山本之死给日本海军带来了巨大的震动，特别是他的属下，全部沉浸在极度的悲痛之中。联合舰队司令部和驻守拉包尔的东南方面舰队的指挥官们，刚刚从极度的悲痛中恢复镇静，便首先怀疑到：山本之死是否是因为密码电报被破译而造成的呢？
早在山本遇难之前，在今村均所乘坐的陆基轰炸机遭到敌机有准备的伏击的时候，东南方面舰队司令长官草鹿任一，就曾几次怀疑过是否是因为密码电报被破译的问题。为此，他特意提醒过军令部第四部对此要引起足够的注意。然而，不知是出于何种考虑，军令部第四部回答草鹿时却说：“密码是绝对不会被破译的。”
联合舰队参谋长宇垣，在同山本一起前往布因之前也曾说过：“日本的密码电报怎能会被破译呢！”
直到这时，也并没弄清楚密码是否被破译，因此，山本的遇难依然被认为是一次偶然。
最后还是美国揭开这个谜的。战后，美国公开发表文章说：是因为破译了日本的密码，才成功地伏击山本座机。
担当这次伏击任务的是，驻守在瓜岛亨德森空军基地的美陆海军和海军陆战队的混合航空部队。该航空部队的司令官是麦克·米查少将。约翰·米切尔少校任具体执行伏击任务的P38战斗机队的总指挥。伏击机队由16架P38战斗机组成。托马斯·兰菲尔大尉所驾驶的飞机击落山本的座机。
麦克·米查是杜利特尔轰炸东京时“大黄蜂”号航空母舰的舰长。他被晋升为少将后，因指挥有名的所罗门空战再立战功而名声大噪。
4月17日下午，米查少将在瓜岛基地收到由哈尔西转来的尼米兹的一份绝密电报。电报中说“日本的山本提督，明天，即18日早晨，将于拉包尔出发到达巴拉尔，然后，转乘猎潜艇前往布因。预计到达巴拉尔的时间是上午9点45分（日本时间是7点45分）。山本历来严格遵守时间，从不提前或推迟。你部一定要在上述预定的时间进行行动。”此外，电报中还详细地说明了山本座机的机种和担任护航战斗机的架数等有关情况。该电报最后还命令说：“一定要想尽一切办法把山本的座机击落。”电报最后的署名是“海军部长弗兰克·诺克斯”。
此外，还有一种说法。有人说，夏威夷的尼米兹上将并不认为通过破译密码的手段杀害敌军的高级将领是件很光彩的事情。因此，他把这一问题上呈给了华盛顿，让上面作最后裁决。
有人说，切斯特·尼米兹和威廉·哈尔西是性格截然不同的两个高级将领。哈尔西很像大西泷治郎，尼米兹是一个同米内光政的性格很接近的人。其实，这种说法未必可靠。因为在那样你死我活的激烈战争中，任何稳健有理智的军人，也不会像绅士那样彬彬有礼。实际上，尼米兹所担心的是，怕因截击了山本而使日本察觉到美国已破译了他们的密码。因此，当初曾产生过犹豫，是否截击。后来，因为找到了避免日本产生怀疑的手段，即使日本改变原用的密码，美国同样也有相应的对策，所以，最后才果断地下决心进行截击。
对尼米兹来说，他并不为因用非正当的手段杀害了山本而感到有愧于心，因为他当时对山本并不很了解。悲剧就在于尼米兹所杀害的山本原来是舍命抵制日德意三国同盟并坚决反对日本同美国交战的人。战争结束时尼米兹终于了解到山本的一切并认识到山本的观点和行动的真正价值。
接到来自上面的电报命令后，麦克·米查少将立即开始拟制截击方案，并着手进行一应准备工作。
那么，山本的遇难的原因是否是因为那份电报被美国破译？美国又是怎样破译的呢？这些疑问，如同珍珠港、中途岛作战中所提到的密码电报被破译一样，长时间以来，依然还是个不解之谜。在尼米兹所写的《海战史》一书中，也只简单记述有“由于破译了日本的密码电报，所以才准确无误地击落了山本的座机”，并没涉及到事情的详细经过。
在截击并击落了山本座机后的第二天，亨德森空军基地的P38战斗机队，虽然没有任何战斗任务，但他们依然装作同18日一样，几次编队飞至布干维尔岛的上空，并故意让日本发现他们的空中行动，以使日方误认为山本的遇难同破译密码毫无关系。相反，日本拉包尔的东南方面舰队司令部也有意发出了一份草鹿任一司令长官要到前方视察的假的密码电报，试探美方的动静，但是，美方没作出任何反应。
美国的掩盖法获得了成功，而日本的试探却被美方识破了。
战后，从事这一问题研究的日本旧海军有关人员经调查了解后得知，关于山本前往布因、肖特兰视察，前后共发了6份电报。
其中的一份电报是，山本所要视察的巴拉尔基地的陆军守备队为了报告山本视察一事而打给布干维尔岛第17军司令部。
从海军的立场来说，当然希望被美破译的密码电报不是海军而是陆军发出的，事实上，他们也坚信海军所发出的密码电报不会被破译。为了证实这一问题，战后，日本海军曾有人打听美国海军情报部门的军官说：
“你们至少也应该告诉我们，你们所破译的密码电报是日本海军的还是陆军的。”
据说，美国情报部门的军官没有口头作答，只是在桌子上写了个“N”字。
这一点如果属实的话，显然，电报自然不是陆军守备队所发出的。
第二份密码电报，是拉包尔东航空基地的指挥官于山本出发的当天早晨发给巴拉尔基地指挥官的。这封电报通知说，两架陆基轰炸机和6架零式战斗机已经出发。
第三份电报是，山本的座机出发后，在飞行中，机长发往巴拉尔基地，告诉“将于07:45到达”的电报。
这两份电报，因为是用比较简单的航空用密码发出的，美方很可能破译。但是，这是出发的当天发出的，即使被美方破译，但也来不及作截击的准备。
第四份是4月13日发出的那份冗长的密码电报记有山本视察详细日程安排的。前面已经提到，城岛少将见了这份电报后勃然大怒。这份电报是用有5位乱数的“波密码”发出的，其构成同“吕密码”是一样的。“波密码”的乱数表是4月1日新更换的。
正如前面所说的那样，新更换的乱数密码，在10天或两周之内，如果不是直接盗去密码书，仅靠密码理论和使用常识是绝对破译不了的。因此说，军令部第四部坚持说“密码绝对不会被破译”也不无道理的。
