安石在朝，得皇帝的专任于上，独行其是，大家只好暂时缄默，而整个行政中枢，几成瘫痪，只有王安石一人，在唱独角戏。当时人说中书省里的人物，有生老病死苦之分，盖指王安石生，曾公亮老，富弼病，唐介死，赵抃苦。
安石执政，神宗首从其议，诏设“制置三司条例司”，以安石与知枢密院陈旭（升之）共领其事。
宋朝本有三司使之设，包括户部、盐铁与度支三使，掌理全国财赋，而王安石所另设的这个制置三司条例司，其范围为“掌经画邦计，议变旧法”，实为一个最高国策的企划机关。这个议变法、定国策的组织，却以财经组织的形态而成立，则新法的目的，完全侧重财政需要，已经十分明白。宋朝老百姓的税负甚重，熙宁时全国的岁入，比唐代已经高出二三十倍，生产总额的增加有限，哪里还有增税的余地？如要在此之外设法搜括，其流于聚敛，实为必然的趋势，而聚敛造成民生的痛苦，也是持重的旧臣群起反对之最大原因。
苏轼还朝，依例请求注（派）官，以殿中丞直史馆判官告院。这官告院属于吏部，掌管官吏和将士的勋封、官告等事务。一般来说，这是一个储才之地；对苏轼来说，则是被投闲置散，所谓职务，不过司官方辞章的撰制而已。
苏辙到京后，闻神宗有“养兵备边，府库不可不丰”之语，因以上疏曰：“所谓丰财者，非求而益之也，去事之所以害财者而已。事之害财者三：一曰冗官，一曰冗兵，一曰冗费。”疏上，神宗批付中书说：“详观疏意，知辙潜心当世之务，颇得其要，郁于下僚，使无所伸，诚亦可惜。”即日召对延和殿，亲任为新设立的制置三司条例司的检详官。神宗面命，辙不敢辞。
安石又起用章惇为三司条例官，曾布检正中书五房公事，推荐吕惠卿同为条例司的检详文字。
惠卿，福建泉州人，自真州推官秩满入京，与安石论经义，大蒙赏识，即加延揽。从此事无大小，安石皆倚惠卿为主谋，凡所建请章奏，亦都由惠卿主稿，而苏辙与他却常议论不合，时生龃龉。
安石被命执政，御史中丞吕诲首先发难，袖章弹劾。当时司马光还说他：“众喜得人，奈何论之。”吕诲说：“安石虽有时名，然好执偏见，轻信奸回，喜人佞己，将败国事。”疏上，神宗不听，还其章，遂求去，出知邓州。
熙宁二年（1069）七月，立淮浙江湖六路均输法，使薛向主其事。均输本以“从贵就贱，用近易远”调节物资，平定物价为主，用意很好。不过此事如由政府来做，不免有官营买卖、与民争利之嫌，诚如苏轼所言：“虽不明言贩卖，既已许之变易，变易既行，而不与商贾争利，未之闻也。”苏轼更说，若官吏更从此中贪黩，则商贾之利未必可得，而整个政治风气，却将为之败坏。（《上神宗皇帝书》）
知谏院范纯仁奏言王安石变祖宗法度，掊克财利，民心不宁。又进所作《尚书解》，阐明尧舜禹汤文武的行事。神宗亟于求治，轻易延见小臣，纯仁谏曰：“小人之言，知小忘大，贪近昧远，愿加深察。”及均输法行于六路，纯仁奏曰：“陛下欲修先王补助之政，今乃效桑弘羊均输之法，掊克生灵，敛怨基祸。”疏中攻击王安石“欲求近功，忘其旧学。尚法令则称商鞅，言财利则背孟轲。鄙老成为因循，弃公论为流俗。异己者为不肖，合意者为贤人。……人才不可急求，积弊不可顿革。倘欲事功急就，必为?佞所乘”。神宗留章不下，纯仁只好求去。其后，侍御史刘述、刘琦、钱顗劾奏安石，皆被遣出。
朝廷从制置三司条例司之请，派遣刘彝、谢卿材、侯叔献、程颢、卢秉、王汝翼、曾伉、王广廉八人分赴各路，视察农田、水利和赋役。苏辙深知这八位专使分赴各路，必将力求民间余利，设法聚敛，以迎合上意，民不堪命矣，而众莫敢言。苏辙往见本司另一长官陈旭（升之），向他陈说，从前嘉祐末年，朝廷遣使宽恤诸路，尚不免造事生非，还奏多不可行，为天下笑，现在又何以异于曩时。希望他能加以阻止，而陈旭不敢言。
安石拟变常平广惠仓法为放贷青苗，与吕惠卿商议定案后，拿出一本小册来给苏辙，苏辙研究后，列举种种理由，大加反对，安石当时说：“君言诚有理，当徐思之。”
一个多月后，京东转运使王广渊来说：“放青苗钱，年可获息甚巨。”安石就决定付诸实行。苏辙上书力争，触怒安石，将加以阻挠之罪，幸陈旭解救，才得无事，苏辙只得求去，上疏言：“每于本司商量公事，动皆不合。臣已有状申本司，具述所议不同事，乞另除一合入差遣。”