赫鲁晓夫仍然是一身戎装，但新的岗位意味着他远离战争的洗礼，再次全神贯注于平民生活。他钻出了指挥部和防空洞，又跨进基辅一所宽敞明亮的办公室。然而这并不预示着闲散心情的开始。此时乌克兰解放地区的状况依然极其艰难困苦。集体农庄大部分机器已被摧毁殆尽，没有办法，农民们只得用手提肩扛去应付农活。妇女也被迫下地拉犁；因为几乎所有的耕畜都被屠宰。各地农庄不得不重新从中亚细亚、西伯利亚及其他地区购入牲畜。大多数青壮劳力要么被德寇劫往国内充作可供剥削的廉价人力，要么已奔赴疆场参加战斗。工业力量极度空虚，矿山电站一片荒凉，公路铁路基本毁损。
对于尚有潜力可挖的各种资源情况，赫鲁晓夫全力以赴深入调查。在巡视过乌克兰几处关键地区之后，他将记录在案的各种紧缺物资汇成清单，并提出了解决乌克兰诸种问题的建议。其后，这些建议又以发送各地州、市委党政机关的公开信形式见发表在报纸上。早在1941年战火初起之时，乌克兰大批工厂已经撒往苏联东部地区，而眼下住宅和人力又都十分缺乏。尽管如此，赫鲁晓夫还是决定重建工业设施以弥补工厂东迁后遗留下来的匮缺状况，并亲自负责监督实施这一工作。慢慢地人们心头的阴霾逐渐驱散，希望的种子播下了。赫鲁晓夫不辞辛苦的活动赢得一片赞誉之声。在乌克兰加盟共和国最高苏维埃第六次会议上，人们在发言中赞他为“斯大林真正的战友”，“一个人的名字与乌克兰繁荣和解放年代紧密相联，这就是尼·谢·赫鲁晓夫”。1944年4月17日，适逢赫鲁晓夫五十华诞。来自联共中央、苏联人民委员会、最高苏维埃主席团以及全国各地工矿企业和群众团体的贺电贺信雪片般飞来，充斥报头；而且某些以前曾与其幸会的作家，象马·雷里斯基、帕·狄青纳以及其他人，也发表回忆文章投诸报刊以志祝贺。此外，最高苏维埃主席团颁布命令授予他第二枚列宁勋章，这更是引人注目。其实，对他的歌功颂德之声充斥于乌克兰，但报喜之音中也传来了凶讯。在一场与乌克兰民族主义分子的战斗中，瓦杜丁将军不幸负伤后死去。赫鲁晓夫的生日正碰上瓦杜丁的葬礼。那一天，在基辅举行了隆重的安葬仪式，扶灵人里就有赫鲁晓夫。
当时出没往返于乌克兰密林深处的民族主义分子实在让人头疼。1944年10月中旬，乌克兰地区已驱尽德寇获得全境解放。甚至在此之后，乌克兰起义军、乌克兰人民革命军还有班德拉分子、麦尔尼科夫分子以及“布尔巴人”这三个民族主义集团，依旧在乌克兰西部乡村和深山老林中神出鬼没，大肆活动。其成员包括当年的旧警察、农村保甲头目以及一些曾向德军屈膝投降为虎作怅的俄奸。与这伙人作战同样紧张激烈。西乌克兰地区确有一部分人同情这些民族主义集团的活动，然而该地区许多乡村居民则是由于暴力胁迫才向他们提供粮食和掩所的。在扫荡这帮人的运动中，成千上万居住在西乌克兰乡间小镇的居民也遭殃，及被驱迁到西伯利亚。至于那伙民族主义分子，其中大多数都在战斗中被苏军和内务人民委员部的部队铲灭，余者大都在投降后悉数送进劳改营长期服苦役。只有极少数残兵败将或是设法隐身或是遁往西方。