第五份电报是4月16日以联合舰队司令长官的名义发给东京军令部总长及海军其他首脑，以汇报“”号作战计划执行情况的密码电报。这封电报的末尾还写有这样一句：
4月18日前往肖特兰视察后，4月19日将返回旗舰“武藏”。
虽然我们并不知道使用的是何种密码发这份电报，但根据以往的惯例可知，以联合舰队司令长官的名义向上汇报作战情况的电报，历来都使用机密等级很高的密码。
在二次大战日美交战的历史中，至今还有很多疑团未搞清。山本遇难一事只是其中的一个。20几年的时间在历史的长河中虽然只是沧海一桑，但战争毕竟已结束20余年了，想弄清战争中的那些至今尚不清楚的历史事件，的确是越来越困难了。随着时间的推移，那些未解之谜，也许只有不了了之了。山本遇难一事的当事者，有的在后来的作战中已经阵亡，侥幸活下来的人在战后大多也相继去世。现虽有战时公式化的官方记录，但也难辨真伪。正如前面提到的高木吉所一再强调的那样，“完全相信战时的那些公式化的记录，那是危险的。”
山本遇难一事在许多遗留未解的问题中，是最引人注目的。究竟是谁击落了山本乘坐的323号陆基轰炸机呢？在这一问题上，长时间内，日美双方一直都在认为是美国陆军航空部队的托马斯·兰菲尔上尉所驾驶的飞机击落的，几乎没有人提出过异议。因为他自己也曾公开证实是他亲手击落的。
战后，美国英文版《读者文摘》杂志曾悬赏征集“体验记”。兰菲尔上尉写了一篇题为《我击落了山本五十六的座机》的文章应征并获得了重奖。1967年，日本将该文译成日文，刊登在同年一月号《读者文摘》杂志上。美国人证实了山本遇难这天的详细战斗经过。
兰菲尔的文章说，究竟有多少架P38战斗机参加了截击山本座机的战斗，过去众说不一。有的说24架，有的说18架，还有的说16架。实际上，16架的说法是正确的。出击时确曾派出18架飞机，但其中有两架发生了故障，中途返回了基地。
看来，16架的说法是站得住脚的。不过，兰菲尔的文章中说，空战刚一开始，美机就击落了日本的一架零式战斗机，接着，连续又击落了数架，这一说法是错误的。
日本海军204航空队派出的6架护航战斗机，实际上，没有一架被击落。兰菲尔很可能是把稍晚些时候布因基地派出的前往救援的零式战斗机同那6架护航战斗机混淆了。他的文章中，并没区分开来这两部分飞机。为山本座机护航的战斗机队由6架飞机组成。队长是森崎武中尉。该机队又分为两个小队。第一小队1号机的驾驶员即队长森崎武，2号机和3号机的驾驶员分别是野上丰光一等飞行兵曹和杉田庄一飞行兵长；第二小队1、 2、 3号机的驾驶员分别是上等飞行兵曹、冈崎靖二等飞行兵曹和柳谷谦治飞行兵长。
其中的森崎、野上、杉田、日高、冈崎等5人到大战结束时均已阵亡，只有柳谷因在蒙塔一战中负重伤失去了右手，回乡而侥幸活了下来。《丸》杂志的主编高城肇曾特意走访了现在东京的柳谷谦治飞行兵长，并于去年——1968年出版了一本名为《六架护航战斗机》的书。该书进一步证实了在这次作战中，历史事实是6架护航战斗机一架也没有被击落。
至今仍完好地保存着6架零式护航战斗机的作战记录。记录中这样写道：
05：40 （5时40分）机队从拉包尔起飞。
07：15 （7时15分）同美军24架P38战斗机遭遇并展开空战。
07 : 45 （7时45分）1机降至巴拉尔基地，另5架降至布因。
12：00 （12时整）6架零式战斗机在布因上空集结。
13 : 50 （13时50分）飞回拉包尔基地。
击落敌机6架：其中野上击落两架，杉田击落两架，日高、柳谷各击落1架。我方护航战斗机队无一损失。
令人遗憾的是，该记录中，除“我方护航战斗机队无一损失”这一点符合实际情况外，其余部分几乎都与实情不符，有的错误还是相当大的。机队从拉包尔出发的时间和展开空战的时间都比实际提前了。错误地说美方有24架飞机参加了战斗，至于说“击落敌机6架”那就更是明显的错误了。
美军对自己的损失当然更清楚。参加战斗的16架P38战斗机中有一架被击落，这架飞机的驾驶员是雷蒙德·哈因中尉。
美军的公式化作战记录中这样写着：
13th Fighter Command Detachment
（第13战斗机特遣队）
Subject： Fighter Interception
（作战任务：战斗机拦截）
Date: April 18， 1943
（日期：1943年4月18日）
Time Take off 0725-Return 1140
（时间：7时25分起飞，11时40分返航）
记录中是这样记述这16架P38战斗机的分工的：4架负责直接攻击，驾驶员是托马斯·G·兰菲尔上尉等；其余的12架负责掩护，由约翰·W·米切尔担任指挥，驾驶员是道格拉斯·S·卡宁中尉等。
不管这种作战记录记录得怎样严肃、正规，实际上也很难正确地反映出当时的作战情况和作战结果。
据现在居住在布因附近的原住民们说：“密林中只有一架日本的大型飞机和一架美国的小型飞机的残骸。”笔者认为，这个说法比日美双方的作战记录恐怕都要准确。日本本来只击落了一架美国的飞机，然而却认定击落了6架；而美国，连一架日本的战斗机也没有击落，却认定击落了数架。这该怎样解释呢？这也许是在战场作战时的一种难免的心理反应的结果吧。
最近，美国空军的一个叫贝斯彼·霍姆斯的中校军官，就日美双方各损失了多少架飞机和究竟是谁击落了山本乘坐的一式陆基轰炸机的问题提出了疑问。
就在兰菲尔上尉1967年春，在美国《读者文摘》杂志上发表《我击落了山本五十六的座机》的文章并获得重奖后不久，贝斯彼·霍姆斯中校在美国的《Popular Aviation（大众航空）》杂志上针对兰菲尔的文章也发表了一篇文章，题目是：《《Who Really Shot Down Yamamoto（是谁真正击落了山本的座机？）》。
