3月5日，在脑血管第一次破裂的几天之后，斯大林停止了呼吸，魂归西天。在他生命的最后时刻，侍奉他的不仅有他的医生，而且还有马林科夫、贝利亚和赫鲁晓夫（布尔加宁也同样分担着守护之责，但那天正好轮着他休息）。他们几乎是彻夜不眠、片刻不懈地守候在这个垂死之人的病榻旁。在这长时间的陪侍中，赫鲁晓夫思前想后，百感交集。他对气若游丝的斯大林充满了怜悯之情，时而也热泪盈眶，视觉模糊。但他对国家和党的未来更是忧心忡忡，愁肠百结。
列宁逝世之前，曾对托洛茨基与斯大斯之间的对抗深感不安，惟恐这两个人的冲突会导致党的分裂。他在1922年12月口述的“遗嘱”就是试图消弭这一灾难的一次尝试。在这个遗嘱中，列宁提出改组苏联的政治架构；在日期注明为1923年1月的遗嘱附言里，列宁又提出解除斯大林担任的党中央委员会总书记一职。然而在斯大林行将就木之际，中央主席团的若干成员（例如莫洛托夫、马林科夫和卡冈诺维奇）之间也是矛盾重重，水火不容，但斯大斯从未进行调解释疑；相反，他却千方百计地挑拨煽动自己身边的左膀右臂勾心斗角，互相拆台。赫鲁晓夫觉得，他这些同僚之间势不两立的明争暗斗已经让人惴惴不安；但使他更为心神不宁的还是斯大林死后大权旁落贝利亚之手的可能性。他确信，这只有百害而无一利，因而也决心竭尽全力加以制止。其他许多党的领导人也怀有类似的恐惧，但最早采取行动的正是赫鲁晓夫。
在斯大林病逝的前一天，赫鲁晓夫向布尔加宁提出了这个问题。两个人一拍即合，发现相互看法完全相同。斯大林撒手人寰之后，他们决定，应当阻止贝利亚谋取对权势最大的国家权力机构——国家安全部的直接控制。贝利亚的亲信阿巴库莫夫已经被捕。但仅仅是赫鲁晓夫与布尔加宁两个人步调一致，他们还须赢得马林科夫的同意。在斯大林生前最后几年里，马林科夫一直是斯大林班底中最有权势的人物。然而，事实上贝利亚已抢在赫鲁晓夫之前已下手了还远远不够，他与马林科夫已经就权力分配问题达成了谅解。结果，斯大林一死，贝利亚便迅即顺利地再度控制了国家安全部。马林科夫拒绝同赫鲁晓夫谈论这个问题，他搪塞说“让我们大家凑在一起，然后聊聊吧！”
所有的政治局委员、部长会议的主要成员以及最高苏维埃主席团的一些成员迅即被召到克里姆林宫参加会议。次日，这次会议的决议作为党中央委员会、部长会议和最高苏维埃主席团的联合决定公开发表，但实际上与会者至多只有20个人。会上显然没有出现激烈的争吵。这些与会者或许意识到，在斯大林尸骨未寒、遗体仍供奉在苏维埃宫圆柱大厅里的时候，便开始权力之争，不合时宜也不符情理。会议所做出的决定显示了一种妥协，它对斯大林周围的任何敌对集团全部不偏不倚。与会者一致同意应当减少最高层次国家权力机构的人数；尽管主席团或中央委员会的全体成员根本不曾到会，这次会议还是通过决议，取消了党的十九大之后创立的那个人数猛增的中央主席团。新的中央主席团由马林科夫、贝利亚、莫洛托夫、伏罗希洛夫、赫鲁晓夫、布尔加宁、卡冈诺维奇、米高扬、萨布罗夫和别尔乌辛组成。有关的部委也加以合并。贝利亚提议选举马林科夫为部长会议主席，对此会上无人异议。马林科夫投桃报李，反过来提议由贝利亚负责内务部和国家安全部的联合机构，任命他为部长会议副主席。这个提议和任命也未遇到不同意见。赫鲁晓夫当时认为，在这样的场合最上策是隐恶不发，伺机而动，不过他也提议由布尔加宁接管武装力量部。会议也同样接受了这个建议，而且给布尔加宁配备了两个副手——即将去职的原部长亚·米·华西列夫斯基，还有格·康·朱可夫。这些任命在后来的事变中发挥了不同寻常的作用。莫洛托夫再次成为外交部长，安·扬·维辛斯基被任命为他的第一副部长。莫洛托夫、布尔加宁、卡冈诺维奇和米高扬等人与贝利亚同为部长会议副主席，组成了部长会议的主席团。伏罗希洛夫被推选为最高苏维埃主席团主席，尼·米·什维尔尼克被举荐为全苏工会中央理事会主席。
