，但这次还有必要在全国再跑一趟。
这次他首先来到乌兹别克加盟共和国，参加了棉花种植工人代表会议。接着又赶到哈萨克处女地的切利诺格勒，出席了当地正在举行的农业工作者代表会议。下一站是绍尔丹吉，他在这里参观了阿·巴拉耶夫领导的谷物研究所。此后他又直奔阿尔泰边区，用了大量时间考察了格·伊·纳里瓦伊科领导的阿尔泰农业研究所的工作。其后，他又马不停蹄地到新西伯利亚参加了西伯利亚农业工作者代表会议，最后返回莫斯科。当时来自苏联中部、西北部及伏尔加——维亚特卡流域地区的1.1万多名农业工作者在首都的体育馆聚会，举行代表会议，赫鲁晓夫也莅临到场。12月底，他再度离开京城，这次是去乌克兰和白俄罗斯。
在参加的每次代表会议上，农作物轮作问题都是赫鲁晓夫讲话的中心内容。当时全国的农业经济学家正围绕这一做法进行着激烈的争执。例如，绍尔丹吉谷物研究所的巴拉耶夫宣称，由于南方和东南部地区的雨量不够充沛，同时又缺少化学除草剂，故而只有让土地在作物种植周期的一大段时间内休耕，方能确保春夏两季的收成。同这种观点相对立，阿尔泰农业研究所的纳里瓦伊科则主张采用新的耕作方法，即大量种植玉米和豆类等需要深耕土地的农作物。他向赫鲁晓夫保证，普遍采用这种方法就能保证农业生产迅速增长，而且又无需追加投资。果然不出所料，赫鲁晓夫宁愿采纳这种方法，而无意接受处女地谷物研究所的建议，因为他渴望成功，渴望以较少的付出取得最大的回报。在这一点上，他得到了李森科、纳里瓦伊科和奥尔尚斯基的支持。在这批人的鼓动之下，赫鲁晓夫有失公允而且相当尖锐地批评了著名的库尔干农业经济学家特·马尔采夫。因为强调在西伯利亚和东南地区留出作物休耕期重大意义的正是此人。（然而，不久之前，在马尔采夫特别指导的某个集体农庄，还举行过一次农业科学院的专门会议，让与会者充分了解了这一被称之为“马尔采夫方式”的作物休耕方法。）
科学院院士瓦·威廉斯遭到了尤为粗暴的斥责。1948年以来，他所首倡的草田轮作法在国内许多地区得到采用，当时也得到了李森科的支持。而时下在赫鲁晓夫看来，这种方法却成了苏联农业落后的罪魁祸首，因为按照此法，在某个既定的时间内全国1/4的可耕地区处于休耕状态，或者混播了用作青饲料的牧草。无疑，赫鲁晓夫的批评大体上还站得住脚。威廉斯的方法是在30年代的条件下发展起来的，当时的化肥产量非常低。现在盲目照搬这种方法，已经产生了灾难性的后果。然而，若是广泛采用赫鲁晓夫提议的这种激进的急剧变革，其结果同样也是灾难性的，因为生产率是由多种不同因素所决定的。为支持自己的论点，赫鲁晓夫翻来复去地援引美国的玉米种植州作为例证；其实那里的条件同苏联大多数地区的情况相去甚远，而且苏联经济学家多年来的计算业已表明，较之播种多年生或当年生牧草，在非黑土地带种植玉米之类的劳动密集型谷物，其花费开支要远为浩大。不仅如此，苏联中部地区的夏季气温总是较低的，玉米收成不会很高，根本无法为牲畜提供充足的饲料。
显而易见，在苏联这样一个幅员辽阔的国土里，各地区之间的条件相差很大，没有任何方法可以放之四海而皆准。从这个意义上讲，赫鲁晓夫对威廉斯及其他人的批评可以成立；然而若是同样以一种企图包治百病涵盖全国的办法取而代之，那么照样是要碰壁的，而赫鲁晓夫对休耕期所持的顽固态度恰恰就是这样。在1954-1959年期间，他和自己的顾问都主张在雨量充沛的地区全部取消休耕时期。当时也还普遍认为，定期遭受旱灾袭击的地区仍需要有一定的休耕期。但是到了50年代末，赫鲁晓夫却进而开始号召在南方和处女地垦区也同样要彻底废止休耕期。在上面压力下，休耕地面积逐年减少，从1956年的15.8%下降到1958年的10.9%；在赫鲁晓夫1961年讲话之后掀起的一次声势浩大的运动中，休耕地面积又进一步降至总耕地面积的3.3%。事实证明，这一决定是严重错误的；不多久，大量证据便表明，休耕对于谷物轮作法仍是至关重要的。
1962年2月间，赫鲁晓夫在加格利附近的国家别墅休整了20多天。返回莫斯科之后，他的注意力再次转向农业，这次具体表现在3月5日-9日举行的中央全会上。
正如人们所料，赫鲁晓夫在全会报告中不遗余力地要求全面推广新的耕作方法，但是全会宣布的主要议题则是他所提出的有关重新改组农业管理体制的建议。以往30年时间里，在负责管理集体农庄和国营农场的党政机关与这些农庄农场之间，存在的主要纽带正是农村地区的区党委和区苏维埃执委会。它们不但负责监督农业工作，而且在包括医疗卫生、教育、乡村文化、乡间公路、通讯邮政等农村生活的方方面面，都要担负责任。虽然这些基层组织的主要任务始终是农业生产任务，但赫鲁晓夫却依然急于建立另一级管理机构，使之统辖20至30个集体农庄和国营农场的监督工作。