根据美国的作战记录，那时，贝斯彼·霍姆斯的军阶为中尉。他驾驶着担负攻击任务的P38闪电式战斗机同兰菲尔、哈因等也一起参加了在布干维尔岛上空截击山本座机的战斗。他在文章中强调说，是他把一架“贝蒂”（那时美空军把日本的一式陆基轰炸机称为“贝蒂”）击坠入海的。由于他的飞机中弹加之燃料不足，在返航中，不得不迫降于拉塞尔岛。因此，比他的同僚们晚了几天返回瓜岛亨德森基地。返回基地后，出乎他的意料的是，荣立击落两架“贝蒂”机战功者却是兰菲尔和巴博。
霍姆斯认定是自己击落了一架“贝蒂”机，这就意味着有3架“贝蒂”机被击落，而事实上，却只有两架。那么，他们三个人中，是谁谎报军情邀功呢？
据说，霍姆斯为此事大为恼火，在亨德森基地曾和他的同僚们进行过激烈的争论。
大战结束后，日本的作战记录公之于世，霍姆斯才明白，他击坠入海的那架飞机是宇垣参谋长的座机。那么，山本的座机究竟谁真正击落呢？这就是他在《大众航空》杂志上发表的这篇文章的宗旨。
霍姆斯中校在文章中说：战后的二十余年来，我一直保持着沉默。最近，国内各界又提起山本提督战死之事，研究历史的学者们的各种著述也与历史的真实面目有很大出入，为此，我才鼓起勇气冲破以往的沉默，以求恢复历史的本来面目。
总之，至今也并不很清楚，这件事情的来龙去脉。还有那个叫莱克斯·巴博的人，不知他现在是否还健在，也不知他写过没写过什么东西。
笔者本人在查证、核实这件事情的过程中，曾经历过这样一件事情，这虽然是近乎私事的事，但不妨也写在这里，仅供读者们参考。
那是1967年的3月，我从欧洲返回日本，途经美国时，想约见击落山本座机的那位飞行员—托马斯·兰菲尔谈谈。经人介绍，我预先为他发了一封信。后来我才知道，那时正巧是载有贝斯彼·霍姆斯的文章的《大众航空》杂志（3、4月合刊本）在全国各家书店里热销的时候，但当时我并不知道霍姆斯在《大众航空》杂志上所发表的这篇文章。
兰菲尔现在是位商人，家住在加利福尼亚洲圣迭戈市附近的La Jolla（拉霍亚）。他经常为生意来往于美国的东西海岸。
来到洛杉矶后，我在机场日本航空的柜台上看到了兰菲尔留给我的一封信。
信中措辞很客气。他表示高兴同我一见。信中还说，正巧星期二他要经洛杉矶去纽约，让我星期一的晚上往他家打电话进行联系。
那天正好是星期一。我依照信中的约定，在旅馆往他家—拉霍亚打了电话。我们在电话中商定，第二天下午6时，我在旅馆等候他的电话。
因为兰菲尔要乘坐星期二晚上的班机从洛杉矶飞往纽约，晚上，在他上飞机之前有段空闲时间，我们可以随意安排一个地方见见面。
第二天下午，6点钟，兰菲尔果然给我打来了电话。但电话的内容使我感到非常意外。他说：
“因有急事，我不能从洛杉矶走了，很抱歉错过了见面的机会。”
他是从家里打来的电话。很明显，这个电话既拒绝又表示道歉。
空闻其声而未见其人，实在遗憾，就这样，我返回了日本。
回国后不久，我在英文版《大众航空》杂志上发现了霍姆斯中校的文章。因此我怀疑到，兰菲尔不愿意见我，也许是因为某种原因，这正是我费解之处。
某一天，我对既是山本的翻译也是山本的朋友的沟田主一提起过这件事，听了后，他也很有同感地说：
“我也经历过类似的一件事。”
沟田也一直想见见击落山本座机的那个人。四五年前，他到美国去的时候，他同在斯坦福大学时的一位美国同学一起驱车去拉霍亚（“La Jolla”的日语读音似为“”）镇旅行。托马斯·兰菲尔是拉霍亚镇高尔夫球俱乐部的成员。沟田和他的同学预先同兰菲尔约定，一起去玩高尔夫球。兰菲尔本来已满口答应，一定要去，可到了约定的时间，他却没有到。沟田和他的同学白白等了很长时间。
总之，我和沟田，都有一个共同的感觉：兰菲尔在有意回避。但是，当然不能仅凭这一点断定兰菲尔关于击落山本座机的报告是假的。
后来，沟田回国后，接到了兰菲尔的来信。他在信中说，玩高尔夫球一事错开了。他到球场等了很长时间并没见到我们，实在抱歉。信中还提到了我的名字，并说，最近他要来日本，那时，一定要见到我和沟田。
倘能见到他的话，我们自然要问及很多，如果这次他又失约的话，又该作何解释呢？若真的能见到他，通过交谈，也许我们能够从中得到某种启发，进而判断出击落山本座机的究竟是谁。
当然，说兰菲尔的两次失约有可能并非有意而是偶然，那么，我也只好把这两次奇妙的偶然写在这里，供读者去思索。
1943年4月25日下午，古贺峰一大将来到停泊在特鲁克的“武藏”舰—旗舰接替山本就任联合舰队司令长官。
山本之死的消息，在军令部内也是保密的，只有少数人知道。古贺是以横须贺镇守府司令长官去南方视察的名义到联合舰队就任的。在临行前为他举行饯行会时，餐桌上他的名签依然写的是“横镇长官”四个字。
古贺曾坦白地对河合千代子说过：
“山本前途暗淡，令人痛苦，你还是不要跟他来往的好。”
“古贺先生，我明白你的意思，不过，如今的新派不是不主张演悲剧了吗。”河合千代子很幽默地回答说。
听了，古贺忍不住笑了。
古贺峰一大将就是这样一个诚恳耿直的人。然而，他的归宿却令人慨叹。
1944年3月，他率领联合舰队司令部的幕僚们离开帕劳群岛前往菲律宾的达沃，途中意外遇到了大风浪。他们乘坐的“二式”大艇被狂风卷起的巨浪所吞噬。后来，尸骨无存。古贺一生，可谓铁骨铮铮，归终却死于如此意外的自然灾祸，实在令人叹息不已。他的死，没有山本那样壮烈，因之，给人们留下的印象也并不那么深刻。人们的印象有时也是不公平的。实际上，他是山本的至交，他的政见和个人品格同米内和山本是无甚差异。