至于赫鲁晓夫，大家都倾向于让他应当集中精力从事其中央委员会书记的工作，因而解除了他作为莫斯科市委和州委第一书记所承担的职责。虽则第一书记的职位还未正式设立，但实际上是由赫鲁晓夫主持中央委员会书记处的全面工作。也只有他一人既是书记处书记，同时又是中央主席团委员。而同一天任命的其他几位中央书记如伊格纳捷夫、波斯别洛夫和沙塔林等都未享此殊荣。另外，赫鲁晓夫还被任命为斯大林治丧委员会主席。
这些决议和任命通常被人视为由马林科夫、贝利亚和莫洛托夫组成的第一届“三头执政同盟”诞生的标志。他们三人在斯大林葬礼上发表了演讲，各自的尊姓大名也列在中央主席团名录之首。但是，就实际的而不是名义上的政治权力而言，第一届“三头执政同盟”的构成应是：马林科夫、贝利亚和赫鲁晓夫。莫洛托夫虽然享有很高的名望和地位，但并未在苏联握有实权——他仅仅掌管着外交部以及苏联驻外使馆的活动。作为最高苏维埃主席团主席，伏罗希洛夫的权力也多少有限。而在另一方面，赫鲁晓夫却掌管着党的全部机构——所有的州委、市委、中央委员会的所有下属部门。此外，他当时还得到布尔加宁及其副手朱可夫的全力支持。当然，布尔加宁在政治上影响有限，但他掌握着苏联的武装力量，而且赫鲁晓夫和朱可夫两个人一起足以担负坚定的领导之责，后者在军队将领中也依然深孚众望。
1951年时，苏联最有权势的职位是部长会议主席。从1940年直至病故，斯大林始终占据着这个职位。党中央委员会总书记一职已被取消，当然，斯大林仍是党中央政治局的第一号人物、中央委员会的第一书记。但后一职务已很少见诸报端。这明白无误地表明，党的系统作为苏联权力机构的组成部分已经受到削弱和贬低。赫鲁晓夫十分清楚他的首要任务就是使党及其中央委员会恢复从前的那种权威地位。他也知道，成功地达到这一点取决于能否排斥贝利亚，必要的话也当彻底剪除之。此举自然既危险又棘手。首先，贝利亚总揽强大的内务部一国家安全部机构，其分支机构和特工人员广布于全国上下所有的组织和部门之中。此外，保护克里姆林宫以及所有苏维埃政府大员和中央主席团成员的卫队也均属贝利亚统领。内务部负有边防警戒的职责，因而还拥有不少于10个师的直属部队。举行斯大林葬礼提供了绝好的理由，使得其中大部分师团移驻首都近旁，一些团队干脆屯扎市内。这些部队当然都是步兵师，缺少重型装备，但用它们来上演一出已经策划好的军事政变还是足够了。
在短暂的几周时间里，国家的新领导班子自我克制，未曾爆发明显的公开对抗，让局外人以为他们是一团和气。为了笼络苏联普通群众，他们进而又采取了两项措施。一是对大批在押犯实行大赦，但只限于赦放刑事犯罪分子，而不包括那些“政治犯”。二是又一次降低食品以及几乎所有生活消费品的价格。这是自卫国战争以来下调幅度最大的一次降价。面包和面粉落价10%，肉和肉类食品减价15%，土豆和蔬菜降价达50%，食糖和糖果下跌15%，伏特加以及其他烈性酒降价10%-15%，服装、鞋类、玩具和男子服饰用品普遍向下调价10%-15%。这些“让步”措施使得普通的受益者欢欣雀跃，殊不知此际国家领导人全神贯注的却是各种幕后活动、权力倾轧和背后暗算。
毋庸至疑，贝利亚此刻正在图谋不轨、策划攫取大权；他的密友和副手业已参与其奸，蠢蠢欲动。可是，他们又不能赤膊上阵放手大干，因为他们还必须在内务部领导层中进行某些变动，必须设法使阿巴库莫夫之流无罪开释脱出囚笼，必须将一手炮制出“医生谋杀案”的调查局头子留明扫地出门。想当初，贝利亚本人就是这个案件的间接打击目标，因为他被指责为严重读职，没有揭露出这个隐藏在克里姆林宫医院关键岗位上的“美国——犹太人间谍网”。
贝利亚采取断然措施，神不知鬼不觉地撤除了留明的职务。1953年4月4日，苏联报刊宣布，根据“原国家安全部”的命令而逮捕克里姆林宫医生一案是违例和非法的。另外，为获取国家安全部所谋求的口供材料，还动用了“不可接受的、为苏联法律所严格禁绝的审讯方法”。声明还说，所有的被捕医生均已释放，对他们的被捕负有罪责的人已被逮捕。《真理报》以显著地位刊载文章指出，隐藏在原国家安全部内部的奸细企图“离间各族人民”，“破坏以国际主义精神融为一体的苏联人民的大团结”；他们甚至对杰出的苏联演员米赫利斯也大肆进行卑鄙下流的中伤诽谤。这些文章标志着斯大林生前最后几个月里喧嚣一时的反对苏联犹太人运动已经寿终正寝。