这帮人采取了一种极端形式的民族主义立场。而在乌克兰几乎所有地区也存在着一种得到官方认可支持的中间形式。地方上的政治家、艺术家和作家皆被奉为名流；一部乌克兰的百科全书得以出版；有关17世纪抗击波兰统治的哥萨克领袖波格丹·赫麦尔尼茨基的文章不断发表。由此又将原来的佩列亚斯拉夫市（1645年乌克兰与俄罗斯实行联合的决定即在此城做出）更名为佩列亚斯拉夫——赫麦尔尼茨基城；同苏联其他地区一样，俄罗斯东正教在乌克兰全盘合法化，一些遭到德寇破坏的教堂亦得以重建。莫斯科再次指望乌克兰向全国提供粮食谷物，有求于这个加盟共和国提高肉类及其他农产品的生产。
1945年5月8日，红军攻克柏林苏联举国欢腾，赫鲁晓夫在基辅检阅了喜悦狂欢的游行大军。6月24日，莫斯科举行胜利大游行庆祝盛典，红军受阅部队昂首挺胸凯歌高奏通过红场。此刻，赫鲁晓夫和一批高级官员陪同斯大林登上列宁墓俯视万众，接受欢呼，进行检阅。
当时，对自己信赖的这些下属近臣，斯厅林正密切注视着他们的一举一动，赫鲁晓夫看来已经赢得了他的完全信任。有利条件之一还在于，赫鲁晓夫的大部分时光不是在莫斯科而是在基辅度过的；根据爱德华·克兰克肖的观点，在莫斯科深宫大院之内，斯大林身边每天都在进行着暗算异己，勾心斗角，阿谀奉承，争权夺利。而在基辅，赫鲁晓夫就得以避免被裹入此类活动之中。当然话说回来，斯大林对自己班底的人马都要施以重压迫使其认识到，他们必须唯命是从；赫鲁晓夫也根本逃不出这种旷日持久的重压之外。尽管如此，作为斯大林派往乌克兰的个人代表，赫鲁晓夫还是大权在握的。这种几乎绝对至高无上的权力自有其引人之处，赫鲁晓夫也不可避免受其诱惑；但他的位置又为他提供了展示个人天赋才能的大好机会。同日丹诺夫和沃兹涅辛斯基相比，赫鲁晓夫个人教养确实不高，马克思主义理论根底也不牢；然而较之斯大林身边这一小帮人当中的任何其他人，赫鲁晓夫又最能体察工农群众的各种难题（甚至连斯大林有一次都称他为“民粹党人”）。在许多乌克兰人心目中，赫鲁晓夫算是一位深孚众望的领袖人物。事实上，在乌克兰地区除了斯大林个人崇拜之外也存在着某种赫鲁晓夫个人崇拜。对他歌功颂德的文章在报上连篇累牍地发表，其照片也常常出现在报纸的显著位置。党的中层干部也对他怀有发自内心的尊敬之情。这批人虽然有种种特权，但还是得象赫鲁晓夫一样不辞劳苦勤奋工作。
乌克兰广大干部面临着多方面的困难问题。虽然恢复工作早在1943年底就已开始，然而直到战争结束之际，乌克兰地区建树甚少，整个生产水平还不及战前的25%。赫鲁晓夫无意于大会决议或电话指示，这并不能真正解决指导这个共和国的各种问题。他不断深入基层，足迹遍及全乌克兰，身后总要跟着一群共和国党中央或人民委员会的干部。1945年7月，他巡视了乌克兰南方各州，秋天又在西乌克兰地区和已经并入苏联的外喀尔巴阡乌克兰地区考察了好几个星期。此时乌克兰全境的面貌正在改观。
成千上万的乌克兰战士以及他们那些缺少专业训练的指挥员全部复员返乡。乌克兰各地城市都举行了隆重的庆祝会欢迎他们凯旋归来，然而许多人却无法分享这种普遍的喜悦了。四年前告别家乡奔赴沙场的人为数甚众，而此刻有幸荣归家园与亲人团聚的只是少部分。大多数人已献身疆场，烈士墓地遍及乌克兰城乡各地。而那些在希特勒集中营里死里逃生的战俘却备受歧视，他们被普遍认为表现软弱有失尊严。而那些曾受敌军蛊惑屈膝投降的人则遭到苛刻的对待，他们处处受冷眼，军官们大都被送进监狱，不过大多数普通士兵还是被批准重返家园。和许多在德国接受强迫劳动后此刻返归故国的人一样，他们也被剥夺了某些权利。在有些村子里，遣返者的人数竟达到居民的半数之多。1941年随厂东迁的成千上万工人此时也正在返回乌克兰；稍迟之后，一大批年轻的复员战士，尤其是一批应征入伍在部队里执行附属军务的妇女和姑娘也复员还乡。这样一来劳动力又得到进一步补充。