他给堀悌吉写过的信，后来被收录在《五峰录》中。从这些信可知，他出任联合舰队司令长官以后，对海军上层的无主见和平庸无能极为愤慨，有时，甚至破口大骂。其言词的激烈、反应程度的强烈远远超过了山本。
古贺临到联合舰队赴任之前，曾到铃木的私邸拜访了铃木。不出山本所料，他和他的几个同学从拉包尔发给铃木的那封信果然被铃木供放在自己家中的神龛前。此时，古贺也刚刚收到和寄给铃木的一样的山本及其同学从拉包尔寄来的信，这封信后来被收录在《五峰录》中，信的内容是这样的：
我们在东南前线举行了学友会。会上，我们追忆了学生时代的往事，畅谈各自的体会，实在开心。现简书寄上，谨此遥祝阁下健康愉快。
第37届毕业生
名誉会员 山本五十六
草鹿任一
小泽治三郎
鲛岛具重
武田哲郎
柳川教茂
信中有6个人签了名，落款日期是4月13日，也就是拉包尔用电报向前线各基地通知山本视察计划的那天晚上。
在此之前的4月4日，也就是山本生日的那天，古贺邀请古川敏子，到横须贺去游玩。
镇守府的庭院中，盛开着山茶花和樱花，给人以一种清新愉快的感觉。古川敏子顺手摘下一朵花对古贺说：
“这花多美呀！把它夹在书里，干了后，可以送给山本，太好了。”
“是让山本看吗，要是把它腌咸后送给他吃，岂不更好吗。”古贺建议敏子说。
闲谈中，敏子提到山本给她的来信说：现在，他的手有些颤抖，脚也浮肿了。
古贺也已经知道，山本的这些情况。据说，当时古贺接着敏子的话茬说：
“是的，我曾为此到岛田那里去建议过，想让山本回到大陆上来养一养。他像是同意了，可是，不知为何直到现在也没有动静。”
大概是在此一周以后，古贺接到了山本和他早期在“宗谷”号上的同学们的联名来信。万万没有想到没多久，古贺又突然得知山本遇难身亡的消息。
4月20日，海军省正式收到确认山本遇难身亡的电报。对这一不幸的消息海军省严格保密，只有包括古贺峰一和堀悌吉在内的少数人知道。当时，连山本的家属也没通知。
据说，这天，山本重治正在省内自己的办公室里办公。突然，堀弟吉心情沉痛来到他的房间。一进房门，他用右手按下左手的两个指头打着手势，只说了一句话：
“这个”
山本一惊：
“是山本先生发生了意外？”
堀微闭双眼，往后仰了仰，没再说什么，就走出了办公室。
山本曾嘱托过：“必要的时候，请把我的东西交给堀悌吉。”
约一个月后，泽本次官将山本存放在次官室保险柜中的口袋，转交给了堀悌吉。
口袋中，除有16张崭新的面值为100日元的钞票（计1600日元）外，还有前面第七章中已提到的几样东西：山本任海军省次官时的《述志书》一份、1941年1月所写的关于夏威夷作战和联合舰队人事更换问题的备忘录一份、同年12月8日，即开战那天所写的带有遗书性质的《述志书》一份。12月8日的《述志书》中这样写道：
此次出征，乃奉圣上之诏，欲成就皇命，大功告成，必置生死于度外。如此大战，乃昔不曾有，任重道远，征程坎坷多艰。吾深知，不弃名利之念，不摆脱私欲之缠绕，欲完成克敌制胜之重任，难矣。
为遂皇愿，
保卫疆土，
失名舍利，
粉身碎骨，
在所不辞。
日本历来的传统思想是“武士珍视自己的名誉”山本不畏牺牲，更不怕有损于自己的名誉，毅然决定采取突袭珍珠港的果断行动，可以想象，他是很费了一番思索的，才最后下定了这样的决心，可见，他是做好了充分的思想准备的。
然而，也有一些人对山本上述《述志书》中的一些说法提出了种种非议。
对此，草鹿任一说：
“那是山本说给自己听的。作为一个高级指挥官，在他下定某种作战决心以前，往往会思之颇多：是这样好呢，还是那样好呢？这是理所当然的，无可非议。当然，作为当时来说，他下定那样的决心，也许是失败的，但对后世来说，也许又是对的。他这样想难道不是正常的吗，可以理解的吗！至于他考虑到自己的名誉的问题，那更是在情理之中。通常情况下，作为批判者来说，多半都是从事后的角度，以成败论英雄的。在这里，我不妨也反问一句：‘那样的话，如果是你，你能做得到吗？’”
还有人对山本《述志书》中最后的几句诗提出异议说，惜”一词中的“”在这种情况下接的是“末然形”，按照日语的文法来解释，意思是让“所有人都不要顾及自己的名誉，更不要珍惜自己的生命”这是在号召别人以炫耀自己。
从《述志书》的前部分内容来看，很明显，山本是在借诗言志，丝毫也没有去号召别人，更没有炫耀自己的意思。他的本意，恐怕是要用“惜”而误用了“惜”，结果便不准确了。
除上述重要遗物之外，在特鲁克“武藏”舰长官室的抽屉中，还发现有近似遗书的一篇文字。内容是这样的。
征战以来，有数万忠勇将士奋战沙场，抛头颅，洒热血，已成护国之神。悲哉！吾以何颜去晋见圣上？又何言以告慰牺牲之战友和将士们的父老兄弟？虽身非铁石，但欲表忠心之坚，可铤而走险，奋不顾身，冲入敌阵，以示日本男儿之满腔热血。吾虽不能如同血气方刚之青年那样与敌决一死战，或肝脑涂地，曝尸荒野，或血染战舰，葬身大海，但随将士英灵而去之日，亦不远矣。
山本五十六
1942年9月末述怀
参谋们看到这篇《述怀》之后，一定深受感动，能够理解山本当时的那种沉重心情。该文通篇流露着山本平时打麻将下将棋时常哼的《壮士曲》的那种味道，悲壮而有力。但从行文来看，他毕竟不是个写诗的行家，距一个真正的诗人还有相当距离。论诗人，恐怕首推还属宇垣缠，他的很多诗文被收录在《战藻录》中。
在长官室里，还发现有堀悌吉写给山本的一封尚未开封的信。后来，打开一看，内容是这样的：
五十六君：
我今天早晨，正准备去浦贺的时候，突然得知渡边君很快就要启程回你那里去。由于时间紧迫，所以我就在往返的列车上用铅笔草草地写了这封信。
因为今年春寒或是降雨太少的原因，樱花尚未开放，蕾还很小。上次分别至今，再有十天近一年了。在战争阴影的笼罩下，不论怎么说，给人的感觉也是凄凉的。你行走不便，很可能是因为脚气的原因，但愿你能尽快恢复健康……
