崇焕奏曰："臣在外调度，所有奏闻，一凭阁臣处分，阁臣不可不着力主持。"
上顾谕阁臣，阁臣奏曰："敢不承命！"
崇焕又奏曰："边事四十年，蓄聚此局，原不易结，但皇上宵旰于上，正臣子枕戈待旦之秋。臣尽心竭力，约略五年；但五年之中，须事事核实，第一钱粮，第二器械，户工两部，俱要悉心措置，以应臣手。"
上顾谕两部尚书王家桢、张维枢，奏曰："敢不承命。"
崇焕又奏曰："臣承命在外，止以灭寇为事，五年之中，事变不一，还要吏兵二部，俱应臣手，所当用之人，选与臣用；所不当用之人，即予罢斥。"
上顾谕两部尚书王永光、王在晋，曰："敢不承命。"
崇焕又奏曰："圣明在上，各部公忠，毫无不应臣手，但臣之力制东事而有余，调众口而不足，一出君门，便成万里，忌功妒能，岂遂无人？即凛于皇上之法度，不致以权掣臣之肘，亦能以意乱臣之心。"
上曰："朕自主持，不必以浮言介意。"
崇焕又奏曰："有皇上主持，臣不孤立……"
张岱行文，所要强调的是，袁崇焕要挟需索，得寸进尺，最后竟想钳制言官。但既皆许诺，则袁崇焕杀毛文龙，亦为便宜行事，无足为罪。至于"一出君门，便成万里"，确为当时实情，崇祯既许以"朕自主持，不必以浮言介意"，而到头来毕竟听信浮言，陷袁崇焕于孤立，且以杀身，则是君负臣，非臣负君。
至于毛文龙，自有取死之道，此人为杭州无赖，浪迹辽东，因缘时会，得领师干，捏造战报战功，得升为左都督，据辽东半岛、鸭绿江口的皮岛，以筹饷为名，大做走私的生意，满洲所需物资，多从皮岛而来，核其行为，"资敌"无疑；但"日以参貂交结当道"。既见杀，当道不复再能得贿，因而怨及袁崇焕，先造蜚语，说袁崇焕通敌；而清太宗提出要求，以毛文龙的首级为信物。这话由"当道"（包括言官）以至宦官，日言于崇祯，信之不疑，所以后来一闻浮言，即以为袁崇焕果然通敌。是则杀袁崇焕，亦不尽由于崇祯庸暗。总之，万历一朝四十余年，冤气戾气凝集不散，遂有天启东林之祸，阉党横行，崇祯初虽有"逆案"，但君子道消、小人道长之势未改，几无正人君子容身之地。此是明朝气数已尽，崇祯既昧于天命，不能返躬修省；更不能善尽人事，唯果于杀戮，足令志士丧气，不亡又安可得？
《石匮书》记毛文龙被诛事，颇为细致，足当实录。本传云：
（崇焕）至双岛（高阳按：指琼岛及皮岛），文龙往宁远，迟之两日，见江上战船将士，皆傲视不顾，谕以"督师亲至地方，尔辈何不晋谒？"对曰："未奉将令，不敢晋谒。"
按：此足见毛文龙心目中根本无袁崇焕。但绝不能谓为袁崇焕以其无礼，杀之以为报复；袁崇焕的想法是：有此心目中无主帅之将，则缓急之间，不但不可恃，且紧要关头，反足以助敌，亦未可知。袁崇焕所以有五年复全辽的把握，端在能保有完全彻底的指挥权。今有此将，安可不除？且知毛文龙交结当道，如果循正当之途径去毛，必不能如愿，因而采取断然行动。本传续载：
崇焕愕塞，不发一言。但日与幕客数人，沿江闲步，拾沙际文石，攫夺为戏，或呼酒席地，小饮成狂。兵船侦探见者，皆曰："督台轻狂若是。"皆不以为意。