工农业普遍有所复兴。在1945年10月举行的一次党中央全会上，赫鲁晓夫在报告中指出，同战前1940年的生产水平相比，乌克兰的煤炭生产已恢复到40%、钢铁为23%、轧钢为30%、锰矿石为54%、铁矿石则为34%。全共和国土地播种面积已达战前总面积的71%，谷物和甜菜产量业已分别达到战前1940年水平的80%和50%。然而乌克兰却无法完成1945年收成计划的指标要求。因人力和机械的严重短缺，数十万公顷的谷物和玉米未能收获。真所谓播种容易收获难呵。
后面的情况更为糟糕。1945年年底之际，人们心头难得高兴，整个秋天几乎滴雨未下，冬季一开始的冰雪酷寒又严重影响了冬季作物的生长。然而上边给乌克兰的任务指标甚至比上一年更高。这个加盟共和国必须履行义务向国家上交4亿普特谷物（几乎赶上1940年的指定上交额），同时上边又不顾乌克兰实际的生猪菜牛存栏数大大低于战前水平的严峻事实，要求它在同年上交全国所需肉类产品的60%。乌克兰共产党中央迅即采取措施以期推进农业生产。上面先是让农民把奶牛变成耕畜，这在某种程度上倒是有利于耕种，不过牛奶产量却急剧下降；而后又下令对拖拉机和其他机械的零部件生产实行分散化。赫鲁晓夫号召农民播种更多的谷子和玉米，并担保大种玉米即可解决谷物歉收的问题。但是，克服危机并非一件轻而易举的事情。
过冬作物严重毁损，不得不重新播种。农民的耕牛已瘦骨伶仃，再也无力牵拉重犁。机械设备维修进度相当缓慢，劳力依然严重缺乏。然而最沉重的打击还是当时的恶劣气候。旱魃起自摩尔达维亚又波及乌克兰整个西南地区，入夏之后又席卷了乌克兰全境乃至伏尔加河地区。南俄罗斯和苏联东部地区尚未陷入最严重的旱灾，城镇居民也有粮可吃不致饿死，然而农村地区却痛苦万分，乌克兰乡村正处于严重的饥荒之中。赫鲁晓夫向莫斯科频频告急发出求救。他认为应当马上采取定量分配的办法，设置赈济场所，理由是农民们由于饥饿虚弱已无力再下地干活。乌克兰农业收成远远满足不了国家需要，只能上交2亿普特谷物，换言之只完成了国家规定指标的一半；而且乌克兰自己又陷入绝境急需国家援救。斯大林的回答是在一封电报中对赫鲁晓夫一通痛骂，随后又采取了更严厉的惩罚措施。
1947年3月伊始，斯大林发来指示，其后乌克兰共产党中央领导机构人员构成发生了急剧变动。3月3日，在基辅召开了一次中央全会，全会公报发布了如下决议：
考虑到加强党和苏维埃工作的需要，全会决定将乌克兰共产党中央委员会第一书记与人民委员会主席两职加以分离。全会选举拉·莫·卡冈诺维奇担任乌克兰党中央委员会第一书记；尼·谢·赫鲁晓夫留任人民委员会主席。
根据自己请求，几天之后赫鲁晓夫又被解除了基辅州委兼市委第一书记的职务。
一夜之间赫鲁晓夫已不复为斯大林派驻乌克兰的总督。对于这一撤职决定，赫鲁晓夫只得接受，在随后不久召开的乌克兰最高苏维埃例会上他做了一通既圆滑又尖锐的发言。他声言，自己已认识到所有对他提出的批评意见都非常有益；而且选举“布尔什维克党和苏联政府杰出领导成员、联共中央政治局委员拉·莫·卡冈诺维奇”，毫无疑问将极大地造益于包括人民委员会在内的乌克兰各方面工作。