从赫鲁晓夫在这次中央全会上所做的报告和总结发言中，可以看出他并没有认真而深入地思考这些新设管理机构的构成和职能问题，只不过是信口雌黄罢了。他主张应当扩大这些机构的权限，一般说应当使之掌管两至三个原有的区委管理范围。从该地区称职的专家中选拔一批特派员，将其派赴各个新单位，他们的任务是向农庄农场提出建议而不是发号施令。假如双方各执一词，相持不下，那么就由农场经理或农庄主席最后拍板定夺。党中央或州党委将向每个新设立的机构派出一名党的组织工作者，另外各单位都要自己办一份报纸。
有人对此提出异议，一旦管理农业的职责转移到另一个机构，区委机关的作用又何在呢？当时赫鲁晓夫并没有对这个问题给以令人满意的答复。中央全会闭会后，过了一段时间，赫鲁晓夫又建议任命农村地区的各区委书记作为新管理机构中党的组织工作者的副手。这个建议被采纳了。党中央和部长会议主席接着决定在州和加盟共和国一级建立相应的机构，其后前中央主席团委员尼·格·伊格纳托夫被任命为全苏农业委员会主席。
事实很快就表明，新设立的这个农业管理机构，其所做所为同过去的区党委和区苏维埃执委会并无两样。赫鲁晓夫把现存的区级管理体制称为“旧式的”东西，建议用一个新体制取而代之，在新体制中，规模较大的区级机构将拥有与新的农业管理机构相等的管辖权限。1962年6月，他又宣布从前建立的那些规模较小的区级机构已经不适应形势的发展，因为电报电话和汽车交通的发展已提供了今非昔比的通讯联系速度和便利条件。
尽管1962年春夏两季为此投入了大量的人力，但农业工作并没有从这些仓促实行的措施中得到任何益处。正如人们所料，这些新近建立的农业管理机构就总体而言只不过是领导链条中多余的环节。它们的工作活动与党中央早些时候允许集体农庄和国营农场拥有更多自主权的决定，完全是背道而驰。另外，新改组的区级领导中心机关又离乡村居民过于遥远，它们常常设置在州委领导机关直属的中小城市里。新设立的区本身太庞大了，也难以有效地实施管理，尽管电讯联系确有发展。譬如，在俄罗斯联邦共和国和乌克兰境内，每个区的居民至少是以前的两倍。由于各个区负担的工作总量急剧增加，而实际的工作人员却没有相应的增加，结果区苏维埃机关的管理只能顾此失彼，抓了芝麻丢了西瓜。
事实证明，新设立的体制不仅在地方上帮了倒忙，而且也使全苏级别的农业管理工作变得日益纷繁杂乱。
除此而外，引起人们的不满的还有更深一层的原因。尽管自1953年以来政府规定的农产品收购价格已几经提高，但是特别用于推动肉类和牛奶生产的刺激措施却少得可怜。相反，由于在大多数地区付给肉类和奶制品的价钱甚至连生产成本都抵不上，故而向政府交售得越多，农场就越是赔本，于是这样的农场便试图将其他产品以高价出售作为补偿。在这不合理的价格中，畜牧业深受其害。为了刺激生产，赫鲁晓夫建议在全国把牲畜和家禽的收购价格平均提高35%，黄油和奶油价格也增加5%-10%。
这一措施的实施又要求国家给农业以更多的预算拨款。但是，国库资金却相当匮乏，大有挖东墙补西墙之势。因此，在1962年6月1日，肉类零售价格上涨了30%，黄油零售价格提高25%。深受这几类食品涨价之苦的工人们，对于当时白糖削价5%和纺织纤维品降价20%，却并未心满意足。
不满情绪到处都存在，但是在北高加索的某些地区却表现得最为尖锐，因为过去这里的黄油和肉类一向价廉物美应有尽有，而现在却价格昂贵供不应求。在这个“经济区”的一个城市即诺沃切尔卡斯克市内，工人们对此怒不可遏，组织了罢工和示威游行活动。结果又引发了一场悲剧。
对于当时发生的事件，人们说法不一。作者的消息源自一位远方亲戚，他当时正好在诺沃切尔卡斯克做客，成了事件的现场目击者。据他讲，愤怒的示威群众在市委和市苏维埃执委会办公楼外举行游行，匆忙中召来的部队守卫在该市办公楼的四周，指挥官是伊·普利耶夫。士兵们受命朝天开枪驱散人群，但有几发子弹却不意命中了几个小男孩，当时他们正攀援在办公楼所在广场周围的树上。小孩子们从树上跌落下来，死的死，伤的伤，工人们和孩子们的家长见此惨景怒发冲冠，便一涌而上向士兵们扑了过去。士兵们的第二排子弹直接朝着他们齐射过来。在罗斯托夫州以外的人们对这天发生的事件一无所知，外国报刊亦无报道。但是当地的人民却群情激愤，在诺沃切尔卡斯克市以及顿河畔的罗斯托夫市，大小工厂全部实行了三天停工抗议。当时政府方面也不声不响地实施了军事管制法令。
充满艰辛风波迭起的1962年过去了，这一年结束之际，赫鲁晓夫对苏联工农业的发展情况做了一番估计。全年的生产结果表明，即有使人洋洋自得的根据，也有令人大失所望的理由。
工业生产率提高了9.5%，略高于七年计划规定的指标。但农业却停滞不前，尽管为促进其发展采取了大量措施。全年农业生产总量增长率还不过1.2%。对城市的农产品供应愈发不足。1958年以来，苏联城市人口猛增了16%，而这4年来的农业总产量只提高了6.6%.