与此同时，贝利亚对自己的对手赫鲁晓夫保持着高度警觉，赫鲁晓夫也同样巨细毕究、周到详尽地调查贝利亚的一举一动。在这方面，他们两人真可谓棋逢对手，不分轩轾。赫鲁晓夫密切地注视着内务部领导机构中正在发生的一切变动，贝利亚则疑窦丛生地看待赫鲁晓夫以及其他中央主席团委员所从事的各种活动。这年的6月17日便出现过这样一个典型事例。当时，柏林发生了一次工人暴乱，贝利亚受命飞往这个城市亲自判定局势的严重程度并采取适当的行动。次日在莫斯科，党中央主席团在一个不同寻常的时刻召开会议。贝利亚通过党羽获悉了开会的消息，便赶在开会之前打电话到莫斯科。人们向他保证，这只是一般的例会，他的缺席无关紧要，他在柏林的使命更为重要。但贝利亚还是迫不及待地搞到一架飞机，匆忙赶回了莫斯科。
如同一切密谋一样，必须处处审慎，暗箱操作，赫鲁晓夫依此行事。他已经在3月间争取到布尔加宁的赞同，随后又不费吹灰之力地谋得了朱可夫的支持。而时下最迫切的任务就是说动马林科夫，没有他的同意协助，逮捕贝利亚是不可企及的。最后，赫鲁晓夫终于设法私下会见了马林科夫，劝说他支持这一谋划。作为政府首脑和中央主席团主席，马林科夫当然知道贝利亚惟我独尊，颐指气使，根本不把自己放在眼里，而且正竭尽全力维持内务部的至高地位。赫鲁晓夫和马林科夫共同制定了逮捕贝利亚的行动细节，他们一致认为，应当在部长会议主席团或中央委员会主席团的某次会议上执行逮捕。
围绕着贝利亚在1953年7月初被捕一事，外界流传着几十种版本的传说，其中大多是荒诞不经的无稽之谈。以后的官方报道披露了贝利亚被褫职的大致情况；《新世界》杂志主编特瓦尔多夫斯基提供了更多的细节，他是从这次逮捕行动的参与者科涅夫元帅那里亲耳听来的。赫鲁晓夫本人在回忆录里也追述了那天的事发经过。虽然这些都不能说是完全准确，但据此大致再现当时所发生的情形还是可能的。
在克里姆林宫，部长会议主席团和党中央主席团即将举行一次联席会议。会议召开之前，马林科夫同伏罗希洛夫讨论了解除贝利亚职务的问题；并且获得了他的首恳。赫鲁晓夫则承担了与米高扬谈话的任务，他在动身去克里姆林宫之前请后者来到自己的别墅。米高扬的态度十分审慎，他争辩说，贝利亚虽有错误缺点，但还可以救治，还可以劝说他在集体领导的范围内进行工作。赫鲁晓夫对米高扬的反应感到惊恐不安，但他不愿再重新考虑这个问题。此刻，他已是箭在弦上不能不发了。
当他们来到克里姆林宫时，赫鲁晓夫下车直奔马林科夫的办公室。他报告了同米高扬讨论的情况，也得知了伏罗希洛夫的认可。随后他在将要举行这次会议的房间里找了一个有利位置坐了下来，衣兜里藏着一把手枪。贝利亚随后走了进来，没有意识到大难临头，将随身携带的公文包撂在窗台上。在隔壁的房间里，有一队士兵在朱可夫的统领下整装待命，朱可夫已经拿到了一份授权他解除贝利亚职务并予以逮捕的文件。在文件上签名的是最高苏维埃主席团主席伏罗希洛夫。行动开始的信号将由与马林科夫办公桌上的按钮相连接的电铃传出。
马林科夫宣布会议开始，提议讨论党内事务，接着就示意赫鲁晓夫发言。赫鲁晓夫口若悬河，滔滔不绝地讲了起来。在这个长篇发言中，他宣称早在1938年，格里哥里·卡明斯基曾在一次中央全会上揭发了一些事实；依据这些事实足以推断出，贝利亚在1918年时即已同时受雇于英国情报局以及那些反对共产党、企图建立独立的穆斯林阿塞拜疆的穆沙瓦特分子。但是，像其他许多中央委员一样，卡明斯基后来遭到逮捕，身陷囹圄。而这些人都是诚实正直的英雄好汉，十分卓越的布尔什维克。赫鲁晓夫指责贝利亚在内务部任人惟亲，专门提拔格鲁吉亚同乡，并以此在苏联各民族之间制造分裂。