你的家里很平安。房屋的扩建已基本完成，破旧之处正准备修缮。义正也搬到四灶家去住了。他的身体很好，学习也非常用功。他说，由于自己的努力，收获很大，现在一个月的收获能赶上从前的一年。我家的正，好像对义正的上进也很佩服……古贺君好像很苦闷，平时寡言少语，少有欢笑。可是，一见到我，他就眉开眼笑，话也多了。跟别人不能说的，却都跟我说。看得出，他说出这些压抑在内心的话后，好像就痛快多了。我退役后，并不太了解国内的情势。但从表面上看，议会那边，很平静，依然像往常一样，维持着日常工作。政界，似乎也处在暂时稳定的状态，至于内情如何，我并不知道，我也不想知道……
东京大空袭，已快一年了。现在正声势浩大地进行着防空训练，但是，却很少有人能真正认识到时局的紧迫。对时局发展的前景，我曾作过多种设想，但看不出希望的曙光在哪里……
每当那些自吹自擂在街上大搞虚假宣传的人从街头上一消失，整个城市就会立刻陷于一片萧条凄凉的气氛之中。与其自欺欺人，还不如让国民看到时局的本来面目。欺骗民众，终属徒劳。以我看，国民的情绪必然会沿着乐观、焦虑、悲观、自弃……这一方向发展下去。瞻念未来，令人不寒而栗。
取消把东京湾作为舰队停泊港的决定，已快一年了。谅你会越来越忙，万望多多保重。
列车已过品川，就要到新桥了，时间关系，到此搁笔。
悌
3月27日
“古贺君”即古贺峰一。“自吹自擂的人”大半指的是大本营报道部的人。“取消把东京湾作为舰队停泊港的决定”说的是前一年的事情：在前一年的6月曾经决定，倘中途岛作战顺利的话，舰队回来后，就泊入东京湾的横须贺港。那时，堀悌吉和山本就可以在横须贺喜中相会了。可是，未能如愿以偿，因此取消了泊入横须贺的计划。信中提到的“上次分别至今，再有十天左右，就快到了又一个樱花开放的季节”一句，实际上并没有寓含着别的什么意思，只是借物抒情。但这封信给人的一个总的印象好像是，堀，已经预感到了山本的死。
从写这封信的日期和信中提到的“渡边君很快就要启程回你那里去”等内容来判断，该信是，4月1日作战参谋渡边回特鲁克“武藏”舰时，连同千代子的信一起带给山本的。
山本不是那种只顾及情人的来信而对至亲好友的信不屑一顾的人，但此信又确实没有开封，究竟是什么原因呢？笔者也颇为不解。
后来，这封信作为山本的遗物，被退给了堀悌吉。
5月17日上午10时，“武藏”舰载着山本和其他遇难人员的骨灰及遗物等离开了特鲁克岛春岛泊地。5月21日，到达东京湾，停泊在木更津港港外海面上。
勤务兵长近江，后来在回忆他长时间的海军生涯时说，我随舰在海上航行了多年，但给我留下的印象最深，心情也最沉痛的是，护送山本骨灰在海上航行的那四天。
该舰的中尉甲板军官，田结穰的儿子田结保，这次也在“武藏”舰上。后来，他被调到“筑摩”号重巡洋舰上任分队长，在莱特海战中不幸战死。山本的骨灰被送往东京时，田结保随“武藏”回到了自己的家—东京。据说，他这时曾跟家里人说过：“山本先生的骨灰盒旁还祭祀有一个将棋棋盘。”
“武藏”舰离开特鲁克前往东京时，舰上的绝大部分人员还并不知道山本的死。有关山本遇难的消息依然还是保密的。吉村昭在其所写的《战舰武藏》一书中说，“武藏”舰离开特鲁克时，虽然舰上大部分官兵并不知道战舰为何驶往东京，但有相当一部分人开始产生了怀疑。舰上长官室附近的通道被禁止通往有人无意中还看到了宇垣参谋长身上缠着绷带；也有人看到了白色的骨灰盒，还有一些人在长官室周围嗅到了烧香的味儿。
在这种情况下，经请示古贺得到允许之后有马馨舰长，命副舰长加藤宪吉大佐召集全舰官兵公布了山本等遇难身亡一事。
山本的骨灰盒被放置在长官室隔壁作战会议室内临时设置的祭坛上，这很可能是在古贺新任长官上任时，才特意把它从长官室移到这里来的。
直到5月18日，海军省才正式把山本遇难身亡之消息通知给山本的家属。在此前一天，堀悌吉作为死者亲友的代表被海军大臣岛田繁太郎召进海军省。岛田嘱咐堀说：
“明天你去把事情告诉给山本的家属，一定不能让他们感到太突然，以免因刺激过度而发生意外。”
听了，堀问道：
“我想还应该告诉给神谷町一声，可以吗？”
“我看可以。”岛田回答说。
5月19日，堀来到三十间堀的中村家。他本想直接去见梅龙千代子，可转念一想，还是应该先铺垫一下为好。于是，他到三十间堀先见了敏子。从他那憔悴的脸上，敏子立刻意识到，堀的前来定有大事。于是，她紧张不安、疑惑地连续问道：
“堀先生，发生什么事了吗？莫非是山本先生……”
“到底是怎么回事，是山本先生病倒了，还是阵亡了？”
“他阵亡了，不过，在我没有同千代子说以前，你千万不能告诉她。”堀回答说。
这天，千代子正巧外出了。他到两国去观看历时八天的夏季相扑大赛了，住在神谷町的家里没回来。她回到三十间堀后，侍女告诉她说：“听说，堀悌吉先生来电话说，明天上午9点钟他要来看你。”听了，千代子想：“会是什么事呢？”第二天，堀悌吉果然来到了。他脸色铁青，毫无表情地说：
“现在有件事要告诉你，请你千万要冷静一点。”堀首先缓和一下气氛说，“山本战死了！”
这句话如同晴天霹雳，千代子当即昏迷了过去，过了好一会儿，她才苏醒过来。
大本营是在第二天的5月21日，向国民公布山本遇难身亡的消息，也就是“武藏”舰抵达东京湾的当天下午。全文如下：
联合舰队司令长官海军大将山本五十六，本年4月于前线，在同敌人作战的飞机上指挥全面作战中，不幸壮烈牺牲。遵圣上亲命，接替他职务的是海军大将古贺峰一，已前往联合舰队就任。
同日，情报局发布的公告称：追授山本大勋位、功一级、正三位、元帅称号，按国葬规格进行安葬。海军方面还请求加赐山本以“男爵”称号，但未批准。
