到海南后，苏过先抄了一部《唐书》，再又借了一部《汉书》来抄。苏轼《与程（儒）秀才书》云：
儿子到此，抄得《唐书》一部。又借得《前汉》欲抄。若了此二书，便是穷儿暴富也。呵呵！老拙亦欲为此，而目昏心疲，不能自苦，故乐以此告壮者尔。元符二年（1099）五月间，惠州友人郑嘉会舶寄的书籍已经运到，父子二人就忙着将书编排整齐，列诸座隅，作书报谢说：“此中枯寂，殆非人世，然居之甚安。诸史满前，甚有与语者也。借书，则日与小儿编排整齐之，以须异日归之左右也。……”
有了必要的书籍，苏轼就开始整理黄州所作《易传》的未完稿，又续撰《书传》。《和陶杂诗之九》自述传经之志，有曰：
余龄难把玩，妙解寄笔端。常恐抱永叹，不及丘明迁。亲友复劝我，放心饯华颠。虚名非我有，至味知谁餐。思我无所思，安能观诸缘。已矣复何叹，旧说易两篇。《书传》十三卷，收入《四库全书》时，提要曰：
轼究心经史之学，明于事势，又长于议论，于治乱兴亡，披抉明畅，较他经独为擅长。……洛闽诸儒，以程子之故，与苏氏如水火，惟于此书有取焉，则其书可知矣。学问，毕竟是天下的公器，即使门户森严的那些理学之徒，对于轼撰《书传》，亦不得不有所取。但当日这花甲老人，苟生蛮邦，栖身于桄榔庵里，过着食芋饮水的日子，皓首穷经，虽说是做着传世之盛业，实在也还是人不能堪的忧患之书。
苏轼谪黄州时，撰《论语说》五卷，现又继续编成《易传》九卷，至元符三年五月又完成了《书传》十三卷，遂并作题语说：
孔壁汲冢，竹简科斗，皆漆书也，终于蠹坏。景钟石鼓益坚，古人为不朽计亦至矣。然其妙意所以不坠者，特以人传人耳。大哉人乎，《易》曰：“神而明之，存乎其人。”吾作易、书传、论语说，亦粗备矣。呜呼，又何以多为？苏轼于此三稿，心力所寄，也很自负。如北归时，与苏伯固书云：
某凡百如昨，但抚视《易》《书》《论语》三书，即觉此生不虚过。如来书所论：其他何足道？三复诲语，钦诵不已。这三部书的现存印本，《易传》九卷（一名《毗陵易传》），《四库》入经部易类二，据明焦竑旧刊本著录，另有明乌程闵齐伋朱墨板套印本、《津逮秘书》第二集、《学津讨原》第一集各刊本。
《书传》十三卷，《四库》入经部书类一，另有明乌程闵氏刊朱墨套印本、《学津讨原》第二集本、明万历二十五年毕氏刊《两苏经解》本，为二十卷；又吴兴凌氏刊朱墨套印本，亦二十卷。
最不幸的是《论语说》五卷（《文献通考》作十卷），于清人修《四库全书》时，已经不见传本。绍圣间，场屋中流行的是王安石及其子王雱口义的《论语解》。南宋中叶后流行朱子注，也许这是苏轼原著湮没失传的一个原因。幸有苏辙的《颍滨论语拾遗》传世，据其自序，苏轼的意见，虽然并不与他完全相合，但《拾遗》书中取轼说者亦十有二三，聊可豹窥一斑。今有《指海》本、《说郛》本。
苏辙作《子瞻墓志》时说：“……乃出《中庸论》，其言微妙，皆古人所未喻。”则苏轼尚有论《中庸》之作。又《栾城遗言》云：“东坡遗文，流传海内，《中庸》上、中、下篇……今后集不载此三论，诚为阙典。”但现在通行的明成化刊本《苏文忠公全集续集》辑有此作，或是苏辙当时所见刊本不全耳。
苏过与叶少蕴言，其父在海外，曾经计划撰《志林》一书，预定一百篇，但只写了十二篇，蒙赦放还，未能成书。15散篇今亦辑入全集。至于有称《东坡志林》的单行本，则是后人杂取本集短记、题跋之类的编本，并非原定的著作。
元符二、三年间，苏轼尚在儋州，刘沔编集苏轼诗文二十卷，寄到海南来请他亲自校订。沔是苏轼同年的后人，有此心意，苏轼非常欢喜，作书报之曰：
都曹刘君足下：蒙示书教，及编录拙诗文二十卷。轼平生以语言文字见知于世，亦以此取疾于人，得失相补，不如不作之安也。以此常欲焚弃笔砚，为喑默人，而习气宿业，未能尽去，亦谓随手云散鸟没矣。不知足下默随其后，掇拾编缀，清无遗者。览之惭汗，可为多言之戒。然世之蓄轼诗文者多矣，率真伪相半。今足下所示二十卷，无一篇伪者，又少谬误。及所示书词，清婉雅奥，有作者风气。知足下致力于斯文久矣。轼穷困本坐文字，盖愿刳形去智而不可得者。然幼子过，文益奇。在海外孤寂无聊，过时出一篇见娱，则为数日喜，寝食有味。以此知文章如金玉珠贝，未易鄙弃也。见足下词学如此，又喜吾同年兄龙图公之有后也。故勉作报书，匆匆，不宣。苏轼即使自知因语言文字之故而蹭蹬一生，受尽折磨，但他仍视文学如生命，在此书简中，情见于辞。