赫鲁晓夫声称，贝利亚根本不是共产党人，而是一个野心家，党内决不能容纳他这样的人。赫鲁晓夫坐下后，布尔加宁、莫洛托夫和其他几个人纷纷起立发言，他们异口同声对贝利亚口诛笔伐、上纲上线。只有米高扬一人提议，不要一下子就判定贝利亚罪恶累累，他还是能够从其他人的批评中得出适当结论的。会场沉默了片刻，然后马林科夫又示意赫鲁晓夫提出动议，要求立即解除贝利亚所担任的党和国家一切职务。会议还没有对此进行投票表决，马林科夫就揿下了办公桌上的按钮。10名全副武装的士兵由朱可夫率领当即冲进了会议室，根据马林科夫的命令，他们制服了贝利亚，将其置于警卫看管之下，接着又把他推入了与马林科夫办公室相邻的房间。
为了防止克里姆林宫卫队或内务部直属部队搭救贝利亚的任何企图，朱可夫和莫斯科军区司令基·谢·莫斯卡连科将军还特意调来康特米尔和塔曼这两支装甲师镇守首都，他们枪炮上膛严阵以待提防不测。贝利亚被押上某位苏军元帅的一辆专车，在武装警卫的严密护送下离开了克里姆林宫，最后被监禁在莫斯卡连科司令部属下某个内外戒备森严、日夜守卫不殆的防空掩蔽所里。
随即各种各样小道消息在社会上到处传播。有人说，贝利亚是在自己的别墅里被抓获的，因为效忠于贝利亚的内务部军官拼死抵抗，苏联军队的精锐部队不得不发动猛攻夺占这个别墅。另外一些人、包括一些西方的苏联学者则宣称，贝利亚在被捕后迅即被枪决。所有这些说法纯属凭空臆想，根本不符合现实。
在采取各种措施安定国内秩序的同时，中央主席团成员再次在克里姆林宫举行会议。他们决定在一两天之后召开中央委员会全会，以便名正言顺地把贝利亚清除出党。他们还研究了如何处置贝利亚的问题。与会者一致同意应当处死贝利亚，但又认为必须经过预审调查并根据某个合法法庭做出的法律判决来执行死刑。可是，主席团成员都不信任以现任总检察长为首的现有司法系统。在某种程度上，这个司法系统的主要干部都是由贝利亚本人一手提拔扶植起来的。因此，显然必须任命一个新的总检察长。赫鲁晓夫于是提名罗·安·鲁金科担任此职，他对此人的历史极其了解，对他也十分信任。鲁金科在乌克兰担任检察长已有10年之久，曾是1945-1946年纽伦堡战犯大审判中的苏方首席检察长，享有为人正直坦诚、肯于独立思考的好名声。这个提名被顺利通过了，鲁金科随即被委派负责调查贝利亚罪责的重任。
会议结束后，赫鲁晓夫、马林科夫和伏罗希洛夫以及其他人驱车离开了克里姆林宫，但他们为铲除贝利亚及其权势影响而合谋的计划仍在雷厉风行的实施之中。为达到既定目的，有两个步骤是至关紧要、决定成功与否的。其一是促使内务部直属部队的中立，其二是搜捕贝利亚的盟友。前者没有任何延误迅即被完成了。一营海军边防警卫部队被紧急召至莫斯科，负责守卫克里姆林宫。保护中央主席团成员和政府高级官员的卫兵迅速进行了大换班，内务部所属的办公楼被重兵包围严加封锁。第二个步骤也得到同样迅捷有效的执行。在未上贝利亚贼船的内务部副部长伊·亚·谢罗夫的统摄下，四处都在搜寻和逮捕贝利亚的党羽。内务部的其他高级官员和内务部直辖各师的指挥官，共有几十人被捕入狱。几乎所有的搜捕对象都马上屈服，传言说，只有极少数抗拒不服的人被当场击毙。
根据莫斯科下达的命令，加盟共和国一级内务部机构的几乎所有头目也都被抓落网。如此大规模的行动实施起来既小心谨慎又迅猛异常，因而当贝利亚的大小党羽在自己的郊外别墅、市内公寓乃至医院病房里被押走时，莫斯科的普通市民居然浑然不知毫无觉察。当中央委员会在克里姆林宫召开全体会议时，内务部已不复为那种凌驾于党和政府之上的强大组织了。虽然赫鲁晓夫一直得到布尔加宁、马林科夫和朱可夫的协助，也正是在这几个人的监管下苏联军队第一次在政治权力最高层的危机中发挥了举足轻重的作用，但这一困难而又危险的任务最终完成理应归功于赫鲁晓夫。