5月23日，停泊在木更津海面的“武藏”舰上的全体人员行动，从一大早就开始了大清扫，然后，在舰上举行了告别仪式。上午11时30分，山本的骨灰盒被移至特意前来接运的驱逐舰“夕云”号上，由“秋云”号驱逐舰随从护航送往横须贺。临行时，联合舰队旗舰“武藏”上的全体官兵列队甲板，举行了隆重的送别仪式。
捧着骨灰盒渡边安次。
山本的嗣子义正和堀悌吉等人在横须贺港逸见码头上恭候山本遗骨的到来。“夕云”舰到达后，他们接过骨灰盒，来到横须贺火车站，登上了开往东京的专列。在列车上，代理副官交给堀悌吉一个纸包。堀打开一看，原来是山本的一绺遗发和4月3日写的一首亲笔诗：
立下忠君保国志，
疆场粉身心亦甘。
列车向东京飞快地驶去。沿途上，有很多人闻讯赶来恭候在铁路线的两旁。每经人多之处，义正总要打开窗帘，举起怀中的骨灰盒，向恭候在那里的人们致意。列车一进入隧道，堀悌吉就急不可待地说：“喂，快！给我捧一会儿”一边接过义正手中的骨灰盒，端端正正地抱在自己的怀中。
下午2时43分，列车抵达东京车站。有二百多人前来车站迎候。其中，有奉皇命赶来的诚英一郎侍从武官、各宫室的代表，有山本的遗孀礼子等家属，还有政府和军界的要人。列车停在站内第4站台第4道线路上。东条、岛田、永野等军政界要人列队恭候在月台上。近卫文也特意赶来迎候。山本的次女正子站在家属行列中，见到从车上捧下来的父亲的骨灰盒，便忍不住地用手帕掩面而泣。骨灰盒被暂时安放在站内的贵宾接待室里，待到前来的人们一一参拜完后，便送上了在站外等候的汽车。车队以海军省首席副官柳泽大佐所乘坐的汽车为先导，整齐地离开了车站，经皇宫的樱田门，过海军省，很快到达芝区的水交社。骨灰盒被安放在山本所熟知的水交社侧馆中预先设置好的祭坛上。
佐世保“东乡”酒馆的女老板鹤岛正子，这年体弱多病，三四月份以来，一直卧病在床。即使在病中，她也一直在牵挂着山本。她思忖着：现在人的平均寿命才只有60年。假如人的寿命像树木一样可以嫁接的话，那该多好啊。我体弱多病，可以把我今后的20年的寿命让给山本，让他能活到80岁，我宁愿自己早些死去。
进了5月份，她的病情逐渐明显好转，体力也日渐恢复。她想：已有很长时间没给山本写信了，应该给他写封信。于是，在21日这天，他拿起笔来，给山本写了封信。他刚把信邮走，回来后，竟意外地听到了大本营从广播中发表的山本战死的消息。她痛苦不堪。当即决定前去东京。
23日的晚上，她果然来到了东京。她首先到了天沼的片山登的家里，拜访了片山登。
片山登是退役的海军少将，山本的同学，老朋友。山本总爱和他开玩笑。他也是个很有风趣的人。他的家里挂有山本站在旗舰的甲板上，胸前挂着双筒望远镜的大幅照片。
这天晚上，片山来到山本的照片前，亲切地说：
“喂，佐世保来人了。”
正子把一盒特意带来的糕点在山本的遗像前祭奠。这样的糕点是很难买的，她是求人弄到的。
片山见正子将祭礼放在山本的遗像前，便风趣地安慰正子说：
“看，山本向你笑了。”
正子比千代子和礼子都早结识山本，她是山本最早的情人。情人毕竟是情人，在特别严肃的场合出现，确实名不正言不顺。因此，不论是在水交社还是到山本的家她前去吊唁时—青山，都必须避人眼目。
水交社的祭坛上，放着很多祭品，其中有一条很高级的香烟，这是宫内大臣松平恒雄的祭礼。山本出使伦敦时，松平为驻英大使，他们之间交情很好。
日华事变初期，松平就曾想把这条烟送给山本抽，可山本却发誓说：
“日华事变一天不圆满解决，我就一天不吸烟了，待日华和解后，我才能开戒，请你代为保存。”
几年之后，松平又问山本说：
“烟快发霉了，还不开戒呀？”
“快了，请先保存着吧，我一定会抽的。”山本回答说。
就这样，这条烟一直保存到这时，也未开封。松平没有想到，山本还未来得及开戒，就结束了一生。
佐世保“宝家”的姑娘春子，即后来和松野重雄结婚的杵屋和千代，这时住在距山本的家青山南町不远的地方。从山本的骨灰被送到水交社的那天起，礼子夫人就一直在那里守灵。春子和姐姐富子—濑尾，一起暂住在山本的家里，为礼子帮忙。
一天，堀悌吉因有事来到山本的家，正赶上陆军参谋总长派人为山本送来供品。春子正要把这些供品送到祭坛上去，堀见了忙阻拦说：
“不要把那些东西放到山本面前去，他是不喜欢的，千万不要放到那里去。”
鹤岛正子本想前往青山南町去吊唁山本，但又自觉诸多不便，正苦于找不到方便机会，她偶然得知，春子、富子住在山本的家里。在艺妓界，正子与春子、富子以姐妹相称。正子心里暗自高兴：终于有了前去的理由。没想到，当她来到青山时，却意外地碰到了一个像是来自山本故乡长冈的男人，见正子前来，那个人防备似的冷言向她问道：
“喂，喂，你是谁，和死者是什么关系？”
“不，不，我什么关系也没有，是因为姐姐在这里帮忙，稍停就走。”正子支支吾吾地勉强搪塞了几句，便悄悄地溜走了。
正子的手里保存着山本写给她的很多信。因此，堀悌吉曾同她商量说：请你把手里的那些信送到东京来。正子并没答应堀向她提出的请求。回到佐世保后，她不但没有把这些书信提供给东京的海军省，反而收拾在一个皮箱里，加上锁，藏了起来。可惜的是，二年后，这些信全部毁于美国B29飞机大轰炸的烈火中。
发表山本战死消息的15天以后，举行国葬。举行国葬前，放在水交社的山本的骨灰被分成了两份。
据说，打开骨灰盒一看，垫在底部的木瓜叶依然还是青翠的，也许是因为时值初夏的原因，骨灰给人一种暖暖的感觉。
山本的骨灰，一份被收放在多磨墓地，另一份送回了山本的老家—长冈。千代子梅龙也想要一份，但未蒙赐准，只是把山本的遗发、坐垫、枕头、钱包和千代子用平时做和服剩下来的零散布条为山本精心制作的刺绣品，作为遗物送还给了她。
