按：清制有"皇命旗牌"，而无"尚方剑"，皇命即等于尚方。明制有皇命，有尚方剑，两者权威有差减。凡出镇，必赐皇命旗牌，而尚方剑则系特赐。一请尚方，其人必死。袁崇焕先请皇命，后请尚方，步骤不乱，自见其智珠在握。
数之曰："女（汝）有应斩十二大罪：兵马钱粮，不经查核，夜郎自据，横行一方，专制孰甚，当斩一；说谎欺君，杀降诛顺，全无征战，却占首功，欺诳孰甚，当斩二；刚愎撒泼，无人臣礼，牧马登莱，问鼎白下，大臣无道，当斩三；每岁侵饷银数十万，每月给米三斗五升，克减军粮，当斩四；私开马市，潜通岛裔（夷），当斩五；命姓赐氏，不出朝廷，走使舆台，监（滥）给劄付，犯上无等，当斩六；劫掠商人，夺船杀命，积岁所为，劫赃无算，身为盗贼，当斩七；部将之女，收为姬妾，民间之妇，没入为奴，好色诲淫，当斩八；逃难辽民，不容渡海，日给碗饭，令往掘参，畏不肯往，饿死岛中，草菅民命，当斩九；拜魏忠贤为父，迎冕旒像于岛中，至今陈汝明一伙，盘踞京师，交结近侍，当斩十；女真攻破铁山，惨杀辽人无数，逃窜皮岛，掩败为功，当斩十一；开镇八年，不复守土，观望养寇，当斩十二。"
又谕各官曰："毛文龙十二罪，汝等说当与不当？若杀之不当，汝等上来先杀了我。"延颈就戮，众官皆相视失色，叩头乞哀。
毛文龙为之气夺，只叩头求免；袁崇焕问毛可公、毛可侯那班人："文龙当斩否？"都唯唯称是；中有人以为毛文龙虽无功劳，亦有苦劳，但为袁崇焕作色一喝，亦即住口。
此时，袁崇焕方始请尚方剑，斩毛于帐下，随即宣布，只诛文龙，余俱无罪。乃重新部署，将毛文龙的兵分为四协，以毛文龙之子毛承祚及副将陈继盛分别率领。同时大犒将士，传檄各岛，将毛文龙的各种苛政尽皆革除。恩威并用，贴然绥服。
回到宁远，上奏具言其事，最后自陈："文龙大将，非臣得擅诛，谨席藁待罪。"崇祯看袁崇焕如此作为，心里不免害怕，这就种下了袁崇焕不得善终的基因；亡国之君之所以为亡国之君，就在这些地方！从古至今，只有英主才能用英雄。或谓庸主亦可用英雄，如刘阿斗百事不问，唯倚武侯。此亦不然，刘阿斗是个特例：武侯为顾命之臣，刘阿斗倚恃如父，论其实际，并非信任。若如官文，自可谓之庸，但能重用胡林翼，此识人的眼光及用人不疑的襟度，亦就不庸了。
话虽如此，崇祯自亦不能不优诏相答。于是袁崇焕又上言："文龙一匹夫，不法至此，以海外易为乱也。其众合老稚四万七千，妄称十万，且民多，兵不能二万，妄设将领千，今不宜更置帅，即以副将陈继盛摄之。"又请增饷至十八万。报准奏。
平心而论，袁崇焕的处置，确有些欠考虑；当毛文龙叩头求免，从官畏服，则权威已经建立，只逮捕毛文龙置于左右，其子承祚及部将为求保毛之命，必然听命，一样亦可达到整顿的目的。以前方大将，除非有反叛犯上的逆迹，不能不断然处置以外，绝无请尚方剑立斩的必要。那就无怪乎有人造作蜚言说袁崇焕通敌，而以毛文龙的首级为信物了。
是年十月，清太宗率兵破边墙，自遵化侵北京；《东华录》载：
天聪三年即明崇祯二年，十二月辛丑，大兵逼北京。上（按：指清太宗，此时尚自称"金国汗"）营于城北土城关之东，两翼兵营于东北，侦知满桂、侯世禄等集德胜门。上率右翼诸贝勒前进。又闻瞭见东南隅有宁远巡抚袁崇焕、锦州总兵祖大寿以兵来援，传令左翼诸贝勒迎击。