内务部的新任部长是谢·涅·克鲁格洛夫，但赫鲁晓夫对他并不完全信赖，不敢掉以轻心。因为克鲁格洛夫一直是内务部的高级官员；几年前在内务部与国家安全部尚未合并时，他也曾出任内务部部长。因而他的一切活动均置于党和政府机关的严格监查之下。还有其他一些与贝利亚没有直接联系的内务部高级官员也被允许保留原职。而内务部最高层的领导班子却全部更换，但这几个人只不过是九牛之一毛罢了。内务部和“古拉格”硕大无朋的体系，连同其数以千计的劳改营以及几百万囚徒的问题都暂时没有触及。此时此刻，任何人都不愿意在这个庞大的组织内部发起急剧的变革。
即便如此，到这一年的初夏时节，斯大林的大名在苏联报刊电台出现的频率越来越少；即使是谈到这位前领袖，也不再对他进行近似吹捧的歌功颂德了。《共产党人》杂志还发表了一系列批判“个人崇拜”的文章，尽管这些文章不仅以马克思列宁的语录为依据；而且还以摘自斯大林著述的只言片语为凭依，但其锋芒所指，尽人皆知。7月底党中央委员会发表一系列庆祝建党50周年的专论，其中一篇也煞费苦心地对“个人崇拜的惟心主义理论”进行了批判。
这一年，开始替极小部分斯大林恐怖的受害者平反昭雪，不过被平反者都经过了认真筛选。第一个得到释放与平反的人也许就是莫洛托夫的妻子波利娜、谢苗诺夫娜。她是在1949年被冠以充当美国——以色列间谍的虚构罪名遭到逮捕的。死后得以平反昭雪的有拉·莫·卡冈诺维奇的兄弟——米·莫·卡冈诺维奇，当初他被指控为与纳粹德国相勾结，在面临着必不可免的逮捕之际，他选择了开枪自杀。其他许多党员、部长或高级官员也都一帆风顺地使自己的亲朋好友脱出囚笼重见天日。赫鲁晓夫自己也安排了对其儿媳的平反，她是在赫鲁晓夫的长子阵亡后不久被关进监狱的。到1953年年底，约有1000人已被恢复了名誉，所有这些人都与党和国家的达官显贵有着某种方式的联系，因而他们对自己在接受犯罪调查时所遭受的严刑逼供的回忆及其对监牢和劳改营惨无人道生活的描述，在领导集团对斯大林及其独裁统治时期之态度发生转变的过程中起到了推波助澜的作用。
贝利亚的被捕意味着第一届“三头执政同盟”的终结。苏联的领导大权未费周折地转到了由马林科夫、布尔加宁和赫鲁晓夫组成的第二届“三头执政同盟”手中。作为部长会议的首脑人物，马林科夫自然处在权重位高的位置上。但随着以往无所不能的内务部一国家安全部领导集团的解体，权力的重心已经转移。马林科夫现在不得不向已经具有最高权威的党中央主席团和书记处汇报自己的活动。他还对有关贝利亚审判案的正式调查感到万分苦恼，因为贝利亚毫不踌躇地反咬了马林科夫一口，向这个一向视为盟友的人身上栽赃。而布尔加宁名义上权力不小，但没多少实权。结果，赫鲁晓夫便成为第二届“三头执政同盟”中的主要人物和最为积极的活动家。在1953年9月中央委员会全会选举他担任党中央第一书记之后，这种情况则更加突出。赫鲁晓夫的当选极大巩固了他在党内领导集团中的地位。从这时起，党的中央委员会不仅全面控制了内务部的活动，而且还严格监控着其他所有苏维埃政府机构包括部长会议在内的工作；所有的改革和创新都是由党中央委员会、中央主席团和书记处发起的，至少可以说，未经中央委员会的同意，任何改革和创新都丧失了合法性。
早在一个月之前，赫鲁晓夫就已提出了一项改革。这个后来由马林科夫在最高苏维埃会议上予以公布的改革得到了广泛的欢迎，人人为之拍手叫好。
过去，斯大林总是在更深夜静之时工作，他从未在早上5时以前上床就寝，经常是日近正午方才起身。久而久之，所有的高官大员也采取了同样的作息制度，许多人民委员部的部务会议也往往在深夜召开。所有的州委书记也习以为常地在每个工作日的夜间呆坐在自己的办公室里，因为斯大林不太喜欢视察与演讲而常常会一时心血来潮就要打电话给地方干部。自然，如果一位部长或州委书记不得不通宵工作，那么他就不可能赶在中午之前在自己的办公室里问事，而这就意味着他的部属必须死守自己的办公桌直至夕阳西下夜幕低垂。在当时的许多机关里，工作时间都是无法预告的。
