鄂尔泰在收到何天培的传信后，当即叩头忏悔说：
尔泰惶恐无地，感激泣下，遵旨不敢具折，伏乞代奏，叩谢天恩。
鄂尔泰吓得连奏折都不敢给雍正写了，只得拜托何天培替他上奏。
鄂尔泰此时肯定是非常痛苦的，毕竟他父亲鄂拜一生都不曾结交权贵，鄂尔泰自己在前半生也从未结交权贵，他这辈子第一次对信仰产生动摇，却招来了最赏识他的雍正的训导与失望。而就在鄂尔泰惶恐不安的时候，雍正的旨意又一次到了。雍正三年(1725)十月，雍正下旨，擢升“鄂尔泰为云南巡抚，管总督事”（《清史稿·本纪九·世宗本纪》）。这一年，鄂尔泰46岁，名为云南巡抚，实为云贵总督，成了清朝顶级的9位封疆大吏之一。
鄂尔泰在收到圣旨的那一刻，他会想些什么？雍正的那句“着实勉力做好官”，想必鄂尔泰会记在心里一辈子吧。
接着，鄂尔泰从江苏启程到京城谢恩，雍正还留他在宫里住了5天，并且，在鄂尔泰前往云南的临别之际，又专门送了他一顶轿子，让他安心赴任。而随着46岁的鄂尔泰一路向南奔赴，他也将在云贵总督的任上完成自己一生中最伟大的事业——“改土归流”。
三、配享太庙的相国
鄂尔泰可能真就是个一生都不太擅长社交的人。小时候不苟言笑、不爱嬉戏，当侍卫就一个人闷头看书，被王爷胁迫就以死相抗，让雍正训斥了几句，愣是吓得连奏折都不敢回了。鄂尔泰好像始终都缺乏和人进行密切交流的能力。包括这次远赴云南，也许是在京城时，有些话鄂尔泰当着雍正的面说不出口，总之，在雍正三年年底，鄂尔泰刚到云南就给雍正写了一封奏折，倒也没什么大事，就只是报平安。可鄂尔泰却在这篇奏折里，第一次把雍正比作了慈父：
皇上天高地厚之恩，训诲俨若严师，矜怜宛如慈父。臣口不能述，心实难安，纵使竭尽驽骀，断不能少酬万一，若复甘自暴弃，稍易初心，……皇天后土亦必不容臣负背至此也。
字里行间无不透露着真挚，确实颇令人感动。而此后，鄂尔泰在云南，也真是为了能做出一番事业几乎要把命搭上了。
当时，中国西南地区最大的难题就是土司问题。因为，西南地区自古以来就是我国少数民族分布最广的地区，考虑到民族与文化差异，同时为了避免冲突，中国古代的中央政府表示，只要各地的少数民族首领愿意称臣纳贡，便可以始终以世袭的方式长期统治该民族所在的区域。而这些世袭的少数民族首领，作为世袭的土著首领，被称为土司，或者土官。
土司制度，往好听了说，这是中央政府利用地方土司实行间接统治；往难听了说，这可就是地方的半分裂半割据。而且这些土司在自己的辖区内可以说是称王称霸、胡作非为，他们在自己的统治范围内实行的都不能叫封建制度，那得叫奴隶制度。土司不但随意盘剥本族平民，甚至连杀人都要找死者的家属要钱，还美其名曰“玷刀银”，不给钱？那就一刀刀片，折磨死者。当时有记载，在土司治下的平民百姓，生存状态是：
无官民之礼而有万世奴仆之势，子女财帛，总非本人所自有。
老婆、孩子、房屋、土地，你什么都保不住。
甚至，在康熙朝，当土司区域内部的阶级矛盾超越民族矛盾时，有很多少数民族的百姓主动申请让中央政府派官取代当地土司。但康熙当时的答复是：
控制苗蛮，惟在绥以恩德，不宜生事骚扰。（《清圣祖实录》卷一二四，康熙二十五年二月十六日）
意思就是，不管，朕怕折腾。上面尚且是这个态度，地方官员在面对辖区内的土司时，更是放任不管，且生怕惹上是非、空耗心神。这相当于，在西南地区始终都有一个明摆着的问题。但因为处理起来太复杂、太困难，最后从中央到地方，全都没人想管。
而此时，身在云南的鄂尔泰，内心只有一个念头，就是要对得起雍正的信任。于是，雍正四年(1726)，鄂尔泰上奏雍正，主动请缨，要在西南各地全面实行“改土归流”。换句话说，就是把西南各地的世袭土司全部废除，改为由中央统一任命的流动官员。如此一来，既能加强中央集权，又能巩固国家统一，同时新管理的土地还能增加中央的财政收入。但鄂尔泰也表示：
欲改土为流，非大用兵不可。
要知道，鄂尔泰小时候一直忙着读书，身体一直很弱，十几岁时连弓都拉不开。可现在年近五十，他居然准备领兵上战场了。彼时的朝堂之上，听到鄂尔泰的奏报后，大臣们都觉得他疯了，“盈廷失色”，雍正力排众议，道：