病象显示，苏轼患的是痢疾，用这个“不药为中医”的办法来对付细菌性的传染病——阿米巴痢疾，将归失散，几乎是必然的命运。何况这一年来，全在长途跋涉中生活，历尽严寒酷暑、雨露风霜的摧残，体力本已十分亏损，真州再度中暑，就一发不可收拾了。
齿间出血之日，忽又气逆上冲，日夜只好倚坐床头，不能平卧。陆元光将自用的一块懒版送来供苏轼卧用。懒版即古之“交床”，纵横三尺，垫在背后，苏轼觉得舒服多了。
后来他就是靠在这块懒版上过世的。26
钱世雄眼看这病几已无药可治，濒临绝望的情急中，弄来一服“神药”劝他服用。苏轼说：“神药理贯幽明，未可轻议。”但却不吃。
陈辅之来候病，儿子们不敢通报。苏轼听到了，叫他们赶快追上去请他回来，相与道故。
苏轼自知不起，十八日把三个儿子都叫到病榻边来，对他们说道：“吾生无恶，死必不坠（地狱）。”又曰：“至时，慎毋哭泣，让我坦然化去。”这和苏格拉底临命前所说“我要安静地离开人世，请忍耐、镇静”，完全是同样的口吻。
至二十一日，自觉稍有生气，命迨、过二子来扶他起床，试行数步。
二十三日，睡醒过来，看到径山寺长老维琳的名刺，知他冒暑远来探病，惊叹久之，备书邀他晚上来对榻卧谈：
某卧病五十日，日以增剧，已颓然待尽矣。两日始微有生意，亦未可必也。适睡觉，忽见刺字，惊叹久之。暑毒如此，岂耆年者出山旅次时耶！不审比来眠食何似？某扶行不过数步，亦不能久坐，老师能相对卧谈少顷否？晚凉更一访。惫甚。二十五日疾革，又手书与维琳道别：
某岭海万里不死，而归宿田里，遂有不起之忧，岂非命也！夫然，死生亦细故尔，无足道者。惟为佛为法为众生自重。苏轼作此书时，虽已自知不起，但他心里非常平静，觉得一个人，怎么样个死法都无所谓，重要者是活着的时候，究竟是怎么个活法，此即庄子所说的“善吾生，所以善吾死也”。苏轼一生，仰不愧于天，俯不怍于地，且已竭尽一切，善事其生，所以今日，他能坦然写道：“死生亦细故尔！”
维琳是苏轼帅杭州时，聘来主持径山寺的长老，至今已历十年。苏轼再贬海南的消息传到东南时，很多浙僧每日为他祈祷佛祖保佑，无恙早愈，维琳是其中之一。
二十六日，维琳来对苏轼说偈曰：
扁舟驾兰陵，目换旧风物。君家有天人，雌雄维摩诘。我口答文殊，千里来问疾。若以偈相答，露柱皆笑出。27苏轼神志清明，口答一偈：
与君皆丙子，各已三万日28。一日一千偈，电往那能诘？大患缘有身，无身则无疾。平生笑罗什，神咒真浪出。维琳不懂“神咒”的典故，苏轼说话似已不甚利落，故索笔书曰：“昔鸠摩罗什病急，出西域神咒三番，令弟子诵以免难，不及事而终，后二日属纩。”这三十一字，是苏轼一生中的绝笔。29
二十七日，病况更加恶化，上体热燥，下身寒冷，时有气息不支的现象。30
二十八日，临危，听觉先失，然而神明丝毫不乱。维琳在他耳边大声道：
“端明勿忘西方。”
“西方不是没有，但个里着力不得。”苏轼回答。钱世雄在旁，也凑近耳畔大声道：
“至此更须着力。”
苏轼答曰：“着力即差。”31
世雄还要再问：“端明平生学佛，此日如何？”
轼曰：“此语亦不受。”32
迈趋前问后事，不答。
苏轼遂此湛然而逝。时为建中靖国元年（1101）七月二十八日。
三子——迈、迨、过；六孙——大房的箪（楚老）、符（仲虎），二房的箕、筌、筹（其中一个乳名叫普儿，一个叫淮德），三房当时还只有一子，曰籥，都在寝前送终，承衾痛哭，遵礼盛敛。
明年，改元崇宁，闰六月二十日葬于汝州郏城县钓台乡上瑞里嵩阳之峨眉山，即今河南省之郏县。
苏家祖茔，原在眉县老泉山。关山阻隔，路途遥远，势已不能归葬。苏辙买田临汝，子孙安居许昌，几已不作他迁之想。所以生前兄弟计议已定，在郏城县自有地上辟设一个流寓在外的苏氏族墓，墓地有山，名曰峨眉，亦是巧合。所以苏辙迎柩文说：“地虽郏鄏，山曰峨嵋，天实命之，岂人也哉！”