最高苏维埃现在则颁布法令申明，自1953年9月1日始中止这种“有害身心健康”的作息制度。从即日起全苏和各加盟共和国机关的办公室工作人员须执行从上午9时至下午6时、其间有1小时午餐休息的工作日制度。地方机构的职员应在上午10时至下午7时办公。为确保这个法令得到严格执行，在头几个月里，还要求政府各部委的干部在每天工作结束时检查各办公室，以保证全部人员都离开工作地点。然后，办公处的主要入口加锁封闭。
1953年12月17日，苏联检察院宣布，贝利亚及其同伙的调查已告结束，所有被告都被指控为犯有阴谋篡夺苏联政权罪、与外国情报机关勾结罪以及许多恐怖主义谋杀罪。声明还指出，他们的案情将由苏联最高法院的特设法庭审理。依据1934年12月1日法令，被告不得当堂提出抗议或任何形式的上诉，判决应当立即执行。
科涅夫元帅担任特设法庭的庭长，法庭成员包括有一些著名的军队将领和国家干部，其中有全苏工会中央理事会主席尼·米·什维尔尼科、莫斯卡连科将军以及苏联最高法院副院长埃·拉·兹亚金。全部审判工作进行了整整6天，但审判记录从未公开发表。
尽管对贝利亚的指控已足以达到将他定罪并判处死刑的目的，但指控本身并非无所不包。党中央主席团的不少成员出于某种关系到切身利益的原因，对一些事实、情节加以掩盖，因而也不可能允许把贝利亚的所有罪行彻底查清查实。例如，法庭在讯问贝利亚与阿塞拜疆穆沙瓦特分子、与格鲁吉亚孟什维克分子勾结的情况时，却根本没有触及1937-1938年期间贝利亚及其手下在格鲁吉亚、亚美尼亚和阿塞拜疆等地对党和共和国干部的大规模屠杀；在揭露贝利亚出任公职期间道德败坏、生活腐化的同时，却有意回避揭露其在战后迫害苏联少数民族的罪责如谋害犹太血统的作家、艺术家以及将高加索、伏尔加地区和克里米亚的一些少数民族全体驱赶到东部地区等罪行，受害于贝利亚的芸芸众生中只有一个人的名字被提起：米·谢·克德罗夫。当初，贝利亚对他怀恨已久，因而尽管他的清白无辜已被证实，但还是在战争初期把他杀害了。对迫害格·康·奥尔忠尼启则的阴谋以及贝利亚对其亲属的打击，法庭虽然作了调查，但又缄口不提1949-1950年时贝利亚在列宁格勒所犯下的滔天大罪以及枪决两位党中央政治局委员尼·阿·沃兹涅辛斯基和阿·亚·库兹涅佐夫事件。在这些问题上，法庭的罪证调查皆因牵连到马林科夫而受到限制，只能中途而止。
公诉人方面召请的证人之一是阿·弗·斯涅戈夫。这是一位早在30年代就在外高加索为党工作的老布尔什维克，但此刻却正在科累马地区的一个劳改营苦熬长期徒刑。当他得知贝利亚被捕的消息后，便费尽周折地将几封信秘密地递送到赫鲁晓夫和米高扬在莫斯科的私人住址。他以前与此二人相当熟稔。这些信件揭露了斯涅戈夫所了解的贝利亚罪行的细节情况。随后，斯涅戈夫便应召来到法庭作证。当他走进审判大厅时，贝利亚大吃一惊，禁不住失声叫道：“怎么，你还活着？！”斯涅戈夫反唇相讥：“你的组织并未恪尽职守”。法庭向斯涅戈夫详细询问了贝利亚的早年生涯，但却要求他不得谈起迄今尚未受到破坏的庞大的“古拉格”系统。
在审判开始时，贝利亚还有恃无恐，毫无顾忌，甚至还有点目空一切、能奈我何的架势。一旦听清是死刑判决，他就如同泄了气的气球，傲睨之情顷刻烟消云散；当他意识到这个判决将会立即执行的时候，他完全失去了理智，无法控制自己。按照科涅夫的说法，贝利亚突然向四下作揖，痛哭流涕，乞求宽恕，可怜巴巴。法庭驳回了他的请求，他和他的同伙随即被押出法庭，绑赴刑场。