废除休耕期使土地耕种面积有所扩大，使粮食产量增加了7.3%，但是喜获丰收的恰好是那些得到休耕的土地，而其他土地上的收成则低于平均值。大面积种植玉米导致多数集体农庄和国营农场严重歉收。尽管1962年夏季东部和东南部的气候非常干燥，但在其他地区则是又冷又湿。结果，气温偏低的地区所播种的玉米严重亏本，百分之七八十的面积上颗粒无收，其他作物也严重减产。在处女地垦区，水土流失带来了严峻的问题小麦种了六七年，无论是作物轮种还是广施肥料都无法恢复地力，数百万公顷的大片土地不得不从可耕地总簿上一笔勾销。
肉类产量增加了9%，达到9500万吨，但整个畜牧业只扩大了不到2.4%。至于蔬菜和马铃薯，1962年却是灾难性的收成。马铃薯只收获了7000万吨，比1940年的收成还要低。
这些结果，赫鲁晓夫很不满意，为此他又更换了农业部的负责人。新任命的部长是伊·彼·沃罗夫钦科，此人在以前11年时间里始终是利佩茨克州里一家最大的而且管理最好的农场的领导人。与此同时，几乎所有的加盟共和国农业部长也被撤职，代之以各加盟国内最有成就的国营农场经理。赫鲁晓夫指望，把拥有丰富生产实践经验的人提拔进管理机关，这种掺沙子的办法将会起到很好的效果，使未来更加美好。
1963年秋天，赫鲁晓夫在南斯拉夫度过了自己后半段假期，因为这时他正迫切想要改善苏联与铁托总统的关系。在近5年来，双方的关系已日趋恶化。当他回国的时候，迎接他的却是全国许多地区农业严重歉收的消息。秋播作物由于遇到了冬季的严寒而大片枯萎，春小麦和其他春播作物又在这一年漫长而炎热的夏季气候中深受其害。在某些城市，面粉和面包供应短缺，供不应求。于是赫鲁晓夫便决定要在国内再次短期视察一圈儿，以便使自己对受灾的程度和范围心中多少有数。他一路上穿州过郡，先后巡视了伏尔加格勒州、阿斯特拉罕州、库班地区以及乌克兰南部各州；在各地发表的讲话中，赫鲁晓夫集中阐述了一个新的题目，即化肥和除草剂的用途问题。尽管从战前直到战后，尤其是在1959-1965年七年计划起草期间，一直都在大讲特讲农业广泛化学化的必要性，但是并没有怎么落实。在使用化肥方面，苏联远远落后于美国、法国、西德和英国，美国每公顷耕地所施化肥高出苏联2倍多，西德则多达苏联的15倍；此外，苏联的除草剂生产量之少简直不堪提及。
如果假以时日，那么采用化学方法的计划肯定会收效，但是在1963年，粮食生产短缺带来的问题已火烧眉毛，亟需采取措施加以解决。统计结果表明，这一年政府收购的粮食总量仅在1000万到1200万吨之间，比1962年还要少。储备粮本来有限，这时若实行严格的粮食配给又势必引起更大的不满情绪。赫鲁晓夫时下只剩下一条权宜之计，从加拿大、澳大利亚以及包括罗马尼亚在内的其他一些国家购买谷物，因为这些国家全面丰收，谷物赢余。在苏联历史上，这是首次不得已大量依靠进口食品以满足人民之需求。
巡察结束返回莫斯科之后，赫鲁晓夫又召集了一次中央全会，在会上提交了一份报告，他主张对化学工业紧急投资，以此作为扩大农业生产、保障劳动人民温饱的重要手段。这次全会决定，苏联的化肥产量在1970年应提高到7000万至8000万吨（1962年的产量为1700万吨），除草剂的产量要达到45万吨；除此而外，全会还批准从国外引进若干座成套的大型化工厂。尽管这一计划可以谈得上面面俱到，但胃口却过大了，在其后几个月时间里，赫鲁晓夫并没有得到多少资金以实现这些发展规划。