7月上旬，以军开始持续对贝鲁特西区进行狂轰滥炸，贝鲁特西区和南郊的居民区、医院、机场、巴勒斯坦难民营等都在劫难逃，许多地方都被夷为平地。8月初，以军对贝鲁特进行了长达13个小时的陆、海、空立体轰炸，这是以军入侵黎巴嫩之后对贝市进行的最大规模的轰炸，以军连续发射了近2万发炮弹，被鲜血浸染的断壁残垣中到处可见模糊的血肉。7月和8月以色列军队还多次对贝鲁特西区断水、断电，并禁止向西区运送食品、药品和燃料等物资。以军不断缩小包围圈，巴解被围困在只有几平方公里的地带内。
巴解组织领导的武装力量进行了英勇斗争和顽强抵抗，这种民族精神赢得了各国人民的同情和支持，纷纷谴责以色列侵黎暴行。一些国家和国际组织也积极进行调解和斡旋。6月8日美国曾否决了安理会要求以色列停火、撤军的决议，但为了美国在中东的利益，美国仍派出特使哈比卜进行协商，使事态朝着有利于美国的方向发展。从6月到8月，哈比卜主要就巴解组织撤出贝鲁特之后在黎巴嫩的存在形式，能否继续其政治存在和象征性的军事存在，巴解组织撤离的时间、地点，能否携带武器，以及多国部队进驻的时间和方式等具体问题同有关方面进行了反复协调。最终在8月中旬有关各方都同意了哈比卜在8月10日提出的方案。该方案规定，从8月21日起，巴解武装力量和叙利亚军队将在两周内全部撤出贝鲁特西区，撤军将分成几批，其路线包括陆路和海路；由美国、法国和意大利组成多国部队，监护撤军行动并负责撤离军队的安全。
以色列入侵黎巴嫩之后，巴勒斯坦武装力量在力量对比极为悬殊的情况下仍进行了长达11周的英勇反击。巴解遭受了重大的损失，据报道伤亡约达4000人。为了保存力量，同时也使贝鲁特不再生灵涂炭，巴解组织决定撤离贝鲁特。8月17日，巴勒斯坦之声播发了一封致黎巴嫩人民的告别信，正式宣布了巴解做出的这一决定，并感谢多年来黎巴嫩人民对巴勒斯坦人民的支持。在大批人员撤离之前，8月25日阿拉法特和巴解领导人仍最后巡视了贝鲁特西区和巴解武装力量驻守的阵地。阿拉法特在视察贝鲁特西区时受到市民的欢迎，他们高呼口号，表明黎巴嫩人民对巴勒斯坦解放事业的支持。阿拉法特说：“尽管野蛮的以色列军队使用的是非常先进的美国武器，但我们仍将继续战斗。我们撤出贝鲁特的原因只有一个：因为我们爱贝鲁特的儿童。我是一个人，不是恐怖分子，也不是像沙龙那样残酷无情的战争狂人。”
从1982年8月21日开始，巴解组织所属的各派武装人员陆续撤出了贝鲁特，分散转移到其他阿拉伯国家。据统计，共有1万多在巴勒斯坦战士撤出了贝鲁特。
1982年9月上旬，参加多国部队的美国、法国和意大利部队在执行保证巴解武装人员安全撤离贝鲁特的监护任务之后，陆续撤离了黎巴嫩。9月14日，黎巴嫩当选总统贝希尔·杰马耶勒在长枪党总部被炸身亡。次日，以军便以“避免局势恶性发展，维护治安”为借口，再次向贝鲁特西区进军。以军兵分三路向西区推进，控制了主要战略通道和重要街区，并包围了贝鲁特南郊的巴勒斯坦难民营。此次以军主要有两个目标：一个是巴解组织研究中心，虽然那里没有巴解武装力量、没有枪炮，但是那里有一些更为重要的资料——有关巴勒斯坦的历史文献、巴勒斯坦人口的原始记录、土地契约、地图、巴勒斯坦社会档案等。这个研究中心如同一座宝库，装载着巴勒斯坦的历史遗产，也装载着巴勒斯坦人民返回故土、建设家园的信心和期望。另一个目标是萨卜拉和夏蒂拉巴勒斯坦难民营，它们曾是巴解组织在黎巴嫩的最重要的基地。以国防部长沙龙声称，他已经掌握情报，巴解组织在这两个难民营中保存下了2000多名游击队员。
以军在入侵黎巴嫩以来的实战中已经吃够了苦头，深知难民营不是肥肉，而是一块难啃的骨头。所以9月16日，以军参谋部向驻贝鲁特的以军发布了6号命令，命令部队“不要进入萨卜拉和夏蒂拉难民营，搜查和清理难民营的工作由基督教长枪党民兵和黎巴嫩军队来执行”。实际上，这是一项预谋已久的计划，以军高级军官早就决定一旦完成对西贝鲁特的包围，就召集长枪党民兵进入难民营，借基督教民兵之手制造恐怖和流血事件，以达到使巴勒斯坦人不敢再留在黎巴嫩的最终目的。