关于审讯和判决贝利亚及其同案犯的报道非常简略，读者所知甚少。只是在市镇和区一级的党组织会议上宣读了有关这个审判过程较为详尽的材料。然而，全国的反应却是强烈的。贝利亚身首异处一命呜呼的消息激起了要求为斯大林恐怖运动的受害者及囚犯平反昭雪的轩然大波，受害者本人及其亲朋好友的申诉信象潮水似地涌向最高权力机关。对这些要求、特别是直接受害于贝利亚的牺牲者所提出的要求，是不可能置若罔闻、不予理睬的。这种情形愈演愈烈，总检察长接受要求，开始调查所谓的“列宁格勒案件”。这个案件涉及1948年安·亚·日丹诺夫在极其可疑的情况下猝死一事以及他的支持者随后遭到贬黜和杀害的情况。调查结果是使至少2000多人恢复了名誉，从监禁地重返故里。但可悲的是，还有其他许多人是在死后才得以平反。曾积极参与炮制“列宁格勒案件”的列宁格勒现任州委第一书记米·安得里亚诺夫在1953年11月被免职，不久又被逐出党中央委员会并将接受司法审查。这些事件的余波一发而不可止，随着有关“列宁格勒案件”的调查工作向纵深进展，再想掩盖马林科夫也曾插手其间的事实已是难上加难。危险也降临在了马林科夫的头上。
此时还有一件事表明了斯大林长期遗留的影响正在逐渐衰退。1953年夏天，根据赫鲁晓夫的提议，在斯大林统治下一向属于官家禁苑的克里姆林宫对公众开放了。以往，只有那些持有特别通行证的要人或者政府达官的来宾，经过彻底的身份核查之后才能入内；新闻界人士甚至都不允许拍摄克里姆林宫的照片。而如今，克里姆林宫的大门向外敞开，苏联普通群众尽可直入其内，在里面参观游览，欣赏其中收藏的珍宝古玩。人们不必出示任何证件就能购票进入。1953年最后一天，又在克里姆林宫为青年们举办了一次游艺会。这开创了一个先例，从这时起，在克里姆林宫举办新年之夜舞会以及为莫斯科儿童装饰圣诞彩树便成了莫斯科新传统的一部分。
1954年4月17日是赫鲁晓夫六十华诞。这一次的场面显得相当简朴，要比他在乌克兰欢度五十寿辰时简朴得多。尽管如此，在最高苏维埃主席团宣布授予赫鲁晓夫“社会主义劳动英雄”称号之后，党中央委员会以及其他一些组织的贺辞迅即在报纸杂志连篇累牍地出现，让人眼花缭乱；其他社会主义国家领导人以及各国共产党发来的贺电更是纷至沓来，宛如潮涌一般。
这个月的月末，在莫斯科举行了最高苏维埃全体会议。会议审核了当年的财政预算，批准了政府成员的变动。国家管理体制也发生了某些重要的变化。
由于1953年3月一度合并起来的不少部委再次划分为较小的单位，因而部长会议的成员已增至54人。再次被划分开的部委之一便是内务部。从这个仍然由克鲁格洛夫管辖的内务部中分离出“国家安全委员会”（即“克格勃”），由部长会议直接领导。伊·亚·谢罗夫被任命为这个委员会的负责人。长期以来，谢罗夫一直在保安部门的几个机关里供职，由于他曾一度出任乌克兰内务人民委员，故而赫鲁晓夫同他关系密切，感情深厚。象保安机构的绝大部分高级干部一样，谢罗夫很早以来就负有触犯法律和滥用职权的罪责。但他一心一意、矢志不移地效忠于赫鲁晓夫，而且乐于按照赫鲁晓夫下达的任何旨意迅速采取行动。因而赫鲁晓夫将保护自己人身安全的重任托付给了谢罗夫。赫鲁晓夫后来曾写道：“我对克鲁格洛夫不太了解，但对谢罗夫却极为了解。我过去认为、现在仍认为，就其对党的态度而言，他是一个诚实人。如果说他犯过什么‘错误’，那也不过象所有的‘契卡’人员一样，只是斯大林推行的总政策的牺牲品，其个人并没必要承担责任。”
对克鲁格洛夫的猜疑促使赫鲁晓夫又决定了另一项任命。在为贝利亚审判案作证之后，斯涅戈夫又被当作一个普普通通的囚犯被押送回设在科累马地区的劳改营，这一情况充分反映了大变动时期的特点。直到几个月之后，赫鲁晓夫才想起了斯涅戈夫，并且发现他居然还呆在劳改营。赫鲁晓夫当即要求为他平反昭雪。结果，斯涅戈夫不仅恢复了名誉，而且还恢复了党籍，同时又被授予中校军衔，接着又被任命为“古拉格”副局长、内务部部务委员会委员。在这个位置上，斯涅戈夫完全可以代表赫鲁晓夫对克鲁格洛夫进行监督。
内务部的改组和“克格勃”的设立具有非常重要的意义。从此开始，这两个组织的职权只限于进行犯罪调查——内务部负责刑事案件，“克格勃”专管与国家安全有关的案件。内务部的原检察局被撤销。一切公诉事务和执法措施从现在起全部归口到全苏总检察长及其属下的加盟共和国、州、市镇或区各级检察长手中。在斯大林时代，那位领袖让内务部凌驾于检察院之上。而现在，苏联检察院内设立了一个处，其主要职责就是专门监督内务部和“克格勃”的活动，总检察长本人只向党中央委员会负责。