卡冈诺维奇对自己受任新职也并不怎么喜悦。他总盼着一旦完成了在乌克兰“加强党的工作”的任务之后，便可重返都城；显然他也为自己保留着这一权利。当年他曾一手提拔赫鲁晓夫在莫斯科出任要职，此刻又受命来一手干预当年门徒属下的事务了。尽管如此，他还是尽力同赫鲁晓夫搞好关系，并且主要通过人民委员会（即这时的乌克兰和其他各地的部长会议）来进行工作；在实践中，他和赫鲁晓夫也有工作分工。赫鲁晓夫仍主持农业生产方面的工作，卡冈诺维奇则负责工交振兴和乌克兰文化工作。尽管两人还难以做到次次意见一致，但总的来说尚属相互融洽之交。联合国以价值两亿多美元的食品、医药、制成品及其他物资施以援助，这笔援助对乌克兰可说是雪中送炭，帮助不小。乌克兰1947年的收成颇丰，还提前完成了下达给自己的生产定额；全年工业生产则猛增了30%。从物质生产上看，乌克兰出现一片欣欣向荣的景观，但从精神领域看，却遭受了一场由卡冈诺维奇发动的浩劫。他秉承斯大林和日丹诺夫的旨意，一心想要把所有仍然拥护“形式主义”和“民族主义”的人都一扫而光。雷里斯基自1943年以来一直担任乌克兰作家协会主席，他是诗人、学者，还是党的活动家。大战期间，由于他写下了包括《关于祖国母亲的话》、《锃亮的武器》等作品在内的一部诗集，还荣获了斯大林奖金。此刻他却被揪出来当成了思想迫害的靶子。他不但被褫去作协主席的职位，而且在1947年11月20日《乌克兰真理报》上，还发表文章对他进行了一番攻击：
雷里斯基自加入苏维埃文学家行列以来，写出了一些具有积极意义的作品。然而近年来，他的创作活动却表明，他又重蹈了自己往日的那种敌视苏维埃文学的民族主义观点的覆辙……在诸如《我是苏维埃大地之子》和《关于祖国母亲的话》这样的作品中，他打着爱国主义的旗号，而实际上却是在暗中贩卖一种事实上与苏联爱国主义截然冲突的观念。
乌克兰知识界由于这场毫无根据的恶意攻击以及其他许多类似事件而大感震惊。十四年后，在60年代担任乌克兰共产党中央第一书记的波德戈尔内在苏共二十二大上发言指出：
〔卡冈诺维奇〕重用那些不讲原则的佞臣，打击消灭的则是忠于党的干部，迫害恐吓共和国的领导干部。他是个虐待狂，嗜好羞辱知识界的活动家，贬损他们，用逮捕囚禁威胁他们，并且热衷此道乐而不疲。直到现在，不少党政干部回首当年卡冈诺维奇在乌克兰一手遮天的时期，还把它称作共和国的“黑暗年代”呢，这种说法确有其道理。卡冈诺维奇自以为一贯正确，每逢有关共和国头等大事的问题出现时，他都撇开党中央委员会大搞一言堂，而且又常常是谬论百出。他是玩弄阴谋的老手，所以要把“民族主义”的帽子扣在那些乌克兰的杰出作家和某些高级领导干部头上，而且根本没有任何理由……而赫鲁晓夫同志则依靠他在乌克兰劳动人民当中的崇高威望，并得到他们的拥护，去竭尽全力挫败卡冈诺维奇罪恶的阴谋。