5月24日为普通人士吊唁的日子。这天，千代子怀着极其沉痛的心情最先来到水交社吊唁了山本。那些平时与山本素昧平生的男人们，也接踵来到水交社表示哀悼，为山本的不幸而潸然泪下。
这天晚上，渡边安次中佐来到神谷町吊慰了千代子。他无比歉疚低着头对千代子说：
“我一个人活着回来了，实在有愧，无颜来见你，说句心里话，我觉得，你的门槛好像有几十丈高我很难迈进去。”
据说，千代子反而说了些“让你多操心了”之类的表示谢意的话。
千代子手里珍藏着天皇赐给山本的一个钟表。据说，堀悌吉指着那挂钟表说：
“别的都还可以，唯有这个得归我”说着，把钟表拿走了。
山本给千代子的许多书信，海军省也主张要走。6月1日这天，堀悌吉来到千代子的家里，对她说：海军省再三嘱咐，书信归海军省保在。就这样，堀带走了山本给千代子的全部书信。其中包括4月2日山本在特鲁克的“武藏”舰上写给千代子的最后的一封信。
这些书信被拿走后，好像在海军省的保险柜里保存了一段时间，后来又退还给了千代子，不出意外的话现在自然还保存在她的手里。
与新桥有关的那些人，在举行国葬之前，主要有古川敏子、佐野直吉和“山口”的女老板白井国等，在神谷町又单独为山本举行了告别仪式。在告别仪式之前，还按照日本旧有的祭祀死者的传统方法为山本招魂。他们像真的发现了山本的魂灵回来了一样，激动地喊道：
“来了，来了，山本在这里。”
山本生前最喜欢硬得能划破手的那样的崭新的钞票。堀悌吉把山本遗物中的那些每张面值为100日元的崭新的钞票，分别包成16个纸包，每包里一张，并在包面写上“山本代理：堀”这样五个字。然后，分别送给山本生前很要好的那些女人们说：
“把这个留给你，它既是个纪念，又是山本留给你的堵嘴钱，望言到嘴边要三思。”
据说，后来东条首相曾派一位中佐军官，几次到千代子的家里，委婉地暗示让她自杀。为此，在较长的一段时间里，千代子心事重重，神志恍惚。一到晚上，就望着那可以挂绳自缢的门楣，惊惶不安。后来，她还向乘火车陪她到吴港去的那位叫大井静一的医生要过安眠药，但最后，她并没有死成。
据大井医生说，千代子确曾试探着向他要过安眠药，但从没有听说有人逼迫她自杀的事。当时，大井医生看出了她的用意，便劝她说：
“我行医是为了为人治病。拿药另有别用，我是绝对不能给的。看来，你有心事，心病还要心药医，望你要自我宽心为好。”
国葬前的十几天间，山本的遗孀礼子和几个孩子以及他的亲朋故友们，一直轮流在水交社的灵前守灵。
山本的四个孩子，除这次守灵之外，从来没有机会像现在这样能长时间地陪伴在父亲的身旁。这时，山本的长子义正已是成溪高等学校理科二年级的学生，长女澄子在山胁女高就读，次女正子在女子科专就读，最小的儿子是青南国民小学五年级的学生。
据说，义正曾恳切地同父亲的部下及部下的夫人们说过：
“我们对有关父亲的事情知之不多，希望你们能多讲些给我们听。”
山本的死，使海军的官兵们和普通国民沉浸在极度的悲痛之中。他们不能不为战争的前途而感到忧虑和不安。
山本的死，还使国内的文人学士们震动了。他们痛定思痛，长歌当哭，挥笔写下了大量激情四溢的悼念性诗歌。
土屋文明、川田顺、佐佐木信纲和会津八一等以写和歌而著称的作家们，写下了大量悲壮的和歌；高村光太郎、佐藤春夫、和西条八十等有名的诗人也怀着悲痛的心情赋诗悼念山本。我认为，在这大量的诗歌中，感人至深的当属早在长冈中学时山本的同窗学友，现为宫中御歌所职员的外山且正所写的几句诗文：
虽言皆颂提督好，
我看还有非议人。
歌罢老友仰天叹，
百感交集泪满襟。
米内光政得知海军省“山本已战死在战场上”的通知时，正在和政友会成员绫部健太郎谈话。据说，米内得知这一消息后，立即流下了眼泪，他顾不得去擦，痛苦地闭着双眼对绫部说：
“山本也许愿意这样死去，他或许感到满足了。然而，不论是日本还是海军，却失去了一个不该失去的栋梁。”
山本任次官时的副官们以及很多海军方面的人士都一致认为：山本的死，无疑意味着日本的衰败。高木？吉这时在午鹤镇守府任参谋长，特意从午鹤赶来京都。会见京都帝国大学的学者们，他乘车行至市内时，意外得知了山本战死的消息，这使他大为震惊。瞬间，他联想到：“这样一来，战争就无法再打下去了；在目前的海军中，能够胜任接替山本先生任联合舰队司令长官职务的人，只有山口（多闻）和小泽（治三郎）先生。然而，山口先生已在前一年的中途岛作战中阵亡，就海军的论资排辈的迂腐传统来说，又不可能任用小泽先生。完了，一切都完了！”
高木的这些念头，虽然只是在一闪间出现的，但却给他留下了深刻的印象。至今，对这件事情，他还记忆犹新。
山本遇难前不久，田结穰到中国任日本驻中国舰队参谋长，驻在上海。
继古贺峰一之后，久病初愈的吉田善吾，也来到上海，任驻中国舰队的司令长官。
一天，吉田疑惑地对田结说：
“喂，参谋长，近来我总觉得山本好像有要死的打算，在他近期来信的字里行间，好像隐约地暗示了他的这一想法。”
也许吉田的猜疑是有道理的。此后没多久，果然传来了山本遇难身亡的噩耗。
松永敬介非常了解山本。他更清楚山本对尚未发生的事情有敏锐的预感，因此，当他得知山本遇难身亡的消息时，当即很自信地推断说：
“即使他不是有意自杀，但至少他也预料到这次行动可能会遇到的危险。很明显，他是故意为自己安排了死期。”
近藤泰一郎也曾断定说：
“他已经有了死的想法，至少，他也是怀着‘一死了之’的心情登上飞机的。用陆军的话来说就是，他故意走进了敌人的枪林弹雨中。”
山本遇难时，藤田元成为航空队司令官，驻守在千叶县的馆山。山本的死，对他来说，实际上是双重打击：一方面失去了自己心目中最崇敬的人；另一方面丧失了自己最可信赖的上司—联合舰队最称职的司令长官。这突如其来的打击，使他不寒而栗，尽管他没跟任何人说过，但他从这时起开始意识到：日本已经完了。