所谓的“特别委员会”也被取缔。这类机构虽然不是法院，但在绝大多数由内务部系统经手的案件中，它们却具有在被告缺席情况下宣布判决的权力。而从今开始，除了适当的、合法建立的法庭之外，任何机构都不允许对任何罪犯——无论是刑事犯还是政治犯——进行审判处罚。
经过这些改革，苏联司法系统终于恢复了从前那种有关法律事务中的最高地位。当然，法庭还不是完全独立的，但现在的法庭规则已经（按照党的权力机关的意见）得到尊重和保护，内务部凌驾于法庭之上的状况得以彻底改变。
“克格勃”的工作人员数量大幅减少了。在绝大多数与军事事务无关的或者根本不涉及机密情报的组织和机构中，先前那些主要负责判定苏联普通公民“可信程度”的“特别处”或“第一局”之类的部门都被撤除，区一级的国家安全处亦被取缔，国家安全机构曾努力使之渗透到全国每个角落的情报员巨网也被遣散——至少是弃之不用。此外，还采取措施重建了某些民主的公共团体，复兴了若干一度销声匿迹的社会组织。在首都莫斯科，举行了全苏作家第二次代表大会——第一次大会召开还是20年前的事！会上选出了新的作协理事会。在这些改革创议中，赫鲁晓夫的意志得到了充分体现。
到1954年秋天的时候，马林科夫的地位已是岌岌可危朝不保夕了。首先，贝利亚案件极大损害了马林科夫的名声。因为在此之前他们两人一向和睦相处，以友相待；就在沦为阶下囚的当天，贝利亚还给马林科夫写了一张便条，其中不仅谈到了他们两人之间的交情，而且还警告马林科夫不可轻信赫鲁晓夫。接着，对“列宁格勒案件”的司法重审又进一步破坏了马林科夫的名声。其次，马林科夫在斯大林生前最后几年一直主管农业，因而直到1954年全国农业的恶劣状况始终没有任何好转一事也使他不断受到指责。最后，由于政见不一，马林科夫与赫鲁晓夫的亲密关系已经不再，他俩之间的关系日趋恶化，冲突加剧。马林科夫从前所享有的权势影响很快便丧失殆尽。到这年年底，他对部长会议的领导只是徒具其名了。
最高苏维埃于1955年2月举行了全体会议。会议审议的项目之一是关于全苏最高法院的改组问题。虽然当时的观察家对此基本未加评论，但这个问题的意义却极为深远而又重要。在斯大林执政时期曾严重丧失名誉的六个人被逐出最高法院，其中包括伊·粤·马杜列维奇。作为最高法院军事法庭的成员，他曾在布哈林、李可夫、克列斯廷斯基以及其他许多人的审判案中大显神通，曾逼迫上千名无辜者屈打成招甘愿伏罪，为此他现在也自认有罪。列·德·捷米特里维奇的经历同样卑劣可耻，因而也被罢官。
法院改组的意义固然重大，但与另一变动相比，仍不免黯然失色。
在最高苏维埃的二月会议之前，党中央委员会召开了一次全体会议。在这次有马林科夫本人参加的会议上恰恰讨论了有关马林科夫的问题，几乎所有的与会者都提议或支持贬黜马林科夫。尽管他也曾试图以批评中央主席团的其他成员来为自己辩护，例如对指责他忽略重工业发展的莫洛托夫他就竭力进行斥责，但这只是狗急跳墙，已没任何作用。接着，在最高苏维埃二月会议上，马林科夫照本宣科地念了一项声明，要求解除自己所担任的部长会议主席职务，并承认自己应对苏联农业的困境负最主要的责任。马林科夫的辞呈当场被接受了。根据赫鲁晓夫的提议，由布尔加宁出任，朱可夫元帅接任国防部长一职。至于马林科夫，虽然还保留着党中央主席团成员的头衔，但已被贬为部长会议副主席，担任电站部部长。
不过，集体领导尚未流于形式，只是由赫鲁晓夫、布尔加宁和朱可夫组成的第三届“三头执政同盟”取代了第二届“同盟”。布尔加宁的权势一如往日，无关大局。但另一方面，朱可夫虽然还没有在党内领导集团中占据显赫的地位，但在随后的两年时间里却行使着举足轻重的大权；尽管他还只是党中央委员会的候补委员，但不久即跻身于出席中央主席团会议的权贵之列。而逐渐在苏联领导集团中独占鳌头、一言定音的人物，正是赫鲁晓夫本人。