国民党空军受到这次打击后，为查明人民解放军空军进驻东南沿海机场的情况，便改用性能较好的F-86型战斗机，掩护RF-84型飞机实施“强行侦察”。人民解放军空军起飞拦截后，取得了击落两架、击伤三架的战绩。8月7日和13日、14日，人民解放军空军又先后同国民党空军进行三次较大规模的空战，击落击伤六架敌机。整个空战，国民党空军损失飞机50多架，大约占敌机总数的三分之一；人民解放军空军战机也损失了20多架。
当人民解放军炮兵部队和航空兵部队紧张备战的同时，海军舰艇部队也采取了水陆并进的方法，迅速入闽，准备参战。7月19日，海军入闽参战部队接到海军司令部的预备号令。7月底，东海舰队根据中央军委的决定，命令驻上海的鱼雷快艇6支队1大队隐蔽南下。该队全体官兵一律改着陆军服装，将鱼雷快艇用专列运至厦门。8月5日，驻三都澳的高速炮艇大队所属三个中队向南转移，分别进驻平潭娘宫、泉州后清和厦门诸港湾待命。中旬以后，又有东海舰队和南海舰队的三个鱼雷快艇大队、两个猎潜艇大队和一个高速炮艇中队，从海上分别驶至福建三都澳、后渚和东山岛。至此，福建前线陆、海、空三军部队已全部完成了炮击金门的准备工作。
7月31日，苏联部长会议主席赫鲁晓夫访华。中方拒绝了苏方建立联合舰队和长波电台的建议，使本已不怎么和睦的两国关系又增加了一条裂痕。在两国公报中，不但没有提到台湾问题，甚至连“台湾”两字都未出现。但这种内部分歧是严格保密的，因此外界仍以为苏联将支持中国解放台湾。艾森豪威尔和杜勒斯猜测中国可能会对沿海岛屿，甚至对台湾动武。8月4日，台湾当局在阳明山召开党政联席会议，讨论金马作战问题。次日，“国防部长”俞大维向美国提出三项要求：（1）就外岛之立场发表声明；（2）美在台海进行武力示威：（3）向台湾运交响尾蛇导弹。6日，国民党当局道听途说地得知陈毅在一次招待会上透露，台湾海峡的形势可能出现变化，立即宣布“台澎金马地区进入紧急备战状态”。[76]14日，美国总统国家安全事务助理葛瑞正式向参谋长联席会议提出制定对策的要求。20日，美国参谋长联席会议提出如下对策：（1）如果中共用海空力量封锁沿海岛屿，美国将给国民党军队提供空中掩护与海上运输、补给；（2）如果中共空军袭击台湾，而台湾空军无法抵御时才可动用美国空军，如果中共轰炸台澎，美国将轰炸大陆机场；（3）如果中共大举进攻沿海岛屿，美国除提供海空保护，以击退进攻外，还将通报联合国；（4）如果中共大举进攻台澎，美国将全力击退。在第二至第四项中，参谋长联席会议均提到动用原子武器。[77]作为总统，艾森豪威尔要考虑到国内民众对战争的心理承受能力，不能像参谋长联席会议的将军们那样时常把核武器拿出来显摆显摆，因此他指示说：如果美国被迫介入，即使美国断定中共的目标是台湾，美国最初的反应也将限于对船只和机场进行空袭，而不对内地进行攻击。[78]
8月17日，中共中央在北戴河召开的政治局扩大会议第一次会议，确定了炮击金门、马祖的作战方案。毛泽东对林彪、彭德怀说：“我们立即集中力量，对金门国民党军予以突然猛烈的打击，把它封锁起来。经一段时间后，对方可能从金门、马祖撤兵，或困难很大还要挣扎，那时是否考虑登陆作战，视情况而定，走一步，看一步。”当天，毛泽东让总参作战部长王尚荣通知叶飞赶到北戴河汇报。
次日下午3时，叶飞乘军用飞机抵达北戴河，向毛泽东详细汇报了炮击金门的准备情况。参加此次会议的除了毛泽东、叶飞之外，彭德怀、林彪也在座。汇报完后，毛泽东突然发问：“你用这么多的炮打，会不会把美国人打死呢？”叶飞表示无法避免。彭德怀在旁插话：“美国顾问一直配备到国民党部队的营一级。”毛泽东听后，没有再问其他问题，也未作任何指示。此后，林彪给毛泽东写了个纸条，建议是否可以通过在华沙同美国进行大使级谈判的王炳南给美国透露一点消息。经过一夜的思考，毛泽东认为美国不可能因为有一两个顾问在炮击中伤亡而宣战，毅然决定不向美方暗示。[79]
此时，台湾当局仗着有美国人撑腰，仍在一如既往地叫嚣“反攻大陆”。8月21日早晨，小金门国民党军第9师师长郝柏村正准备去阵地，突然接到消息：“陆军总司令”彭孟缉已至水头，要郝立即前往。郝判断可能是蒋介石来了。果不出所料，上午10时，蒋介石抵达。在此之前，他已视察了大金门。在随员的陪同下，蒋介石巡视了驻防23高地坑道式57战防炮掩体的27团四连和卫生连，接着传令营长以上主官到招待所集合。即席点名完毕，蒋介石开始训话，他说道：（1）现在一切胜利基础已建立，今后全视吾人之精神如何，亦即全在决心意志，决心就是与阵地共存亡，亦即与国家共存亡，而此次金马作战应负责开“反攻复国”胜利的基础。（2）敌人两个月以内一定要来攻我们，故时时刻刻要准备防御敌之来攻，加强技术、战术及胆力，两个月内敌如不来，则我们也要打仗了。（3）各级务要服从命令，严守纪律，贯彻到底，不可放纵。