绰号为“地瓜先生”的深泽素彦，专门负责海外占领地宣传工作。大本营广播山本战死的消息时，他正在举行夏季相扑比赛的两国采访比赛实况。听到这一不幸的消息，他感到既震惊又悲伤。
为山本举行国葬的那天，太平洋石油公司的松元坚太郎，通宵未眠，整整哭了一夜。
对美国来说，击落山本座机的价值，不仅仅在于使对方失去了一个高级指挥官，而更重要的是，巨大打击了日本国民，特别是日本海军全体官兵的心理。
在当时的日本金融界中，曾有人暗自希望山本能尽早结束战争和战后收拾残局。山本的死，使他们的希望成了泡影。据说，山本国葬后，不久，松本赞吉到东洋经济新报报社去访问石桥湛山时，石桥曾深表遗憾地说过：
“失去山本这样一个人，实在太可惜了。我虽然未曾见过他，但是我总觉得他是收拾战后残局的最合适的人选。他立过威震全国的赫赫战功。如果他出面收拾千疮百孔的战后日本的残局的话，即使有些国民对某种实施的政策等强烈反对，但是，只要向他们解释‘这是山本五十六大将的主张’，我想他们也一定会接受的，即使他们一时还理解不了，也会采取忍耐的态度。再者，战前，他是主和的，不主张同美英交战的人，这更有利于日本获得舆论界的支持。”
1943年的6月5日—和9年前东乡平八郎大将的国葬仪式是同一天举行了山本的国葬仪式，—国葬仪式在东京日比谷公园的殡仪场举行。
米内光政担任国葬仪式委员长，盐泽幸一为司祭长。司祭长和丧主义正穿的是带有帽子的神道仪式服装。山本的遗孀礼子穿的是贵夫人着用的和式丧服。
上午8时50分，“武藏”舰上的水兵捧着安放在水交社祭坛上的山本的灵柩，送上了等候在水交社门前的黑色炮车。灵柩上覆盖着白布。
内藤清五所指挥的海军军乐队奏着肖邦的“送葬”曲走在灵车队的前头。灵车缓缓地走下水交社门前的坡道向右拐，经神谷町千代子的家门口，过虎门，向内幸町的方向驶去。山本的亲属、生前友好及对山本有着深厚感情的人们，在沿途的两侧早已恭候。千代子也在他们中间。新闻界的记者们，见千代子在路旁出现，竞相争抢镜头，在路旁的人们为之一阵骚动。
灵车队在海军大臣官邸前转弯，直向日比谷公园驶去，9时50分，到达殡仪场。
渡边安次在车队中捧着山本元帅的指挥刀。三和义勇捧着大勋位勋章。
三和义勇是因在拉包尔患了登革热才来东京的，这时正在东京住院。他骨瘦如柴，脸色蜡黄，身体极度虚弱。本来是不让他参加国葬仪式的，可他执意不从。他强烈要求说：“无论如何，我也要参加。”他随车队来到殡仪场，把勋章放在祭坛上，正要往后退去时扑通一声晕倒在地上。
在殡仪场上临时搭起的简易棚中举行了国葬仪式。该棚由无色木料构制而成，上面和周围围以黑白相间的帷幕，虽然朴素简单，但却不失庄严肃穆的气氛。里面祭奠的意大利首相墨索里尼所送的玫瑰花束，使仪式显得更加隆重。
参加国葬仪式的全体官兵的总指挥是陆军大将土肥原贤二。前来参加仪式的有1500余人，其中包括有以总理大臣东条英机为首的那些“山本未必喜欢”的人。
国葬仪式正式开始后，首先到灵前吊唁的是天皇、皇后和皇太后所派命臣—德大寺侍从、小出事务官、两邑事务官等，接着是各皇族或他们所派来的代表。当脚穿草鞋，戴着眼镜，手持玉串的22岁的义正缓步来到灵前时，军乐队奏起海军仪礼曲《舍生》的前八段乐曲，同时鸣枪三响，以示哀悼。
下午，有几万名普通市民前来谒见、吊唁。吊唁结束后，山本的骨灰盒被用车送往小金井的多磨墓地，安葬在东乡平八郎墓的旁边。
山本的姐姐高桥嘉寿子，这时已经78岁了，腰背已驼了。她在亲友的陪同下，于举行国葬仪式前四天来到了东京。临来时，他特意带了两个大包袱。其中大多为山本所最喜欢吃的东西。如各种甜食、手工包的粽子和长冈地方所特有的风味—水包子等，还有少量的衣物。国葬结束后一周左右，她带着弟媳礼子和两个外甥返回了老家长冈。到这时，她的紧绷得神经才稍微有些放松，情绪也有所缓和。她抱着弟弟的骨灰盒，嘴里不时地自言自语道：
“小五十，我们回家了。这回，姐姐再也不离开你了，始终守护在你的身旁。”
送回长冈的山本的骨灰，被安葬在名为长兴寺的禅寺内。墓碑上，赫然醒目的刻有桥本禅严特意为山本题写的两行大字：
大义院殿诚忠长陵大居士
昭和十八癸未年四月战死于南太平洋
其中，“大义院殿诚忠长陵大居士”为桥本禅严为山本取的戒名。
山本的墓在3.6米见方的围墙围括，和其养祖父山本带刀的墓在一起，这里是山本家族的坟茔地。带刀的墓建在明治初期的戊辰之战以后。因那时，朝廷把长冈藩视为叛军之地，所以，带刀的墓修建得很简陋。山本丘墓的规模当然不能超过其养祖父。在米内等人的提议下，山本的墓碑比其养祖父的矮一寸，窄半寸，所用资金仅为当时的70日元，同当时日本战死的海陆军高级将领的墓碑相比较，山本的所费最少，修建得也最简单。
6月3日的早晨为山本举行完国葬仪式后，原法相小原直、新 县知事土居章平、等人，在东京丸内的日本俱乐部里，曾商量要搞哪些表彰山本元帅的纪念活动的问题，其中的一项就是，要“在长冈市修建山本神社”国葬仪式后不久，他们请示了中央的有关部门和要人。
这一动议在当时来说并不算过分，是完全可以理解的。因为在这之前，已经修建了乃木、东乡等神社。但是，米内光政和堀悌吉两个人对此坚决反对。
可以说，米内光政和堀悌吉是最了解山本的了。他们的思想观点和山本是相通的。他们知道，山本生前最欣赏井上成美的一句话：“作为一个军人，不论他的战功多么卓著，也毫无道理把他崇拜为神。”
米内对于这一问题毫不让步。他说：“山本是最讨厌这一类事情的，如果把他供奉为神，最受折磨的还是山本本人。”
由于米内光政和堀悌吉的坚决反对，这件事最后只有作罢。
在山本的出生地—长冈正藏院原预定修建神社，后来修建了现在供孩子们玩耍和市民们休息的小型纪念公园。