总之，黄巢的结局是很悬疑的。
当然，故事还没完。
大胜后，朱温邀请李克用率部到汴梁休整。
这时候，朱温对李克用还没什么想法。但是，在夜宴中，风云突变。酒后的青年李克用，年轻气盛，对朱温十分不敬，后者怒火暴起，遂起杀心，想先下手，除掉自己未来的强大对手。
夜宴后，李克用回城外上源驿安歇，朱温则伏兵以火攻之。李克用大醉不醒，此时已处绝境，不料天降大雨，最终在大将李存孝保护下，竟侥幸逃脱而去，但几百名亲兵悉数被杀，由此两家成为世仇。再后来，一个建立后梁政权，一个建立后唐政权，几十年攻伐不断。
无论如何，黄巢之乱结束了，整个大乱前后经历了十年。十年间，唐帝国人口锐减近一千万。
黄巢之乱虽然结束了，但更纷乱的军阀混战开始了。
这时候，唐帝国的势力分布局面是：朱温以汴州为据点，李克用以太原为据点，李茂贞以凤翔为据点，王重荣以蒲州为据点，诸葛爽以河阳为据点，秦宗权以蔡州为据点，时溥以徐州为据点，高骈以扬州为据点，钱镠以杭州为据点……
军阀们各霸一方，互相攻伐而无宁日。
黄巢之乱平息后的第四年，也就是公元888年，一生不停出奔的唐僖宗死于长安。随后其弟二十二岁的李晔即位，是为昭宗。昭宗身材高大，被认为果断刚强。然而在历史上，唐昭宗和汉献帝一样，是个著名的傀儡。
一个傀儡如果是个软弱而没有想法的人，倒也罢了。昭宗恰恰是个有想法的人。他想重振大唐，有一番作为。但是，黄巢之乱后，军阀都已形成自己的力量，长安朝廷名存实亡，他已无任何资本和权力来实现自己的梦想了。他唯一能做的，就是平衡各大军阀间的关系，叫唐朝的灭亡延缓几年。
同他的几位前任一样，昭宗亦是宦官所立。拥立昭宗的宦官是接田令孜班的新的左神策军护军中尉杨复恭。
但昭宗不含糊，一即位，就谋划从宦官手中夺权。争斗中，杨复恭跑出长安，纠集自己的人马与朝廷作对。昭宗利用关中军阀李茂贞和王行瑜擒斩杨复恭。但接下来，李茂贞又成了新的威胁。他是离长安最近的军阀，驻凤翔。
于是，昭宗只好被迫从长安出逃，直奔太原，投靠李克用，但途中却被华州刺史韩建拦截并绑架。这一绑就是两年多。
朱温此时已混成了帝国境内最大的军阀。他攻占洛阳后，中原地区已经扫平。接下来，他要对付关中了。
昭宗终于被放回长安。一回长安，他就需要面对新的专权宦官左神策军护军中尉刘季述。此时的宰相，是来自清河世家的崔胤，他对宦官专权深恶痛绝，每每欲全部杀之而后快。
但这一次，仍是宦官提前下手。刘季述发动政变，在公元900年将昭宗废黜并幽禁，立太子为帝。
崔胤不甘示弱，争取到了开始打长安主意的朱温的支持，又策动了禁军将领，反手扑杀刘季述，帮助昭宗复位。朱温由是晋封梁王。
另一军阀李茂贞不乐意了，叫昭宗封自己为歧王。
宰相崔胤与朱温结成同盟，而右神策军护军中尉韩全诲则与李茂贞勾连。后者发兵三千屯驻长安。朱温亦向长安进军。韩全诲见势不妙，裹挟着昭宗出逃，来到凤翔李茂贞的驻地。
于是，发生了开始的那一幕。在凤翔，昭宗夜宴群臣，没什么吃的，只好在附近的池塘里捕了点鱼。李茂贞见之，讽刺道：“我蓄养这些小鱼，就是为了等待陛下的车驾。”
酒席间，李茂贞故意用巨大的酒杯劝酒。昭宗不想喝。李茂贞大怒，直接把酒杯扣到了皇帝的脸上。
这就是大唐皇帝的遭遇。
朱温已经追到凤翔，随即围城。此后一年多的时间里，凤翔粮绝，人肉每斤百钱，唐昭宗也差点被饿死。没办法，李茂贞只好杀韩全诲而与朱温讲和。朱温心满意足地带着昭宗回了长安。
于是，宰相崔胤恨宦官更甚，一手策划了诛杀全部宦官的计划。在朱温的支持下，崔胤将长安宫里的七百多名宦官圈于内侍省，并在那里把他们一夜间杀光。
从唐顺宗以来，皇帝的拥立权在宦官。从顺宗到宪宗，从敬宗到宣宗，中晚唐有四个皇帝死于宦官之手。而文宗大和九年血流成河的甘露之变更是令人扼腕。现在好了，终于把宦官杀光了，为唐朝的皇帝和宰相报了仇。但昭宗发现，自己也成了真正的孤家寡人。
公元904年初，昭宗在朱温的逼迫下，被迫迁都洛阳，秋八月被弑。随后，朱温立其子，是为哀帝。