这番评论并非完全准确，有些地方夸大其辞了。对乌克兰来说，1947年并不是个“黑暗年代”，而且卡冈诺维奇同赫鲁晓夫两人的关系也没有象波德戈尔内说的那么水火不容。即便如此，卡冈诺维奇在乌克兰执掌大权的岁月，老百姓备受苛政之苦。1947年12月19日，他的统治突然宣告中止，一如他突然降临此地。这时乌克兰上上下下紧张的神经才得以松驰。他被任命为苏联部长会议的一名副主席，此令发布他就必须马上动身离开乌克兰。乌克兰党中央委员会决定继续维持党政两个最高职位分家的做法，并推荐杰·谢·科罗特钦科出任部长会议主席。赫鲁晓夫则再次官复原职，还是党中央第一书记。
就许多方面而言，1948年可算是关键性的一年。年初，乌克兰群众以及来自其他各加盟共和国的宾客一道隆重庆祝乌克兰苏维埃建立三十周年。几千人得奖授勋，其中也有赫鲁晓夫、科罗特钦科和卡冈诺维奇，三个人都得到了列宁勋章。然而庆典活动却不能掩盖乌克兰政治气氛依然相当紧张的事实。
尽管赫鲁晓夫还能保护雷里斯基不再遭受攻击，但要是以为从莫斯科发动的一场有组织的集体迫害不会波及到乌克兰，那可就太天真了。在乌克兰，不赞同斯大林观点的遗传学家、所谓的“资产阶级音乐追随者”、富农分子、“无根基的世界主义者”和“异己分子”，都遭到了残酷的迫害；这里的强迫集体化运动还在继续（尽管较之1929一1932年那场集体化运动还不算痛苦万分）。如果说赫鲁晓夫不是这一方针的首创人，那么他起码没有表示过异议。赫鲁晓夫的主要注意力还是集中在德沙瓦至基辅的煤气管道建筑工程上，并关注着命运多变的农业问题。赫鲁晓夫这种毫不动摇矢志于解决农业问题的献身精神，加之乌克兰农业部长伏·马茨科维奇出手不凡的工作，正促使农业结出硕果。1948年的农业收成竟然比丰收的1947年更上一层楼。乌克兰大幅度超额完成了国家计划指标。较之战前，这时农业机械化水平和农业劳动力都停滞不前，然而向国家上交谷物的总额不但比1947年多出11100万普特，而且还高出战前1940年3300万普特。很自然，为达成这些成绩，集体农庄和国营农场承受了巨大的压力；但是打败纳粹德国后最初几年里那股精神上奋发乐观的精神还广泛留在民众当中。
1949年1月，乌克兰共产党十六大在基辅召开。在有关党中央委员会近十年来的工作报告中，赫鲁晓夫大谈成就。例如基辅和奥德萨保卫战、乌克兰游击队运动、卫国战争中乌克兰人的重要作用、共和国战后重建的成绩以及1948年工业生产已几乎接近战前水平、农业正在再度振兴等等。当然，象红军在乌克兰大溃退的真正原因、战争前夕的大恐怖活动、成千上万的人民被赶出西乌克兰家园、集体农庄农产品价格过低以及农庄庄员和农业工人手中工资少得可怜等情况，以及其他许多问题，赫鲁晓夫在报告中都有意进行回避。
赫鲁晓夫在大会上再次当选为乌克兰共产党中央第一书记，不过这次在位的时间非常短。1949年从春到冬，他的主要时间和精力都用在解决地方上的农业问题，参加教师或建筑师的代表会议，监督基辅主要街道克里什查蒂克大街的重建工程以及向农民热情宣传播种中国谷子的优点（但没有成功）等公务事宜之上。到了这年年底时分，他又开始竭尽全力准备大肆庆祝斯大林七十华诞的活动。就在这场活动的前几天，莫斯科市委第一书记格·米·波波夫调任国家城市建设部部长。随后，按照党中央委员会的举荐，赫鲁晓夫入选京官取而代之，更重要的还在于他同时兼任莫斯科州委第一书记。他随即卸去了乌克兰的职责，立即按令而行，登上了重返首都的行程。这次变动是赫鲁晓夫个人在仕途中的一个重大转折点与重大突破。